genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2743310--2743357	18	2.7	18	90	0	78	58	33	8	0	1.28
2743361--2743451	3	31.3	3	75	18	77	59	2	3	35	1.26
2751238--2751300	3	21.0	3	100	0	126	66	0	0	33	0.92
2752048--2752117	36	2.0	35	88	5	106	38	11	5	44	1.64
2753189--2755186	996	2.0	995	93	0	3446	35	10	12	41	1.78
2755120--2755202	38	2.2	39	86	6	125	33	7	9	49	1.63
2755379--2755404	8	3.2	8	100	0	52	46	0	0	53	1.00
2757000--2757039	7	5.6	7	91	8	55	75	0	0	25	0.81
2757049--2757100	23	2.4	22	83	6	61	71	0	13	15	1.15
2759686--2759710	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2766425--2766454	15	1.9	16	93	6	53	60	13	0	26	1.34
2766837--2766876	16	2.5	16	91	0	62	40	22	2	35	1.68
2774902--2774974	34	2.1	34	87	9	105	30	12	4	53	1.57
2774977--2775045	34	2.0	34	82	5	84	53	17	10	18	1.71
2776369--2776426	27	2.3	27	80	11	70	43	0	1	55	1.10
2779210--2779255	16	2.9	16	78	9	51	10	4	8	76	1.15
2787206--2787267	32	1.9	32	83	9	81	22	3	8	66	1.33
2788156--2788190	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
2788189--2788238	3	16.7	3	87	0	55	58	32	10	0	1.31
2788189--2788231	15	2.9	15	89	0	68	58	32	9	0	1.30
2788189--2788233	18	2.5	18	92	0	72	57	33	8	0	1.30
2788237--2788342	3	36.3	3	78	16	107	60	1	2	34	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2788685--2788918	114	2.1	114	80	0	261	35	13	24	26	1.92
2789779--2789811	13	2.4	14	90	5	50	12	0	3	84	0.72
2796068--2796103	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
2796849--2796916	34	2.0	34	88	5	102	39	11	5	42	1.66
2797980--2799977	997	2.0	994	94	0	3469	35	10	12	41	1.78
2799911--2799993	38	2.2	39	87	10	127	33	9	9	46	1.69
2804059--2804093	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2813413--2813493	31	2.6	30	81	14	103	34	11	6	48	1.64
2813413--2813494	32	2.7	30	83	12	105	34	10	6	48	1.63
2813498--2813565	34	2.0	35	82	2	84	52	20	8	17	1.71
2817611--2817640	15	2.0	15	93	0	51	23	0	0	76	0.78
2818801--2818965	3	56.3	3	80	9	135	61	7	2	28	1.35
2818801--2819004	68	3.1	68	83	4	240	59	7	2	30	1.38
2819228--2819593	114	3.2	114	79	2	315	35	14	23	25	1.93
2826728--2826755	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
2826737--2826820	25	3.2	25	69	17	64	52	7	4	35	1.50
2826734--2826820	28	3.2	28	68	12	74	52	6	4	35	1.49
2826782--2826810	12	2.5	12	94	5	51	55	10	0	34	1.34
2826734--2826849	53	2.2	53	84	3	153	50	7	6	36	1.56
2827514--2827583	36	2.0	35	91	5	115	37	11	5	45	1.64
2829582--2829664	38	2.2	39	85	10	118	34	9	8	46	1.67
2838219--2838248	15	1.9	16	93	6	53	60	13	0	26	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2838633--2838672	16	2.5	16	91	0	62	40	22	2	35	1.68
2846697--2846768	33	2.2	33	87	9	103	30	12	4	52	1.58
2846771--2846838	34	2.1	31	83	8	82	54	17	8	19	1.68
2856424--2856789	114	3.2	113	78	3	324	26	23	13	35	1.93
2857509--2857567	30	1.9	32	89	6	95	33	3	16	45	1.64
2857905--2857957	19	3.1	17	76	12	54	16	5	1	75	1.08
2857890--2857948	14	4.4	14	70	6	50	18	5	3	72	1.17
2858241--2858270	15	2.0	15	93	0	51	76	0	0	23	0.78
2863639--2863663	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
2863943--2864025	38	2.2	39	78	10	91	48	12	7	32	1.68
2869774--2869844	33	2.2	32	87	10	99	52	4	12	30	1.58
2877807--2877846	16	2.5	16	91	0	62	35	2	22	40	1.68
2878231--2878260	15	1.9	16	93	6	53	26	0	13	60	1.34
2888657--2888683	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2894209--2894284	38	2.1	35	82	7	89	39	9	6	44	1.62
2895725--2895758	17	2.0	17	88	0	50	70	0	11	17	1.16
