genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2044369--2044395	12	2.2	12	100	0	54	25	44	0	29	1.54
2053525--2053563	21	1.9	20	84	5	51	30	0	7	61	1.24
2054421--2054448	5	5.6	5	100	0	56	57	0	21	21	1.41
2070038--2070071	12	2.8	12	90	0	50	55	2	0	41	1.15
2074619--2074663	24	1.9	24	86	4	65	46	11	2	40	1.52
2075991--2076023	13	2.5	13	86	13	50	54	0	0	45	0.99
2086041--2086097	22	2.5	22	80	5	69	56	5	7	31	1.49
2086208--2086322	38	3.3	36	71	19	100	57	3	0	39	1.16
2086254--2086375	8	16.0	8	69	16	62	54	1	0	42	1.15
2086247--2086467	26	8.3	27	67	22	94	54	2	1	41	1.23
2086313--2086381	28	2.7	26	79	16	74	55	0	1	43	1.08
2086261--2086372	58	1.9	60	85	10	160	56	0	0	41	1.11
2086347--2086399	18	2.9	18	86	5	63	54	1	3	39	1.29
2086182--2086453	44	5.8	48	69	19	146	53	2	1	42	1.23
2086692--2086725	14	2.4	14	85	0	50	35	20	0	44	1.52
2098833--2098858	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
2114457--2114486	15	2.0	15	100	0	60	53	6	20	20	1.67
2114567--2114611	22	2.0	22	82	0	54	24	11	20	44	1.83
2114770--2115497	365	2.0	361	89	1	1123	31	11	21	34	1.90
2121645--2121689	22	2.0	22	86	0	63	15	11	24	48	1.77
2124768--2124847	39	2.1	39	97	0	151	36	15	17	31	1.91
2136182--2136225	22	2.0	22	90	0	70	38	25	15	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2140630--2140674	22	2.0	22	86	0	63	37	20	17	24	1.93
2145834--2145862	13	2.1	14	93	6	51	37	6	24	31	1.82
2145974--2146018	22	2.0	22	95	0	81	37	24	17	20	1.93
2149064--2149096	14	2.3	15	90	10	52	60	12	0	27	1.32
2150438--2150480	16	2.8	15	82	3	50	46	6	0	46	1.30
2152496--2152538	17	2.5	17	84	3	50	25	0	2	72	0.97
2153154--2153234	23	3.7	20	75	15	63	62	2	4	29	1.29
2153618--2153666	19	2.5	18	78	15	53	53	2	0	44	1.12
2153845--2153903	27	2.2	26	82	5	73	35	5	0	59	1.20
2157233--2157268	17	2.1	17	94	0	63	36	0	11	52	1.37
2171909--2171959	21	2.4	21	74	9	50	47	0	1	50	1.12
2172986--2173018	16	2.1	16	88	11	50	69	6	6	18	1.30
2178504--2178529	12	2.2	12	100	0	52	0	7	0	92	0.39
2183623--2183679	26	2.2	27	87	6	82	52	0	5	42	1.24
2189925--2190099	90	1.9	91	90	4	282	41	13	10	34	1.78
2194555--2194601	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
2195129--2195185	29	1.9	30	86	10	82	42	5	0	52	1.24
2195854--2195899	19	2.4	21	75	20	55	56	0	0	43	0.99
2196710--2196765	14	4.3	13	74	12	53	62	0	0	37	0.95
2196707--2196757	14	3.8	14	84	7	61	60	0	0	39	0.97
2202002--2202054	29	1.9	26	85	11	70	45	1	0	52	1.11
2202172--2202221	12	4.5	11	76	20	50	26	2	2	70	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2203321--2203367	23	2.0	23	87	0	67	14	17	55	12	1.70
2203414--2203446	17	1.9	17	93	0	57	24	0	0	75	0.80
2218575--2218603	13	2.2	13	100	0	58	0	6	0	93	0.36
2226263--2226292	14	2.1	14	100	0	60	26	0	0	73	0.84
2235275--2235329	29	1.9	29	85	3	76	36	3	3	56	1.34
2235355--2235427	30	2.4	31	88	4	112	53	1	5	39	1.33
2236229--2236303	30	2.5	30	80	4	89	46	4	8	41	1.52
2257034--2257078	22	2.0	23	82	4	56	51	0	2	46	1.13
2258444--2258511	32	2.1	32	86	0	91	32	20	19	27	1.97
2258485--2258518	17	2.0	17	88	0	50	41	17	11	29	1.85
2271939--2271963	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
2272324--2272348	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
2276311--2276338	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
2279538--2279593	24	2.4	23	78	3	67	48	3	0	48	1.19
2279720--2279836	56	2.1	56	79	6	132	45	4	4	46	1.42
2286589--2286619	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
2304186--2304210	6	4.2	6	100	0	50	0	32	32	36	1.58
