genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.137.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25680853--25680905	22	2.4	22	87	0	79	49	1	7	41	1.42
25680855--25680979	22	5.8	22	69	12	62	49	3	4	43	1.37
25681007--25681046	17	2.4	17	87	4	55	40	2	7	50	1.44
25681009--25681101	22	4.5	21	71	14	68	41	3	11	43	1.57
25681549--25681602	27	2.0	27	92	0	90	59	7	1	31	1.36
25683570--25683609	11	3.6	11	82	0	53	60	5	0	35	1.19
25683570--25683723	22	7.0	22	71	11	84	51	5	4	38	1.47
25683659--25683699	21	1.9	22	85	5	57	48	4	9	36	1.58
25683752--25683785	16	2.2	16	89	5	52	52	2	5	38	1.41
25683825--25683883	22	2.7	22	75	0	64	45	3	10	40	1.54
25683861--25683967	48	2.3	44	80	12	108	44	2	10	42	1.53
25683911--25683967	22	2.6	22	82	0	78	47	1	8	42	1.45
25684078--25684201	22	5.6	22	71	7	81	41	7	8	42	1.64
25684071--25684193	44	2.8	44	74	4	122	41	7	8	43	1.62
25684570--25684643	21	3.5	21	74	3	69	54	8	4	33	1.49
25684615--25684668	27	2.0	27	92	0	90	59	9	1	29	1.39
25689336--25689387	17	3.2	17	81	13	65	26	0	0	73	0.84
25691558--25691629	32	2.3	31	88	4	108	54	2	8	34	1.45
25693820--25693855	13	2.6	14	86	4	56	52	0	0	47	1.00
25694201--25694243	16	2.6	16	88	3	59	53	0	4	41	1.21
25694772--25694802	16	1.9	16	93	0	53	48	3	3	45	1.34
25694898--25694943	19	2.4	19	85	7	58	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25694909--25694988	16	4.8	16	69	22	58	48	0	2	48	1.14
25698764--25698825	29	2.2	28	85	2	79	38	9	3	48	1.52
25698874--25698933	29	2.1	29	81	6	68	48	10	8	33	1.67
25699097--25699152	17	3.4	16	78	11	51	35	3	1	58	1.26
25699612--25699643	15	2.0	17	88	11	50	56	6	6	31	1.49
25699862--25699886	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
25702660--25702694	8	4.4	8	88	0	52	37	0	11	51	1.38
25702752--25702799	23	2.1	23	92	0	78	29	8	10	52	1.65
25703297--25703340	11	4.0	11	84	0	61	59	2	0	38	1.10
25703297--25703372	22	3.5	22	78	1	82	52	3	2	40	1.34
25703480--25703563	22	3.9	21	75	7	71	50	11	3	34	1.57
25703630--25703686	11	5.4	10	76	14	53	66	7	1	24	1.26
25703658--25703699	17	2.5	17	80	7	50	61	7	0	30	1.22
25703825--25703908	22	3.8	22	74	4	62	48	7	7	36	1.58
25703825--25703909	44	1.9	44	83	4	109	48	7	7	37	1.58
25705199--25705251	26	2.0	27	81	3	63	45	7	1	45	1.42
25705481--25705515	18	2.0	17	88	5	52	62	2	8	25	1.38
25705551--25705647	48	2.0	48	84	4	124	34	21	18	25	1.96
25706690--25706749	11	5.5	11	72	7	50	58	1	5	35	1.30
25707074--25707130	22	2.6	21	78	8	69	45	1	10	42	1.49
25707164--25707292	22	5.9	22	67	15	61	45	3	9	41	1.54
25707199--25707291	44	2.1	44	82	4	107	44	5	9	40	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25712555--25712626	32	2.3	31	90	7	117	27	16	4	51	1.63
25712945--25712974	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
25714066--25714095	14	2.1	14	93	0	51	43	0	3	53	1.17
25714199--25714223	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
25714183--25714471	119	2.3	124	87	8	412	40	7	9	42	1.65
25714456--25714481	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
25716152--25716219	29	2.3	30	85	12	95	47	0	0	52	1.00
25716179--25716221	22	2.0	22	86	8	63	51	0	0	48	1.00
25716425--25716752	163	2.0	164	96	1	613	35	20	15	28	1.93
25718074--25718110	15	2.5	15	90	0	56	56	0	0	43	0.99
25722137--25722228	30	3.0	30	82	4	105	47	3	10	38	1.55
25726110--25726183	20	3.5	21	71	22	57	45	12	6	35	1.68
25726177--25726231	22	2.5	22	84	0	65	47	3	7	41	1.49
25726345--25726489	22	6.6	22	74	4	114	49	4	7	38	1.50
25726580--25726676	22	4.5	22	71	15	62	50	10	4	35	1.56
25726581--25726677	44	2.3	42	77	13	108	50	10	4	35	1.56
