genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.128.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  128  of  160  ( 19195 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23963567--23963616	21	2.4	21	93	0	82	54	0	12	34	1.38
23964326--23964368	21	2.2	20	83	8	52	20	0	6	72	1.08
23964334--23964489	79	2.0	79	93	1	269	29	2	11	56	1.48
23964679--23964717	16	2.4	17	86	4	53	79	2	7	10	1.02
23964913--23964963	25	2.0	27	85	11	72	45	1	9	43	1.48
23964913--23964975	26	2.5	24	79	7	63	42	1	14	41	1.55
23976508--23976556	13	3.8	13	81	7	55	83	2	10	4	0.85
23976765--23976797	15	2.2	15	94	0	57	18	30	30	21	1.97
23976833--23976916	6	14.7	6	78	12	72	20	0	2	77	0.88
23976833--23976914	5	15.6	5	77	20	71	19	0	2	78	0.87
23976833--23976915	30	2.9	30	83	13	95	19	0	2	78	0.86
23976833--23976914	18	4.8	17	80	18	82	19	0	2	78	0.87
23978878--23978918	14	3.0	14	76	16	50	21	2	2	73	1.07
23978978--23979208	57	4.1	57	76	10	222	45	7	12	33	1.70
23979008--23979219	112	1.9	111	84	6	288	47	8	13	31	1.71
23979013--23979263	112	2.2	109	80	10	260	45	8	13	32	1.73
23979979--23980015	19	2.0	18	94	5	65	21	0	8	70	1.13
23979987--23980109	39	3.1	39	78	12	108	32	0	5	61	1.19
23981026--23981066	21	1.9	22	85	5	57	26	24	4	43	1.74
23981348--23981382	14	2.5	14	90	0	52	20	22	11	45	1.82
23981536--23981570	14	2.5	14	90	0	52	68	0	11	20	1.20
23981953--23982094	32	4.5	32	81	1	160	39	21	18	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23981953--23982078	63	2.0	63	84	0	162	40	19	18	22	1.91
23982098--23982152	22	2.5	22	93	0	92	40	16	9	34	1.80
23982098--23982170	22	3.3	22	88	3	76	35	20	9	34	1.85
23982781--23982843	19	3.4	18	82	10	65	68	1	0	30	0.99
23986241--23986289	25	2.0	25	83	0	62	8	6	4	81	0.97
23986266--23986291	7	3.7	7	100	0	52	15	0	0	84	0.62
23986805--23986837	7	4.7	7	100	0	66	12	12	0	75	1.04
23986795--23986839	14	2.9	16	83	16	67	13	11	0	75	1.05
23989270--23989356	34	2.6	34	83	5	106	41	9	9	40	1.69
23997648--23997685	20	1.9	20	84	10	51	31	21	13	34	1.91
23999058--23999219	59	2.7	60	78	5	202	58	16	2	22	1.50
23999228--23999257	13	2.4	13	94	5	53	63	23	0	13	1.29
24001382--24001433	14	3.6	15	84	7	63	13	0	32	53	1.40
24001478--24001502	13	1.9	13	100	0	50	24	0	24	52	1.48
24001827--24001880	23	2.3	24	81	15	69	53	1	0	44	1.11
24002849--24002894	20	2.3	20	82	10	58	8	10	2	78	1.05
24003182--24003288	36	3.0	36	70	10	94	48	14	14	21	1.80
24003266--24004074	109	7.5	109	77	5	665	38	16	19	25	1.92
24003266--24004107	218	3.9	219	80	4	802	38	16	19	25	1.92
24004031--24004272	87	2.8	88	81	3	285	40	17	18	24	1.91
24004261--24004402	73	1.9	73	86	0	203	36	16	18	28	1.93
24004334--24004869	109	4.9	109	81	0	579	38	17	19	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24004825--24004903	37	2.2	37	93	2	133	53	20	12	13	1.72
24004716--24005014	146	2.1	145	85	3	397	40	20	19	19	1.92
24005308--24005393	41	2.1	41	88	0	127	33	10	17	38	1.84
24007232--24007282	19	2.7	18	85	8	66	9	3	1	84	0.83
24007224--24007271	25	1.9	25	95	0	87	8	6	2	83	0.88
24013973--24014040	14	4.8	14	85	7	57	16	1	32	50	1.54
24013990--24014042	14	3.7	14	87	5	79	16	0	39	43	1.49
24014045--24014086	21	2.0	21	85	0	57	23	0	21	54	1.44
24014223--24014251	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
24015381--24015450	20	3.2	20	71	21	68	18	4	47	30	1.68
24015360--24015460	46	2.2	46	98	0	193	16	5	50	26	1.68
24015549--24015588	3	13.7	3	94	5	73	32	0	0	67	0.91
24016850--24016896	2	26.0	2	76	20	50	48	0	0	51	1.00
24017933--24018178	128	1.9	129	81	4	300	41	10	4	43	1.60
24028196--24028367	85	2.0	85	98	0	335	36	20	9	33	1.85
