genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.130.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24298122--24298700	132	4.4	132	86	1	700	33	15	20	30	1.94
24299528--24299562	11	3.3	11	84	8	54	0	11	0	88	0.51
24299528--24299561	10	3.3	10	87	4	50	0	11	0	88	0.52
24305797--24305876	16	4.9	16	71	7	54	22	3	25	48	1.67
24305834--24305881	15	2.9	17	78	12	64	20	0	29	50	1.49
24305827--24305882	17	3.4	17	78	9	71	19	0	28	51	1.47
24305804--24305881	32	2.4	32	89	0	111	21	2	25	50	1.62
24306955--24306996	14	2.7	15	85	10	50	4	0	7	88	0.64
24312139--24312213	32	2.3	33	84	8	93	42	0	2	54	1.14
24312778--24312811	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
24313005--24313043	21	1.9	20	89	5	60	48	2	0	48	1.15
24314342--24314388	2	22.5	2	87	8	67	48	6	0	44	1.28
24315920--24317899	539	3.7	533	82	7	2297	42	9	6	41	1.64
24319484--24319532	21	2.2	23	85	7	66	36	0	2	61	1.08
24319498--24319545	23	2.0	23	84	4	60	39	0	6	54	1.26
24320955--24320994	19	2.2	18	86	4	53	67	5	5	22	1.30
24326444--24326499	23	2.4	24	82	8	62	41	3	3	51	1.36
24330535--24330573	20	2.0	20	94	0	69	48	0	0	51	1.00
24349190--24349229	20	2.0	20	90	4	64	50	2	0	47	1.14
24349249--24349293	19	2.5	19	89	7	67	57	0	0	42	0.98
24349283--24349329	24	2.1	24	85	14	66	70	0	2	27	0.99
24349258--24349300	19	2.2	19	83	4	50	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24349430--24349465	18	2.1	18	94	5	65	69	0	2	27	1.02
24356667--24356696	11	2.7	11	89	0	51	30	0	0	70	0.88
24356666--24356697	17	1.9	17	93	6	57	28	0	0	71	0.86
24356658--24356717	24	2.5	24	80	0	66	30	0	5	65	1.14
24365437--24365464	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24365499--24365528	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
24366885--24366958	39	1.9	37	81	5	85	78	4	2	14	1.01
24369274--24369312	13	2.9	13	88	3	51	76	2	2	17	1.01
24370279--24370410	43	3.0	44	82	2	160	38	18	14	28	1.90
24370261--24370406	44	3.4	42	77	6	143	41	16	12	29	1.85
24371476--24371511	9	3.8	9	86	13	54	11	2	0	86	0.68
24378226--24378286	27	2.3	27	82	5	70	39	6	9	44	1.64
24379171--24379217	18	2.5	19	83	10	53	42	29	2	25	1.67
24382443--24382490	23	2.0	23	84	8	60	18	4	2	75	1.07
24397781--24397827	23	2.0	24	87	4	69	31	14	0	53	1.42
24398125--24398235	55	2.0	55	85	3	152	58	0	9	31	1.31
24398139--24398239	27	3.7	28	77	13	95	57	0	7	34	1.28
24398683--24398765	30	2.7	30	82	12	98	43	9	0	46	1.36
24399106--24399137	10	3.2	10	100	0	64	18	18	12	50	1.78
24406439--24406480	21	2.0	21	95	0	75	35	26	4	33	1.77
24408301--24408436	74	1.9	72	81	3	164	33	8	5	52	1.54
24408361--24408570	114	1.8	114	80	6	255	36	8	5	50	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24408719--24408770	11	4.7	11	75	17	54	53	11	0	34	1.37
24408698--24408781	33	2.5	33	88	0	114	47	13	1	38	1.50
24412940--24412976	19	1.9	19	89	10	58	64	8	13	13	1.48
24412930--24412988	25	2.4	24	75	10	57	67	5	15	11	1.38
24417676--24417728	21	2.5	21	96	0	97	35	33	5	24	1.79
24422881--24422911	16	1.9	16	93	0	53	38	16	0	45	1.47
24427552--24427637	12	7.1	12	67	12	50	34	0	1	63	1.02
24427558--24427637	25	3.3	24	77	10	74	33	0	1	65	1.01
24427564--24427604	20	2.0	20	85	0	55	29	0	2	68	1.03
24427549--24427625	6	12.5	6	76	14	68	35	0	1	63	1.03
24427594--24427639	23	2.0	24	91	4	76	36	0	0	63	0.95
24427604--24427639	12	3.1	12	84	8	56	38	0	0	61	0.96
24427548--24427653	50	2.1	50	77	10	110	37	0	1	60	1.08
24427679--24427720	20	2.3	19	88	12	61	64	2	0	33	1.07
24431616--24431645	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
24436022--24436055	13	2.9	11	84	16	50	61	0	2	35	1.11
24437243--24437282	19	2.0	20	90	4	64	55	0	2	42	1.13
