genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.115.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21648891--21648959	9	7.2	9	79	12	66	53	4	0	42	1.20
21648896--21648957	20	3.2	19	86	4	70	59	4	0	35	1.19
21648896--21648970	29	2.6	29	87	2	98	58	6	0	34	1.24
21648904--21648966	19	3.3	19	82	6	83	61	6	0	31	1.21
21648914--21648966	9	5.7	9	78	8	61	64	7	0	28	1.21
21650467--21650512	10	4.7	10	84	13	60	34	0	2	63	1.07
21655895--21655929	3	11.7	3	93	0	61	31	0	2	65	1.07
21656665--21656719	29	2.0	29	82	7	69	63	7	10	18	1.49
21662248--21662317	23	3.0	23	79	10	70	34	10	8	47	1.68
21663005--21663054	20	2.6	19	81	9	57	72	0	10	18	1.12
21663005--21663060	17	2.9	20	76	21	57	75	0	8	16	1.05
21663006--21663062	20	3.1	16	77	22	51	75	0	7	17	1.02
21663006--21663062	8	6.2	8	75	25	51	75	0	7	17	1.02
21663180--21663744	219	2.6	217	80	8	603	55	9	10	24	1.63
21663992--21664031	19	2.2	19	86	4	55	37	5	2	55	1.35
21664495--21664590	32	3.0	32	75	6	97	48	6	4	40	1.47
21664744--21664785	18	2.4	18	88	7	61	52	0	0	47	1.00
21665357--21665396	21	1.9	21	85	10	55	42	5	10	42	1.60
21668773--21668798	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21670330--21670378	21	2.3	21	75	6	55	73	8	0	18	1.07
21671169--21671207	20	2.0	20	90	10	62	76	2	2	17	1.01
21671963--21671991	15	1.9	15	100	0	58	65	6	0	27	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21672397--21672423	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
21673544--21673581	3	12.7	3	88	0	58	63	2	2	31	1.22
21673671--21673703	2	16.5	2	93	0	57	54	0	0	45	0.99
21674093--21674132	2	20.5	2	85	14	57	52	2	0	45	1.14
21673974--21674277	169	1.8	164	82	7	387	49	8	7	33	1.63
21674594--21674706	30	3.7	29	74	14	86	7	21	0	70	1.16
21674592--21674654	16	4.0	16	73	10	58	7	17	1	73	1.16
21674753--21674795	22	2.0	20	82	8	50	37	2	4	55	1.33
21682149--21682230	42	2.0	42	81	11	98	52	0	6	41	1.26
21690574--21690644	26	2.7	26	79	16	67	74	0	4	21	0.98
21690574--21690645	5	14.0	5	79	15	60	75	0	4	20	0.97
21691032--21691074	21	2.0	21	90	0	68	48	27	0	23	1.51
21691458--21691638	3	62.3	3	75	12	148	61	3	4	29	1.33
21691470--21691529	22	2.7	22	97	0	111	60	8	3	28	1.42
21691464--21691620	28	5.7	27	75	13	133	61	3	4	29	1.33
21691458--21691638	25	7.4	24	73	15	117	61	3	4	29	1.33
21691458--21691638	37	5.1	36	73	18	123	61	3	4	29	1.33
21691520--21691709	12	18.1	10	72	17	88	58	3	4	33	1.35
21691554--21691712	49	3.2	50	72	13	123	57	3	5	34	1.36
21693611--21693669	28	2.1	28	84	6	75	6	5	5	83	0.92
21698801--21698851	21	2.5	21	87	3	77	56	29	0	13	1.38
21699231--21699332	3	36.3	3	73	13	74	59	0	8	31	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21699241--21699327	34	2.5	35	81	9	108	57	0	10	32	1.32
21699231--21699403	5	32.8	5	72	17	70	54	3	6	35	1.43
21699580--21699766	103	1.9	101	84	7	258	52	6	2	37	1.40
21700812--21700842	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
21705897--21705997	22	4.7	22	77	7	82	45	5	9	38	1.62
21705886--21705958	22	3.5	21	78	14	80	45	5	9	39	1.60
21706097--21706202	22	4.8	22	71	0	68	46	6	10	36	1.64
21706234--21706756	22	23.7	22	68	13	182	47	5	9	38	1.58
21706517--21706578	30	2.1	30	84	6	81	38	4	12	43	1.64
21706644--21706785	44	3.3	43	75	6	99	47	8	7	37	1.61
21707068--21707147	22	3.6	22	84	0	106	47	5	8	38	1.56
21707173--21707244	22	3.3	22	79	9	85	47	6	6	38	1.58
21707271--21707330	22	2.7	22	77	10	68	50	10	10	30	1.69
21707447--21707584	66	2.1	67	82	4	172	50	5	5	39	1.47
21707446--21707573	22	5.8	22	80	1	132	49	5	6	39	1.51
21707559--21707615	30	1.9	30	85	0	78	45	5	5	43	1.49
21707597--21707694	22	4.4	21	73	15	81	51	6	2	40	1.38
