genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.131.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24617543--24617643	5	20.6	5	75	17	72	74	3	3	17	1.13
24617551--24617643	36	2.6	35	82	14	118	74	4	4	17	1.15
24617563--24617630	11	5.8	11	81	11	73	73	5	4	16	1.19
24618980--24619273	66	4.5	66	72	13	230	42	13	22	20	1.87
24621656--24621695	8	5.0	8	82	11	55	82	0	2	15	0.77
24622569--24622792	60	3.8	59	91	4	344	45	6	11	36	1.66
24622820--24622866	24	2.0	24	100	0	94	36	0	25	38	1.56
24633269--24633305	8	4.9	8	80	12	51	89	0	0	10	0.49
24634303--24634386	42	2.0	42	88	4	125	25	11	21	41	1.87
24634305--24634623	44	7.3	44	82	4	353	23	11	19	45	1.83
24634370--24634623	87	2.9	87	84	6	343	23	12	18	45	1.83
24635625--24636041	60	7.0	59	88	4	597	46	6	10	36	1.64
24645593--24645727	61	2.2	61	84	2	173	40	11	9	39	1.74
24647572--24647610	21	1.9	20	89	5	60	76	2	0	20	0.90
24647613--24647667	20	2.7	20	74	2	56	78	3	7	10	1.08
24649076--24649129	2	27.5	2	92	3	92	1	50	0	48	1.11
24649580--24649605	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24655204--24655247	6	7.8	6	87	9	58	86	13	0	0	0.57
24655204--24655247	11	3.9	11	82	5	61	86	13	0	0	0.57
24655205--24655248	23	1.9	23	90	0	70	86	13	0	0	0.57
24657936--24657963	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24659328--24659431	30	3.5	30	85	3	113	33	23	6	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24659353--24659431	30	2.6	30	90	4	124	35	25	6	32	1.81
24661076--24661140	2	32.5	2	100	0	130	0	49	0	50	1.00
24666133--24666162	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
24669416--24669731	158	2.0	158	98	0	614	36	16	16	30	1.91
24682480--24682520	2	21.0	2	90	5	66	46	0	2	51	1.14
24687903--24687961	22	2.7	22	80	10	68	35	0	0	64	0.94
24687903--24687967	23	3.0	21	78	13	60	36	0	1	61	1.05
24688904--24688955	11	4.7	11	79	9	52	17	1	1	78	0.93
24688905--24688938	16	2.2	15	89	5	50	17	2	0	79	0.86
24688909--24688957	23	2.1	24	84	3	64	16	2	2	79	0.92
24688915--24688957	17	2.6	16	88	3	59	16	0	2	81	0.79
24689228--24689264	16	2.5	15	87	12	51	27	0	0	72	0.84
24692567--24692863	100	3.0	102	82	8	360	45	8	8	37	1.65
24697733--24697825	47	2.0	46	87	6	134	29	6	21	43	1.77
24701802--24701902	50	2.0	50	100	0	202	50	17	9	21	1.75
24703958--24704006	21	2.3	22	85	3	64	38	0	2	59	1.09
24708802--24708847	16	2.9	16	75	12	58	13	34	0	52	1.40
24716584--24716791	108	1.9	108	89	1	319	35	13	14	36	1.87
24724370--24724404	2	17.5	2	93	0	61	48	0	2	48	1.16
24732782--24732868	43	2.1	42	82	8	106	48	4	8	39	1.53
24732799--24732894	44	2.2	42	87	5	129	47	3	9	39	1.51
24732830--24732892	22	2.9	22	73	0	63	47	1	11	39	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24732966--24733062	21	4.7	20	79	13	90	46	8	8	37	1.64
24732991--24733062	11	7.0	10	70	17	58	47	8	5	38	1.57
24732960--24733062	41	2.5	42	80	12	122	46	8	7	36	1.64
24733034--24733087	27	2.0	27	88	0	81	57	9	1	31	1.41
24735615--24735683	34	2.0	34	82	0	84	49	5	1	43	1.35
24736782--24736820	16	2.4	17	83	8	55	51	0	2	46	1.14
24736808--24736851	19	2.3	19	84	4	52	40	0	0	59	0.98
24737882--24737926	24	2.0	23	86	8	65	48	0	11	40	1.39
24739216--24739251	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
24741842--24741879	18	2.1	19	85	5	51	28	28	18	23	1.98
24742143--24742488	109	3.1	108	72	18	278	51	5	7	35	1.52
24742213--24742442	108	2.1	108	89	4	347	51	6	7	35	1.55
24744034--24744086	21	2.5	21	100	0	106	69	13	11	5	1.34
24747003--24747045	16	2.6	17	75	17	54	60	2	13	23	1.45
24747861--24748112	42	6.2	41	71	12	171	26	11	21	40	1.87
24747816--24747992	84	2.1	84	85	2	230	29	11	17	40	1.85
