genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.109.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  109  of  160  ( 19195 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20692056--20692127	12	6.4	11	74	13	58	15	6	0	77	0.96
20692070--20692128	6	10.0	6	85	7	68	15	5	0	79	0.89
20692055--20692128	35	2.1	34	82	7	87	14	6	0	78	0.95
20692071--20692130	17	3.2	18	71	20	52	13	5	0	81	0.84
20692136--20692485	119	3.0	115	89	5	501	45	6	12	35	1.69
20692134--20692487	59	6.1	59	84	7	456	44	7	12	35	1.70
20692134--20692487	178	2.0	172	91	5	568	44	7	12	35	1.70
20701761--20702762	534	1.9	537	86	1	1458	31	16	14	38	1.89
20711340--20711412	37	2.0	37	83	0	92	32	13	13	39	1.84
20718081--20718863	256	3.0	263	89	4	1192	37	11	7	43	1.69
20719737--20719796	28	2.1	28	82	11	70	76	3	6	13	1.11
20721881--20721919	19	2.1	19	85	4	53	53	7	17	20	1.68
20728790--20728833	11	4.3	10	86	13	63	52	0	0	47	1.00
20729143--20729187	23	2.0	23	82	8	56	48	26	0	24	1.51
20729171--20729258	22	4.0	21	75	16	79	52	27	2	18	1.57
20729178--20729256	15	5.3	15	75	6	61	54	27	2	15	1.54
20729170--20729300	45	2.9	44	71	6	111	51	25	3	19	1.64
20729223--20729249	14	1.9	14	100	0	54	62	22	0	14	1.31
20729170--20729256	8	11.7	7	70	15	59	54	27	2	16	1.54
20735588--20735626	13	2.9	13	84	3	51	82	0	5	12	0.83
20735586--20735632	22	2.1	22	88	7	69	80	0	4	14	0.85
20737148--20737210	29	2.2	29	97	0	117	50	3	20	25	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20737671--20737743	36	2.0	37	89	2	112	28	13	16	41	1.87
20738208--20738265	30	2.0	27	87	9	80	68	5	13	12	1.35
20738483--20738717	29	8.2	29	77	2	152	31	18	15	34	1.93
20738541--20738713	28	6.1	28	77	4	141	31	20	16	31	1.95
20738539--20738717	57	3.1	57	79	3	207	31	20	16	31	1.94
20738521--20738790	114	2.4	114	81	2	301	31	18	16	33	1.93
20741641--20741754	39	3.0	40	75	10	96	52	27	0	20	1.46
20741697--20741743	14	3.2	14	87	6	67	57	27	0	14	1.38
20743581--20743646	29	2.3	28	78	2	69	9	28	4	57	1.49
20745646--20745748	51	2.0	51	98	0	197	34	11	4	48	1.61
20745778--20745819	22	1.9	22	85	9	59	73	0	16	9	1.08
20745800--20745828	8	3.6	8	100	0	58	79	0	10	10	0.94
20745891--20745933	23	2.0	22	82	17	54	60	0	0	39	0.97
20747281--20747310	9	3.2	9	90	9	51	66	0	0	33	0.92
20747282--20747310	10	3.0	10	95	5	51	68	0	0	31	0.89
20747499--20747535	19	1.9	19	100	0	74	35	16	0	48	1.46
20747930--20747971	18	2.2	18	87	8	57	40	2	2	54	1.26
20748806--20748862	8	7.5	8	78	11	66	73	0	3	22	0.98
20748799--20748862	23	2.9	22	77	11	67	71	0	4	23	1.04
20748792--20748863	29	2.5	28	78	10	74	72	0	4	23	1.02
20748804--20748873	22	3.0	22	81	6	77	71	0	7	21	1.09
20750855--20750909	23	2.3	24	84	6	67	78	1	10	9	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20751224--20751267	21	2.2	20	84	11	56	77	0	13	9	0.99
20751492--20751535	23	2.0	22	86	4	61	56	0	0	43	0.99
20751534--20751590	17	3.4	17	74	11	55	77	5	7	10	1.12
20758854--20758892	16	2.3	18	86	8	55	25	2	0	71	0.98
20758846--20758894	17	2.9	17	76	14	57	28	2	0	69	1.00
20759074--20759099	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
20759984--20760330	178	1.9	180	88	4	522	42	11	13	32	1.80
20760377--20760637	39	6.6	39	80	2	245	41	19	11	26	1.86
20760349--20760630	78	3.6	78	83	2	278	40	19	11	28	1.86
20760753--20760852	39	2.5	40	80	6	132	41	16	13	30	1.85
20773410--20773459	20	2.3	22	83	13	59	72	8	0	20	1.10
20773438--20773486	10	4.3	11	82	12	55	75	4	6	14	1.14
20773438--20773486	11	4.2	12	80	14	50	75	4	6	14	1.14
20774299--20774330	3	10.7	3	93	0	55	62	0	0	37	0.95
20780593--20780617	10	2.5	10	100	0	50	64	0	0	36	0.94
20786810--20786837	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
