genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.145.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   

This is table  145  of  160  ( 19195 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27663504--27663658	46	3.4	46	79	7	174	38	13	9	38	1.76
27663503--27663636	21	5.9	23	76	15	102	39	13	7	39	1.73
27663583--27663656	22	3.4	22	88	5	98	37	14	5	41	1.69
27663699--27663780	21	3.9	21	79	6	94	34	17	10	37	1.85
27663619--27663857	122	2.0	122	88	1	363	33	15	11	38	1.84
27663698--27663780	43	2.0	42	88	7	123	33	18	10	37	1.85
27663877--27663973	25	4.0	25	78	10	103	40	13	6	40	1.69
27663948--27664215	37	7.1	37	86	8	369	38	12	8	40	1.73
27663952--27664209	81	3.4	78	83	13	324	37	12	8	41	1.73
27664061--27664221	73	2.2	74	94	3	281	36	14	8	41	1.75
27665021--27665053	15	2.2	15	100	0	66	48	0	24	27	1.51
27665322--27665365	22	2.0	22	90	0	70	11	9	0	79	0.93
27665328--27665439	44	2.6	43	77	14	122	8	15	0	75	1.03
27665373--27665428	10	5.6	10	80	12	53	3	12	0	83	0.76
27665373--27665436	31	2.1	30	88	8	94	4	12	0	82	0.81
27665381--27665430	11	4.4	11	79	16	57	4	10	0	86	0.71
27665794--27665841	9	5.4	8	83	16	51	0	16	4	79	0.89
27665788--27665849	17	3.6	18	76	20	60	1	17	3	77	0.98
27669422--27669760	120	2.9	115	77	11	319	35	11	5	47	1.64
27669412--27669760	60	5.9	59	75	11	257	34	11	5	48	1.62
27669749--27669786	19	2.0	20	89	5	60	44	0	13	42	1.43
27669826--27669863	19	2.0	20	89	5	60	50	0	5	44	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27669692--27669915	77	2.9	77	91	0	358	38	7	5	47	1.56
27669904--27669940	18	2.1	18	89	0	56	24	0	2	72	0.97
27669976--27670013	16	2.5	15	91	4	58	73	7	0	18	1.06
27680526--27680561	18	1.9	19	88	5	56	36	0	2	61	1.11
27681852--27681922	33	2.2	33	89	0	106	36	5	21	36	1.77
27682402--27682558	61	2.5	64	77	12	166	34	15	9	40	1.80
27687936--27687997	24	2.5	26	70	12	60	61	3	24	11	1.44
27691402--27691427	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27695344--27695613	122	2.2	122	80	2	283	36	22	6	34	1.80
27696044--27696069	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
27696378--27696404	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
27698276--27698316	14	2.9	14	88	3	55	51	0	0	48	1.00
27702649--27702683	15	2.3	15	85	0	52	51	0	0	48	1.00
27702626--27702753	56	2.2	58	75	9	136	53	1	1	42	1.19
27706898--27706929	6	5.3	6	100	0	64	50	31	0	18	1.48
27707318--27707356	20	1.9	19	85	10	51	41	0	0	58	0.98
27712042--27712153	39	2.9	39	91	0	179	30	31	23	15	1.95
27716260--27716299	18	2.2	18	86	0	53	2	15	22	60	1.47
27737883--27738006	61	2.0	61	87	0	176	37	13	17	31	1.89
27741236--27741321	33	2.7	32	81	5	102	46	17	3	32	1.65
27741249--27741321	32	2.2	33	87	2	103	46	17	4	31	1.67
27746984--27747022	19	2.0	20	90	5	62	35	28	0	35	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27750463--27750492	7	4.1	7	91	8	51	56	3	0	40	1.16
27750463--27750492	15	2.1	15	93	6	53	56	3	0	40	1.16
27751158--27751209	20	2.5	20	80	17	54	63	1	0	34	1.06
27751169--27751222	24	2.3	23	84	9	65	66	0	0	33	0.92
27751284--27751325	19	2.2	19	83	8	50	64	2	11	21	1.38
27751354--27751443	46	1.9	47	90	2	146	61	5	5	27	1.41
27751423--27751465	21	2.0	21	86	0	59	69	0	6	23	1.12
27752084--27752121	2	19.5	2	89	5	60	47	2	0	50	1.15
27756392--27756431	2	20.0	2	94	0	71	0	2	50	47	1.14
27756431--27756459	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
27757049--27757080	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
27763834--27763868	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
27769142--27769201	29	2.1	29	83	0	75	25	15	8	51	1.70
27770904--27770946	18	2.4	18	92	0	68	20	11	23	44	1.84
