genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14848400--14848539	28	5.0	28	74	17	96	50	2	1	45	1.25
14848574--14848607	14	2.5	13	90	4	50	52	0	5	41	1.25
14848746--14848778	18	1.9	17	88	11	50	48	12	6	33	1.65
14849147--14849201	24	2.3	25	75	12	62	38	1	3	56	1.28
14848704--14849851	360	3.2	354	79	6	1105	41	7	9	41	1.65
14848698--14849851	179	6.5	181	77	7	1020	41	7	9	41	1.65
14849754--14849990	120	2.0	120	84	5	309	45	7	12	34	1.71
14849874--14850201	181	1.8	181	83	2	435	39	10	12	37	1.77
14850456--14851071	320	1.9	321	82	8	779	40	8	8	43	1.65
14850742--14851310	177	3.2	177	79	7	557	42	7	7	42	1.62
14851513--14852316	360	2.2	362	78	7	830	40	9	9	41	1.68
14851312--14852348	180	5.8	179	73	11	662	39	8	9	41	1.69
14852735--14852824	21	4.3	21	70	16	71	50	2	0	47	1.13
14853272--14853313	21	2.0	21	85	0	57	61	2	0	35	1.09
14853222--14853295	38	1.9	38	86	8	105	55	0	2	41	1.14
14853351--14853473	62	1.9	62	81	15	144	43	1	0	53	1.16
14862347--14862405	16	3.5	17	76	19	61	52	0	0	47	1.00
14862351--14862396	6	8.2	6	77	22	55	50	0	0	50	1.00
14862349--14862398	10	4.5	11	83	16	68	54	0	0	46	1.00
14862352--14862395	22	2.0	21	87	12	63	52	0	0	47	1.00
14862351--14862424	34	2.2	32	83	11	87	50	1	1	47	1.18
14862737--14862815	24	3.3	23	71	16	61	48	2	1	48	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14863755--14863792	18	2.1	18	95	0	67	52	7	0	39	1.31
14863764--14863803	18	2.2	18	86	8	55	55	2	0	42	1.13
14863761--14863816	23	2.2	25	78	12	62	50	1	0	48	1.11
14864121--14864160	20	2.0	20	85	9	55	52	2	2	42	1.28
14864130--14864188	10	5.7	10	73	18	50	54	1	1	42	1.20
14864242--14864286	14	3.1	15	79	17	51	55	4	0	40	1.20
14864300--14864343	16	2.8	16	78	0	52	50	2	2	45	1.27
14864444--14864506	18	3.4	19	70	18	60	41	4	0	53	1.22
14864550--14864595	18	2.5	18	82	3	56	45	2	2	50	1.26
14864843--14864906	13	5.4	12	72	20	55	43	1	1	53	1.19
14864947--14865030	13	6.4	13	70	18	50	48	3	0	47	1.19
14864924--14865033	55	2.0	55	89	3	170	46	3	0	49	1.25
14865120--14865160	21	1.9	22	85	14	59	36	4	2	56	1.34
14866074--14866115	20	2.1	20	82	8	50	52	2	0	45	1.13
14866235--14866289	19	2.9	19	75	17	53	43	5	3	47	1.44
14867239--14867736	177	2.8	181	78	4	544	42	10	7	39	1.67
14868141--14868179	6	6.7	6	82	5	53	48	2	2	46	1.29
14868141--14868180	17	2.3	17	86	4	53	50	2	2	45	1.28
14869065--14869139	38	2.0	37	84	7	98	56	0	1	42	1.08
14869309--14870575	180	7.1	177	75	7	912	41	10	8	39	1.70
14870958--14871003	15	3.0	15	81	12	58	52	0	0	47	1.00
14871050--14871163	24	4.6	25	69	20	64	36	2	1	58	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14871244--14872063	177	4.6	177	72	11	548	40	9	8	41	1.69
14871445--14871762	172	1.9	171	81	9	398	39	9	8	42	1.66
14872269--14872310	22	2.0	21	86	13	59	50	0	0	50	1.00
14872296--14872347	16	3.0	16	75	20	50	53	1	0	44	1.11
14872779--14872818	14	2.9	14	85	11	55	47	0	0	52	1.00
14872891--14872920	14	2.1	15	93	6	53	26	0	6	66	1.16
14874071--14874112	20	2.1	20	83	16	52	61	0	2	35	1.09
14874212--14874257	25	1.9	23	83	16	58	47	2	2	47	1.26
14874253--14874306	25	2.1	27	86	13	78	48	1	0	50	1.11
14874615--14875660	181	5.9	177	78	7	985	40	8	10	40	1.70
14876312--14876439	7	17.9	7	72	22	56	42	0	3	53	1.22
14876312--14876357	10	4.8	10	81	10	60	43	0	0	56	0.99
14876310--14876378	10	6.4	10	71	21	50	44	0	2	52	1.16
14876525--14876578	18	3.4	17	73	26	55	51	0	1	46	1.11
14876736--14876783	20	2.3	20	82	10	53	47	2	2	47	1.25
14880252--14880343	43	2.1	43	82	7	107	40	3	0	56	1.15
14880330--14880406	22	3.6	21	80	16	63	49	1	2	46	1.23
