genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.113.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   

This is table  113  of  160  ( 19195 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21362715--21362820	55	1.9	54	88	1	158	25	16	16	41	1.89
21363743--21363788	24	1.9	24	86	0	65	39	13	8	39	1.75
21370302--21370331	4	7.5	4	92	0	51	70	0	30	0	0.88
21370302--21370336	12	2.9	12	91	0	52	65	0	34	0	0.93
21372072--21372228	52	3.0	52	85	5	183	24	23	9	42	1.84
21372253--21372294	11	3.8	11	93	0	75	50	28	0	21	1.49
21372253--21372295	22	2.0	22	100	0	86	48	27	0	23	1.51
21372911--21372972	29	2.1	29	94	5	108	54	0	19	25	1.44
21373755--21373798	22	2.0	22	82	8	54	61	2	0	36	1.09
21373819--21373852	17	2.0	17	88	0	50	52	0	0	47	1.00
21374153--21374209	26	2.2	26	84	9	73	57	1	0	40	1.09
21374477--21374541	3	21.7	3	100	0	130	33	0	0	66	0.92
21374790--21374872	40	2.0	43	86	11	120	51	1	0	46	1.08
21375379--21375441	17	3.9	17	81	8	69	53	0	1	44	1.10
21376617--21376668	12	4.1	13	80	7	54	50	0	1	48	1.12
21376702--21376726	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
21376769--21376813	12	3.5	13	82	14	58	42	2	0	55	1.12
21385536--21385566	13	2.4	13	94	0	53	58	3	0	38	1.15
21385960--21385996	3	12.7	3	88	5	58	32	2	0	64	1.07
21389729--21389835	3	35.7	3	82	0	124	40	0	28	31	1.57
21389729--21389835	21	5.1	21	93	0	169	40	0	28	31	1.57
21393973--21394015	20	2.2	20	95	4	79	46	16	0	37	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21393968--21394015	20	2.5	19	90	6	78	43	16	0	39	1.48
21394064--21394111	20	2.3	22	82	13	66	37	6	8	47	1.59
21407869--21407906	20	1.9	20	88	0	58	47	5	13	34	1.65
21409333--21409489	52	3.0	52	85	3	192	40	7	23	28	1.80
21410646--21410678	13	2.7	12	95	4	57	21	0	6	72	1.05
21411490--21411532	21	2.0	21	90	0	68	25	2	16	55	1.53
21411495--21411546	25	2.1	25	85	0	68	26	1	13	57	1.47
21411509--21411671	24	7.1	24	72	15	114	33	3	9	53	1.48
21411605--21411670	20	3.1	20	82	8	69	33	4	7	54	1.49
21411583--21411789	116	1.8	115	80	11	255	31	3	10	54	1.52
21411676--21411700	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
21411679--21411756	32	2.5	32	83	8	90	29	2	8	58	1.42
21411629--21411841	84	2.5	85	77	11	238	29	3	10	57	1.48
21411796--21411873	20	3.8	20	75	18	72	28	0	7	64	1.21
21411782--21411873	43	2.2	43	92	2	150	26	0	9	64	1.24
21411740--21411928	97	1.9	98	86	5	267	27	2	10	59	1.43
21411824--21411941	55	2.1	55	87	6	168	27	4	11	57	1.51
21412024--21412101	24	3.4	23	70	21	67	38	3	6	51	1.46
21412316--21412353	20	1.9	19	89	5	58	42	2	7	47	1.46
21412730--21412763	17	2.0	17	94	0	59	20	0	5	73	1.04
21414273--21414324	16	3.2	16	80	0	68	23	3	13	59	1.50
21414302--21414366	25	2.6	25	83	7	80	20	7	15	56	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21414354--21414406	20	2.8	20	80	5	56	32	5	9	52	1.57
21414375--21414443	35	2.1	34	83	8	88	26	4	11	57	1.52
21414405--21414449	23	2.0	23	91	8	76	24	4	11	60	1.49
21415949--21415996	23	2.0	24	92	4	80	33	14	8	43	1.75
21417957--21417995	15	2.6	15	75	0	51	82	2	10	5	0.93
21419849--21419933	22	3.9	23	70	14	63	35	23	15	25	1.94
21419890--21419955	22	3.0	22	72	12	55	37	19	12	30	1.88
21419905--21419967	22	2.9	22	76	9	65	39	22	7	30	1.82
21419959--21420186	22	10.3	22	67	9	70	31	21	18	28	1.97
21419841--21420086	44	5.5	44	73	7	176	33	21	15	28	1.95
21419891--21420186	66	4.5	66	70	10	192	32	20	17	29	1.96
21420559--21420617	22	2.7	21	73	17	50	27	15	18	38	1.91
21420526--21420602	22	3.5	22	73	7	75	31	15	18	35	1.92
21423077--21423136	23	2.6	23	81	2	66	23	3	28	45	1.69
21423077--21423137	8	7.8	8	71	10	54	22	3	27	45	1.68
