genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.124.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23106633--23106764	58	2.3	56	78	10	131	46	30	2	21	1.64
23107992--23108033	14	3.0	14	82	6	50	14	2	14	69	1.30
23112943--23112985	14	3.0	15	90	6	63	83	9	4	2	0.87
23114674--23114751	41	1.9	41	89	5	122	35	19	15	29	1.92
23115091--23115298	88	2.4	88	87	0	281	22	19	17	40	1.91
23115359--23115413	22	2.5	23	82	8	69	27	29	16	27	1.97
23115372--23115418	22	2.1	22	92	0	76	25	25	19	29	1.98
23116263--23116320	29	2.0	29	86	3	80	72	12	5	10	1.26
23117715--23117802	15	5.9	15	84	10	94	51	26	2	20	1.59
23117707--23117864	30	5.4	29	74	15	121	50	26	1	20	1.59
23117707--23117803	46	2.2	44	83	10	117	50	28	2	18	1.58
23134826--23134887	31	2.0	31	93	0	106	46	14	17	20	1.83
23134956--23135078	40	3.1	39	77	5	138	45	18	13	22	1.84
23135253--23135308	22	2.5	22	88	5	87	30	23	17	28	1.97
23135384--23135426	22	2.0	22	81	9	52	34	9	18	37	1.83
23135560--23135850	46	6.3	46	84	2	327	36	14	11	37	1.82
23135560--23135848	21	12.7	21	70	16	105	36	14	11	38	1.82
23135698--23135827	25	5.6	25	69	15	98	35	12	13	39	1.82
23137195--23137248	22	2.5	21	85	5	81	7	18	0	74	1.05
23148067--23148092	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
23148092--23148121	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
23150334--23150415	30	2.7	31	83	7	98	52	3	7	36	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23153752--23153804	27	2.0	27	81	3	63	47	0	1	50	1.12
23158622--23158681	24	2.6	23	79	10	68	60	0	3	36	1.14
23161242--23161271	6	4.8	6	92	8	51	50	0	0	50	1.00
23161243--23161269	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
23165683--23165729	11	4.3	11	78	10	51	55	0	0	44	0.99
23169646--23169969	161	2.0	161	83	3	411	41	15	9	33	1.79
23175298--23175396	49	2.0	49	98	0	189	36	15	16	32	1.89
23175654--23175984	179	1.8	179	85	2	459	36	13	11	38	1.82
23180851--23180896	13	3.6	13	76	5	58	19	4	28	47	1.68
23180851--23180916	25	2.7	25	88	2	98	19	6	27	46	1.73
23180851--23180916	12	5.3	12	72	5	60	19	6	27	46	1.73
23185841--23185900	4	14.5	4	76	10	50	70	1	3	25	1.12
23188263--23188302	15	2.6	16	84	4	55	22	7	25	45	1.78
23188362--23188649	30	9.6	29	73	17	203	19	2	31	46	1.63
23188378--23188449	16	4.8	15	69	17	60	15	1	33	50	1.53
23188376--23188540	88	1.9	88	83	5	217	20	3	31	44	1.67
23188512--23188602	37	2.5	35	81	10	101	17	1	34	47	1.55
23188364--23188617	14	17.8	14	65	19	82	18	1	32	46	1.61
23188554--23188645	28	3.2	28	84	7	123	17	2	31	48	1.59
23188554--23188617	7	9.1	7	70	13	51	17	0	34	48	1.47
23188565--23188645	14	5.7	14	77	11	85	16	2	29	51	1.57
23189442--23189474	16	1.9	18	88	11	52	36	33	6	24	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23190392--23190620	43	5.3	43	83	5	250	41	12	14	31	1.83
23190382--23190629	129	1.9	129	85	3	347	42	12	14	31	1.82
23193441--23193750	43	7.2	42	76	10	229	44	14	14	27	1.83
23193463--23193743	87	3.3	85	80	9	295	44	14	14	26	1.83
23193760--23193842	43	1.9	43	82	0	103	40	12	16	30	1.85
23194073--23194237	82	2.0	82	98	0	321	46	16	15	21	1.84
23194541--23194895	146	2.4	145	81	7	391	31	12	12	43	1.79
23200006--23200044	10	4.0	10	83	6	53	46	0	0	53	1.00
23200006--23200043	19	2.0	19	90	10	60	44	0	0	55	0.99
23219499--23219557	20	2.9	20	84	2	73	33	3	11	50	1.56
23219527--23219571	20	2.2	20	88	0	63	31	8	8	51	1.64
23219581--23219894	41	7.7	41	89	2	454	29	5	13	51	1.64
23219581--23219893	162	1.9	163	88	3	470	29	5	13	51	1.64
23219568--23219894	121	2.7	122	86	4	462	29	5	13	51	1.63
23219906--23219973	32	2.2	30	89	5	100	30	2	8	57	1.44
23219946--23219999	19	2.9	18	80	20	67	27	5	11	55	1.57