24747898--24748156	118	2.2	118	81	3	308	27	12	21	38	1.90
24750350--24750387	20	1.9	20	88	0	58	52	2	5	39	1.38
24750179--24750661	118	4.1	119	85	5	570	53	6	4	35	1.48
24750195--24750643	237	1.9	237	83	5	593	52	6	4	36	1.48
24752425--24752465	21	2.0	21	85	0	55	36	0	9	53	1.34
24752501--24752536	17	2.1	18	89	5	56	41	0	8	50	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24755673--24755723	2	25.5	2	83	0	66	49	7	0	43	1.32
24760642--24760701	21	2.7	23	76	7	61	15	6	55	23	1.64
24763605--24763654	17	3.1	16	78	13	50	80	2	6	12	0.98
24763716--24763798	41	2.0	41	81	4	96	59	1	1	38	1.13
24764504--24764555	20	2.6	20	81	6	61	44	1	1	51	1.23
24764564--24764605	20	2.2	19	83	8	50	28	2	4	64	1.26
24764677--24764765	35	2.4	36	85	7	108	32	3	4	59	1.34
24764736--24764948	9	22.6	9	66	15	56	29	1	4	64	1.23
24764775--24764825	17	3.0	16	83	11	66	31	0	0	68	0.90
24764775--24764834	16	3.6	18	82	14	67	28	0	0	71	0.86
24764798--24764860	28	2.2	30	88	5	103	28	0	3	68	1.05
24764835--24764934	37	2.7	37	84	7	125	34	3	4	59	1.32
24764902--24764950	20	2.4	21	76	10	57	36	4	2	57	1.30
24765570--24765619	12	4.5	11	80	12	57	60	2	2	36	1.20
24765861--24765899	14	2.7	14	80	4	51	82	7	7	2	0.94
24765852--24765899	23	2.1	22	81	11	53	81	6	6	6	0.99
24766327--24766418	3	33.3	3	72	20	76	32	1	3	63	1.18
24766334--24766425	16	5.9	15	75	16	66	33	0	3	63	1.11
24766325--24766426	19	5.0	19	80	11	89	33	0	2	62	1.17
24766334--24766441	38	2.9	39	81	11	122	36	0	4	59	1.18
24766464--24766496	3	11.0	3	93	0	57	63	0	3	33	1.10
24766497--24766553	9	6.1	9	84	13	62	22	5	0	71	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24767183--24767364	91	2.0	91	94	0	319	34	23	17	25	1.96
24767413--24767456	17	2.5	18	88	3	63	25	2	0	72	0.96
24767401--24767471	24	3.1	23	77	18	69	22	2	0	74	0.94
24767413--24767476	11	5.7	11	75	20	53	23	4	0	71	1.04
24767424--24767477	10	5.6	10	82	10	60	25	3	0	70	1.04
24767424--24767515	18	5.0	18	73	15	73	23	4	1	70	1.12
24769074--24769108	14	2.4	15	90	4	54	77	0	8	14	0.99
24769210--24769243	11	3.2	10	88	12	50	85	0	11	2	0.71
24769201--24769243	21	1.9	23	86	13	63	83	0	9	6	0.80
24769401--24769431	12	2.5	13	94	5	55	80	0	3	16	0.83
24774221--24774253	15	2.2	16	89	10	52	42	3	9	45	1.51
24774221--24774253	14	2.3	15	89	5	50	42	3	9	45	1.51
24774438--24774848	18	24.6	17	68	19	187	54	1	1	41	1.20
24774436--24774849	15	28.0	14	68	25	109	54	1	1	41	1.20
24774438--24774829	135	2.9	135	81	11	444	54	2	1	41	1.21
24774533--24774718	81	2.4	79	81	13	206	54	2	1	41	1.21
24774678--24774751	37	2.2	32	83	11	85	56	0	1	41	1.07
24774661--24774803	77	1.9	77	81	11	177	54	0	1	43	1.14
24774444--24774849	94	4.5	88	71	20	231	54	1	1	41	1.20
24774896--24774970	17	4.6	16	75	9	62	48	0	0	52	1.00
24774890--24774970	33	2.5	32	80	11	94	49	0	0	50	1.00
24776433--24776564	67	2.0	68	92	1	221	34	4	6	53	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24776542--24776595	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
24778807--24778861	22	2.6	21	82	5	65	21	1	18	58	1.49
24792239--24792276	17	2.3	16	83	16	51	76	2	0	21	0.91
24809366--24809415	2	25.0	2	95	0	91	48	0	52	0	1.00
24813063--24813088	8	3.2	8	100	0	52	11	0	0	88	0.52
24813104--24813140	18	2.1	18	90	5	58	35	0	5	59	1.20
24815929--24815979	25	2.1	25	85	7	70	37	5	11	45	1.65
24816474--24816520	25	1.9	24	91	4	76	38	2	19	40	1.63
24816942--24817018	34	2.3	34	79	0	82	38	15	5	40	1.70
24818245--24818289	20	2.2	21	88	4	65	77	2	0	20	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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