genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.111.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21033527--21033578	13	3.8	13	70	9	50	51	0	11	36	1.38
21033512--21033591	42	2.0	38	83	13	99	48	1	11	38	1.47
21035682--21035718	17	2.2	17	95	0	65	70	8	0	21	1.13
21042581--21042627	24	1.9	26	83	12	64	27	2	6	63	1.30
21045602--21045626	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
21046397--21046662	93	2.9	92	79	5	281	43	10	8	36	1.71
21047692--21047727	14	2.6	14	91	4	56	36	0	5	58	1.22
21047736--21047778	21	2.0	21	86	0	59	18	2	11	67	1.32
21049885--21049922	17	2.2	17	86	9	51	28	5	21	44	1.73
21050279--21050305	11	2.5	11	100	0	54	77	7	7	7	1.12
21051647--21051762	24	5.5	22	75	13	93	33	7	12	46	1.70
21051647--21051762	22	5.5	21	74	15	89	33	7	12	46	1.70
21052080--21052116	17	2.2	17	90	0	56	35	2	13	48	1.57
21052168--21052211	17	2.6	17	81	0	52	31	9	18	40	1.81
21052206--21052291	45	1.9	45	82	0	109	26	9	16	47	1.76
21052262--21052300	17	2.4	16	86	4	51	23	12	17	46	1.83
21052398--21052525	17	7.5	17	67	10	55	37	14	13	34	1.86
21052398--21052528	51	2.5	52	82	1	156	37	14	13	34	1.86
21052583--21052617	18	2.0	18	88	5	54	31	11	8	48	1.69
21054983--21055009	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
21056035--21056082	17	2.8	17	81	9	53	75	4	2	18	1.07
21056208--21056240	16	2.1	16	100	0	66	6	36	0	57	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21056720--21056749	16	1.9	16	93	6	53	26	13	10	50	1.73
21057554--21057578	12	2.1	12	100	0	50	52	32	0	16	1.44
21057766--21057799	16	2.1	17	88	5	52	50	5	0	44	1.26
21060384--21060833	223	2.0	222	89	3	690	24	23	33	19	1.97
21060606--21061960	370	3.7	372	90	1	2166	24	24	33	18	1.97
21060606--21061960	742	1.8	742	97	0	2557	24	24	33	18	1.97
21061959--21063014	372	2.8	372	92	0	1785	23	24	34	17	1.96
21064609--21064667	11	5.4	11	80	6	66	84	0	13	1	0.69
21064611--21064668	20	2.8	20	82	12	73	82	0	15	1	0.74
21064610--21064667	10	5.6	10	80	15	64	84	0	13	1	0.70
21066946--21067051	25	4.2	25	84	2	149	27	11	8	52	1.66
21066946--21067051	51	2.1	50	87	1	149	27	11	8	52	1.66
21067836--21067897	15	3.9	16	79	12	65	79	6	6	8	1.07
21068057--21068142	35	2.4	36	84	5	111	37	20	5	36	1.77
21069157--21069206	23	2.2	23	100	0	100	24	26	8	42	1.82
21073124--21073354	40	5.7	40	72	8	164	40	14	9	34	1.80
21073231--21073356	41	3.1	40	78	4	135	44	13	8	33	1.75
21073347--21073424	22	3.5	22	83	1	102	33	24	14	28	1.94
21073550--21073664	44	2.6	44	78	5	117	34	24	11	29	1.90
21073347--21073674	22	14.8	22	71	9	89	33	24	13	28	1.93
21074110--21074175	20	3.2	21	78	6	73	48	15	9	27	1.74
21074522--21074555	18	1.9	18	88	5	52	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21077631--21078085	152	3.0	152	95	2	819	35	9	12	42	1.75
21084965--21084999	17	2.1	17	89	10	54	51	2	0	45	1.16
21088915--21088963	25	2.0	25	92	8	82	44	2	14	38	1.56
21103879--21103914	3	12.0	3	100	0	72	0	33	0	66	0.92
21103878--21103934	9	6.6	8	84	13	53	1	36	1	59	1.18
21105820--21105915	48	2.0	47	89	2	147	35	17	12	34	1.88
21107173--21107216	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
21110658--21110692	18	1.9	18	88	0	52	37	25	14	22	1.92
21110867--21110931	25	2.8	23	86	6	78	44	16	24	13	1.85
21111072--21111115	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
21111233--21111274	2	21.0	2	85	0	57	52	2	0	45	1.13
21116782--21116814	16	2.0	17	88	5	50	51	3	0	45	1.16
21120761--21120788	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21123032--21123077	18	2.5	19	82	13	60	47	4	0	47	1.21
21123947--21124018	33	2.1	34	89	2	110	52	5	4	37	1.44
21129561--21129598	19	2.0	19	85	10	51	42	0	0	57	0.98