27773617--27773707	26	3.6	25	75	12	80	51	0	0	48	1.00
27782737--27782778	21	1.9	22	85	9	59	50	2	7	40	1.43
27791714--27791759	21	2.1	22	84	4	58	60	0	0	39	0.97
27791711--27791761	22	2.3	22	80	6	59	60	0	0	39	0.97
27791736--27791812	30	2.5	31	79	8	86	50	1	1	46	1.17
27794347--27794385	12	3.2	13	85	10	55	38	0	0	61	0.96
27794352--27794389	12	3.2	12	85	11	51	34	0	0	65	0.93
27794628--27794671	23	1.9	23	86	9	63	45	9	6	38	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27795382--27795411	15	2.0	15	93	0	51	50	0	43	6	1.28
27795381--27795441	16	3.8	16	74	6	52	55	0	39	4	1.21
27796897--27796937	2	20.5	2	89	0	55	43	0	7	48	1.30
27799961--27800056	31	3.1	31	76	0	102	30	20	16	32	1.95
27802299--27802345	24	2.0	24	83	8	60	44	0	14	40	1.46
27802350--27802406	30	1.9	30	82	7	71	43	0	1	54	1.10
27807987--27808040	27	2.0	27	100	0	108	37	11	11	40	1.76
27813136--27813299	82	2.0	82	91	0	265	25	16	14	43	1.86
27830208--27830378	57	2.9	58	86	10	231	38	9	3	48	1.54
27830207--27830391	58	3.2	56	82	11	205	36	9	3	51	1.50
27830445--27830483	4	9.5	4	88	5	60	71	2	0	25	0.98
27831042--27831198	52	3.0	52	85	1	199	26	24	8	40	1.83
27831225--27831264	11	3.6	11	93	0	71	50	27	0	22	1.50
27831209--27831265	22	2.7	21	89	8	80	49	24	1	24	1.60
27832315--27832359	22	2.0	22	91	0	72	22	8	31	37	1.85
27832767--27832822	24	2.3	24	96	0	103	39	5	0	55	1.23
27832763--27832830	24	2.4	29	70	27	74	33	4	0	61	1.16
27843126--27843174	25	1.9	26	87	4	73	44	4	0	51	1.20
27844065--27844205	74	1.9	75	80	12	166	39	7	3	50	1.47
27844219--27844264	19	2.3	21	85	7	60	45	13	2	39	1.55
27844219--27844273	21	2.8	20	83	10	60	41	12	1	43	1.53
27844228--27844460	112	2.1	112	78	14	241	38	9	3	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27844299--27844377	40	2.0	41	84	2	106	40	8	2	48	1.48
27847629--27847667	14	2.9	14	82	17	55	30	0	0	69	0.89
27847688--27847718	12	2.6	12	94	0	53	41	0	3	54	1.16
27847873--27847912	21	1.9	21	85	10	55	62	5	0	32	1.17
27849273--27849412	57	2.4	59	75	12	155	50	0	6	42	1.28
27849704--27849735	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
27849750--27849820	30	2.4	29	81	4	79	35	4	7	53	1.48
27850291--27850324	17	1.9	18	94	5	61	47	0	0	52	1.00
27850419--27850469	21	2.4	21	80	0	57	56	1	5	35	1.35
27849707--27850685	487	2.0	480	87	5	1421	42	4	7	45	1.52
27851647--27851689	21	2.0	21	86	0	59	55	6	2	34	1.39
27851904--27851932	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
27855642--27855722	34	2.5	33	86	8	112	43	9	8	38	1.69
27866150--27866216	17	4.1	17	73	3	57	44	0	5	49	1.27
27866143--27866224	34	2.4	33	78	8	92	45	0	4	50	1.23
27866196--27866253	27	2.0	30	87	9	86	43	0	3	53	1.17
27866232--27866265	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
27867086--27867138	27	1.9	28	81	11	65	64	1	1	32	1.15
27867747--27867775	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
27873611--27873649	19	2.1	19	85	0	51	7	25	2	64	1.33
27889739--27889768	15	1.9	16	93	6	53	16	6	16	60	1.56
27913572--27913597	13	2.0	13	100	0	52	30	7	23	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27922396--27922439	7	6.0	7	84	10	52	52	0	0	47	1.00
27922396--27922439	21	2.0	21	86	8	61	52	0	0	47	1.00
27927630--27927677	21	2.4	19	79	6	51	45	0	20	33	1.52
27927777--27927824	21	2.4	19	79	6	51	45	0	20	33	1.52
27927558--27927849	147	2.0	147	99	0	575	41	1	21	35	1.62
27927592--27927891	147	2.1	145	85	4	374	45	1	19	33	1.60
27930287--27930335	22	2.2	23	81	3	55	40	2	0	57	1.10
27930662--27930714	28	1.9	27	85	11	72	49	0	1	49	1.12
27932824--27932883	29	2.1	27	82	11	68	50	0	3	46	1.18
27933248--27933294	5	9.4	5	80	17	53	0	42	0	57	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160