genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   

This is table  64  of  160  ( 19195 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13312640--13312677	17	2.2	18	86	9	53	47	13	10	28	1.76
13319716--13319763	17	2.9	16	81	9	60	27	4	10	58	1.49
13334204--13334257	22	2.5	22	96	0	99	31	1	27	38	1.67
13339475--13339723	123	2.0	124	99	0	491	36	17	18	27	1.94
13342552--13342576	13	1.9	13	100	0	50	0	8	0	92	0.40
13348186--13348318	66	2.0	68	84	11	177	37	9	1	51	1.44
13348254--13348286	7	4.7	7	85	14	50	12	0	0	87	0.53
13348254--13348278	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
13348194--13348342	66	2.3	64	80	14	155	34	8	2	54	1.45
13348751--13348980	7	34.3	7	71	17	125	17	1	38	42	1.60
13348750--13348850	6	15.5	6	74	15	69	17	1	43	36	1.61
13348750--13348979	13	17.2	13	71	16	107	17	1	39	41	1.60
13348833--13348958	54	2.4	54	81	5	150	15	1	35	46	1.56
13349581--13349624	23	2.0	22	81	4	52	50	20	15	13	1.78
13354018--13354047	15	1.9	16	93	6	53	20	13	13	53	1.72
13354102--13354233	69	1.9	69	84	3	176	50	6	8	34	1.59
13354156--13354328	52	3.2	52	75	14	154	47	7	10	33	1.67
13354170--13354333	57	3.1	50	78	16	161	51	6	11	30	1.64
13358287--13358393	26	4.0	25	84	8	124	76	0	14	8	1.00
13358287--13358393	27	4.0	26	85	7	135	76	0	14	8	1.00
13358289--13358406	10	12.0	9	68	17	58	77	0	16	6	0.98
13358289--13358407	53	2.2	54	83	10	154	77	0	15	6	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13358292--13358422	27	4.9	26	74	15	90	77	0	16	6	0.98
13358309--13358428	36	3.3	37	76	16	103	75	0	16	7	1.01
13358363--13358422	23	3.0	19	76	23	61	80	0	15	5	0.88
13358363--13358422	20	3.0	20	79	13	70	80	0	15	5	0.88
13358300--13358422	16	7.5	15	72	23	72	77	0	15	7	0.98
13359061--13359231	63	2.7	63	87	1	218	40	13	22	23	1.89
13359649--13359698	21	2.4	22	77	12	61	46	8	8	38	1.63
13359909--13359961	21	2.5	21	90	6	81	47	7	9	35	1.64
13359535--13360028	264	1.9	263	84	1	677	35	10	16	37	1.84
13360014--13360051	20	1.9	20	94	0	67	34	7	21	36	1.82
13360360--13360921	43	13.2	43	77	6	225	23	14	19	42	1.88
13360360--13360931	86	6.7	85	76	6	471	23	14	19	42	1.88
13360361--13360931	126	4.5	127	80	7	543	23	14	19	42	1.88
13361181--13361227	21	2.3	20	82	10	51	19	2	4	74	1.09
13365669--13365706	19	2.0	19	89	0	58	5	15	2	76	1.08
13366035--13366560	144	3.7	143	78	9	462	42	11	14	31	1.80
13366163--13366560	142	2.8	143	81	7	457	41	12	15	30	1.83
13367064--13367109	16	2.9	16	80	6	58	4	4	8	82	0.93
13367364--13367911	35	15.5	35	70	15	176	51	15	16	16	1.77
13367247--13367616	106	3.4	106	76	7	295	53	14	15	17	1.74
13367509--13367582	36	2.1	35	84	2	94	54	13	13	18	1.71
13367400--13367839	35	12.5	35	71	11	188	51	15	16	17	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13367364--13367911	70	7.8	71	72	10	284	51	15	16	16	1.77
13367629--13367833	105	1.9	106	80	8	240	52	17	15	15	1.76
13367577--13368011	70	6.2	72	74	12	228	52	16	15	15	1.76
13368974--13369025	13	3.8	13	73	14	50	25	3	1	69	1.16
13369019--13369101	16	5.3	15	75	16	71	16	1	7	74	1.10
13369026--13369070	21	2.1	21	88	8	65	17	0	8	73	1.08
13368989--13369120	64	2.1	60	80	17	144	19	2	5	72	1.14
13370511--13370895	144	2.7	143	83	6	474	41	11	14	32	1.82
13371026--13371074	19	2.5	19	78	12	55	26	8	8	57	1.56
13373013--13373128	58	2.0	58	98	0	223	37	13	18	31	1.90
13374481--13374518	8	4.8	8	84	12	51	68	0	0	31	0.90
13377031--13377074	6	7.3	6	100	0	88	18	0	65	15	1.27
13380291--13380636	146	2.4	145	80	6	353	33	14	10	41	1.80
13384444--13384499	23	2.5	23	91	2	87	23	25	16	35	1.94
13398390--13398705	62	5.1	62	73	8	232	38	14	14	32	1.87
