genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.119.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22290643--22290706	25	2.6	24	82	7	74	70	4	4	20	1.24
22290643--22290694	25	2.1	25	88	0	77	71	5	3	19	1.22
22291202--22291253	21	2.5	21	81	3	61	51	30	3	13	1.58
22291202--22291260	20	2.9	20	75	9	57	50	30	3	15	1.60
22291622--22291752	3	45.0	3	67	17	71	61	5	0	32	1.23
22291635--22291706	5	14.2	5	74	18	51	59	5	0	34	1.21
22293920--22294006	17	4.9	18	72	12	74	2	16	3	78	0.99
22293925--22293958	12	2.9	12	86	4	52	0	17	0	82	0.67
22293954--22294017	33	2.0	32	84	9	85	6	14	4	75	1.17
22294294--22294330	16	2.3	16	95	0	65	10	0	2	86	0.67
22299800--22299900	18	5.4	18	73	13	64	48	11	4	34	1.62
22299945--22300006	24	2.6	24	87	7	90	53	11	3	32	1.53
22300081--22300149	32	2.1	33	84	10	88	53	10	7	28	1.61
22300126--22300215	22	4.2	20	69	17	65	57	6	3	32	1.41
22300113--22300203	43	2.1	42	90	4	146	57	5	4	32	1.42
22300155--22300259	53	1.9	56	88	5	162	53	9	3	33	1.51
22300231--22300291	31	2.0	31	90	0	95	52	13	6	27	1.64
22300101--22300279	96	1.8	98	82	9	233	53	9	5	31	1.55
22301495--22301597	45	2.3	44	76	3	107	34	15	16	33	1.90
22304168--22304231	18	3.7	17	74	17	60	60	1	0	37	1.06
22304924--22304949	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22309540--22309573	2	17.0	2	93	0	59	47	2	0	50	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22311797--22311853	15	3.7	15	72	22	55	77	8	3	10	1.11
22311797--22311852	23	2.5	21	81	16	67	76	8	3	10	1.12
22312179--22312217	10	3.8	10	89	3	60	46	0	0	53	1.00
22312177--22312217	20	2.0	21	95	4	75	46	0	0	53	1.00
22314180--22314268	45	2.0	44	97	2	169	20	21	17	40	1.92
22320633--22320674	2	21.0	2	87	0	57	42	0	2	54	1.13
22327442--22327560	51	2.3	51	78	8	125	36	10	10	42	1.74
22328769--22328810	18	2.3	18	80	8	50	2	14	9	73	1.18
22341146--22341181	19	1.9	19	88	5	56	36	0	0	63	0.94
22351337--22352495	392	3.0	389	85	3	1450	31	19	13	35	1.90
22355689--22355734	22	2.1	22	84	8	58	65	2	2	30	1.16
22355700--22355752	26	2.0	26	82	13	65	64	0	1	33	1.05
22357425--22357469	11	3.9	11	86	11	63	6	15	0	77	0.96
22365043--22365260	106	2.1	106	81	13	265	50	3	10	35	1.55
22365251--22365283	15	2.3	15	89	5	50	66	6	0	27	1.15
22365213--22365457	71	3.5	71	78	10	231	46	4	13	35	1.63
22369324--22369416	7	14.0	7	77	13	90	81	1	16	1	0.80
22369339--22369455	8	13.3	9	71	21	63	80	0	14	4	0.91
22369339--22369419	26	3.2	24	81	13	92	83	1	13	1	0.76
22369325--22369416	32	2.9	30	84	11	103	82	1	15	1	0.78
22369324--22369415	39	2.3	40	83	10	127	81	1	16	1	0.81
22369385--22369453	15	4.9	13	74	20	50	78	0	15	5	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22370643--22370887	25	10.6	25	68	17	134	40	10	13	35	1.78
22370643--22370890	46	5.4	46	74	13	174	40	10	14	35	1.79
22370771--22370839	22	3.0	23	85	10	95	39	11	13	36	1.80
22370687--22370886	89	2.2	92	83	8	246	40	10	13	36	1.78
22371008--22371048	21	2.0	21	90	0	64	34	9	19	36	1.85
22370870--22371059	79	2.4	79	86	1	256	36	11	17	34	1.86
22371217--22371273	23	2.5	23	82	0	60	38	8	17	35	1.81
22371444--22371569	41	3.1	41	82	4	139	23	11	21	43	1.84
22372889--22373096	106	2.0	105	84	4	276	44	4	12	37	1.63
22373171--22373205	12	2.8	13	86	4	54	11	5	0	82	0.82
22374442--22374478	19	1.9	19	94	0	65	72	2	2	21	1.09
22376093--22376137	18	2.4	19	85	7	65	55	0	0	44	0.99
22376907--22376959	28	1.9	28	88	3	81	32	0	1	66	1.03
22376992--22377099	30	3.6	30	80	5	121	46	0	12	39	1.49
22378545--22378630	42	2.0	42	82	10	104	40	1	12	45	1.50
22381261--22381408	3	52.0	3	74	22	97	35	1	3	59	1.23
