genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.134.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25098503--25098536	9	3.7	9	88	4	50	70	0	2	26	1.01
25100536--25100571	19	1.9	19	88	5	56	41	0	2	55	1.14
25100531--25100578	21	2.3	21	79	17	55	45	0	2	52	1.12
25100621--25100649	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
25100737--25101366	323	2.0	319	82	7	776	43	12	7	37	1.70
25101761--25101815	7	7.7	7	89	4	65	74	0	5	20	1.01
25101762--25101815	14	3.8	14	87	4	72	75	0	5	18	0.98
25101761--25101815	22	2.6	21	85	5	74	74	0	5	20	1.01
25101837--25101870	14	2.4	14	90	5	50	76	0	23	0	0.79
25104881--25104919	19	2.1	19	85	0	51	25	23	15	35	1.94
25107465--25107508	22	2.0	22	86	0	61	18	25	9	47	1.77
25107922--25107954	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
25108442--25108467	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
25111774--25111805	9	3.6	9	95	0	55	18	21	34	25	1.96
25113667--25113732	30	2.2	30	86	5	89	40	4	4	50	1.43
25117756--25117801	22	2.1	22	84	8	58	47	0	0	52	1.00
25117770--25117805	14	2.6	14	91	8	56	44	0	0	55	0.99
25117796--25117839	22	1.9	24	86	9	65	54	2	0	43	1.12
25119620--25119672	24	2.2	25	77	16	58	35	0	5	58	1.22
25119902--25119937	19	1.9	18	88	5	54	38	0	11	50	1.38
25120538--25120667	65	2.0	65	83	0	161	50	8	14	26	1.71
25124763--25124794	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25128448--25128546	15	6.9	15	72	16	84	60	1	1	37	1.10
25128448--25128545	18	5.7	17	75	22	82	60	1	1	37	1.11
25128574--25128659	19	5.0	18	69	20	67	47	1	0	51	1.08
25128590--25128667	16	4.9	15	70	16	50	48	1	0	50	1.09
25128638--25128703	25	2.6	26	81	9	82	48	3	3	45	1.33
25128638--25128703	26	2.6	26	83	4	82	48	3	3	45	1.33
25130327--25130393	30	2.3	30	84	2	82	17	1	32	47	1.57
25130355--25130380	13	2.0	13	100	0	52	15	0	30	53	1.42
25130321--25130388	21	3.1	21	78	15	68	19	1	29	50	1.57
25130346--25130410	30	2.1	31	88	2	96	18	1	32	47	1.58
25130354--25130501	30	4.9	31	73	10	101	19	2	33	44	1.62
25130474--25130504	15	2.1	15	100	0	62	16	0	38	45	1.47
25130477--25130545	28	2.4	28	78	7	77	21	0	27	50	1.49
25130767--25130803	3	12.7	3	88	5	58	35	0	0	64	0.94
25131073--25131112	12	3.5	11	83	10	53	75	2	0	22	0.93
25132265--25132323	29	2.0	31	86	6	86	45	3	3	47	1.36
25132468--25132513	22	2.1	22	84	8	58	63	4	0	32	1.14
25132644--25132668	13	1.9	13	100	0	50	48	12	0	40	1.40
25135689--25135744	27	2.0	29	93	6	98	48	3	0	48	1.19
25135689--25135793	29	3.6	29	77	18	94	48	2	0	47	1.23
25136211--25136235	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
25137799--25137842	23	1.9	23	90	0	70	34	6	11	47	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25142444--25142495	19	2.7	20	75	25	58	44	0	0	55	0.99
25145093--25145127	18	2.0	17	94	5	61	48	0	0	51	1.00
25148220--25148265	22	2.2	20	85	14	58	39	0	4	56	1.19
25150987--25151055	5	13.8	5	86	6	95	44	20	0	34	1.52
25152549--25152579	14	2.2	14	100	0	62	41	0	0	58	0.98
25175352--25175419	8	8.8	8	87	9	97	73	0	13	13	1.10
25175353--25175418	7	8.7	7	85	14	87	72	0	13	13	1.12
25175352--25175419	15	4.4	15	90	9	102	73	0	13	13	1.10
25176435--25176762	42	8.0	41	89	7	474	22	18	21	37	1.95
25176435--25176762	82	4.0	81	92	5	477	22	18	21	37	1.95
25176435--25176762	124	2.7	124	94	3	567	22	18	21	37	1.95
25176771--25176809	20	2.0	20	94	0	69	92	5	0	2	0.46
25176769--25176820	23	2.3	23	90	3	79	90	7	0	1	0.53
25176769--25176820	8	6.6	8	87	12	65	90	7	0	1	0.53
25176769--25176812	1	44.0	1	86	0	61	93	4	0	2	0.42
25177050--25177135	35	2.4	36	73	9	70	29	1	5	63	1.24
25177001--25177105	16	6.6	16	69	18	60	27	0	7	64	1.20
