genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.120.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   

This is table  120  of  160  ( 19195 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22441662--22441715	22	2.4	22	93	3	90	53	0	0	46	1.00
22441680--22441733	8	7.2	8	78	14	53	59	0	0	40	0.98
22445063--22445105	11	3.8	11	78	3	50	44	0	0	55	0.99
22452076--22452113	12	2.9	13	88	7	51	55	31	5	7	1.51
22453527--22453592	18	3.7	18	74	22	59	13	7	6	72	1.25
22455893--22455952	30	2.0	30	100	0	120	40	13	16	30	1.87
22463390--22463575	43	4.4	43	78	3	153	30	10	13	45	1.77
22465575--22465610	15	2.2	17	90	9	58	63	5	0	30	1.17
22468171--22468197	12	2.2	12	100	0	54	40	0	0	59	0.98
22468135--22468210	29	2.5	30	77	14	77	40	2	2	53	1.28
22468208--22468236	12	2.5	12	94	5	51	31	0	0	68	0.89
22474764--22474813	2	25.0	2	83	0	55	48	4	0	48	1.20
22476972--22477003	1	32.0	1	93	0	55	0	3	0	96	0.20
22477691--22477734	20	2.2	20	84	8	54	50	0	0	50	1.00
22477749--22477811	26	2.5	24	87	10	81	52	1	0	46	1.10
22480276--22480334	28	2.1	28	84	6	75	20	5	11	62	1.47
22480311--22480370	29	2.1	29	84	3	77	11	5	16	66	1.40
22480752--22481105	84	4.3	83	74	6	252	37	14	15	33	1.88
22480757--22481105	167	2.1	166	80	5	375	36	14	15	33	1.87
22482763--22482810	16	3.1	16	78	6	53	45	16	8	29	1.76
22482902--22482958	15	3.8	15	86	9	80	38	12	19	29	1.88
22483546--22483620	30	2.5	30	80	4	80	34	12	17	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22484672--22484730	20	2.9	19	85	5	64	47	16	10	25	1.78
22484674--22484732	10	5.8	11	80	11	56	44	18	10	27	1.82
22484715--22484754	10	4.0	10	86	0	53	42	12	15	30	1.83
22485096--22485130	17	2.0	17	88	5	52	34	0	5	60	1.21
22486756--22486800	14	3.2	14	80	0	54	51	22	4	22	1.66
22486809--22486902	13	6.7	13	73	20	73	45	34	1	19	1.57
22486882--22486973	13	6.9	13	70	17	64	42	34	3	19	1.68
22486882--22486977	7	14.3	7	69	12	58	42	34	3	19	1.67
22486882--22486978	26	3.7	26	83	5	106	42	35	3	19	1.67
22486925--22486966	20	2.1	20	86	8	59	40	33	4	21	1.74
22487036--22487107	17	4.2	17	77	7	65	27	9	5	56	1.53
22487427--22487458	15	2.1	15	94	0	55	87	3	9	0	0.64
22487999--22488045	24	2.0	24	91	8	78	70	0	17	12	1.17
22488071--22488124	25	2.2	25	89	0	81	29	11	7	51	1.64
22489188--22489297	37	3.0	37	84	10	120	29	16	13	40	1.87
22489141--22489297	74	2.1	73	80	3	163	31	20	11	36	1.88
22492120--22492204	22	3.5	25	72	22	74	68	1	11	18	1.27
22492129--22492202	22	3.2	22	76	14	85	70	1	10	17	1.23
22493360--22493396	17	2.2	17	90	0	56	64	5	18	10	1.43
22493750--22493806	1	57.0	1	75	0	51	87	1	5	5	0.72
22493750--22493806	19	2.9	19	84	5	60	87	1	5	5	0.72
22494563--22494595	7	4.7	7	92	0	57	18	15	24	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22494565--22494604	21	1.9	21	89	0	62	20	12	22	45	1.84
22494938--22495147	42	5.0	42	80	2	224	31	17	9	41	1.81
22494941--22495192	127	2.0	125	81	4	292	30	16	9	43	1.80
22495179--22495271	41	2.2	41	80	1	105	33	16	11	38	1.85
22495358--22495401	20	2.2	20	87	4	61	20	18	18	43	1.89
22495328--22495472	50	2.9	50	85	0	173	26	17	19	36	1.94
22495784--22495816	10	3.3	10	84	16	50	81	18	0	0	0.68
22498093--22498147	3	19.0	3	81	7	69	30	3	0	65	1.10
22498987--22499076	38	2.2	39	82	9	101	18	4	3	73	1.15
22499134--22499173	18	2.2	18	95	4	71	60	10	0	30	1.30
22503491--22503599	9	12.1	9	80	11	82	84	2	7	5	0.86
22503491--22503585	9	9.9	9	79	15	84	86	2	5	6	0.78
22503491--22503585	24	3.7	26	77	11	97	86	2	5	6	0.78
22503491--22503597	30	3.7	27	78	16	108	85	2	6	5	0.83
22503491--22503585	1	95.0	1	72	0	73	86	2	5	6	0.78
22504652--22504799	69	2.1	69	85	2	208	29	18	14	37	1.90