13408416--13408475	27	2.4	25	81	10	61	71	3	8	16	1.24
13412688--13412830	7	20.7	7	76	4	76	23	2	30	44	1.65
13412709--13412829	34	3.5	33	76	9	109	23	1	31	43	1.63
13412757--13412794	20	1.9	20	94	0	67	21	0	28	50	1.49
13412675--13412822	14	10.6	14	72	4	93	22	2	32	43	1.65
13422430--13422468	10	4.0	10	80	6	53	46	20	2	30	1.64
13429525--13429558	9	3.7	9	88	4	50	50	23	2	23	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13432125--13432158	16	2.1	16	89	10	52	8	0	23	67	1.18
13441416--13441679	145	1.8	145	84	1	359	38	14	15	31	1.88
13441866--13441941	11	6.6	11	75	14	66	5	0	10	84	0.77
13441871--13441920	17	2.8	18	84	9	66	8	0	10	82	0.86
13441855--13441943	35	2.5	37	83	10	105	4	2	10	83	0.88
13441867--13441943	20	4.1	18	79	11	91	5	0	11	83	0.81
13442090--13442116	12	2.2	12	100	0	54	44	14	14	25	1.84
13442072--13442111	18	2.2	18	90	0	62	42	12	17	27	1.85
13442261--13442359	42	2.3	43	84	5	121	32	14	18	35	1.90
13442401--13442490	31	2.9	31	85	5	119	30	14	16	38	1.89
13442468--13442567	41	2.5	40	85	6	123	34	15	15	36	1.88
13442468--13442579	41	2.8	38	83	5	107	35	14	15	34	1.87
13443592--13443645	12	4.7	12	75	13	51	3	12	7	75	1.14
13443592--13443644	22	2.3	23	87	3	72	3	13	7	75	1.15
13444169--13444202	18	1.9	18	94	5	61	2	8	0	88	0.62
13444170--13444209	18	2.3	17	86	4	53	2	7	5	85	0.83
13445044--13445105	27	2.2	28	82	5	72	3	16	3	77	1.03
13445044--13445105	28	2.2	28	82	8	72	3	16	3	77	1.03
13447095--13447134	21	1.9	21	85	10	55	30	7	2	60	1.38
13454081--13454507	235	1.8	234	86	3	624	36	18	13	31	1.89
13454993--13455110	62	1.9	61	82	5	148	43	12	11	33	1.78
13459074--13459197	56	2.2	56	81	2	142	42	12	16	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13459003--13459307	160	1.9	160	82	4	382	44	12	15	27	1.82
13460377--13460411	15	2.2	16	90	5	54	48	0	2	48	1.16
13460982--13461021	14	2.8	14	84	3	53	57	2	2	37	1.26
13463826--13463864	2	19.5	2	89	0	60	43	0	5	51	1.24
13464982--13465041	2	31.5	2	76	15	56	45	0	6	48	1.29
13464982--13465040	17	3.6	18	80	13	65	44	0	6	49	1.29
13464987--13465046	23	2.7	22	82	10	70	45	0	6	48	1.29
13466979--13467005	12	2.2	12	100	0	54	40	7	0	51	1.30
13469648--13469723	27	2.7	29	88	10	104	50	0	1	48	1.09
13469648--13469733	27	3.1	27	80	14	95	47	0	2	50	1.14
13471333--13471387	26	2.1	26	80	12	60	54	3	1	40	1.28
13471108--13471433	178	1.8	181	87	6	493	51	4	2	40	1.38
13471402--13471561	53	2.9	54	74	15	157	48	3	4	43	1.38
13471250--13471466	93	2.3	92	75	12	205	52	4	2	40	1.36
13471515--13471573	15	3.5	17	76	19	52	45	0	3	50	1.18
13471581--13471614	13	2.8	12	87	12	52	5	8	0	85	0.75
13471577--13471621	18	2.5	18	81	0	54	11	6	0	82	0.84
13472125--13472158	6	5.7	6	96	0	50	8	0	52	38	1.33
13477003--13477065	33	1.9	33	90	0	99	4	31	6	57	1.45
13480169--13480211	10	4.3	10	85	8	61	13	6	0	79	0.93
13480602--13480643	19	2.2	19	86	0	57	57	14	0	28	1.38
13486455--13486492	5	7.6	5	88	11	51	5	39	0	55	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13487028--13487079	27	2.0	26	84	3	68	51	1	0	46	1.12
13487046--13487081	18	2.1	17	89	5	54	52	0	0	47	1.00
13489186--13489223	20	2.0	20	90	10	62	36	0	0	63	0.95
13497602--13497634	17	1.9	17	100	0	66	54	12	12	21	1.69
13498549--13498598	26	1.9	26	100	0	100	54	20	2	24	1.55
13500330--13500381	14	3.9	14	82	12	65	55	13	11	19	1.68
13500482--13500631	73	2.1	73	83	2	185	36	9	22	32	1.86
13502213--13502313	3	34.0	3	85	2	141	31	3	1	62	1.25
13502368--13502396	13	2.2	13	100	0	58	62	6	13	17	1.52
13503334--13503389	20	2.8	20	79	15	62	35	5	12	46	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160