21707664--21707798	22	6.2	22	74	6	105	39	7	12	40	1.71
21708106--21708160	22	2.5	22	76	2	58	49	12	9	29	1.72
21708219--21708275	21	2.7	21	71	15	55	43	10	14	31	1.79
21708283--21708336	29	2.0	29	82	10	69	57	5	0	37	1.22
21708280--21708423	69	2.1	68	81	7	159	46	6	4	43	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21708410--21708450	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
21714058--21714110	26	2.0	27	85	10	74	11	3	1	83	0.87
21716882--21716938	20	2.8	20	82	12	55	45	3	5	45	1.43
21716877--21716938	19	3.0	20	81	11	56	45	3	4	46	1.40
21717629--21717676	23	2.1	23	88	0	69	35	27	2	35	1.69
21717774--21717817	21	2.1	21	87	8	63	31	20	0	47	1.50
21718678--21718713	18	1.9	19	94	5	65	75	0	0	25	0.81
21721974--21722007	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
21726874--21726927	27	2.0	27	85	7	74	64	0	0	35	0.94
21728609--21728657	17	2.8	17	76	14	55	57	4	0	38	1.18
21728622--21728669	23	2.2	21	88	7	69	60	4	0	35	1.16
21729476--21729527	17	2.9	17	74	8	50	36	15	1	46	1.57
21730760--21730784	6	4.2	6	100	0	50	48	16	16	20	1.82
21734946--21735005	30	2.0	30	100	0	120	30	23	10	36	1.87
21739290--21739327	17	2.1	19	85	9	53	86	10	2	0	0.66
21740405--21740447	19	2.2	19	87	8	59	51	6	4	37	1.50
21750787--21750851	30	2.1	31	85	2	87	56	3	1	38	1.24
21751564--21751627	10	6.3	10	73	10	58	64	7	0	28	1.21
21751692--21751749	20	3.0	19	80	9	64	48	6	3	41	1.47
21751896--21752036	19	7.9	17	67	15	54	29	2	3	63	1.25
21751880--21751964	36	2.3	38	78	13	88	29	2	3	64	1.22
21751896--21752049	55	2.8	54	73	18	149	31	3	3	62	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21751987--21752027	17	2.3	18	87	4	57	34	2	2	60	1.23
21751996--21752037	17	2.5	17	85	14	61	35	2	0	61	1.09
21752104--21752164	9	6.7	9	78	10	70	44	0	4	50	1.23
21752081--21752142	27	2.3	26	80	2	61	37	0	8	54	1.30
21752101--21752177	10	8.0	10	78	11	63	40	1	5	53	1.32
21752811--21752846	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
21752923--21753115	93	2.1	93	89	2	291	31	11	14	42	1.81
21753098--21753129	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
21756179--21756312	50	2.7	50	76	0	133	28	7	18	45	1.76
21756297--21756413	45	2.6	45	86	1	153	28	11	14	46	1.79
21757066--21757183	43	2.7	44	81	6	123	33	7	14	44	1.74
21757405--21757494	20	4.6	19	69	22	62	36	11	6	45	1.66
21757405--21757524	57	2.1	57	90	3	188	35	10	8	46	1.67
21757389--21757683	151	2.0	151	96	0	545	32	9	11	46	1.72
21757556--21757675	57	2.1	57	92	3	197	35	8	9	47	1.66
21757556--21757645	20	4.6	19	69	22	53	35	8	7	47	1.64
21757661--21757738	35	2.2	36	83	2	95	21	12	17	47	1.81
21757661--21757765	36	2.9	35	79	6	113	21	14	16	47	1.82
21757731--21757775	18	2.5	18	85	0	63	22	15	11	51	1.75
21757944--21757997	24	2.4	22	79	11	63	38	5	5	50	1.49
21763448--21763549	52	2.0	49	81	5	114	33	12	15	38	1.86
21763463--21763930	54	9.0	53	72	7	264	38	15	13	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21763463--21763895	155	2.8	155	79	4	460	38	15	14	32	1.87
21771250--21771283	16	2.0	16	88	11	50	58	0	0	41	0.98
21771264--21771316	24	2.2	24	93	3	90	67	0	1	30	1.01
21771264--21771315	12	4.5	11	79	11	50	69	0	1	28	0.99
21771256--21771300	16	2.8	16	82	0	54	66	0	0	33	0.92
21775627--21775664	18	2.1	18	90	0	58	15	5	0	78	0.91
21775627--21775677	18	2.9	17	85	5	57	15	5	1	76	1.07
21777242--21777276	1	35.0	1	100	0	70	0	0	0	100	0.00
21777634--21777675	15	2.6	16	88	11	59	4	9	9	76	1.15
21779255--21779305	21	2.4	21	80	0	57	33	5	3	56	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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