22504721--22504973	86	2.9	86	83	5	305	31	19	12	35	1.90
22504923--22504994	36	2.0	36	100	0	144	30	19	13	36	1.91
22504845--22505094	122	2.1	121	85	2	331	30	19	12	38	1.88
22504751--22505218	208	2.3	208	82	2	548	30	19	11	37	1.88
22504959--22505144	86	2.2	86	84	0	237	30	18	11	39	1.86
22505077--22505178	34	3.0	33	72	16	91	36	20	8	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22505133--22505266	51	2.6	51	84	0	169	29	20	9	39	1.85
22506057--22506095	20	1.9	20	84	5	51	17	5	30	46	1.70
22506492--22506567	18	4.2	17	75	20	66	15	6	1	76	1.06
22506669--22506710	18	2.3	19	91	4	68	57	7	0	35	1.26
22506808--22506842	16	2.2	17	90	10	56	54	11	2	31	1.51
22507616--22507680	33	1.9	34	96	3	123	49	33	0	16	1.47
22507921--22507947	14	1.9	14	100	0	54	11	0	7	81	0.87
22511564--22511796	117	2.0	117	95	0	423	35	20	15	29	1.93
22512051--22512075	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
22519631--22519682	27	2.0	26	92	7	88	26	0	19	53	1.45
22522162--22522192	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
22523360--22523411	27	1.9	27	96	0	95	44	1	17	36	1.60
22525677--22525701	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
22525701--22525725	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
22527123--22527161	19	2.1	19	90	0	60	10	20	30	38	1.86
22531632--22531665	11	3.2	11	83	8	52	73	2	0	23	0.97
22533426--22533474	23	2.1	24	88	3	73	59	4	4	32	1.35
22533442--22533475	17	1.9	17	88	5	50	55	0	5	38	1.24
22534004--22534043	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
22536761--22536834	30	2.2	34	79	15	84	29	5	1	63	1.25
22539249--22539408	59	2.7	59	82	11	195	56	21	3	18	1.56
22543715--22543765	25	2.1	24	88	3	75	11	7	13	66	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22544149--22544200	18	2.9	17	77	11	50	13	3	5	76	1.10
22552888--22552927	19	2.2	19	86	4	55	80	0	12	7	0.91
22552885--22552923	9	4.3	9	80	0	51	84	0	10	5	0.76
22553787--22553886	49	2.0	49	88	3	148	33	12	14	41	1.82
22553937--22553984	25	1.9	25	86	0	69	29	8	22	39	1.83
22555012--22555049	9	4.1	9	96	3	67	44	0	55	0	0.99
22555504--22555628	41	2.9	42	76	7	126	16	18	16	48	1.82
22556246--22556330	18	4.9	18	74	8	86	29	4	29	36	1.78
22556246--22556289	15	2.7	15	82	10	52	34	4	22	38	1.75
22556246--22556330	33	2.5	35	80	5	93	29	4	29	36	1.78
22556676--22556706	6	5.2	6	100	0	62	32	51	0	16	1.44
22562655--22562729	24	3.1	24	79	9	80	61	0	2	36	1.10
22566460--22566856	61	6.6	60	76	15	322	36	11	6	45	1.67
22566460--22566853	120	3.3	118	85	8	453	36	11	6	44	1.67
22566887--22566964	23	3.2	23	77	18	79	76	2	3	16	1.04
22566890--22566972	5	15.4	5	72	18	60	77	2	4	15	1.05
22566890--22566973	17	5.1	17	72	12	59	77	2	4	15	1.04
22566996--22567041	4	11.2	4	82	13	58	78	0	0	21	0.76
22566898--22567046	12	12.3	12	72	18	64	73	2	4	19	1.11
22566996--22567038	16	2.6	17	88	7	70	79	0	0	20	0.74
22567361--22567405	19	2.3	19	84	3	54	33	15	15	35	1.89
22567954--22568044	18	5.4	17	72	15	64	70	1	1	27	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22567995--22568049	28	2.0	28	82	7	67	63	1	3	30	1.22
22568037--22568101	25	2.6	25	80	0	67	66	3	9	21	1.34
22568264--22568326	18	3.4	18	79	14	65	7	1	9	80	0.95
22568337--22568591	83	3.1	83	91	4	408	35	23	17	23	1.95
22568337--22568591	42	6.1	41	91	4	404	35	23	17	23	1.95
22569605--22569693	8	10.8	8	75	17	60	12	12	1	74	1.14
22569600--22569669	32	2.2	31	82	12	81	11	11	1	75	1.11
22571228--22571281	21	2.7	20	77	11	56	85	9	1	3	0.80
22571228--22571281	28	2.0	27	85	10	74	85	9	1	3	0.80
22571463--22571516	9	5.5	10	85	14	53	29	0	7	62	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160