24437483--24437542	21	2.8	22	80	10	70	66	5	0	28	1.12
24437673--24437730	22	2.7	22	86	2	73	44	29	1	24	1.63
24437860--24437893	13	2.6	13	100	0	68	41	32	5	20	1.76
24437920--24437949	15	1.9	15	93	6	51	53	26	0	20	1.46
24440036--24440137	52	2.0	52	88	3	152	30	18	5	45	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24441941--24441995	27	2.1	26	86	10	76	60	0	5	34	1.20
24453654--24453711	29	2.0	29	82	0	71	32	25	13	27	1.94
24456897--24456938	11	3.8	11	83	0	57	21	0	28	50	1.49
24456896--24456938	22	2.0	22	90	0	68	23	0	27	48	1.51
24456978--24457118	52	2.7	53	81	4	153	42	8	21	27	1.81
24457674--24457750	25	3.0	25	67	16	68	41	6	32	19	1.77
24457673--24457825	50	3.1	49	81	7	134	35	7	35	21	1.81
24457758--24457825	23	2.9	22	79	14	82	29	5	38	26	1.80
24458043--24458074	11	2.9	11	95	0	55	15	0	31	53	1.43
24458110--24458253	52	2.8	53	85	5	188	39	8	25	27	1.84
24476086--24476121	17	2.1	17	94	0	63	61	5	33	0	1.19
24483841--24483890	26	1.9	26	87	0	73	52	8	2	38	1.43
24490087--24490128	14	2.9	15	86	6	52	40	0	0	59	0.97
24490213--24490279	31	2.2	31	97	0	125	23	22	20	32	1.98
24490548--24490598	26	2.0	26	96	0	93	39	9	0	50	1.35
24492600--24492668	30	2.3	30	87	2	95	36	5	4	53	1.45
24492895--24492927	17	1.9	17	93	0	57	45	0	6	48	1.27
24493026--24493069	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
24494895--24494983	33	2.6	34	78	5	99	42	12	11	33	1.78
24496413--24496540	60	2.1	60	88	2	186	31	13	9	46	1.75
24501928--24501953	13	2.0	13	100	0	52	53	7	15	23	1.67
24503737--24503763	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24504114--24504139	7	3.7	7	100	0	52	88	0	11	0	0.52
24505816--24505845	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
24509749--24509773	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
24511034--24511082	21	2.3	21	86	6	64	44	0	0	55	0.99
24511043--24511082	20	2.0	20	90	5	62	45	0	0	55	0.99
24511031--24511103	24	3.0	24	78	9	76	49	0	0	50	1.00
24518113--24518561	224	2.0	224	92	0	738	22	13	20	43	1.87
24518893--24519017	3	41.7	3	85	0	124	39	36	24	0	1.55
24518893--24519019	27	4.7	27	87	0	164	39	37	23	0	1.55
24530521--24530550	15	1.9	16	93	6	53	43	13	6	36	1.70
24537005--24537500	247	2.0	246	88	2	728	37	16	15	30	1.90
24539924--24539966	21	2.0	22	86	4	61	58	4	23	13	1.55
24541095--24541143	2	24.5	2	100	0	98	51	0	48	0	1.00
24560245--24560291	9	5.2	9	82	7	60	65	2	0	31	1.04
24560254--24560292	19	2.1	19	95	0	69	61	2	0	35	1.10
24561218--24561264	22	2.1	22	84	7	60	78	0	4	17	0.90
24563609--24563641	17	1.9	17	88	11	50	72	3	0	24	0.98
24574729--24574763	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
24576785--24576816	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
24577393--24577592	100	2.0	100	99	0	391	50	12	12	25	1.74
24577562--24577667	52	2.0	52	96	0	194	27	19	10	42	1.84
24591209--24591250	10	4.2	10	79	11	50	78	0	16	4	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24591209--24591250	20	2.2	18	91	8	66	78	0	16	4	0.91
24599328--24599366	19	2.1	19	85	0	51	30	12	30	25	1.93
24602906--24602970	29	2.2	29	81	8	78	32	38	18	10	1.85
24602956--24603067	30	3.6	30	82	7	134	42	33	8	14	1.77
24603015--24603068	18	3.3	18	63	36	50	44	38	7	9	1.65
24611851--24611894	11	3.8	11	80	11	52	84	0	11	4	0.77
24611854--24611916	13	4.9	13	72	14	51	79	1	7	11	1.00
24611847--24611894	24	2.0	24	95	0	87	81	0	14	4	0.84
24611989--24612022	17	2.0	17	88	11	52	50	0	0	50	1.00
24617551--24617638	12	6.7	13	72	22	60	73	4	3	18	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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