genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   

This is table  33  of  160  ( 19195 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8202388--8202425	13	2.9	14	84	11	53	57	10	5	26	1.53
8202444--8202470	14	1.9	14	100	0	54	59	18	7	14	1.58
8202554--8202627	36	2.1	36	94	0	130	64	2	5	27	1.28
8206411--8206478	11	5.7	11	77	17	66	77	2	0	19	0.89
8206409--8206485	19	4.1	18	75	17	75	76	2	0	20	0.90
8206408--8206479	31	2.5	30	82	14	89	76	2	0	20	0.91
8208767--8208813	21	2.2	22	77	11	53	38	2	21	38	1.65
8229957--8230242	104	2.7	103	81	5	317	34	14	13	37	1.86
8230244--8230303	22	2.7	22	84	5	68	40	10	13	36	1.78
8230237--8230313	22	3.5	22	78	7	66	33	12	19	33	1.90
8230283--8230513	104	2.2	104	81	4	270	32	13	16	36	1.88
8230039--8230511	252	1.9	252	82	3	603	34	13	15	36	1.86
8230582--8230652	23	3.1	23	87	0	97	29	18	25	26	1.98
8230609--8230683	23	3.3	23	80	0	69	36	16	21	26	1.94
8230731--8230801	32	2.2	31	83	11	90	26	16	23	32	1.96
8232541--8232841	135	2.2	134	79	9	317	19	20	6	53	1.68
8232815--8232854	14	2.9	14	92	7	64	0	20	5	75	0.99
8239200--8239266	28	2.4	28	80	11	75	37	1	2	58	1.23
8240506--8240541	16	2.2	16	90	5	54	0	19	0	80	0.71
8240506--8240555	20	2.3	22	80	10	59	0	20	0	80	0.72
8240492--8240556	29	2.2	29	81	10	71	3	21	0	75	0.94
8240688--8240750	25	2.5	26	92	5	110	26	1	11	60	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8245078--8245137	26	2.3	26	88	0	84	36	11	20	31	1.88
8246301--8246485	98	1.9	98	82	2	237	38	10	11	39	1.76
8252707--8252753	24	1.9	24	83	12	60	53	0	2	44	1.12
8261186--8261258	31	2.4	31	81	9	87	63	2	5	28	1.31
8261213--8261275	30	2.1	29	83	13	76	66	3	4	25	1.26
8262178--8262243	33	2.0	33	96	0	123	39	4	15	40	1.67
8269747--8269771	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8272614--8272660	14	3.3	14	77	13	51	57	0	0	42	0.98
8273360--8273435	34	2.3	33	80	13	93	46	3	0	50	1.20
8278821--8278891	33	2.2	32	80	11	83	63	11	16	8	1.51
8280733--8280804	37	1.9	37	85	0	99	40	9	12	37	1.76
8285397--8285528	68	1.9	68	89	0	201	35	8	23	32	1.85
8287268--8287292	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8290053--8290088	18	2.0	18	89	10	56	27	0	0	72	0.85
8290459--8290524	25	2.7	23	84	11	87	22	1	7	68	1.24
8290459--8290525	6	11.0	6	79	3	62	23	1	7	67	1.25
8291313--8291353	19	2.2	19	90	0	64	19	19	14	46	1.84
8291610--8291687	6	13.3	6	72	18	58	14	3	5	76	1.09
8291597--8291660	29	2.2	29	88	5	94	9	3	9	78	1.07
8291585--8291716	23	5.6	23	76	13	99	12	3	9	75	1.14
8291638--8291687	6	8.3	6	79	16	59	16	4	2	78	1.00
8291609--8291687	30	2.7	29	84	11	92	13	3	6	75	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8291610--8291676	12	5.8	11	77	10	71	13	2	5	77	1.07
8291610--8291687	18	4.4	18	75	12	65	14	3	5	76	1.09
8291788--8291862	17	4.5	16	72	8	51	26	5	12	56	1.57
8291789--8291841	16	3.3	16	79	7	63	24	7	11	56	1.60
8292002--8292084	28	3.0	28	90	0	112	36	8	6	49	1.58
8293681--8293718	20	2.0	20	89	5	60	26	7	5	60	1.46
8293712--8293784	23	3.3	23	66	14	73	24	10	5	58	1.53
8293695--8293803	42	2.6	42	92	1	182	24	11	5	57	1.55
8293718--8293783	21	3.1	21	68	14	64	24	12	6	57	1.57
8303755--8303947	91	2.1	91	84	5	248	33	10	20	35	1.86
8304440--8304584	42	3.3	43	77	12	150	28	11	15	44	1.81
8304442--8304578	48	3.0	45	78	15	133	28	10	16	43	1.82
8304850--8304921	6	11.8	6	79	5	56	20	4	8	66	1.35
8304850--8304921	18	3.9	18	80	5	74	20	4	8	66	1.35
8304848--8304941	6	15.3	6	78	6	55	24	3	6	65	1.30