22381215--22381397	48	3.6	49	78	13	160	35	2	4	57	1.32
22381777--22381833	20	2.9	19	76	7	60	15	1	29	52	1.53
22382287--22382330	22	2.0	23	90	4	72	18	2	0	79	0.83
22382295--22382348	18	3.2	17	84	7	65	18	3	1	75	1.03
22382289--22382328	13	2.9	14	85	11	55	20	2	0	77	0.88
22382439--22382485	24	2.0	24	95	0	85	53	14	4	27	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22382549--22382589	18	2.2	19	86	8	57	58	9	0	31	1.31
22383435--22383466	15	2.2	15	94	5	57	6	28	0	65	1.16
22386701--22386755	20	2.8	19	72	22	51	67	1	21	9	1.28
22387182--22387432	125	2.0	125	95	0	448	44	7	22	25	1.79
22387732--22388032	120	2.5	121	78	2	302	20	20	11	47	1.80
22387813--22388132	120	2.7	119	78	7	310	21	19	11	47	1.80
22388999--22389142	3	49.3	3	72	18	99	34	3	4	58	1.34
22389989--22390038	11	4.4	11	78	9	55	12	2	2	84	0.80
22389998--22390037	6	6.7	6	86	11	55	12	0	2	85	0.71
22390148--22390194	24	1.9	25	86	4	69	55	10	4	29	1.53
22390251--22390295	17	2.5	19	82	13	60	60	13	0	26	1.34
22391601--22391641	2	21.5	2	90	9	68	51	0	0	48	1.00
22394022--22394148	57	2.2	56	84	4	157	38	10	7	43	1.68
22394165--22394315	76	2.0	76	92	2	250	37	9	6	46	1.64
22394220--22394257	18	2.1	18	100	0	76	34	0	10	55	1.34
22394238--22394364	58	2.2	59	92	2	211	37	11	6	44	1.66
22394381--22394442	11	5.2	12	73	7	56	79	0	8	12	0.94
22394818--22394856	19	2.0	19	85	5	51	28	10	17	43	1.82
22395319--22395534	42	5.3	42	73	19	131	66	0	4	28	1.16
22395314--22395538	17	14.2	16	74	18	140	67	0	4	28	1.15
22395314--22395537	53	4.3	52	73	18	168	66	0	4	28	1.15
22395310--22395536	14	16.5	14	69	23	103	66	0	3	28	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22395429--22395539	7	15.0	7	71	14	53	72	0	0	26	0.97
22395367--22395533	25	7.2	22	70	20	103	67	1	2	28	1.12
22395731--22395819	42	2.1	43	87	2	126	40	17	17	23	1.91
22395799--22395839	20	2.0	20	100	0	82	58	4	12	24	1.53
22395757--22395881	63	2.0	62	92	1	205	45	13	15	25	1.82
22395819--22396045	45	5.1	45	89	1	291	43	18	12	25	1.86
22397112--22397163	12	4.4	12	76	13	54	7	9	0	82	0.84
22397129--22397179	24	2.3	24	87	12	74	11	7	0	80	0.90
22404203--22404232	15	2.1	14	93	6	51	46	6	26	20	1.75
22406786--22406827	22	1.9	22	85	9	59	64	4	7	23	1.38
22407526--22407613	27	3.1	27	64	20	72	39	12	5	42	1.66
22407385--22407653	57	4.7	57	86	4	364	38	12	5	43	1.67
22407385--22407653	115	2.4	114	86	4	364	38	12	5	43	1.67
22407528--22407620	30	3.2	30	62	29	74	43	10	6	39	1.65
22407688--22407732	5	8.8	5	85	9	56	82	0	2	15	0.77
22408598--22408804	33	6.2	35	74	18	135	67	0	4	27	1.13
22408644--22408771	55	2.4	53	77	12	127	66	0	4	28	1.17
22408597--22408806	4	51.8	4	70	17	91	68	0	4	27	1.12
22408726--22408807	17	4.9	16	74	19	71	76	1	1	20	0.92
22408739--22408807	5	14.6	5	75	13	58	78	1	1	18	0.91
22411307--22411371	28	2.4	28	87	7	89	61	0	3	35	1.12
22411331--22411365	16	2.1	16	89	10	52	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22419109--22419133	10	2.5	10	100	0	50	32	24	16	28	1.96
22423080--22423118	17	2.3	17	86	0	51	41	5	0	53	1.23
22429016--22429051	18	2.0	18	100	0	72	33	11	0	55	1.35
22429571--22429612	19	2.3	19	79	4	50	50	21	9	19	1.75
22435869--22436001	4	31.8	4	70	19	60	69	3	2	24	1.17
22435910--22435959	19	2.6	21	84	15	72	64	2	0	34	1.05
22435907--22436047	12	11.9	12	67	22	52	64	3	1	30	1.19
22435905--22435970	25	2.8	25	79	18	70	65	3	0	31	1.08
22435907--22436050	19	7.0	22	66	23	66	64	3	1	30	1.18
22439859--22439886	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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