genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.101.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  101  of  160  ( 19195 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19119683--19119717	17	2.1	17	88	0	52	22	25	34	17	1.96
19119691--19119733	17	2.5	17	92	0	68	20	30	34	13	1.92
19120416--19120505	23	3.8	23	77	11	67	20	3	1	75	1.01
19125278--19125357	31	2.6	31	80	5	81	77	3	13	5	1.07
19126991--19127171	60	3.0	60	76	7	179	22	27	13	36	1.92
19127582--19127671	46	2.0	46	93	0	153	27	7	21	43	1.80
19128847--19128893	4	12.0	4	78	13	53	25	2	0	72	0.96
19130915--19130975	3	20.3	3	100	0	122	67	0	0	32	0.91
19132413--19132465	23	2.3	23	80	3	63	45	24	5	24	1.75
19132453--19132547	15	6.3	15	73	6	66	46	24	4	25	1.70
19132431--19132531	30	3.3	29	75	14	89	46	24	4	23	1.72
19133891--19133917	6	4.5	6	100	0	54	51	48	0	0	1.00
19136162--19136205	15	3.0	15	81	15	56	79	13	6	0	0.92
19136451--19136504	20	2.6	21	82	8	58	77	1	7	12	1.05
19137389--19137681	155	1.9	155	89	0	451	38	11	19	30	1.87
19139302--19139350	16	3.1	16	85	5	64	81	0	14	4	0.83
19140809--19140872	26	2.4	27	76	10	69	40	10	15	32	1.82
19141089--19141133	23	2.0	23	86	8	65	48	4	22	24	1.68
19141252--19141361	39	2.8	38	76	16	116	40	9	12	38	1.75
19141252--19141397	79	1.8	79	84	8	199	39	11	10	38	1.77
19141191--19141426	40	5.9	40	73	13	164	37	13	11	37	1.81
19141522--19141567	11	4.2	11	81	16	51	78	0	17	4	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19141750--19141826	32	2.4	32	80	8	95	33	14	20	31	1.93
19141717--19141835	33	3.7	32	78	8	109	32	15	19	31	1.93
19141922--19142226	46	6.7	45	81	4	310	31	9	14	44	1.77
19141928--19142268	137	2.5	137	83	4	427	32	9	15	43	1.78
19141935--19142268	46	7.3	46	77	8	209	32	9	14	43	1.78
19142294--19142384	37	2.4	36	78	14	87	73	7	4	14	1.21
19144788--19144892	15	6.9	15	74	4	68	46	27	1	23	1.63
19147189--19147601	145	2.8	144	84	3	490	34	13	10	41	1.79
19148896--19148948	18	2.9	18	78	10	72	35	16	7	39	1.78
19150175--19150200	10	2.6	10	100	0	52	46	0	0	53	1.00
19151501--19151589	30	3.0	30	88	0	133	33	21	13	31	1.92
19152479--19152844	182	2.0	182	98	0	705	29	29	7	33	1.85
19156109--19156142	18	1.9	17	94	5	59	88	11	0	0	0.52
19156110--19156148	1	39.0	1	89	0	51	92	7	0	0	0.39
19156144--19156193	15	3.2	16	81	10	59	70	0	20	10	1.16
19156161--19156208	20	2.3	20	92	3	78	68	0	20	10	1.18
19157356--19157460	34	3.1	34	77	2	104	35	18	11	35	1.86
19157660--19158136	34	14.2	34	66	16	138	32	16	14	36	1.89
19157796--19157935	68	2.1	68	84	2	183	32	16	13	37	1.88
19157960--19158046	32	2.6	33	80	5	104	33	13	13	39	1.85
19157796--19158250	34	13.4	33	67	12	162	32	17	13	36	1.89
19159096--19159438	105	3.3	105	82	1	391	33	13	16	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19159423--19159557	37	3.6	37	79	7	155	25	14	20	39	1.90
19159422--19159583	37	4.3	38	75	6	132	27	14	20	37	1.92
19159424--19159578	77	2.0	77	82	3	188	25	14	21	38	1.91
19160040--19160435	144	2.7	143	84	6	505	32	14	11	41	1.81
19160857--19160899	13	3.3	13	96	0	77	72	0	27	0	0.85
19160857--19160899	6	6.6	7	87	12	65	72	0	27	0	0.85
19160861--19160901	19	2.2	19	91	8	66	70	0	29	0	0.87
19162509--19162576	34	2.0	34	100	0	136	44	17	11	26	1.83
19165058--19165102	17	2.6	17	82	0	54	24	8	33	33	1.86
19170413--19170538	7	17.4	7	72	9	83	19	0	31	47	1.55
19170433--19170531	15	6.7	15	73	9	71	20	0	31	48	1.50
19172542--19172587	20	2.3	20	85	7	58	26	13	17	43	1.85
19172817--19172850	15	2.4	14	85	9	50	0	0	26	73	0.83
19172907--19173109	49	4.1	49	80	8	200	38	13	10	36	1.80
19172912--19173105	48	4.0	47	78	13	187	40	13	11	34	1.81
19172941--19173117	98	1.8	98	81	9	227	40	13	10	36	1.79