8304887--8304931	7	6.9	7	90	7	51	24	0	4	71	1.05
8306018--8306095	6	13.8	5	77	17	57	15	2	3	78	1.01
8306018--8306095	23	3.4	23	86	8	97	15	2	3	78	1.01
8306018--8306100	17	4.8	18	81	11	84	15	3	3	77	1.05
8306021--8306100	41	1.9	42	87	2	117	16	3	3	76	1.08
8306164--8306237	16	4.5	17	75	16	66	28	6	10	54	1.61
8306167--8306222	17	3.4	16	73	14	51	23	8	10	57	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8306254--8306466	32	7.5	28	67	17	93	32	7	9	50	1.63
8306322--8306382	27	2.4	24	81	8	68	31	6	9	52	1.60
8306373--8306465	32	3.1	28	86	9	114	32	7	9	50	1.63
8307547--8307896	60	6.0	59	85	7	437	34	12	8	45	1.71
8307547--8307869	116	2.8	116	89	6	462	35	13	8	43	1.74
8307909--8307971	17	3.7	17	85	10	76	80	1	4	12	0.93
8307911--8307981	21	3.3	22	74	14	67	80	1	4	14	0.93
8307914--8307983	6	11.5	6	73	14	54	81	1	4	12	0.90
8307904--8307971	33	2.1	33	83	10	86	80	1	4	13	0.92
8307911--8307982	27	2.6	28	82	12	87	80	1	4	13	0.92
8307914--8307982	11	6.3	11	78	18	56	81	1	4	13	0.91
8307904--8307981	17	4.8	16	76	16	54	79	1	5	14	0.96
8308972--8309045	23	3.3	22	87	7	96	74	2	1	21	1.02
8308970--8309070	15	6.5	15	76	14	80	71	2	0	24	1.06
8308990--8309058	20	3.7	18	74	16	61	73	1	0	24	0.91
8308970--8309037	18	3.5	18	81	18	59	75	2	1	20	1.02
8309008--8309068	25	2.6	24	80	16	74	70	1	0	27	0.97
8309363--8309419	1	57.0	1	82	0	69	1	0	7	91	0.49
8309346--8309419	15	4.8	15	85	11	89	2	1	8	87	0.68
8309345--8309419	24	3.1	23	87	11	98	2	1	8	88	0.68
8309346--8309408	8	7.9	8	86	13	94	1	1	9	87	0.68
8309426--8309626	40	4.9	40	90	1	276	38	24	13	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8309596--8309653	27	2.1	27	96	0	107	46	22	15	15	1.83
8309556--8309694	67	2.1	68	94	1	244	39	23	17	19	1.92
8309623--8309786	42	4.0	41	92	3	267	35	23	17	23	1.95
8309623--8309786	83	2.0	82	92	3	276	35	23	17	23	1.95
8310493--8310540	24	2.0	24	84	4	62	27	27	4	41	1.74
8311040--8311111	27	2.6	29	74	17	71	6	12	1	79	0.99
8311048--8311108	15	4.0	15	79	12	63	4	11	1	81	0.90
8314944--8315278	111	3.0	111	88	9	511	35	11	6	46	1.66
8314946--8315269	164	2.0	167	93	3	557	36	11	6	46	1.65
8315057--8315140	28	3.1	28	64	19	70	38	15	3	42	1.64
8315293--8315357	27	2.4	26	80	12	69	81	1	3	13	0.88
8315296--8315364	17	4.1	17	71	15	54	81	1	4	13	0.91
8315415--8315463	18	2.8	18	81	12	57	75	6	6	12	1.17
8316357--8316428	31	2.4	30	82	14	96	66	1	8	23	1.27
8316434--8316584	4	36.8	4	69	19	55	64	2	1	30	1.18
8316389--8316517	22	6.0	21	73	10	82	65	2	2	30	1.18
8316421--8316584	11	13.8	12	68	19	71	65	2	2	29	1.18
8316582--8316632	25	2.1	24	82	13	61	70	5	7	15	1.30
8319054--8319099	17	2.7	17	96	0	83	28	17	15	39	1.90
8321347--8321372	10	2.6	10	100	0	52	76	0	23	0	0.78
8324361--8324412	23	2.4	21	84	9	68	50	5	15	28	1.67
8324463--8324589	40	3.2	40	84	7	159	37	13	11	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8325151--8325791	208	3.1	208	79	5	645	36	13	13	36	1.84
8325151--8325812	312	2.1	312	81	6	797	36	13	12	36	1.84
8325151--8325857	104	6.8	104	77	4	584	35	14	13	36	1.85
8325943--8326016	10	7.2	10	74	18	55	83	8	5	2	0.88
8325943--8326016	18	3.7	20	72	13	62	83	8	5	2	0.88
8329928--8329984	28	2.1	28	87	9	82	59	1	3	35	1.25
8330034--8330111	40	2.0	40	97	0	147	35	5	0	58	1.20
8330039--8330104	20	3.2	21	77	14	84	33	6	0	60	1.21
8338429--8338474	2	23.0	2	100	0	92	0	50	0	50	1.00
8339256--8339287	2	16.0	2	93	0	55	53	0	46	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160