25726732--25726801	11	6.5	10	73	12	50	65	4	2	27	1.25
25726826--25726886	22	2.8	22	78	9	70	49	9	4	36	1.58
25726879--25726949	30	2.4	29	79	4	79	46	1	7	45	1.39
25726922--25726991	22	3.2	22	67	15	54	48	5	4	41	1.46
25726909--25727006	44	2.2	45	83	7	121	45	6	7	40	1.56
25727012--25727106	22	4.3	22	82	7	86	51	3	6	38	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25727577--25727631	23	2.3	23	84	3	65	34	9	0	56	1.31
25728304--25728396	48	1.9	49	86	6	136	33	21	18	26	1.96
25729439--25729500	11	5.6	11	76	0	61	54	3	4	37	1.38
25729439--25729504	22	3.0	22	84	0	96	54	4	4	36	1.41
25729616--25729676	15	4.1	15	72	8	52	50	4	3	40	1.40
25729660--25729709	22	2.3	22	80	10	59	52	2	6	40	1.38
25729820--25729879	22	2.7	22	78	0	66	46	1	10	41	1.47
25730506--25730562	21	2.8	20	76	7	60	54	8	8	28	1.61
25734636--25734684	17	2.8	18	82	14	59	69	6	6	18	1.31
25734682--25734736	19	2.9	18	81	10	56	81	10	0	7	0.86
25735089--25735142	20	2.7	20	80	5	65	64	5	18	11	1.44
25759284--25759321	18	2.2	18	85	4	51	71	0	23	5	1.07
25764033--25764258	115	2.0	115	96	0	416	34	12	11	41	1.80
25766493--25766558	34	1.9	35	87	3	98	60	9	7	22	1.52
25768552--25768603	25	2.1	25	88	0	77	26	7	15	50	1.71
25770935--25770979	18	2.6	18	86	10	58	37	0	6	55	1.26
25772154--25772196	18	2.5	16	82	14	50	60	18	2	18	1.47
25773159--25773197	21	1.9	20	84	5	51	74	5	0	20	1.01
25773539--25773613	22	3.4	22	77	1	69	34	14	21	29	1.93
25773878--25773933	22	2.5	22	80	5	60	39	14	10	35	1.81
25773921--25774012	22	4.2	22	69	8	62	31	17	18	32	1.94
25774217--25774277	18	3.2	18	69	13	59	37	13	8	40	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25774218--25774292	39	1.9	39	86	0	105	40	13	9	37	1.77
25778433--25778538	3	34.7	3	80	12	78	68	0	1	28	1.06
25778433--25778539	41	2.6	39	78	10	108	68	0	2	28	1.10
25778466--25778534	31	2.2	31	87	7	104	73	0	1	24	0.91
25781503--25781527	12	2.1	12	100	0	50	32	0	8	60	1.26
25782723--25782751	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
25782750--25782780	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
25783183--25783222	20	2.0	20	85	0	53	12	15	22	50	1.77
25789288--25789312	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
25789624--25789681	29	2.0	29	86	0	80	58	3	3	34	1.32
25790759--25790800	22	1.9	22	95	0	75	38	0	2	59	1.10
25795397--25795496	49	2.0	49	98	0	191	40	4	19	37	1.70
25802034--25802077	22	2.0	22	100	0	88	54	22	4	18	1.61
25802290--25802338	16	3.2	16	74	11	57	38	0	2	59	1.09
25802296--25802352	30	1.9	30	88	0	87	43	0	1	54	1.10
25802325--25802375	21	2.5	21	96	3	95	50	0	0	49	1.00
25802381--25802406	10	2.6	10	100	0	52	26	19	30	23	1.98
25806243--25806275	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
25812772--25812806	13	2.7	13	87	12	54	54	0	0	45	0.99
25813104--25813578	251	1.9	252	88	3	724	40	9	5	44	1.60
25829652--25829713	26	2.5	25	87	12	92	32	0	0	67	0.91
25849024--25849097	6	13.0	6	80	12	77	18	1	1	78	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25849023--25849107	23	3.8	22	84	7	100	22	1	1	75	0.94
25849023--25849088	28	2.4	28	89	5	98	18	1	1	78	0.90
25849023--25849107	17	5.1	16	80	16	75	22	1	1	75	0.94
25849023--25849153	28	4.4	29	75	18	83	23	1	3	70	1.11
25849253--25849287	9	4.1	9	92	7	56	11	0	8	80	0.92
25850038--25850092	4	14.5	4	81	14	64	21	0	1	76	0.88
25850048--25850093	7	6.4	7	85	9	58	23	0	2	73	0.94
25850037--25850089	25	2.1	24	83	13	63	20	0	1	77	0.87
25850032--25850089	29	2.0	29	93	6	100	18	0	3	77	0.91
25850191--25850761	59	9.7	57	81	8	619	43	6	13	37	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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