14880354--14880417	20	3.0	21	81	16	71	53	1	3	42	1.26
14880529--14880581	24	2.2	24	86	0	70	56	0	1	41	1.10
14880463--14880581	17	7.3	16	68	19	68	54	0	2	42	1.19
14880463--14880622	62	2.5	63	85	10	198	53	1	2	42	1.22
14880599--14880654	18	3.2	17	80	19	62	46	1	0	51	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14880717--14880787	35	1.9	35	83	13	90	49	4	2	43	1.36
14881350--14881388	19	2.1	18	90	4	60	56	0	0	43	0.99
14881707--14881776	25	2.8	26	80	8	83	50	0	2	47	1.16
14881705--14881748	11	3.7	11	77	16	52	52	0	0	47	1.00
14883301--14883338	18	2.1	18	95	0	67	36	23	2	36	1.69
14883585--14883617	6	5.5	6	92	0	57	21	0	63	15	1.30
14885109--14885292	73	2.5	73	86	5	257	24	26	20	28	1.99
14892928--14892967	21	1.9	21	85	10	55	55	2	2	40	1.27
14893463--14893512	24	2.2	22	86	10	66	36	0	4	60	1.16
14894182--14894322	20	7.3	19	67	21	71	48	0	1	49	1.15
14894263--14894322	14	4.1	16	74	21	53	50	0	1	48	1.11
14894242--14894390	47	3.2	43	79	12	120	47	0	4	47	1.25
14894632--14894692	27	2.3	27	80	11	72	49	0	1	49	1.10
14894634--14894726	19	4.8	19	66	23	59	48	0	4	47	1.21
14895311--14895351	15	2.7	15	85	14	57	43	2	0	53	1.13
14895506--14895558	19	2.7	20	82	11	65	50	1	0	47	1.12
14895578--14895648	28	2.7	27	85	10	85	47	1	2	47	1.25
14895578--14895648	13	5.4	13	79	15	83	47	1	2	47	1.25
14895783--14895817	17	2.2	17	90	10	56	45	0	2	51	1.16
14895762--14895826	23	2.8	23	69	17	62	46	1	1	50	1.20
14896046--14896104	21	2.5	24	73	23	61	44	1	0	54	1.10
14896449--14896504	17	3.2	17	77	7	58	42	3	0	53	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14896621--14896680	22	2.5	23	79	17	61	46	3	1	48	1.28
14898087--14898132	21	2.2	21	85	11	60	50	0	2	47	1.13
14898087--14898151	20	3.1	22	81	16	68	46	0	4	49	1.22
14898250--14898280	16	2.0	16	93	6	55	41	0	0	58	0.98
14898316--14898386	29	2.5	27	72	19	65	52	0	0	47	1.00
14898299--14898354	23	2.4	25	77	19	68	53	1	0	44	1.11
14898492--14898546	19	2.8	20	78	8	60	50	3	1	43	1.30
14898571--14898695	10	11.5	11	66	25	61	50	1	2	45	1.24
14899055--14899096	2	22.0	2	80	9	52	52	2	2	42	1.27
14899055--14899096	17	2.5	17	92	0	66	52	2	2	42	1.27
14899047--14899095	17	3.3	15	81	15	57	55	2	2	40	1.23
14899854--14899902	22	2.1	24	81	7	57	48	2	4	44	1.33
14900129--14900162	18	1.9	18	88	5	52	47	2	0	50	1.16
14900125--14900186	24	2.6	25	73	19	60	45	1	0	53	1.10
14900270--14900326	15	3.5	15	75	15	51	49	1	0	49	1.11
14900259--14900321	25	2.4	27	86	7	85	47	1	0	50	1.10
14900269--14900346	31	2.5	30	80	10	77	48	1	2	47	1.23
14900477--14900537	31	1.9	33	83	6	81	45	1	1	50	1.21
14901056--14901709	356	1.8	359	81	5	824	40	8	9	40	1.69
14900744--14901788	176	5.9	174	74	9	797	41	9	8	39	1.69
14901056--14901797	356	2.1	355	80	6	813	41	8	9	40	1.68
14902042--14902088	21	2.2	22	88	3	69	38	4	2	55	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14902081--14902124	18	2.3	18	88	7	61	56	0	0	43	0.99
14902788--14902817	14	2.1	14	93	0	51	53	0	0	46	1.00
14902946--14903012	16	4.0	16	71	17	55	52	2	0	44	1.16
14903701--14903738	18	2.1	18	90	9	60	44	2	0	52	1.14
14903676--14903738	15	4.1	15	74	10	56	41	1	1	55	1.19
14904570--14904602	13	2.5	13	85	14	50	42	0	6	51	1.26
14904570--14904629	25	2.4	25	83	8	68	43	0	3	53	1.17
14904597--14904631	18	1.9	18	94	0	61	45	0	0	54	0.99
14905310--14905682	177	2.1	179	81	5	416	41	6	9	41	1.64
14905370--14905745	177	2.1	175	79	5	382	44	6	8	40	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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