25178155--25178192	10	3.9	10	83	16	53	21	0	0	78	0.74
25178219--25178664	59	7.6	56	86	8	583	43	8	13	34	1.74
25178219--25178664	116	3.8	117	92	3	688	43	8	13	34	1.74
25185459--25186049	59	9.9	60	84	9	717	34	13	8	44	1.73
25185459--25186049	240	2.5	233	86	6	808	34	13	8	44	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25185454--25186030	299	1.9	296	89	6	896	34	13	8	44	1.74
25186494--25186545	20	2.6	19	85	8	68	25	21	25	28	1.99
25186686--25186739	25	2.2	25	86	6	74	33	18	7	40	1.78
25187094--25187130	3	12.7	3	94	5	67	70	0	0	29	0.88
25186993--25187108	44	2.9	39	73	13	103	63	6	6	22	1.43
25187163--25187264	40	2.5	41	78	13	113	63	5	0	30	1.18
25187821--25187859	19	2.1	19	90	9	62	23	0	7	69	1.14
25192838--25193081	121	2.0	120	83	7	307	42	11	9	36	1.74
25194955--25195273	158	2.0	158	82	6	387	51	15	7	25	1.69
25197003--25197054	19	2.7	20	84	6	70	38	1	0	59	1.08
25200670--25200869	71	2.8	71	99	0	391	42	12	8	38	1.71
25201886--25201925	19	2.1	19	86	9	55	40	0	5	55	1.22
25202368--25202401	13	2.8	13	91	8	54	55	0	0	44	0.99
25203180--25203211	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
25205035--25205062	5	5.6	5	100	0	56	17	42	39	0	1.50
25205082--25205153	27	2.7	27	83	14	80	13	2	2	80	0.93
25205232--25205683	59	7.7	56	85	9	595	43	8	13	34	1.74
25205248--25205683	118	3.7	117	92	2	684	43	8	14	34	1.75
25209424--25209477	9	5.5	10	85	14	53	29	0	7	62	1.22
25209429--25209562	16	8.2	16	68	25	68	28	1	4	65	1.21
25209627--25209671	18	2.4	19	81	7	56	24	6	4	64	1.37
25215167--25215193	13	2.1	13	100	0	54	40	22	14	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25215988--25216024	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
25216665--25216930	134	2.0	133	90	0	424	24	19	20	34	1.96
25221654--25221738	28	3.0	28	81	5	98	18	0	29	51	1.46
25221729--25221769	21	1.9	22	85	5	57	31	2	12	53	1.51
25221778--25221846	15	4.7	14	80	7	66	23	0	30	46	1.53
25223261--25223298	19	2.0	20	89	5	60	76	5	2	15	1.08
25223523--25223572	26	1.9	26	84	8	66	68	4	0	28	1.08
25225625--25225677	21	2.5	21	81	6	63	33	1	11	52	1.48
25229028--25229086	20	2.8	20	82	9	73	54	0	0	45	0.99
25232433--25232458	10	2.6	10	100	0	52	53	0	0	46	1.00
25233142--25233170	15	1.9	15	100	0	58	27	0	0	72	0.85
25233148--25233183	18	2.0	18	89	10	56	27	0	0	72	0.85
25233137--25233170	8	4.2	8	88	11	52	23	2	0	73	0.97
25233371--25233441	28	2.5	28	88	2	79	33	14	2	49	1.58
25233383--25233441	28	2.1	28	96	0	109	32	16	1	49	1.56
25241120--25241144	13	1.9	13	100	0	50	32	24	20	24	1.98
25241929--25241972	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
25243670--25243721	22	2.4	21	90	9	79	51	0	0	48	1.00
25243669--25243719	20	2.5	21	85	14	72	52	0	0	47	1.00
25243808--25243872	32	2.1	31	91	2	103	32	20	6	41	1.77
25245133--25245641	58	8.7	57	81	9	517	35	12	6	44	1.68
25245133--25245630	119	4.3	117	83	9	585	36	12	7	44	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25247132--25247169	19	2.0	19	100	0	76	15	31	26	26	1.96
25247767--25247833	29	2.3	30	82	10	77	77	1	1	19	0.92
25247764--25247816	22	2.4	22	81	6	63	79	1	0	18	0.83
25249010--25249094	32	2.7	32	75	1	91	43	1	1	54	1.15
25249978--25250015	19	2.0	20	84	5	51	60	2	2	34	1.24
25250824--25250856	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
25254895--25254930	14	2.4	16	90	9	58	50	2	0	47	1.15
25260688--25260754	35	1.9	35	84	0	89	23	4	28	43	1.73
25265127--25265155	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
25266029--25266064	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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