2308608--2308663	29	2.0	29	86	10	80	30	8	8	51	1.64
2310878--2310902	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2313229--2313264	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
2325349--2325382	6	5.7	6	96	0	50	70	23	0	5	1.09
2327239--2327267	14	2.1	14	100	0	58	68	0	0	31	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2327459--2327484	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2329030--2329077	11	4.3	11	80	12	53	66	2	0	31	1.03
2340680--2340730	6	8.7	6	97	2	95	13	0	68	17	1.21
2340754--2340811	27	2.1	27	84	6	73	15	3	50	31	1.61
2340814--2340873	27	2.2	27	82	11	70	20	1	60	18	1.45
2340895--2341003	51	2.1	51	84	3	139	22	3	48	25	1.67
2340971--2341031	27	2.3	27	86	11	81	18	3	47	31	1.64
2341048--2341081	15	2.3	15	89	0	50	11	0	73	14	1.10
2341051--2341097	24	2.0	24	82	0	58	17	0	65	17	1.27
2341084--2341131	24	2.0	25	83	4	62	27	0	56	16	1.41
2341128--2341618	267	1.8	265	82	8	638	21	3	51	23	1.64
2341327--2341492	54	3.2	54	84	6	220	18	3	51	26	1.63
2341645--2341678	3	11.3	3	100	0	68	0	0	67	32	0.91
2346218--2346274	29	2.0	29	85	0	78	45	15	3	35	1.64
2347863--2347998	15	8.6	15	76	15	107	55	2	0	41	1.15
2347868--2347998	23	5.9	22	70	21	94	55	3	0	41	1.15
2347863--2347974	46	2.5	46	86	4	158	55	3	0	41	1.17
2348088--2348162	9	8.6	9	72	16	59	48	1	2	48	1.24
2348088--2348161	26	2.9	26	86	7	98	48	1	2	47	1.24
2352252--2352289	13	2.9	13	88	0	58	60	7	7	23	1.51
2356278--2356357	39	2.1	39	97	0	151	46	11	7	35	1.68
2357009--2357809	62	12.9	62	68	15	326	38	10	9	41	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2357162--2357685	64	8.3	64	71	11	252	39	9	9	41	1.71
2357269--2357693	189	2.3	186	80	8	450	38	10	9	41	1.72
2357125--2357726	127	4.8	125	75	9	487	38	10	9	41	1.73
2363750--2363866	15	8.0	15	72	20	79	54	1	0	43	1.10
2363756--2363884	22	5.9	22	68	21	92	55	1	0	42	1.09
2363755--2363863	31	3.7	30	74	15	102	54	1	0	44	1.11
2363755--2363883	15	8.8	15	72	17	67	55	1	0	43	1.09
2363970--2364040	26	2.8	24	81	12	81	47	2	2	46	1.31
2366514--2366569	2	28.0	2	96	0	103	0	51	0	48	1.00
2368164--2368196	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
2370321--2370420	37	2.7	40	80	10	122	45	1	1	53	1.14
2371002--2371049	23	2.1	23	84	3	62	39	0	10	50	1.37
2371045--2371079	10	3.4	10	92	7	61	65	0	0	34	0.93
2372043--2372108	27	2.4	28	83	16	86	42	1	3	53	1.25
2372040--2372108	26	2.6	25	82	15	77	42	1	2	53	1.24
2372070--2372140	36	2.0	36	86	10	101	40	1	2	54	1.23
2372047--2372175	63	2.1	62	84	7	163	42	2	3	51	1.30
2372259--2372329	37	1.9	36	91	2	115	54	1	5	38	1.33
2372680--2372731	20	2.5	20	84	9	59	61	3	0	34	1.14
2372680--2372728	23	2.2	23	85	3	64	63	4	0	32	1.13
2372661--2372728	23	3.0	23	76	8	59	63	2	0	33	1.10
2384651--2384715	34	1.9	33	93	3	112	32	20	0	47	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2384952--2384992	16	2.7	15	88	7	57	51	7	0	41	1.30
2384954--2384992	14	2.6	15	88	8	53	51	7	0	41	1.31
2385009--2385062	27	1.9	29	81	7	67	40	7	7	44	1.60
2385644--2385690	18	2.7	17	84	12	60	42	2	0	55	1.12
2386072--2386121	16	3.1	16	76	0	55	68	12	4	16	1.35
2387927--2387954	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2394861--2394900	16	2.5	16	91	0	62	40	5	17	37	1.72
2398842--2398889	10	4.7	10	78	14	53	25	10	6	58	1.54
2398876--2398930	25	2.2	25	81	12	69	29	3	7	60	1.41
2400302--2400765	239	1.9	241	85	5	641	45	9	15	28	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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