genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.147.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28352653--28352708	12	4.7	12	81	0	67	32	5	41	21	1.76
28352710--28352763	3	18.0	3	80	0	54	44	0	55	0	0.99
28352707--28352763	9	6.0	9	80	11	69	45	0	54	0	0.99
28352713--28352762	6	8.8	6	82	12	61	46	0	54	0	1.00
28352707--28352763	21	2.7	21	88	0	78	45	0	54	0	0.99
28356630--28356654	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
28366179--28366277	51	1.9	51	89	0	153	43	18	10	28	1.82
28366299--28366354	27	2.1	27	96	0	103	44	14	16	25	1.84
28368294--28368347	6	9.0	6	78	17	51	29	0	0	70	0.88
28368294--28368348	24	2.3	24	87	6	76	30	0	0	69	0.89
28381964--28381991	13	2.2	13	100	0	56	42	14	7	35	1.73
28396902--28396931	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
28397310--28397346	3	12.7	3	94	5	67	0	32	0	67	0.91
28414402--28414460	18	3.3	18	86	11	86	52	5	5	37	1.46
28414402--28414456	16	3.2	16	87	7	74	50	5	5	38	1.48
28414589--28414650	24	2.6	24	85	7	81	53	9	3	33	1.50
28414736--28414775	21	1.9	21	85	10	55	50	7	10	32	1.64
28414754--28414788	12	2.9	12	86	0	52	54	2	5	37	1.39
28414800--28414893	33	3.2	33	62	35	86	55	12	4	27	1.56
28414765--28414959	55	3.7	55	89	4	285	55	11	5	27	1.56
28414954--28415071	24	5.1	23	70	16	84	55	5	2	35	1.38
28415023--28415079	21	2.5	22	81	10	55	56	10	3	29	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28415042--28415090	21	2.4	20	80	12	55	57	12	2	28	1.46
28415983--28416133	42	3.6	41	79	7	160	39	17	13	29	1.89
28422832--28422890	22	2.7	23	76	10	59	62	5	6	25	1.41
28423426--28423480	16	3.4	16	78	11	58	50	9	5	34	1.57
28423427--28423485	18	3.3	18	79	11	68	52	8	5	33	1.54
28423407--28423501	34	2.8	34	82	7	97	49	10	4	35	1.57
28423630--28423678	24	2.0	24	88	4	71	53	14	2	30	1.52
28423615--28423685	19	3.5	19	71	22	54	54	12	2	29	1.52
28423785--28423836	20	2.6	21	82	11	65	53	13	5	26	1.62
28423862--28423903	20	2.1	20	90	0	66	54	4	4	35	1.42
28423882--28423997	24	5.0	24	77	13	109	53	6	5	34	1.50
28423954--28423997	21	2.1	21	87	8	63	54	9	4	31	1.52
28423861--28423997	68	2.0	67	82	10	163	54	6	5	34	1.49
28424003--28424040	20	2.0	18	90	10	58	47	10	7	34	1.67
28424011--28424065	30	1.9	30	85	10	80	47	14	10	27	1.78
28426494--28426523	14	2.1	14	93	0	51	40	6	0	53	1.27
28427263--28427308	21	2.2	21	88	7	67	50	4	0	45	1.21
28429877--28429943	21	3.2	21	63	23	50	22	29	14	32	1.94
28430580--28430609	14	2.1	14	100	0	60	30	13	20	36	1.90
28435112--28435149	5	7.6	5	93	0	58	73	0	26	0	0.83
28435112--28435153	15	2.8	15	92	0	66	73	0	26	0	0.83
28446019--28446044	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28449750--28449834	34	2.4	36	78	11	95	61	1	7	30	1.30
28449925--28449977	21	2.5	21	71	3	52	52	0	0	47	1.00
28462496--28462564	34	2.0	34	94	0	120	52	2	17	27	1.59
28465218--28465255	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
28475434--28475730	73	3.9	74	84	4	310	35	8	3	53	1.47
28482221--28482250	15	1.9	16	93	6	53	63	0	3	33	1.11
28482528--28482587	28	2.1	29	90	3	95	45	5	0	50	1.23
28491570--28491600	9	3.6	9	95	4	55	0	16	0	83	0.64
28491740--28491777	12	3.4	12	79	20	55	13	10	0	76	1.02
28491734--28491781	21	2.3	21	92	3	80	12	10	0	77	1.00
28491734--28491793	21	2.9	21	85	11	72	11	13	0	75	1.06
28491959--28491999	15	2.5	17	88	11	59	73	2	7	17	1.17
28492374--28492406	8	4.1	8	92	7	50	33	3	0	63	1.10
28504799--28504840	15	3.0	14	76	10	50	40	0	0	59	0.97
28504917--28504955	13	2.7	15	80	19	55	61	0	0	38	0.96
28504917--28504961	15	3.1	14	84	12	56	57	0	0	42	0.98
28505806--28505837	3	10.7	3	100	0	64	0	34	0	65	0.93