24030577--24030666	12	7.5	12	75	19	64	74	1	0	24	0.89
24030577--24030667	13	7.1	13	75	15	82	73	1	0	25	0.90
24030579--24030664	25	3.4	24	78	13	93	74	1	0	24	0.89
24030598--24030665	19	3.7	19	84	13	97	73	0	0	26	0.83
24034084--24034130	23	2.0	23	95	0	85	23	17	6	53	1.66
24039535--24039565	16	1.9	16	100	0	62	25	0	22	51	1.48
24045444--24045496	3	17.7	3	100	0	106	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24045559--24045690	66	2.0	65	83	7	167	51	6	6	35	1.53
24045653--24045761	54	2.0	54	82	12	134	52	7	10	30	1.62
24047252--24047405	81	1.9	81	90	0	245	37	18	21	22	1.94
24049802--24049898	10	9.9	10	84	13	107	78	0	11	10	0.97
24049806--24049887	21	4.2	20	74	22	77	78	0	10	10	0.98
24049814--24049855	8	5.1	8	83	16	59	78	0	9	11	0.96
24049827--24049855	15	1.9	15	100	0	58	82	0	6	10	0.83
24049817--24049917	46	2.2	45	86	10	134	80	0	8	10	0.91
24049817--24049902	31	3.1	27	77	22	99	82	0	8	9	0.84
24051023--24051083	21	2.9	21	90	0	95	39	9	16	34	1.82
24051047--24051199	58	2.6	58	87	1	198	41	9	15	33	1.79
24051164--24051213	20	2.4	21	83	3	57	44	8	14	34	1.74
24051180--24051221	21	2.0	21	95	0	75	40	9	11	38	1.75
24052962--24053020	3	19.7	3	89	6	93	30	0	1	67	1.00
24053201--24053239	17	2.3	17	86	8	53	58	2	15	23	1.49
24053073--24053449	61	6.2	60	81	11	414	46	4	10	38	1.59
24053302--24053337	18	1.9	19	88	5	56	41	8	5	44	1.58
24055521--24055569	21	2.3	22	93	6	84	16	26	28	28	1.97
24056311--24056392	29	2.8	29	80	12	87	31	2	2	63	1.20
24056311--24056399	30	3.0	30	85	6	110	30	2	2	65	1.17
24056325--24056414	33	2.8	31	80	13	103	28	1	4	65	1.19
24060051--24060103	15	3.3	15	75	14	52	7	3	11	77	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24060648--24060720	29	2.5	29	80	6	76	19	17	26	36	1.94
24060829--24060887	28	2.1	28	90	6	93	18	8	5	67	1.35
24060833--24060882	14	3.5	15	76	17	52	22	6	6	66	1.36
24062264--24062296	17	2.0	17	94	5	59	12	18	6	63	1.48
24063453--24063496	19	2.3	19	84	0	61	20	0	31	47	1.50
24063465--24063510	14	3.4	14	73	11	51	23	0	30	45	1.53
24065408--24065445	20	1.9	20	89	10	60	26	10	21	42	1.85
24065896--24065934	19	2.1	19	90	4	62	12	7	5	74	1.20
24065885--24065934	19	2.6	19	81	9	57	10	6	6	78	1.10
24067491--24067611	3	40.3	3	96	0	224	34	33	0	31	1.58
24067968--24068014	16	2.7	18	87	6	62	2	2	21	74	1.03
24067968--24068016	25	2.0	25	83	0	62	2	2	24	71	1.07
24067968--24068014	9	5.4	9	77	10	53	2	2	21	74	1.03
24068323--24068397	19	4.3	18	77	16	61	18	5	1	74	1.08
24068337--24068418	13	6.7	12	71	19	62	24	1	1	73	0.98
24068336--24068426	31	3.0	30	81	13	100	24	1	1	73	0.96
24068337--24068427	24	3.7	23	79	15	85	25	1	1	72	0.98
24069321--24069400	25	3.4	25	66	16	71	23	15	3	57	1.54
24069312--24069444	46	3.0	45	90	5	207	21	13	4	60	1.51
24079936--24080142	113	1.8	113	86	0	297	22	21	15	40	1.90
24080896--24081104	115	1.8	115	81	2	258	22	26	12	38	1.90
24081322--24081351	13	2.3	13	94	0	51	40	0	10	50	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24081450--24081506	3	18.3	3	85	3	69	26	0	0	73	0.83
24081385--24081476	35	2.7	35	71	17	84	33	2	6	57	1.36
24081450--24081507	26	2.3	26	85	5	75	25	0	0	74	0.82
24082317--24082395	8	10.3	7	77	17	61	15	1	2	81	0.87
24082317--24082395	15	5.0	16	72	18	60	15	1	2	81	0.87
24082337--24082395	17	3.7	16	82	8	75	15	0	1	83	0.74
24082317--24082404	25	3.7	24	79	10	83	18	1	2	78	0.92
24082317--24082401	26	3.1	27	80	13	86	16	1	2	80	0.89
24082338--24082404	32	2.0	33	85	5	91	19	0	1	79	0.82
24082337--24082395	8	7.4	8	84	7	75	15	0	1	83	0.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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