19174433--19174463	16	2.0	15	93	6	53	0	9	0	90	0.46
19184511--19184569	20	3.0	20	77	5	57	30	13	10	45	1.76
19184860--19184944	6	13.8	6	79	17	86	1	1	14	83	0.77
19184853--19184947	31	3.1	30	77	18	106	3	2	12	82	0.89
19185095--19185279	35	5.2	35	72	8	99	55	15	13	16	1.70
19185198--19185496	36	8.4	35	68	12	117	53	12	16	17	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19201005--19201102	46	2.1	46	98	0	187	32	21	20	25	1.97
19202169--19202241	36	2.0	36	89	5	112	27	23	17	31	1.97
19207905--19208078	66	2.6	65	80	8	181	36	6	5	51	1.53
19207927--19208113	69	2.8	68	78	8	186	35	6	6	51	1.53
19209151--19209191	18	2.2	20	82	8	50	58	2	0	39	1.11
19211441--19211471	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
19211500--19211550	3	17.0	3	95	0	93	31	1	0	66	1.03
19221127--19221195	32	2.2	32	86	0	93	46	15	17	20	1.84
19221772--19221857	42	2.0	42	93	0	145	46	20	3	29	1.67
19224084--19224166	14	5.7	14	81	7	76	20	0	27	51	1.47
19224084--19224166	15	5.7	14	82	4	85	20	0	27	51	1.47
19225313--19225465	68	2.2	68	84	6	195	35	7	12	45	1.70
19236100--19236147	21	2.3	20	79	13	53	43	0	16	39	1.48
19245945--19245978	15	2.2	16	89	5	52	11	5	2	79	1.02
19252179--19252262	35	2.4	34	80	11	89	33	5	0	60	1.21
19252258--19252322	3	20.7	3	73	14	51	26	4	0	69	1.08
19252259--19252308	20	2.5	20	90	3	75	30	6	0	64	1.18
19253118--19253175	12	5.3	11	78	17	59	31	1	0	67	1.01
19253202--19253249	13	3.6	13	83	10	62	16	6	0	77	0.97
19253206--19253250	14	3.3	14	87	3	56	15	6	0	77	0.96
19253265--19253426	58	2.7	59	88	1	236	40	6	12	40	1.69
19263893--19263935	13	3.6	12	79	20	54	76	0	13	9	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19264965--19265059	41	2.3	40	85	7	129	24	16	17	41	1.90
19264965--19265059	40	2.3	41	87	5	131	24	16	17	41	1.90
19265055--19265481	45	9.9	45	75	12	287	24	12	18	43	1.85
19265030--19265406	86	4.4	85	81	6	370	24	13	18	43	1.86
19265092--19265405	131	2.4	129	80	10	336	24	11	17	46	1.81
19265055--19265482	176	2.5	172	79	8	440	24	12	18	43	1.85
19265030--19265477	86	5.2	87	80	9	359	25	13	18	42	1.87
19265030--19265477	42	10.4	45	77	9	348	25	13	18	42	1.87
19265705--19265755	22	2.4	21	84	12	68	37	3	0	58	1.16
19265766--19265833	3	21.7	3	77	14	66	27	4	0	67	1.09
19265762--19265833	29	2.6	28	86	6	110	27	4	0	68	1.08
19266766--19266926	59	2.7	59	87	7	247	43	6	11	38	1.67
19266980--19267021	21	2.0	21	90	0	66	4	9	4	80	0.99
19268494--19268877	202	1.9	203	87	3	569	28	15	12	42	1.84
19282399--19282484	33	2.6	33	77	3	93	50	2	4	43	1.36
19284316--19284354	12	3.2	12	88	0	60	33	0	15	51	1.44
19284324--19284354	4	7.8	4	92	0	53	29	0	19	51	1.47
19286302--19286350	16	3.1	16	93	0	80	53	0	0	46	1.00
19291022--19291284	133	2.0	133	93	0	445	31	17	11	39	1.84
19291515--19291552	19	2.1	18	85	14	51	68	5	10	15	1.36
19294116--19294168	23	2.3	23	81	15	65	22	18	7	50	1.72
19305988--19306051	29	2.2	29	83	5	76	40	1	6	51	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19306521--19306574	22	2.4	22	90	3	81	31	1	3	62	1.23
19318281--19318342	31	2.0	31	100	0	124	48	19	3	29	1.64
19318369--19318445	23	3.5	22	85	7	93	45	9	7	37	1.65
19319014--19319115	51	2.0	51	86	3	143	31	27	7	33	1.85
19320637--19320678	12	3.1	14	77	22	54	30	0	0	69	0.89
19326457--19326505	23	2.1	23	85	7	64	20	10	8	61	1.53
19326910--19326974	32	2.0	32	90	0	103	33	9	0	56	1.31
19330460--19330501	19	2.2	19	87	8	59	26	11	11	50	1.74
19331109--19331161	23	2.3	23	80	0	61	28	11	3	56	1.51
19331597--19331638	21	2.0	21	85	0	57	38	23	7	30	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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