23224602--23224626	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
23224827--23224862	16	2.2	16	90	0	54	41	0	0	58	0.98
23224865--23224911	24	1.9	25	95	4	87	74	0	0	25	0.82
23224864--23224916	20	2.6	20	80	14	72	75	0	0	24	0.80
23229901--23229968	31	2.2	32	84	7	88	44	2	10	42	1.53
23240178--23240294	16	7.1	16	73	16	87	70	0	14	14	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23240181--23240287	17	6.4	17	77	7	94	71	0	14	14	1.16
23240183--23240276	25	3.8	24	75	22	79	71	0	13	14	1.15
23240183--23240286	41	2.5	41	84	7	122	70	0	14	15	1.18
23240178--23240295	9	14.1	9	73	15	87	71	0	14	14	1.15
23241964--23242058	34	2.8	33	73	9	93	43	12	8	35	1.73
23242127--23242174	18	2.7	18	90	0	69	33	12	12	41	1.80
23245223--23245257	8	4.4	8	92	0	61	42	0	2	54	1.15
23250917--23250953	17	2.1	19	90	10	60	70	5	18	5	1.27
23256256--23256308	3	17.3	3	82	7	54	28	1	3	66	1.20
23256258--23256311	25	2.2	25	83	6	65	27	1	3	66	1.19
23256394--23256427	13	2.6	13	86	13	52	0	11	0	88	0.52
23257151--23257214	5	12.8	5	82	9	51	15	3	4	76	1.08
23257315--23257358	19	2.3	19	96	0	79	59	9	0	31	1.29
23273589--23274073	175	2.8	173	83	4	557	21	21	14	43	1.88
23274352--23274426	3	25.3	3	87	12	111	29	2	0	68	1.04
23274352--23274435	9	10.1	8	87	12	93	27	2	0	70	1.00
23275400--23275440	18	2.3	18	91	4	66	63	4	0	31	1.15
23276862--23276905	17	2.6	17	82	3	54	38	6	6	47	1.57
23276816--23276908	16	5.6	16	71	12	64	31	8	6	53	1.57
23279758--23279782	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
23284845--23284872	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
23286455--23286496	16	2.6	16	85	7	59	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23287163--23288162	372	2.7	369	88	2	1522	19	31	23	25	1.98
23288470--23288505	6	6.0	6	96	0	54	66	5	16	11	1.40
23289221--23289260	19	2.0	20	85	4	55	17	0	12	70	1.18
23289669--23289714	22	2.1	22	84	8	58	34	0	6	58	1.24
23294230--23294286	22	2.5	24	85	8	82	71	5	14	8	1.27
23296718--23296766	3	15.7	3	87	8	71	69	0	2	28	1.00
23296933--23297029	14	7.4	13	72	15	67	54	22	2	20	1.55
23296894--23297008	40	2.9	40	83	3	135	53	20	3	22	1.60
23296893--23297030	26	5.3	25	73	14	100	52	21	2	23	1.60
23296893--23297051	26	6.1	25	72	13	99	52	19	3	24	1.63
23298250--23298297	15	3.1	15	77	16	53	16	2	12	68	1.29
23310631--23310661	9	3.4	9	95	0	53	38	0	0	61	0.96
23310790--23310828	3	13.3	3	94	5	71	30	0	0	69	0.89
23310903--23310961	3	19.7	3	75	6	57	33	1	3	61	1.23
23310926--23310961	15	2.3	16	95	4	65	38	0	0	61	0.96
23312047--23312076	13	2.2	14	94	5	53	36	0	3	60	1.14
23314057--23314088	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
23323872--23323959	18	5.0	17	68	12	61	60	0	0	39	0.97
23333046--23333101	22	2.5	22	85	2	67	51	0	1	46	1.11
23333164--23333196	13	2.4	14	85	5	50	45	3	0	51	1.16
23339442--23339476	18	2.0	18	88	5	54	68	0	2	28	1.04
23340292--23340361	3	24.7	3	77	11	76	61	4	1	32	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23340292--23340343	17	3.2	16	87	12	72	63	1	0	34	1.06
23342679--23342718	15	2.7	15	96	0	71	37	15	15	32	1.88
23345613--23345643	12	2.6	12	94	0	53	32	0	0	67	0.91
23346569--23346629	31	1.9	32	83	9	81	49	24	3	22	1.65
23346615--23346705	23	3.9	23	74	9	85	47	28	1	23	1.59
23346586--23346839	8	32.8	8	66	16	81	46	30	1	21	1.62
23346578--23346839	16	16.8	16	66	15	104	46	30	1	20	1.62
23346666--23346711	9	5.3	9	79	10	51	41	34	0	23	1.55
23346705--23346783	7	10.4	7	73	15	59	44	34	1	20	1.60
23346701--23346860	55	3.0	53	81	7	171	43	33	4	18	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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