21130137--21130281	76	1.9	75	84	1	191	33	12	10	44	1.76
21130507--21130543	2	17.5	2	89	10	56	48	5	0	45	1.25
21132024--21132059	3	12.0	3	87	0	54	72	0	0	27	0.85
21132223--21132247	8	3.1	8	100	0	50	36	0	12	52	1.39
21140746--21140826	27	3.0	27	76	5	76	74	3	11	11	1.20
21140993--21141049	26	2.2	26	83	0	69	43	0	14	42	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21140916--21141651	385	1.9	385	79	5	824	38	5	16	39	1.72
21142922--21142976	9	6.3	9	75	8	51	81	3	12	1	0.89
21154304--21154358	23	2.1	27	84	15	73	49	5	0	45	1.25
21154302--21154358	28	2.0	28	87	12	82	47	5	0	47	1.24
21158770--21158820	25	2.0	25	88	0	75	47	3	17	31	1.66
21161581--21161708	63	2.0	62	96	1	238	55	8	7	28	1.58
21161882--21161916	3	12.0	3	93	6	63	68	0	0	31	0.90
21166380--21166626	60	4.2	58	81	9	300	37	12	4	46	1.61
21166497--21166586	30	3.0	30	64	23	71	36	12	5	45	1.65
21166380--21166601	60	3.7	59	83	8	306	36	13	4	46	1.62
21166380--21166659	60	4.7	58	80	11	284	36	12	5	46	1.64
21166380--21166652	119	2.3	120	82	9	294	36	12	4	45	1.64
21166700--21166779	35	2.2	37	88	8	119	77	11	0	11	0.99
21166720--21166788	19	3.6	19	79	13	79	78	10	0	11	0.97
21166724--21166790	11	6.7	10	74	17	59	77	10	0	11	0.99
21167664--21167813	54	2.7	56	88	5	243	25	23	6	44	1.77
21167821--21168001	44	4.1	44	77	9	115	45	16	12	24	1.82
21167856--21168002	44	3.3	43	78	9	145	47	15	12	23	1.80
21167832--21167992	88	1.9	87	81	7	202	43	16	14	26	1.85
21167832--21168016	88	2.1	88	79	6	198	44	17	13	24	1.84
21167982--21168209	125	1.8	122	81	9	282	45	20	9	24	1.81
21168005--21168205	42	4.9	40	85	7	221	44	20	9	25	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21168005--21168209	81	2.5	84	82	6	242	43	21	9	25	1.83
21168622--21168669	21	2.2	22	96	3	89	39	14	10	35	1.80
21169800--21169832	10	3.2	10	95	4	57	0	9	0	90	0.44
21169800--21169832	11	3.1	11	91	8	59	0	9	0	90	0.44
21175977--21176005	15	1.9	15	100	0	58	37	0	6	55	1.27
21175991--21176176	60	3.2	58	81	8	216	36	10	4	49	1.56
21175991--21176235	57	4.2	56	77	9	179	35	9	3	51	1.53
21176289--21176369	26	3.1	25	80	16	92	79	9	1	9	1.01
21178723--21178809	37	2.4	37	81	11	99	77	1	20	1	0.91
21178764--21178803	15	2.7	15	84	7	55	77	0	22	0	0.77
21178733--21178807	10	7.7	10	71	21	52	80	1	17	1	0.86
21178830--21178866	16	2.4	15	86	8	56	72	0	27	0	0.84
21178833--21178866	13	2.4	14	90	9	52	70	0	29	0	0.87
21179768--21179830	15	4.4	14	75	13	56	9	9	3	77	1.09
21180896--21180929	18	1.9	18	94	5	61	11	11	0	76	1.02
21186623--21186651	15	1.9	15	100	0	58	13	0	17	68	1.20
21213524--21213584	18	3.4	18	74	17	56	4	6	6	81	0.96
21213551--21213593	21	2.0	21	86	4	59	2	9	6	81	0.95
21217377--21217436	19	3.2	19	75	11	70	50	0	1	48	1.11
21226000--21226160	59	2.7	59	82	0	187	56	18	3	21	1.57
21232471--21232512	22	2.0	21	85	4	57	66	7	2	23	1.28
21234133--21234224	36	2.5	37	80	3	98	21	20	7	50	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21236382--21236440	31	1.9	31	96	0	109	22	11	23	42	1.86
21236528--21236567	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
21236900--21236979	26	3.1	25	84	10	99	50	16	5	28	1.66
21236915--21236962	14	3.6	14	77	11	64	54	18	2	25	1.55
21239599--21239671	34	2.1	36	87	5	105	42	4	5	47	1.45
21240379--21240436	29	2.0	30	89	3	91	62	10	13	13	1.55
21240660--21240690	16	1.9	16	93	0	53	41	16	0	41	1.48
21247159--21247186	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21255001--21255030	10	3.0	10	95	0	51	56	0	43	0	0.99
21257203--21257250	3	16.0	3	95	0	87	31	0	35	33	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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