genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  103  of  160  ( 19195 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19524680--19524987	40	7.7	40	74	10	213	43	11	10	34	1.75
19534847--19534872	10	2.6	10	100	0	52	88	0	11	0	0.52
19535963--19536011	20	2.4	20	89	3	71	59	4	6	30	1.41
19548641--19548686	7	6.6	7	85	14	60	86	0	13	0	0.56
19548641--19548686	14	3.3	15	88	11	71	86	0	13	0	0.56
19548641--19548686	21	2.2	20	92	3	74	86	0	13	0	0.56
19549084--19549147	33	1.9	33	90	0	101	25	17	7	50	1.72
19549138--19549318	72	2.5	72	83	3	231	22	23	8	45	1.80
19551662--19551690	15	1.9	15	100	0	58	62	0	0	37	0.96
19555204--19555570	124	3.0	124	88	1	556	29	16	12	41	1.85
19560488--19560518	14	2.2	14	100	0	62	38	19	6	35	1.77
19560921--19560994	36	2.1	36	92	5	123	43	16	12	28	1.83
19560945--19561040	46	2.1	46	92	3	158	42	15	11	30	1.82
19562260--19562287	10	2.8	10	100	0	56	25	21	10	42	1.85
19566078--19566120	1	43.0	1	100	0	86	100	0	0	0	0.00
19567420--19567471	17	2.8	17	80	11	50	48	1	15	34	1.56
19580028--19580069	18	2.2	20	87	8	61	47	0	0	52	1.00
19581513--19581546	13	2.8	12	87	12	52	0	17	0	82	0.67
19581501--19581546	17	2.6	18	90	10	69	2	15	0	82	0.76
19581987--19582029	21	2.0	22	81	4	52	76	2	2	18	1.00
19592272--19592307	1	36.0	1	88	0	54	94	0	5	0	0.31
19594312--19594348	19	1.9	19	88	0	56	67	5	0	27	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19594525--19594575	27	1.9	26	84	11	68	56	1	0	41	1.10
19596636--19596724	46	1.9	46	84	4	117	47	6	7	38	1.59
19597998--19598037	20	2.0	20	100	0	80	45	5	0	50	1.23
19599821--19599874	24	2.2	26	83	6	67	31	1	1	64	1.14
19600342--19600425	20	4.2	20	71	20	59	46	13	7	33	1.70
19600369--19600426	20	2.8	20	81	2	62	48	15	5	31	1.67
19600362--19600459	43	2.2	42	82	10	108	46	10	8	34	1.67
19600693--19600900	22	9.8	22	68	15	62	46	5	10	37	1.61
19601114--19601305	22	8.8	22	71	11	92	47	5	8	38	1.59
19601161--19601252	43	2.1	44	81	2	105	45	8	8	36	1.66
19601089--19601305	65	3.3	68	75	9	175	47	6	8	37	1.59
19601222--19601319	44	2.3	43	80	5	108	46	8	8	36	1.63
19601405--19601709	22	13.5	22	69	11	116	46	7	8	37	1.62
19601531--19601709	66	2.7	66	78	0	187	48	8	6	36	1.61
19601408--19601643	118	2.0	118	80	6	264	46	7	9	36	1.65
19601541--19601667	44	2.9	44	82	4	132	48	11	6	33	1.64
19602022--19602318	21	14.2	21	68	9	115	46	12	8	32	1.72
19602106--19602237	63	2.1	63	87	2	185	43	12	10	34	1.76
19602106--19602257	63	2.4	63	83	2	153	44	11	9	34	1.74
19602633--19602701	33	2.2	31	82	10	77	36	0	2	60	1.11
19608944--19609008	32	2.0	32	90	0	103	43	1	3	52	1.26
19610155--19610497	182	1.9	182	93	1	589	34	18	15	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19611804--19611913	53	2.1	52	84	5	141	39	8	6	46	1.59
19612188--19612244	23	2.4	23	78	16	55	68	3	5	22	1.25
19615062--19615105	23	2.0	23	86	4	63	34	2	6	56	1.38
19615240--19615277	18	2.2	17	86	9	51	23	2	2	71	1.12
19615375--19615409	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
19619136--19619161	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
19619812--19619853	22	1.9	22	95	0	75	21	2	14	61	1.43
19619813--19619864	22	2.4	22	87	3	70	21	1	11	65	1.34
19641632--19641722	2	45.5	2	76	8	78	46	3	3	47	1.35
19645363--19645430	35	1.9	35	93	0	118	41	7	13	38	1.72
19650391--19650431	12	3.3	12	83	6	55	4	4	2	87	0.72
19652164--19652208	18	2.5	18	88	0	63	17	0	33	48	1.48
19653248--19653292	21	2.2	20	84	4	54	11	13	2	73	1.19
19665753--19665787	17	1.9	17	88	11	52	77	2	11	8	1.10
19669234--19669266	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
19669669--19669712	24	1.9	23	86	9	63	61	6	0	31	1.22