20787781--20787821	2	20.5	2	94	0	73	48	0	2	48	1.14
20789499--20789581	19	3.7	22	75	18	73	54	3	1	40	1.26
20792675--20792991	165	1.9	164	82	6	390	41	12	12	34	1.81
20793131--20793392	131	2.0	130	93	2	445	38	12	12	35	1.82
20793874--20793899	13	2.0	13	100	0	52	23	15	7	53	1.67
20795751--20795785	15	2.3	15	100	0	70	22	17	28	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20798507--20798566	24	2.5	25	76	10	72	33	5	10	51	1.57
20801820--20801845	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
20802867--20802911	23	2.0	23	86	0	63	80	6	2	11	0.99
20803553--20803578	10	2.6	10	100	0	52	26	0	0	73	0.84
20808704--20808802	25	3.7	27	69	16	66	29	0	6	64	1.17
20809295--20809361	31	2.2	31	83	0	80	28	23	19	28	1.98
20812887--20812918	16	2.0	16	100	0	64	31	12	18	37	1.88
20816749--20816792	22	2.0	22	86	4	61	81	4	2	11	0.92
20817325--20817364	16	2.5	16	87	0	53	25	2	2	70	1.13
20824934--20824965	16	2.0	16	100	0	64	31	12	18	37	1.88
20830420--20830490	36	2.0	36	83	5	90	54	4	25	15	1.59
20832601--20832701	18	5.2	18	72	19	62	31	4	4	58	1.41
20834905--20835072	42	4.0	42	79	6	162	42	17	15	24	1.88
20835241--20835291	23	2.3	22	82	3	66	35	15	15	33	1.90
20835257--20835350	43	2.2	42	83	7	109	36	18	11	34	1.87
20835404--20835580	79	2.2	79	91	0	291	33	18	11	36	1.87
20835462--20835579	21	5.9	21	66	15	79	33	18	11	36	1.88
20836835--20836979	19	8.5	17	76	19	92	5	14	2	77	1.03
20836874--20836971	1	98.0	1	71	0	61	2	10	3	84	0.81
20836849--20836979	18	7.7	17	71	21	87	4	12	2	80	0.97
20840964--20841070	55	1.9	57	88	3	164	21	13	9	56	1.65
20841888--20841933	20	2.3	20	81	11	58	10	21	6	60	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20841889--20841932	19	2.3	19	88	4	61	11	22	6	59	1.55
20842093--20842126	7	4.5	8	92	7	54	14	0	0	85	0.60
20843903--20843947	18	2.7	16	82	6	54	15	0	6	77	0.96
20845257--20845286	15	2.0	15	93	0	51	23	6	0	70	1.11
20847254--20847320	3	23.0	3	93	6	120	67	0	0	32	0.91
20847254--20847318	23	2.8	23	95	0	121	67	0	0	32	0.91
20850417--20850463	24	1.9	25	91	4	78	76	2	8	12	1.09
20850391--20850468	18	4.5	18	70	19	51	73	2	11	12	1.21
20850391--20850468	24	3.1	23	77	17	68	73	2	11	12	1.21
20851769--20851801	17	1.9	17	93	0	57	45	21	18	15	1.85
20851863--20852022	17	9.7	16	71	14	94	37	12	13	36	1.82
20851839--20852086	100	2.5	99	77	5	248	35	10	13	39	1.80
20858597--20858654	20	3.0	21	78	12	61	48	6	6	37	1.57
20858746--20858785	9	4.2	9	87	9	53	82	2	2	12	0.87
20858753--20858802	17	2.9	17	75	16	50	80	0	8	12	0.92
20859199--20859244	22	2.1	22	84	8	58	63	15	0	21	1.31
20859732--20859781	22	2.3	22	80	13	59	8	12	2	78	1.05
20859786--20859844	22	2.6	22	89	7	84	66	8	5	20	1.38
20862595--20862628	14	2.3	15	90	10	52	67	0	0	32	0.91
20862609--20862671	25	2.6	25	82	7	67	55	0	1	42	1.09
20862645--20862696	10	5.3	9	82	13	59	44	1	0	53	1.11
20862636--20862959	21	16.0	21	72	10	216	45	3	3	47	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20862638--20862998	21	17.7	20	71	12	170	45	3	3	47	1.36
20862940--20863029	33	2.7	33	86	3	110	36	3	4	55	1.37
20862927--20863029	11	9.5	11	76	3	84	36	2	3	56	1.33
20863702--20864140	176	2.5	175	84	7	516	34	11	7	46	1.67
20863702--20864140	118	3.7	117	80	6	451	34	11	7	46	1.67
20863702--20864140	59	7.5	59	80	8	407	34	11	7	46	1.67
20864691--20864754	17	3.8	17	78	0	74	37	14	17	31	1.89
20864697--20864785	34	2.6	34	87	7	119	37	11	21	30	1.88
20864737--20864836	51	2.0	51	84	4	130	36	15	18	31	1.91
20866184--20866217	14	2.4	14	90	9	52	14	5	0	79	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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