genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.118.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   

This is table  118  of  160  ( 19195 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22108094--22108225	66	2.0	64	83	13	164	78	2	0	18	0.90
22108089--22108242	75	2.0	78	88	7	235	76	3	0	18	0.98
22108086--22108260	24	7.7	23	71	14	93	76	3	1	18	0.99
22108084--22108269	75	2.5	75	79	12	220	77	3	1	17	0.98
22108594--22108711	26	4.7	25	71	16	84	61	2	5	29	1.33
22108603--22108638	3	11.3	3	88	11	54	66	0	2	30	1.06
22108577--22108638	20	3.1	20	84	13	67	62	1	4	30	1.25
22108613--22108711	40	2.4	43	77	13	100	61	3	6	29	1.35
22109269--22109461	62	3.3	58	84	10	266	38	13	5	41	1.67
22109525--22109596	6	11.8	6	76	16	60	81	1	4	12	0.89
22109508--22109597	27	3.4	27	77	8	87	80	1	5	13	0.95
22109483--22109597	26	4.4	25	73	15	83	79	1	6	13	1.00
22109525--22109616	24	4.0	23	77	13	66	78	3	3	15	1.01
22109620--22109649	9	3.3	9	95	0	51	73	0	0	26	0.84
22110171--22110200	15	2.1	15	93	6	53	60	13	6	20	1.55
22110642--22110682	15	2.7	16	85	7	59	70	2	2	24	1.11
22110654--22110780	48	2.6	51	81	15	137	77	1	2	18	0.96
22110672--22110780	24	4.6	22	77	18	96	78	0	1	18	0.89
22113025--22113501	240	2.0	240	94	1	841	32	14	20	32	1.93
22117266--22117301	18	2.1	17	89	5	54	77	0	19	2	0.88
22126531--22126570	19	2.1	19	95	0	71	32	12	22	32	1.91
22127383--22127466	33	2.5	33	86	0	105	33	23	8	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22127391--22127478	33	2.8	32	81	6	99	31	21	10	36	1.87
22129455--22129485	16	2.0	16	93	6	55	58	6	0	35	1.24
22134055--22134106	21	2.8	18	76	18	52	5	25	0	69	1.10
22134065--22134110	21	2.2	21	88	0	65	4	21	0	73	1.00
22134079--22134115	9	4.3	9	83	10	51	0	21	0	78	0.75
22135131--22135191	22	2.9	21	80	9	61	16	3	9	70	1.27
22136437--22136510	37	2.0	38	86	2	105	27	8	14	50	1.71
22137707--22137821	31	3.8	29	75	13	97	38	1	9	50	1.45
22139807--22139884	34	2.2	36	81	4	88	35	7	15	41	1.76
22140680--22140780	50	2.0	50	92	0	166	30	21	10	36	1.88
22144902--22144947	21	2.2	21	88	7	67	36	21	13	28	1.91
22148313--22148381	35	2.0	35	85	0	93	36	18	11	33	1.87
22148423--22148529	52	2.0	52	81	12	121	40	16	9	33	1.81
22148518--22148730	62	3.4	60	74	12	178	33	12	12	41	1.80
22148470--22148699	64	3.6	62	76	9	223	35	14	12	37	1.85
22148470--22148730	126	2.1	125	86	4	353	33	13	12	40	1.82
22148529--22148730	64	3.2	62	73	9	185	33	12	12	41	1.82
22149976--22150022	25	1.9	25	83	12	62	36	12	19	31	1.89
22150247--22150298	12	4.4	11	75	15	50	3	44	1	50	1.31
22150409--22150561	60	2.5	60	83	6	159	22	1	17	57	1.50
22150436--22150577	60	2.4	58	80	10	171	23	2	18	55	1.53
22150631--22150693	25	2.6	24	80	11	67	20	0	9	69	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22152732--22152815	42	2.0	42	95	0	150	44	8	20	27	1.80
22155279--22155322	3	14.7	3	95	0	79	34	0	31	34	1.58
22155925--22155990	3	22.0	3	84	6	89	39	0	28	31	1.57
22154698--22155975	655	2.0	655	86	2	1789	39	10	19	31	1.85
22158516--22158585	22	3.3	21	76	7	63	24	1	27	47	1.61
22158542--22158585	11	4.1	11	91	2	63	20	0	29	50	1.49
22160429--22160457	6	4.8	6	100	0	58	13	0	0	86	0.58
22160473--22160923	62	7.2	59	72	14	291	48	6	10	34	1.63
22160594--22160632	14	2.6	15	84	12	53	64	2	0	33	1.08
22160536--22160678	72	1.9	74	84	5	191	50	4	9	35	1.55
22160554--22160697	72	2.0	73	83	4	184	50	4	9	36	1.56
22160627--22160970	59	5.7	60	74	10	256	47	6	12	33	1.68
22160615--22160965	180	2.0	179	84	7	471	47	6	11	33	1.66
22160690--22160907	120	1.8	120	79	7	255	46	6	12	34	1.68
22165589--22165637	15	3.5	15	81	16	68	36	40	8	14	1.75
22165595--22165639	12	3.3	13	82	17	56	35	44	8	11	1.71
