genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8012671--8012759	43	2.0	44	82	6	110	28	6	24	40	1.80
8013198--8013360	18	9.5	18	71	14	94	38	11	14	36	1.81
8013198--8013440	18	13.9	18	71	8	81	40	12	14	32	1.84
8013530--8013617	36	2.4	36	84	0	113	46	11	7	34	1.69
8013664--8013704	21	1.9	22	85	5	57	63	7	2	26	1.33
8022396--8022428	16	2.1	16	100	0	66	30	6	0	63	1.18
8023369--8023632	21	12.9	21	76	9	233	46	1	4	47	1.31
8023445--8023581	7	20.4	7	68	20	62	50	0	3	45	1.24
8023581--8023664	11	7.8	11	71	10	66	40	0	4	54	1.21
8023624--8023669	20	2.3	20	88	0	65	41	0	0	58	0.98
8023690--8023800	11	10.3	11	65	18	54	36	3	3	56	1.34
8023801--8023826	11	2.4	11	100	0	52	57	7	0	34	1.27
8023774--8023910	18	7.2	18	68	16	71	41	2	4	51	1.37
8024176--8024241	32	2.0	34	85	8	91	46	3	0	50	1.16
8026176--8026205	13	2.3	13	94	0	51	90	0	0	10	0.47
8026176--8026207	7	4.9	7	88	11	50	87	0	0	12	0.54
8026155--8026289	69	2.0	69	93	0	234	62	8	1	26	1.33
8026187--8026254	29	2.4	29	76	16	79	66	8	1	23	1.28
8026618--8026660	22	2.0	22	85	0	59	41	0	9	48	1.35
8029366--8029413	24	2.0	24	84	8	62	39	4	14	41	1.65
8032170--8032236	24	2.8	24	84	8	82	62	0	0	37	0.95
8032171--8032259	12	7.5	12	69	14	60	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8032195--8032259	22	2.9	22	82	13	62	69	0	0	30	0.89
8033765--8034259	246	2.0	246	94	1	859	30	12	20	37	1.89
8036626--8036650	12	2.1	12	100	0	50	8	24	16	52	1.70
8039106--8039162	22	2.7	23	82	17	70	56	0	0	43	0.99
8039139--8039317	86	2.1	83	86	9	245	45	1	2	50	1.24
8044793--8044853	30	2.0	30	96	0	113	39	13	8	39	1.74
8050499--8050528	14	2.1	14	93	0	51	80	0	0	20	0.72
8051647--8051694	20	2.3	21	85	3	62	62	0	16	20	1.33
8051847--8051889	16	2.8	16	85	3	61	55	0	0	44	0.99
8052431--8052464	17	2.0	17	100	0	68	58	0	5	35	1.22
8054188--8054246	30	2.0	30	89	0	91	45	3	1	49	1.28
8055102--8055132	16	1.9	16	93	0	53	83	3	0	12	0.75
8062273--8062313	20	2.0	20	86	9	57	41	0	0	58	0.98
8074183--8074215	15	2.3	15	89	5	50	6	3	18	72	1.18
8075749--8076124	196	1.9	199	86	4	546	42	10	9	38	1.71
8076288--8076330	21	2.0	22	86	13	63	44	0	0	55	0.99
8091174--8091217	16	2.7	16	78	3	52	52	27	2	18	1.57
8091192--8091264	23	3.1	25	84	7	82	46	28	4	20	1.69
8091165--8091259	40	2.4	40	77	10	97	47	31	2	18	1.61
8091491--8091535	18	2.4	20	85	10	60	37	40	2	20	1.65
8093488--8093526	17	2.3	17	86	0	51	43	5	0	51	1.24
8093500--8093531	17	1.9	17	93	6	57	40	6	0	53	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8094511--8094549	11	3.5	11	82	6	51	10	2	2	84	0.81
8094506--8094550	23	2.0	23	87	8	67	13	2	6	77	1.05
8094966--8095051	44	2.0	44	81	4	102	39	11	15	33	1.83
8095030--8095456	49	8.7	49	76	11	365	40	18	12	27	1.87
8095116--8095458	92	3.5	95	83	6	361	39	19	12	28	1.89
8097684--8097737	23	2.3	23	81	6	65	55	7	1	35	1.39
8097684--8097732	22	2.1	24	85	7	66	51	8	2	38	1.43
8098755--8098810	17	3.2	16	77	20	58	7	3	10	78	1.06
8098781--8098852	34	2.1	34	82	5	83	15	2	9	72	1.22
8098767--8098822	24	2.4	24	79	8	62	10	1	12	75	1.14
8099359--8099532	35	4.9	36	72	8	124	45	14	21	18	1.85
8099471--8100128	35	18.4	37	71	14	316	42	12	24	21	1.87
8099276--8100128	73	11.9	73	87	3	1114	42	13	23	20	1.88
8099276--8100120	357	2.4	357	88	2	1239	41	13	23	20	1.88
8101144--8101187	13	3.2	13	81	12	52	6	2	4	86	0.77
8112908--8112961	23	2.3	23	81	6	65	55	7	1	35	1.39
8112908--8112956	22	2.1	24	85	7	66	51	8	2	38	1.43