19669788--19669823	10	3.5	10	92	3	54	41	0	2	55	1.14
19670164--19670199	12	2.9	12	95	4	63	2	8	0	88	0.59
19670188--19670232	20	2.3	19	81	11	54	13	2	11	73	1.19
19670185--19670242	21	2.6	22	81	13	66	13	1	10	74	1.15
19670820--19670844	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
19670815--19670860	23	2.0	22	84	12	58	73	2	0	23	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19671472--19671504	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
19676543--19676673	69	1.9	70	81	7	160	36	15	12	35	1.85
19680856--19681138	49	5.8	47	80	10	250	32	23	16	27	1.96
19681032--19681344	107	3.0	106	78	12	301	37	22	12	28	1.90
19681080--19681196	58	2.0	57	88	6	173	36	23	11	29	1.89
19681138--19681551	47	8.4	46	76	13	267	36	20	13	29	1.90
19693831--19693865	11	3.1	11	91	4	52	57	5	0	37	1.23
19693930--19694013	36	2.3	37	89	2	125	11	26	35	26	1.91
19694890--19694928	3	12.7	3	94	5	69	66	0	0	33	0.92
19697227--19697485	40	6.6	40	80	7	289	27	14	17	40	1.88
19697227--19697490	80	3.4	79	82	4	322	26	14	17	41	1.88
19697393--19697533	34	4.0	33	77	13	129	28	16	17	38	1.91
19697273--19697511	74	3.1	74	83	5	284	27	14	17	41	1.88
19697273--19697540	74	3.5	74	81	7	247	27	14	17	41	1.88
19697626--19697908	40	7.1	40	78	5	250	25	12	18	43	1.84
19697626--19697889	80	3.3	78	79	4	287	26	12	17	44	1.83
19697626--19697907	120	2.4	119	80	5	318	25	12	18	43	1.85
19698087--19698865	389	2.0	389	95	1	1409	40	14	13	31	1.85
19699500--19699562	19	3.2	19	82	10	56	14	3	6	76	1.11
19699507--19699564	26	2.4	24	82	8	64	17	0	6	75	1.01
19699506--19699571	22	3.2	20	81	14	73	16	0	7	75	1.02
19710033--19710060	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19711610--19711663	23	2.4	22	77	20	58	53	5	7	33	1.52
19712568--19712597	7	4.3	7	95	0	51	3	0	26	70	1.03
19712568--19712606	14	2.7	14	88	4	51	5	0	30	64	1.15
19712654--19712687	15	2.3	15	100	0	68	14	5	35	44	1.70
19712632--19712852	8	28.2	8	66	16	61	19	1	28	49	1.59
19712768--19712859	30	3.0	30	73	4	85	18	1	29	51	1.54
19712780--19712860	15	5.3	15	72	8	74	16	1	28	54	1.50
19712866--19713070	16	12.7	16	70	15	100	29	0	20	48	1.56
19713004--19713081	40	2.0	40	87	2	113	28	1	23	47	1.59
19713037--19713066	15	1.9	16	93	6	53	30	0	16	53	1.44
19713044--19713352	140	2.2	141	84	4	401	24	1	27	46	1.62
19713390--19713435	24	1.9	24	81	0	56	17	4	32	45	1.68
19713543--19713576	3	10.7	3	87	12	50	29	2	0	67	1.05
19713801--19713848	14	3.4	14	77	13	53	25	2	4	68	1.18
19714011--19714060	3	16.7	3	100	0	100	68	0	0	32	0.90
19714850--19714928	22	3.5	22	81	10	90	24	25	18	31	1.98
19714986--19715132	32	4.3	33	74	16	122	31	15	17	35	1.91
19716085--19716127	18	2.4	17	85	14	52	6	13	2	76	1.08
19716486--19716542	16	3.8	16	71	17	50	5	21	0	73	1.02
19720264--19720301	10	3.7	10	83	16	51	76	2	0	21	0.91
19721757--19721917	66	2.4	64	79	6	153	47	13	19	20	1.82
19722328--19722373	23	2.0	23	95	0	83	13	45	0	41	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19737106--19737173	36	1.9	35	84	3	91	32	14	14	38	1.87
19737734--19737768	17	2.0	17	88	5	52	31	2	20	45	1.65
19737789--19737828	21	2.0	20	95	5	71	20	2	30	47	1.63
19737865--19737970	39	2.7	40	79	5	117	19	2	30	47	1.64
19737940--19738145	24	8.6	24	69	16	115	20	2	28	48	1.64
19737926--19738010	17	5.2	17	82	10	90	23	1	24	50	1.56
19737791--19738137	8	44.5	8	63	18	74	20	3	29	46	1.66
19738070--19738112	15	2.8	15	89	10	61	20	2	27	48	1.62
19737949--19738208	8	32.8	8	64	20	57	21	2	27	48	1.64
19738638--19738685	3	15.7	3	79	12	53	27	2	4	66	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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