genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.139.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   

This is table  139  of  160  ( 19195 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26083372--26083409	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
26083630--26083658	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
26086614--26086650	2	19.0	2	88	5	58	45	0	0	54	1.00
26090606--26090645	15	2.7	15	88	0	53	17	0	25	57	1.40
26090685--26090779	28	3.4	28	79	5	84	16	2	28	52	1.55
26090607--26090765	14	11.2	14	63	12	56	16	1	30	51	1.53
26090755--26090794	14	2.8	14	88	3	53	22	2	22	52	1.59
26090815--26090904	29	3.1	29	79	3	101	18	0	34	46	1.50
26090859--26091027	43	4.3	41	69	21	128	20	0	30	48	1.50
26090922--26090965	21	2.0	22	83	12	56	20	0	36	43	1.52
26090871--26091042	72	2.4	72	95	0	308	19	0	33	47	1.49
26090921--26090978	29	2.0	29	89	0	89	18	0	36	44	1.50
26092327--26092400	34	2.2	34	85	4	96	12	8	44	35	1.71
26092611--26092657	19	2.6	18	86	6	67	14	2	2	80	0.89
26092611--26092654	10	4.7	9	78	10	52	13	2	2	81	0.88
26094837--26094891	18	3.2	18	77	12	53	45	1	0	52	1.11
26098174--26098202	15	2.0	15	93	6	51	27	0	10	62	1.28
26099554--26099590	12	3.0	12	88	4	56	35	0	2	62	1.10
26100372--26100420	21	2.3	21	100	0	98	32	36	12	18	1.88
26104140--26104200	22	2.7	22	75	12	61	44	8	0	47	1.33
26104316--26104351	18	2.1	17	89	5	54	38	2	0	58	1.13
26107015--26107052	12	3.2	12	85	3	51	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26109012--26109037	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
26117032--26117070	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
26117842--26117889	20	2.4	20	92	0	87	16	4	27	52	1.62
26117998--26118031	16	2.0	18	88	11	54	44	0	2	52	1.16
26123342--26123366	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
26127057--26127088	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
26131688--26131713	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
26133544--26133617	34	2.1	35	90	5	123	24	27	24	24	2.00
26135412--26135455	23	1.9	23	100	0	88	56	0	9	34	1.31
26135466--26135997	294	1.8	293	86	2	771	40	4	10	44	1.59
26137095--26137178	33	2.6	33	75	18	79	67	1	7	23	1.22
26144337--26144369	15	2.1	16	88	5	50	60	0	0	39	0.97
26145330--26145369	20	2.0	20	85	4	55	40	0	2	57	1.12
26147538--26147566	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
26147907--26147955	22	2.2	22	89	7	73	77	12	4	6	1.09
26147910--26147949	13	3.1	13	88	0	53	80	15	2	2	0.93
26148159--26148221	23	2.7	23	95	2	108	23	41	6	28	1.79
26148861--26148918	14	3.9	15	80	10	75	32	44	22	0	1.53
26148859--26148923	19	3.8	19	68	31	65	33	43	23	0	1.54
26148864--26148953	30	3.0	30	93	0	144	31	41	24	3	1.71
26149636--26150017	193	2.0	192	93	3	660	37	12	14	35	1.84
26155713--26156103	49	7.8	49	86	7	477	29	11	25	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26155713--26156103	97	3.9	98	83	10	486	29	11	25	33	1.91
26156119--26156150	12	2.7	12	95	0	55	90	3	0	6	0.53
26156270--26156318	22	2.2	22	89	7	73	77	12	4	6	1.09
26156273--26156312	13	3.1	13	88	0	53	80	15	2	2	0.93
26156355--26156405	12	4.3	12	75	2	50	21	58	13	5	1.56
26156355--26156405	24	2.2	23	82	10	59	21	58	13	5	1.56
26156521--26156583	23	2.7	23	95	2	108	23	41	6	28	1.79
26157226--26157283	14	3.9	15	80	10	75	32	44	22	0	1.53
26157224--26157288	19	3.8	19	68	31	65	33	43	23	0	1.54
26157229--26157318	30	3.0	30	93	0	144	31	41	24	3	1.71
26158001--26158382	193	2.0	192	94	3	678	36	12	15	35	1.85
26159539--26159568	11	2.7	11	94	0	51	13	33	0	53	1.40
26159591--26159625	16	2.2	16	89	0	52	85	0	14	0	0.59
26159591--26159624	6	6.0	6	93	6	54	88	0	11	0	0.52