28514348--28514408	33	1.9	31	93	6	104	31	0	0	68	0.89
28514348--28514407	11	5.5	11	74	20	54	31	0	0	68	0.90
28514352--28514444	12	7.8	12	71	9	57	36	0	0	63	0.95
28515615--28515644	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
28515886--28515937	14	3.6	14	80	17	54	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28515875--28515944	34	2.1	34	83	0	86	45	0	0	54	0.99
28515912--28515962	22	2.5	22	90	9	81	49	0	0	50	1.00
28516982--28517011	6	5.0	6	91	0	51	20	16	30	33	1.94
28528440--28528501	27	2.3	26	84	13	74	50	1	4	43	1.33
28528756--28528796	17	2.4	18	80	12	50	34	4	2	58	1.32
28529324--28529447	30	4.2	30	74	10	112	46	2	7	43	1.44
28529974--28530014	20	2.0	20	85	0	55	51	2	0	46	1.14
28541871--28541929	29	2.0	29	90	0	91	37	15	13	33	1.86
28542219--28542245	4	6.8	4	100	0	54	0	51	22	25	1.48
28545827--28545858	14	2.1	16	88	11	50	46	0	0	53	1.00
28551788--28551812	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
28555732--28555762	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
28566630--28566674	19	2.4	19	92	3	74	22	15	11	51	1.75
28566995--28567022	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59
28567917--28568288	60	6.2	58	75	13	270	51	4	9	35	1.54
28567929--28568275	121	2.9	118	79	8	326	50	4	9	35	1.56
28571036--28571111	38	2.0	38	100	0	152	26	10	15	47	1.78
28574024--28574090	30	2.2	30	84	5	82	43	5	2	47	1.43
28574139--28574207	29	2.4	31	81	16	85	63	5	5	24	1.39
28584604--28584651	19	2.5	19	96	0	87	39	8	31	20	1.82
28585548--28585598	22	2.3	22	80	6	59	35	0	0	64	0.94
28585736--28585782	23	2.1	21	88	7	67	63	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28593993--28594026	8	4.0	8	92	7	50	38	0	0	61	0.96
28593993--28594026	17	2.0	17	88	11	52	38	0	0	61	0.96
28597211--28597257	15	3.0	15	84	12	51	8	6	6	78	1.08
28613468--28613521	23	2.3	23	81	9	65	50	9	7	33	1.62
28614813--28614858	23	2.0	22	83	4	56	47	6	2	43	1.41
28615597--28615622	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28615754--28615796	21	2.0	21	86	0	59	48	0	0	51	1.00
28615751--28615788	18	2.1	19	85	5	51	52	0	0	47	1.00
28617262--28617311	14	3.3	16	72	13	52	34	0	2	64	1.05
28618351--28618411	30	2.1	28	85	11	79	34	1	1	62	1.15
28620765--28620817	27	2.0	27	96	0	97	35	16	9	37	1.82
28620983--28621076	45	2.1	43	88	3	134	18	14	15	51	1.77
28627081--28627234	83	1.8	84	85	1	220	27	12	24	35	1.91
28628344--28628418	14	5.4	14	71	26	54	65	1	1	32	1.09
28628344--28628426	27	3.1	26	75	14	71	67	1	1	30	1.06
28628466--28628505	18	2.2	18	90	4	62	55	7	0	37	1.29
28629854--28630399	280	2.0	280	96	0	1020	46	3	6	43	1.46
28630952--28630998	22	2.2	22	96	3	87	51	0	0	48	1.00
28633354--28633399	20	2.2	20	88	11	67	30	0	2	67	1.03
28639190--28639368	3	58.0	3	69	20	61	27	1	5	65	1.20
28639190--28639250	10	6.4	9	73	17	52	22	0	3	73	0.97
28639190--28639368	15	11.4	16	67	22	71	27	1	5	65	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28639325--28639368	17	2.6	17	88	0	61	31	4	2	61	1.28
28639336--28639368	11	2.8	12	90	9	59	33	6	0	60	1.21
28640230--28640260	5	6.2	5	92	0	53	22	41	35	0	1.54
28640424--28640492	19	3.9	17	68	18	52	11	7	2	78	1.06
28640425--28640481	17	3.0	20	80	17	75	10	8	1	78	1.02
28640515--28640603	27	3.2	27	63	20	65	42	6	13	37	1.71
28640505--28641094	117	4.8	117	84	10	676	46	6	12	34	1.68
28640508--28641094	180	3.2	176	85	9	704	46	6	12	34	1.68
28640959--28640994	16	2.2	16	100	0	72	38	13	5	41	1.68
28640898--28641053	74	2.1	78	90	4	248	44	8	10	35	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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