21423080--21423137	15	3.7	15	81	9	55	24	3	25	46	1.68
21425060--21425098	15	2.5	16	91	4	62	15	7	2	74	1.15
21428883--21429006	65	1.9	64	85	4	169	40	13	10	35	1.79
21429387--21429414	13	2.2	13	100	0	56	21	7	28	42	1.79
21429572--21429737	64	2.6	63	76	4	161	43	12	10	33	1.76
21429610--21429766	64	2.5	65	80	5	178	43	12	12	31	1.80
21429732--21429802	35	2.0	36	86	2	99	38	8	19	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21431612--21431683	26	2.8	26	87	8	96	50	0	2	47	1.15
21431646--21431722	15	4.6	16	71	12	57	51	1	1	45	1.17
21431709--21431746	19	2.0	20	89	5	60	47	5	0	47	1.24
21431779--21431857	16	5.2	16	76	22	64	43	0	1	55	1.07
21431773--21432173	23	17.4	22	67	23	116	40	2	2	55	1.26
21431775--21432084	13	23.6	13	68	23	84	40	1	2	55	1.23
21431773--21432173	18	22.5	18	66	24	151	40	2	2	55	1.26
21431775--21432093	41	8.1	41	67	19	126	39	2	2	55	1.24
21433150--21433249	34	2.9	34	82	5	114	41	13	12	34	1.81
21434445--21434770	62	5.3	63	75	6	267	34	12	15	38	1.84
21434473--21434809	183	1.8	181	79	6	383	34	10	16	37	1.84
21444130--21444286	52	3.0	52	83	1	163	25	23	9	41	1.84
21444311--21444352	11	3.8	11	93	0	75	50	28	0	21	1.49
21444311--21444353	22	2.0	22	100	0	86	48	27	0	23	1.51
21444658--21444741	31	2.7	32	90	3	127	21	22	23	32	1.98
21445227--21445383	52	3.0	53	86	5	205	26	23	8	41	1.83
21445408--21445449	11	3.8	11	87	0	66	50	26	0	23	1.50
21446066--21446127	29	2.1	29	94	5	108	54	0	19	25	1.44
21446955--21447023	12	5.8	12	77	14	54	55	0	0	44	0.99
21447633--21447674	3	14.3	3	92	5	68	61	0	0	38	0.96
21447928--21448007	42	1.9	42	85	10	110	52	1	0	46	1.08
21449199--21449253	17	3.2	17	81	0	65	54	1	1	41	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21449190--21449253	34	1.9	32	84	6	83	54	3	1	40	1.25
21449442--21449479	15	2.5	15	95	0	67	55	0	0	44	0.99
21450336--21450374	13	2.9	13	85	14	53	69	0	0	30	0.89
21450424--21450457	14	2.5	13	86	13	50	50	0	2	47	1.16
21450569--21450607	14	3.0	13	85	10	53	41	2	0	56	1.13
21452730--21452761	16	2.0	16	93	0	55	53	6	0	40	1.26
21454893--21454997	52	2.0	52	92	1	176	36	5	2	55	1.39
21457211--21457362	75	2.0	76	97	1	288	44	11	19	24	1.84
21459139--21459283	43	3.4	43	77	9	161	31	17	7	42	1.78
21459139--21459407	43	6.2	43	73	3	155	28	18	10	42	1.83
21460609--21460656	22	2.2	22	86	13	73	52	0	0	47	1.00
21460608--21460661	21	2.7	21	88	11	78	51	0	0	48	1.00
21460972--21461005	14	2.5	14	85	4	52	8	0	5	85	0.75
21460967--21461004	14	2.9	13	84	11	51	7	2	5	84	0.86
21461417--21461495	37	2.1	37	81	4	88	58	8	3	29	1.46
21464223--21464301	39	2.0	39	85	4	106	25	21	25	27	1.99
21467416--21467469	24	2.2	26	86	6	76	46	1	1	50	1.23
21468168--21468223	19	3.1	18	82	10	69	46	1	1	50	1.22
21472912--21472953	16	2.6	16	80	0	57	42	7	9	40	1.65
21472928--21473032	22	4.8	22	78	2	113	40	8	12	38	1.73
21473010--21473068	18	3.2	19	80	9	77	52	6	10	30	1.61
21476054--21476092	16	2.4	17	82	4	53	53	2	0	43	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21482016--21482043	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21486933--21486971	20	2.0	20	89	0	60	76	0	23	0	0.78
21486920--21486971	15	3.3	15	77	15	52	75	1	23	0	0.91
21488323--21488354	16	2.0	16	93	0	55	34	0	6	59	1.23
21488754--21488794	22	1.9	21	85	5	55	60	2	2	34	1.23
21489277--21489718	57	7.7	57	81	7	477	37	12	5	43	1.66
21489277--21489718	115	3.9	114	83	3	521	37	12	5	43	1.66
21489735--21489816	13	6.8	12	75	15	71	80	2	3	13	0.95
21489735--21489821	38	2.4	35	72	22	72	79	2	4	13	0.99
21489845--21489882	17	2.3	16	86	8	58	78	0	2	18	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160