22168506--22168547	22	1.9	22	90	0	66	83	0	7	9	0.81
22169551--22169773	45	5.0	45	84	5	265	29	11	18	40	1.85
22169551--22169780	89	2.6	89	84	4	277	28	10	18	42	1.84
22169995--22170084	4	22.0	4	73	22	64	24	1	5	68	1.17
22170008--22170044	9	3.8	10	83	16	51	27	0	2	70	1.01
22170005--22170058	15	3.8	15	83	11	53	24	0	3	72	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22170005--22170089	32	2.7	31	77	15	93	24	1	3	70	1.10
22170978--22171025	6	7.3	6	78	17	51	16	2	2	79	0.93
22171066--22171400	59	5.5	58	71	16	212	46	7	12	32	1.71
22172907--22172964	20	2.7	22	71	10	57	31	22	27	18	1.97
22176154--22176258	30	3.5	30	70	11	81	45	2	16	35	1.62
22179115--22179238	62	2.0	62	95	0	221	34	19	12	33	1.89
22189791--22189843	22	2.4	23	84	6	65	77	0	9	13	0.99
22195694--22195749	20	2.5	24	83	11	66	30	17	19	32	1.95
22196000--22196254	44	5.7	45	74	7	205	36	9	15	39	1.79
22196319--22196596	141	2.0	141	94	2	488	32	11	15	41	1.83
22196671--22196714	17	2.6	17	81	0	61	36	11	9	43	1.72
22196718--22196754	18	2.0	19	89	5	58	43	10	10	35	1.75
22196773--22196806	17	1.9	18	88	5	52	38	17	11	32	1.86
22196816--22196858	18	2.4	18	88	0	59	34	23	9	32	1.87
22197043--22197089	23	2.1	22	84	4	58	29	12	14	42	1.83
22199089--22199147	26	2.4	23	70	20	57	57	3	0	38	1.15
22199090--22199142	26	2.0	26	85	7	70	58	3	0	37	1.16
22200916--22200956	19	2.2	19	86	0	55	48	7	4	39	1.52
22206138--22206178	13	3.2	13	82	0	55	43	7	0	48	1.30
22207708--22207735	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22209238--22209288	25	2.0	25	92	0	84	47	15	7	29	1.74
22210346--22210395	20	2.5	20	93	6	84	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22213907--22213980	34	2.2	34	80	4	87	36	10	8	44	1.69
22218104--22218510	204	2.0	204	99	0	796	33	14	19	31	1.92
22226146--22226227	36	2.3	36	83	8	96	51	10	9	28	1.69
22227827--22227867	20	2.0	20	85	0	55	39	0	41	19	1.52
22230575--22230613	17	2.3	17	86	0	51	17	23	0	58	1.38
22230569--22230617	23	2.1	23	85	7	64	18	20	0	61	1.35
22236976--22237006	14	2.2	14	94	0	53	51	3	0	45	1.17
22237940--22238026	23	3.6	23	67	27	72	64	8	4	22	1.39
22237927--22238027	50	2.0	50	88	5	150	64	7	3	23	1.38
22239371--22239428	28	2.1	28	83	6	73	25	1	5	67	1.21
22249614--22249657	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
22253491--22253534	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
22256367--22256652	145	2.0	145	97	0	536	17	19	26	36	1.94
22258310--22258353	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
22262287--22262329	22	2.0	22	90	0	68	41	11	13	32	1.81
22264727--22264760	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
22265028--22265063	1	36.0	1	100	0	72	0	0	0	100	0.00
22282289--22282323	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
22283892--22283937	18	2.4	19	79	13	51	63	2	0	34	1.07
22284328--22284375	25	2.0	24	84	15	64	35	6	12	45	1.67
22285056--22285147	13	6.9	14	73	19	81	56	2	0	41	1.11
22285080--22285211	23	5.6	23	73	18	94	56	1	1	40	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22285163--22285213	8	6.6	8	77	8	61	58	1	0	39	1.09
22285059--22285188	15	9.3	15	71	21	86	56	1	1	40	1.18
22285154--22285226	23	3.2	23	84	3	67	61	1	2	34	1.19
22285298--22285363	15	4.5	16	70	24	56	48	1	0	50	1.10
22285262--22285330	36	1.9	36	82	11	88	47	0	0	52	1.00
22285308--22285373	26	2.6	26	90	4	100	50	1	0	48	1.10
22285487--22285513	14	1.9	14	100	0	54	44	11	0	44	1.39
22286749--22286786	20	1.9	20	94	0	67	42	5	2	50	1.39
22287700--22287753	22	2.5	21	82	8	72	25	5	1	66	1.23
22290342--22290370	11	2.6	11	100	0	58	27	0	0	72	0.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160