genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.133.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24911527--24911743	44	4.9	44	74	8	154	47	5	7	39	1.55
24911608--24911745	66	2.1	66	82	2	161	47	4	8	39	1.54
24912081--24912167	42	2.1	40	83	8	104	48	8	8	35	1.62
24912082--24912162	21	3.9	21	78	1	83	46	8	8	35	1.65
24912219--24912264	3	16.0	3	90	4	69	30	0	2	67	1.03
24914376--24914409	16	2.1	16	88	5	50	26	8	0	64	1.22
24920195--24920290	48	2.0	47	91	6	156	23	2	21	52	1.58
24921479--24921509	12	2.6	12	94	0	53	22	0	3	74	0.96
24922655--24922723	28	2.5	28	81	9	79	14	10	10	65	1.48
24922960--24923001	20	2.2	19	87	12	59	78	0	21	0	0.75
24925490--24925522	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
24927457--24927527	24	2.9	24	75	12	72	52	4	0	43	1.20
24932772--24932800	12	2.4	12	100	0	58	34	0	13	51	1.42
24934640--24934666	5	5.4	5	100	0	54	0	0	37	62	0.95
24945454--24945501	24	1.9	25	83	8	62	50	18	2	29	1.59
24951585--24951629	18	2.5	19	82	13	60	66	0	0	33	0.92
24954417--24954451	17	2.1	17	100	0	70	40	5	11	42	1.65
24957821--24957899	24	3.2	24	65	25	65	44	2	6	46	1.42
24960803--24960875	29	2.5	29	88	4	112	32	4	2	60	1.30
24960903--24961012	32	3.6	31	79	8	127	50	1	10	38	1.47
24960906--24961013	30	3.5	30	79	5	94	50	1	9	38	1.45
24961657--24961715	24	2.4	25	75	13	61	40	0	5	54	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24968811--24968842	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
24973927--24973955	9	3.3	9	95	4	51	68	10	20	0	1.18
24974687--24974757	28	2.4	29	79	6	81	50	1	0	47	1.09
24974829--24974915	28	3.2	28	84	11	110	48	0	0	51	1.00
24975220--24975263	21	2.2	21	84	8	56	56	0	0	43	0.99
24977850--24977878	10	2.9	10	100	0	58	31	20	10	37	1.86
24978609--24978639	3	10.3	3	92	0	53	32	3	0	64	1.09
24981985--24982035	8	6.2	8	76	10	50	0	19	0	80	0.71
24987472--24987528	25	2.3	24	82	11	71	35	0	1	63	1.05
24987468--24987539	28	2.6	27	80	17	85	36	0	1	62	1.04
24987589--24987647	25	2.4	25	80	5	66	61	3	0	35	1.13
24988906--24988952	24	2.0	24	91	0	76	38	8	19	34	1.82
24989630--24989663	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
24990444--24990580	30	4.6	30	86	0	184	21	34	30	13	1.92
24991229--24991313	20	4.3	20	67	14	59	16	1	61	21	1.41
24991796--24991845	25	2.1	23	88	7	73	48	0	8	44	1.32
24991355--24992224	480	1.8	480	87	5	1324	39	2	10	48	1.50
24993218--24993293	40	1.9	40	94	0	134	27	11	23	36	1.90
24993954--24993992	21	1.9	21	89	5	62	20	35	28	15	1.93
24994035--24994064	13	2.2	14	94	5	53	0	16	0	83	0.65
24994184--24994217	3	12.0	3	87	12	54	32	0	0	67	0.91
24994175--24994217	17	2.5	17	88	7	61	32	0	2	65	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24994178--24994209	14	2.2	15	94	5	57	34	0	3	62	1.11
24994599--24994652	25	2.2	25	83	6	65	37	3	16	42	1.66
24995154--24995296	10	13.9	10	70	18	71	18	5	2	73	1.15
24995234--24995282	19	2.7	18	78	9	55	14	4	2	79	0.97
24995262--24995307	24	1.9	24	86	8	67	15	8	0	76	1.02
24995333--24995601	117	2.4	109	83	9	319	42	8	12	36	1.73
24995333--24995599	57	4.7	57	78	14	277	43	7	12	36	1.72
24997907--24998195	59	4.9	58	85	6	388	34	12	6	47	1.67
24997909--24998195	120	2.4	116	87	8	411	34	12	5	47	1.65
24998227--24998255	14	2.0	15	93	6	51	82	0	10	6	0.83
24998210--24998273	31	2.1	31	82	11	78	78	1	9	10	1.04
24999243--24999288	22	2.1	22	84	4	58	65	0	8	26	1.21
24999252--24999307	22	2.5	21	80	13	58	62	1	7	28	1.32
24999314--24999361	23	2.1	23	88	7	71	79	2	2	16	0.93
24999318--24999357	16	2.5	15	84	11	53	80	2	2	15	0.93
24999416--24999450	11	3.1	12	88	12	56	80	0	0	20	0.72
