genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133--684	35	15.1	35	64	11	167	20	20	13	45	1.84
120--693	73	7.8	73	85	1	722	20	20	13	45	1.84
127--693	220	2.6	218	88	2	807	20	20	13	45	1.84
120--693	293	2.0	292	86	4	800	20	20	13	45	1.84
961--1298	105	3.3	103	82	7	363	20	18	12	48	1.79
955--1315	34	10.6	34	66	10	110	20	19	12	47	1.81
1155--1345	34	5.6	34	72	9	93	19	18	12	48	1.80
1654--1711	23	2.5	22	83	10	71	60	0	0	39	0.97
1781--1832	12	4.5	12	76	7	54	13	55	15	15	1.69
2529--2580	26	2.0	25	88	3	77	28	40	19	11	1.86
2783--2827	24	1.9	23	82	13	56	57	4	2	35	1.31
2731--9217	181	36.1	180	73	10	3009	42	9	7	40	1.65
2731--12989	361	28.7	361	75	8	6362	42	9	7	40	1.65
5361--5393	18	1.9	17	88	11	50	36	6	9	48	1.60
5974--6020	22	2.1	22	92	0	76	53	2	0	44	1.12
9290--12440	181	17.6	181	75	8	2061	41	9	8	40	1.67
10032--12989	362	8.3	359	75	8	2030	41	9	7	40	1.66
9352--12989	541	6.8	537	74	9	2185	42	9	7	40	1.66
12182--12216	16	2.1	17	89	5	54	34	14	2	48	1.58
12469--12989	180	2.9	178	79	6	500	43	9	6	40	1.61
13662--17258	181	20.0	180	75	8	2327	42	9	7	40	1.66
14182--25686	181	64.6	178	71	11	4263	42	9	7	40	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13775--17167	718	4.7	718	75	9	1698	42	9	7	40	1.65
17102--17405	148	2.1	147	88	1	448	43	9	7	38	1.67
18505--18810	168	1.8	168	84	5	422	42	10	6	40	1.64
19553--19597	18	2.6	17	86	10	56	46	6	2	44	1.42
22554--22606	18	3.0	18	78	13	65	37	9	5	47	1.60
17307--25571	541	15.5	532	72	12	2470	42	9	7	40	1.65
25689--26479	179	4.4	180	78	9	708	41	9	6	42	1.62
26231--26269	17	2.2	18	86	4	53	30	5	10	53	1.56
26522--26618	31	3.3	30	80	14	112	48	9	10	31	1.69
26522--26604	27	2.9	27	89	7	112	49	10	9	30	1.70
26652--29956	181	18.5	181	74	8	2156	42	10	7	40	1.66
28209--29422	178	7.0	164	70	14	550	41	9	7	41	1.65
28769--28816	17	2.8	17	78	12	53	37	4	6	52	1.46
28374--29954	182	8.9	178	73	9	976	42	10	7	39	1.66
29886--30023	67	2.1	67	84	2	179	40	12	3	43	1.60
29953--30795	181	4.7	180	76	8	648	42	10	5	40	1.63
29973--30758	358	2.2	356	81	4	884	42	10	5	41	1.62
31265--31721	58	7.8	58	81	7	548	36	13	7	42	1.72
31270--31712	235	1.9	235	92	1	744	37	13	7	42	1.72
31270--31734	118	4.0	118	89	2	695	36	12	7	43	1.70
32614--32667	22	2.5	22	77	14	67	61	1	3	33	1.25
32774--32826	14	3.4	16	74	12	56	69	1	1	26	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32774--32848	32	2.6	29	76	19	75	72	2	1	24	1.06
33030--33455	85	5.0	82	84	7	437	39	21	15	24	1.91
33071--33455	126	3.0	126	88	5	532	39	21	15	24	1.91
33038--33455	211	2.0	212	88	4	621	39	20	15	24	1.91
34433--34508	7	10.6	7	72	20	59	6	11	0	81	0.86
34419--34508	46	2.0	45	82	10	112	7	13	0	78	0.94
34419--34502	19	4.4	19	72	19	68	8	13	0	78	0.96
43053--43512	58	7.8	59	82	7	481	36	14	8	41	1.76
43524--43594	18	3.7	19	72	7	63	73	1	8	16	1.15
43619--43644	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
44454--44536	41	2.0	43	88	9	127	62	4	4	27	1.36
44442--44549	21	5.1	21	75	7	85	61	3	4	30	1.34
44454--44549	41	2.3	42	85	7	124	62	4	4	29	1.32
44608--44730	11	10.6	11	71	22	51	67	2	3	26	1.18
44660--44709	6	8.5	6	82	12	52	68	0	0	32	0.90
44930--44968	20	2.0	20	85	9	55	53	0	5	41	1.23
44839--46905	177	11.6	179	75	8	1497	42	9	8	39	1.67