2895953--2895990	20	1.9	20	89	10	60	26	5	10	57	1.53
2895942--2895989	19	2.6	18	80	9	60	29	6	12	52	1.63
2903264--2903290	11	2.5	11	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2903329--2903513	45	4.1	44	75	14	128	51	9	11	27	1.68
2911703--2911779	38	2.0	38	100	0	154	37	15	7	38	1.77
2911714--2911774	19	3.2	19	65	17	54	37	16	8	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2915072--2915426	41	8.5	41	79	8	356	25	11	19	43	1.84
2915078--2915410	84	4.0	84	81	5	404	25	11	20	43	1.84
2915857--2915894	20	1.9	20	88	0	58	31	2	7	57	1.41
2926646--2926682	3	12.3	3	94	0	65	64	0	2	32	1.07
2927032--2927092	33	1.9	33	86	6	90	1	22	0	75	0.89
2927251--2927290	17	2.4	17	100	0	80	17	5	20	57	1.58
2933247--2933303	24	2.4	23	75	16	55	26	26	8	38	1.85
2939243--2939290	22	2.2	21	82	10	53	37	0	6	56	1.25
2941733--2941785	23	2.2	23	77	12	54	64	3	7	24	1.37
2947442--2947520	36	2.2	36	95	0	140	21	31	30	16	1.95
2948083--2948152	34	2.1	34	89	2	106	50	22	12	14	1.77
2953629--2953707	36	2.2	36	95	0	140	21	31	30	16	1.95
2954270--2954339	34	2.1	34	89	2	106	50	22	12	14	1.77
2959835--2959913	36	2.2	36	95	0	140	21	31	30	16	1.95
2960972--2961041	34	2.1	34	89	2	106	50	22	12	14	1.77
2964130--2964168	17	2.2	18	90	4	62	69	0	15	15	1.20
2966080--2966133	20	2.8	20	86	5	76	44	1	0	53	1.11
2966672--2966702	16	2.0	16	93	6	55	38	3	0	58	1.15
2973725--2973751	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2974313--2974365	25	2.1	25	82	6	63	33	0	1	64	1.05
2978233--2978279	24	2.0	24	95	0	85	34	19	19	27	1.96
2978623--2978863	60	3.9	63	87	3	253	39	11	6	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2978590--2978863	61	4.5	60	83	6	322	39	12	6	41	1.68
2978699--2978854	30	5.1	31	62	18	76	40	10	5	43	1.62
2978590--2978873	121	2.3	122	82	5	353	38	11	5	43	1.66
2978903--2978998	4	24.8	4	73	23	73	71	3	0	25	1.00
2978903--2979015	14	7.9	14	73	19	83	74	3	0	22	0.97
2978903--2979015	18	6.2	18	75	19	101	74	3	0	22	0.97
2979909--2979947	18	2.2	18	100	0	78	56	5	5	33	1.43
2979905--2979963	18	2.9	20	82	17	77	57	5	5	32	1.42
2980060--2980140	31	2.6	30	81	9	83	74	2	2	20	1.06
2980088--2980137	15	3.1	17	77	13	61	74	2	4	20	1.08
2980024--2980126	6	16.5	6	71	16	50	72	1	4	20	1.12
2980774--2981910	161	7.0	161	75	9	882	44	14	8	33	1.74
2980714--2981910	321	3.7	320	79	7	1063	44	13	8	33	1.74
2984847--2984887	21	2.0	21	85	0	55	24	7	19	48	1.74
2984862--2985273	176	2.3	174	80	6	436	33	14	11	41	1.81
2985290--2985438	60	2.5	60	80	7	151	28	18	14	38	1.90
2985359--2985481	57	2.1	57	79	8	131	30	17	13	38	1.89
2987751--2987783	2	17.0	2	87	6	50	45	0	0	54	0.99
2988891--2988964	26	2.6	28	77	14	80	44	2	1	51	1.24
2991071--2991100	6	5.0	6	100	0	60	16	33	0	50	1.46
2994417--2994449	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2994715--2995594	443	2.0	436	97	1	1643	25	20	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2999925--3000022	22	4.6	21	72	15	76	47	6	7	38	1.56
2999984--3000103	22	5.5	22	78	5	120	43	4	13	39	1.63
3000157--3000292	22	6.1	22	71	4	76	52	4	8	35	1.51
3000262--3000381	61	2.0	61	83	3	152	49	3	10	37	1.53
3000324--3000571	22	11.4	22	72	7	112	46	6	10	37	1.63
3000359--3000484	65	1.9	65	80	3	146	46	7	11	34	1.67
3000567--3000637	36	2.0	36	83	10	92	57	4	7	30	1.44
3000783--3000998	44	5.0	44	75	11	151	45	8	6	39	1.60
3000791--3000979	66	2.9	65	77	12	174	46	8	6	39	1.60
3000816--3000998	22	8.4	22	80	7	122	46	9	6	37	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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