24999418--24999452	6	5.8	6	90	10	54	80	0	0	20	0.72
24999470--24999587	58	2.0	58	91	0	191	24	28	22	24	1.99
24999589--24999637	6	8.2	6	88	0	62	24	0	44	30	1.54
24999980--25000067	33	2.6	34	76	5	88	36	29	2	31	1.70
24999980--25000067	18	5.1	18	76	8	83	36	29	2	31	1.70
25002456--25002533	39	2.0	39	97	0	147	29	20	14	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25006003--25006047	19	2.3	20	79	20	60	28	0	0	71	0.87
25006095--25006140	24	1.9	24	82	8	58	63	4	0	32	1.14
25007401--25007454	24	2.2	24	83	0	72	40	7	16	35	1.77
25008926--25009058	30	4.4	30	90	0	203	20	36	30	12	1.90
25008946--25009097	60	2.8	54	80	8	139	21	35	30	13	1.91
25010488--25010527	21	1.9	21	84	0	53	45	2	5	47	1.38
25011156--25011458	129	2.3	133	87	10	426	31	32	18	17	1.95
25011603--25011680	39	2.0	39	97	0	147	29	20	14	35	1.92
25012845--25013012	15	11.2	15	90	0	228	30	38	6	24	1.81
25013067--25013152	21	4.2	21	86	8	133	18	37	19	24	1.94
25013863--25013907	18	2.4	19	85	3	56	44	0	2	53	1.13
25013943--25013978	11	3.0	12	88	12	56	30	0	0	69	0.89
25017176--25017212	19	1.9	19	94	0	65	43	5	16	35	1.71
25028774--25028854	39	2.1	39	92	0	135	55	9	7	27	1.59
25044894--25045394	107	4.7	107	78	6	423	19	19	14	46	1.83
25045072--25045156	36	2.4	36	81	0	98	18	15	15	50	1.78
25044887--25045503	214	2.9	214	78	6	540	20	19	13	46	1.84
25045426--25045605	71	2.5	71	79	5	202	22	21	11	44	1.84
25046559--25046597	20	2.0	20	89	0	60	28	5	23	43	1.75
25046885--25046932	23	2.1	22	85	11	62	31	2	0	66	1.03
25047094--25047153	10	5.9	10	74	16	52	65	1	1	31	1.13
25049951--25050011	31	2.0	31	83	0	77	42	13	6	37	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25050459--25050502	22	2.0	22	82	8	54	29	15	2	52	1.55
25051715--25051781	21	3.2	21	69	12	57	38	5	0	55	1.25
25051805--25051844	19	2.1	19	90	0	62	52	0	0	47	1.00
25052695--25052781	41	2.1	39	78	15	95	52	2	9	35	1.46
25052717--25052798	41	2.0	41	92	0	137	50	2	9	37	1.49
25053174--25053220	14	3.5	14	74	8	53	21	2	0	76	0.89
25054209--25054262	23	2.3	23	84	6	65	35	1	14	48	1.55
25054302--25054416	52	2.2	51	86	4	167	46	6	18	29	1.73
25055303--25055344	11	3.8	11	87	0	66	19	0	30	50	1.48
25055302--25055344	22	2.0	22	95	0	77	20	0	30	48	1.50
25055369--25055500	52	2.5	53	88	2	205	42	8	24	25	1.82
25055369--25055524	52	3.0	52	84	3	190	41	7	24	26	1.82
25062542--25062678	45	3.0	45	92	1	220	45	8	18	27	1.79
25065348--25065385	2	19.0	2	88	0	58	55	0	0	44	0.99
25065392--25065430	2	20.5	2	89	10	64	48	0	51	0	1.00
25065392--25065430	15	2.6	15	95	0	69	48	0	51	0	1.00
25065392--25065431	13	3.1	13	96	0	71	47	0	52	0	1.00
25067000--25067053	23	2.4	23	84	6	67	53	12	7	25	1.65
25067016--25067061	23	2.0	23	100	0	92	43	17	13	26	1.85
25071979--25072013	12	2.8	12	91	4	52	51	0	0	48	1.00
25072077--25072119	2	22.5	2	86	9	63	51	2	0	46	1.13
25072075--25072119	18	2.7	16	90	10	72	51	2	0	46	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25076089--25076152	31	2.1	31	84	0	83	42	9	1	46	1.45
25076455--25076501	24	2.0	24	83	8	60	57	0	2	40	1.11
25076505--25076608	52	2.1	48	83	13	133	37	6	6	49	1.56
25077151--25077194	11	3.7	11	83	16	61	43	0	0	56	0.99
25077143--25077203	25	2.4	25	97	0	113	45	0	0	54	1.00
25077146--25077222	25	3.1	24	78	10	75	45	0	0	54	0.99
25083220--25083266	16	2.8	16	76	20	51	40	0	0	59	0.97
25083220--25083265	17	2.7	17	78	18	51	39	0	0	60	0.97
25090557--25090581	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
25098474--25098508	16	2.1	16	89	5	52	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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