44839--46905	364	5.8	359	74	9	1484	42	9	8	39	1.67
45897--45929	18	1.9	17	88	11	50	39	6	3	51	1.42
44851--46905	526	3.8	529	77	8	1485	42	9	8	39	1.67
46878--46982	45	2.3	47	88	5	151	53	1	3	40	1.30
47031--47530	177	2.8	180	73	14	435	40	9	8	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48381--48446	21	3.2	21	82	6	82	50	7	7	34	1.59
48639--48668	10	2.8	11	90	10	53	66	16	0	16	1.25
48981--49083	53	1.9	53	96	3	190	44	13	6	34	1.70
49477--64009	541	27.1	536	73	10	6688	42	9	7	40	1.66
49447--53335	181	21.7	178	74	8	2419	42	9	7	41	1.65
54113--64009	181	55.3	180	74	7	5778	42	9	7	40	1.66
55122--64009	363	24.8	358	75	7	5204	42	9	7	40	1.66
58844--58876	16	1.9	18	88	11	52	39	18	0	42	1.50
62019--62376	183	2.0	184	81	1	432	46	8	5	39	1.58
64114--65445	181	7.4	178	77	5	1016	41	8	8	42	1.64
64168--65442	360	3.6	356	77	6	1051	41	8	8	41	1.65
67029--67076	23	2.2	21	82	10	53	25	0	25	50	1.50
67569--67631	17	3.5	17	75	12	63	47	3	0	49	1.17
67638--67698	24	2.6	24	70	12	63	42	1	0	55	1.09
67749--67786	17	2.4	15	87	12	58	52	0	5	42	1.24
67734--68202	180	2.6	181	82	5	529	42	8	8	40	1.66
68105--68160	18	3.2	18	72	12	53	51	3	3	41	1.36
68423--68452	9	3.3	9	90	0	51	36	10	10	43	1.72
68617--68655	12	3.3	12	85	3	53	56	2	0	41	1.13
69159--73087	181	21.8	180	78	6	3135	41	7	8	42	1.63
71055--71086	16	1.9	17	93	6	57	50	0	9	40	1.35
71589--71646	18	3.2	19	72	20	61	46	5	8	39	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72862--72911	17	2.8	18	85	11	68	50	4	4	42	1.40
73475--73506	15	2.1	15	94	0	55	21	6	3	68	1.26
73644--73691	19	2.5	19	86	0	69	47	2	2	47	1.25
74770--74825	18	3.2	18	76	16	64	69	5	0	25	1.09
77102--78695	181	8.9	181	78	5	1430	42	7	7	41	1.62
77311--77343	17	1.9	17	93	0	57	42	0	0	57	0.98
77105--78695	360	4.4	356	79	6	1456	42	7	7	41	1.62
78207--78239	16	2.0	17	88	5	50	42	3	3	51	1.32
77102--78687	539	2.9	530	80	6	1674	42	8	7	41	1.62
79968--80061	33	3.1	29	77	11	89	63	5	1	29	1.23
81522--81556	17	2.1	17	89	5	54	51	14	11	22	1.74
83857--83921	22	3.0	22	79	4	69	43	3	3	50	1.33
83883--83921	11	3.5	11	86	10	53	41	5	0	53	1.23
83918--83970	23	2.3	23	90	3	81	33	3	16	45	1.66
83990--84085	44	2.2	44	82	0	120	40	7	7	44	1.60
84006--84089	22	3.8	22	73	6	62	41	4	5	47	1.49
84089--84342	22	11.7	22	66	10	76	38	7	3	50	1.50
84154--84258	43	2.4	43	79	7	115	35	6	1	56	1.37
88788--88869	22	3.7	22	81	0	65	37	4	2	54	1.35
88905--88957	11	4.8	11	79	9	63	41	5	1	50	1.36
88905--88966	22	2.8	22	80	4	63	41	6	3	48	1.45
89002--89059	22	2.6	22	81	10	73	36	5	3	55	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89089--89181	22	4.3	22	79	6	64	40	6	2	50	1.40
89108--89181	22	3.4	22	81	7	96	41	5	1	51	1.33
89129--89181	11	4.8	11	76	0	52	41	5	0	52	1.25
91019--91064	21	2.1	21	84	4	56	54	8	0	36	1.32
92161--92195	7	5.1	7	86	6	54	85	0	2	11	0.69
92173--92206	17	2.0	17	88	0	50	79	0	2	17	0.86
92538--92562	7	3.6	7	100	0	50	64	0	12	24	1.27
93090--93127	18	2.0	18	90	10	58	18	2	5	73	1.14
101630--101670	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
109655--109715	32	2.0	30	90	6	95	72	8	4	14	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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