8113976--8114032	24	2.3	25	80	14	66	10	1	12	75	1.12
8126124--8126158	10	3.5	10	92	0	61	85	0	14	0	0.59
8128771--8128805	17	2.0	18	88	5	54	51	0	2	45	1.16
8129325--8129378	17	3.0	18	81	13	67	31	3	0	64	1.11
8130651--8130692	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8130929--8130973	20	2.2	20	80	0	54	48	11	17	22	1.78
8130955--8131053	45	2.2	45	94	0	171	48	17	21	13	1.80
8131014--8131076	31	2.0	31	87	0	90	42	22	25	9	1.83
8130969--8131112	72	1.9	75	90	5	231	45	19	22	11	1.83
8130949--8131156	117	1.8	113	87	4	308	46	17	22	13	1.83
8131044--8131112	21	3.3	21	65	4	59	44	20	23	11	1.83
8131048--8131160	41	2.8	41	88	0	172	46	17	23	12	1.82
8132314--8132375	22	2.9	20	76	21	63	4	1	14	79	0.98
8132314--8132402	42	2.1	41	81	8	99	7	3	12	76	1.12
8132413--8132454	16	2.6	16	81	11	50	19	2	0	78	0.86
8132413--8132449	8	4.8	8	90	9	51	18	0	0	81	0.70
8132683--8132908	50	4.5	49	75	7	184	39	13	12	34	1.82
8133814--8133880	24	2.8	24	76	13	66	8	10	4	76	1.15
8145810--8145840	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
8146000--8146029	13	2.3	13	94	0	51	60	6	16	16	1.56
8146014--8146079	32	2.1	32	85	2	89	54	13	19	12	1.70
8146073--8146137	20	3.2	20	63	8	51	50	13	20	15	1.77
8146046--8146166	40	3.0	40	95	1	206	51	14	20	13	1.76
8149926--8149950	12	2.1	12	100	0	50	44	16	16	24	1.86
8150410--8150469	6	9.8	6	79	13	61	0	1	16	81	0.77
8150410--8150469	21	2.9	19	80	14	66	0	1	16	81	0.77
8150551--8151595	68	15.5	67	76	6	604	50	11	20	17	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8150593--8151594	34	29.7	34	67	14	196	50	10	21	17	1.77
8150574--8151606	135	7.7	135	78	5	856	50	11	20	17	1.77
8150735--8151596	34	25.4	34	71	8	511	51	11	19	17	1.75
8150735--8151607	68	12.9	68	77	7	691	51	10	19	17	1.75
8151589--8151664	29	2.7	28	75	4	71	52	9	17	21	1.71
8151765--8151831	34	2.0	34	87	0	98	47	13	19	19	1.82
8162964--8162993	11	2.7	11	94	0	51	33	10	33	23	1.88
8163008--8163042	16	2.2	16	94	0	61	54	14	0	31	1.40
8168717--8168813	42	2.3	41	78	1	104	38	22	5	34	1.77
8168868--8169093	98	2.3	100	85	3	307	41	19	8	30	1.81
8168936--8169119	98	1.9	99	85	6	259	42	19	7	30	1.79
8169084--8169313	128	1.8	125	80	2	280	36	19	10	33	1.87
8169228--8169308	40	2.0	41	88	7	121	37	19	9	33	1.85
8169738--8169872	22	6.1	22	78	2	119	35	21	19	23	1.96
8169813--8169882	23	3.2	23	90	6	101	38	18	15	27	1.91
8169963--8170122	35	4.5	37	75	15	142	16	16	14	53	1.74
8169978--8170122	36	4.1	36	78	10	165	17	16	15	51	1.77
8169925--8170122	106	1.9	107	84	3	274	17	16	13	53	1.74
8169922--8170150	106	2.2	105	78	6	246	17	16	13	53	1.73
8170143--8170194	25	2.1	25	96	0	95	13	3	11	71	1.28
8170169--8170549	36	10.8	36	70	6	213	16	13	14	55	1.69
8170172--8170533	71	5.1	71	72	5	277	15	13	14	55	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8170171--8170432	140	1.9	141	83	4	350	16	13	14	55	1.69
8170170--8170535	140	2.6	141	78	7	339	15	13	14	56	1.69
8170952--8171352	145	2.8	145	82	3	441	31	14	11	41	1.82
8179464--8179502	19	1.9	20	85	15	53	66	5	2	25	1.25
8179554--8179657	49	2.1	49	80	3	120	58	6	3	30	1.42
8180546--8180591	20	2.3	21	82	17	62	45	8	6	39	1.61
8181603--8181634	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
8184115--8184165	25	2.0	25	100	0	102	31	7	15	45	1.75
8184172--8184205	17	2.0	17	88	11	52	17	11	23	47	1.81
8200930--8200958	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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