26160316--26160344	7	4.1	7	100	0	58	13	44	27	13	1.82
26166060--26166109	14	3.4	14	75	20	57	26	0	0	74	0.83
26166054--26166121	30	2.2	30	92	2	109	27	0	0	72	0.85
26166065--26166121	16	3.6	17	80	20	79	26	0	0	73	0.83
26166117--26166167	19	2.7	19	84	6	68	47	0	0	52	1.00
26166213--26166271	20	3.1	19	78	11	66	57	3	0	38	1.15
26166208--26166273	18	3.6	18	80	8	78	54	3	0	42	1.15
26175959--26175988	15	2.0	15	93	0	51	80	3	6	10	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26179910--26179978	32	2.2	31	84	7	86	43	18	11	26	1.84
26180178--26180503	33	10.1	32	68	11	125	32	19	12	35	1.90
26180174--26180450	66	4.3	66	77	10	232	32	19	13	35	1.90
26180297--26180475	66	2.7	67	80	8	183	35	18	12	33	1.89
26181074--26181145	22	3.3	22	80	0	90	29	18	12	40	1.87
26181139--26181257	36	3.3	35	85	4	141	21	14	14	49	1.78
26181325--26181490	36	4.6	36	71	3	109	16	17	19	45	1.85
26181155--26181463	146	2.1	146	81	1	352	17	17	16	48	1.81
26181533--26181602	36	1.9	36	94	0	122	22	18	15	42	1.88
26182093--26182148	21	2.5	23	85	5	71	50	1	1	46	1.22
26188776--26188817	21	2.0	21	85	0	57	26	7	4	61	1.42
26194203--26194233	14	2.2	14	94	0	53	61	22	0	16	1.34
26199218--26199259	16	2.6	16	81	7	50	66	7	0	26	1.17
26199288--26199337	22	2.3	22	71	21	52	44	0	0	56	0.99
26200583--26200611	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
26201630--26201682	21	2.5	22	93	3	90	50	0	0	49	1.00
26201825--26201849	11	2.3	11	100	0	50	16	68	16	0	1.22
26207102--26207194	12	7.7	12	71	20	59	66	2	1	30	1.10
26207094--26207194	36	2.8	34	76	15	80	66	1	0	30	1.09
26207139--26207173	17	2.0	17	88	5	52	71	2	0	25	1.00
26208909--26208954	23	2.0	23	82	4	56	34	2	4	58	1.30
26211220--26211254	17	2.0	18	88	5	54	65	0	5	28	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26211536--26211566	15	2.1	15	93	0	53	51	6	16	25	1.68
26213150--26213245	33	2.9	32	76	11	88	31	4	6	58	1.42
26213914--26213995	32	2.6	32	84	3	94	52	1	1	45	1.16
26217583--26217623	21	1.9	22	85	5	57	36	0	2	60	1.10
26218022--26218099	20	3.8	20	69	12	61	48	5	6	39	1.51
26218016--26218093	21	3.8	21	77	3	77	52	5	6	35	1.49
26218020--26218109	20	4.4	19	72	14	56	50	4	6	38	1.49
26218145--26218193	21	2.3	21	86	13	66	48	2	6	42	1.39
26218350--26218415	20	3.2	20	66	10	53	50	9	6	34	1.59
26218558--26218617	21	2.9	20	74	16	52	50	15	3	31	1.60
26218919--26218950	10	3.1	10	91	8	55	43	9	0	46	1.35
26218919--26218951	11	3.1	11	95	4	59	45	9	0	45	1.35
26228221--26228255	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
26228255--26228287	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
26233447--26233495	23	2.1	24	84	3	64	38	0	0	61	0.96
26233482--26233554	22	3.3	21	86	7	92	45	0	0	54	0.99
26234013--26234045	15	2.2	15	94	0	57	21	24	6	48	1.72
26239806--26239848	2	21.5	2	90	0	68	55	0	0	44	0.99
26239806--26239848	12	3.6	12	96	0	77	55	0	0	44	0.99
26242056--26242095	14	2.9	15	92	7	59	42	0	0	57	0.98
26242064--26242095	7	4.6	7	100	0	64	40	0	0	59	0.97
26242056--26242095	21	1.9	21	90	10	64	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26244790--26244831	3	13.7	3	95	5	75	30	0	0	69	0.89
26245460--26245503	19	2.3	19	80	11	54	52	0	0	47	1.00
26245627--26245701	16	4.9	17	67	29	69	48	0	0	52	1.00
26245627--26245712	28	2.9	28	86	6	109	46	1	0	52	1.08
26246704--26247310	265	2.3	267	94	2	1073	42	10	7	38	1.69
26247219--26247565	128	2.7	128	81	6	390	43	10	9	36	1.72
26247297--26247530	62	3.7	63	74	12	210	42	11	9	36	1.74
26247608--26247878	62	4.3	63	72	13	186	36	10	9	42	1.72
26247910--26248054	72	2.0	72	89	0	218	33	8	11	46	1.70
26279732--26279793	30	2.0	31	84	3	81	30	16	1	51	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160