genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21489840--21489882	17	2.7	15	80	13	50	76	0	2	20	0.89
21489845--21489890	19	2.2	20	85	11	58	78	0	6	15	0.95
21490728--21490905	4	44.2	4	69	17	70	66	2	3	26	1.22
21490733--21490838	21	4.9	20	71	19	72	70	0	4	23	1.12
21490733--21490839	44	2.4	43	84	10	126	70	0	4	24	1.12
21490967--21491033	7	9.3	7	74	20	50	73	2	2	20	1.10
21491003--21491055	14	3.6	14	76	18	54	77	1	1	18	0.96
21490988--21491055	21	3.1	21	77	8	73	73	4	2	19	1.13
21491236--21491340	46	2.3	46	85	6	133	38	21	16	23	1.93
21491344--21491387	1	44.0	1	81	0	52	4	0	4	90	0.53
21491344--21491386	9	4.8	9	86	11	61	4	0	4	90	0.54
21491344--21491387	19	2.4	19	96	3	81	4	0	4	90	0.53
21491352--21491388	10	3.8	10	85	7	58	8	0	2	89	0.58
21491400--21491542	41	3.4	41	86	4	180	36	23	16	23	1.94
21503017--21503455	57	7.7	57	85	3	490	36	13	6	42	1.71
21503473--21503629	5	30.8	5	71	17	60	75	3	3	17	1.09
21503468--21503561	22	4.2	21	76	16	68	77	2	5	14	1.04
21503473--21503561	6	14.5	6	73	16	67	78	2	4	14	1.00
21503473--21503556	37	2.3	36	85	8	107	78	2	4	14	1.01
21503508--21503561	11	5.1	10	79	16	56	81	1	3	12	0.91
21503473--21503561	17	4.9	17	75	16	72	78	2	4	14	1.00
21503473--21503555	28	2.9	28	82	13	91	78	2	4	14	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21503503--21503571	17	4.1	16	78	14	61	78	1	4	15	0.98
21503479--21503611	22	5.8	21	72	19	65	72	3	3	19	1.15
21503841--21503869	10	2.7	11	89	10	51	0	34	0	65	0.93
21503841--21503876	15	2.4	16	86	13	58	0	36	0	63	0.94
21504451--21504534	44	2.0	43	84	11	111	66	2	4	26	1.23
21504477--21504596	47	2.6	47	80	17	130	65	4	4	26	1.29
21504449--21504609	22	6.9	25	66	24	86	64	3	4	27	1.29
21504511--21504606	25	3.9	25	73	20	87	64	4	4	27	1.30
21504675--21504705	15	2.1	15	93	0	53	70	3	0	25	1.02
21504718--21504766	7	6.9	7	82	13	55	75	2	0	22	0.90
21504717--21504769	13	4.3	13	75	22	51	77	1	0	20	0.87
21505829--21505878	26	1.9	26	92	8	84	50	6	0	44	1.26
21506770--21506816	17	2.8	17	78	15	53	29	0	6	63	1.19
21507033--21507826	438	1.8	433	82	7	1039	30	7	10	51	1.65
21507033--21507848	441	1.9	432	82	7	1031	30	8	10	51	1.65
21512844--21512893	26	1.9	26	83	0	64	54	12	0	34	1.38
21515445--21515573	67	1.9	67	82	3	161	36	15	9	38	1.80
21517291--21517320	15	2.0	15	93	0	51	63	0	10	26	1.26
21518893--21518951	30	1.9	31	86	3	84	57	10	0	32	1.32
21522159--21522318	78	2.1	78	92	0	266	35	16	13	34	1.88
21522917--21522945	6	4.8	6	100	0	58	31	0	17	51	1.45
21524454--21524481	5	5.6	5	100	0	56	82	0	17	0	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21524607--21524640	11	3.2	11	83	8	52	70	2	0	26	1.01
21532771--21532853	28	2.8	29	76	7	87	37	2	4	55	1.34
21532758--21532879	30	4.0	31	74	14	94	37	4	4	54	1.39
21537004--21537069	24	2.8	23	78	17	64	42	1	1	54	1.18
21537008--21537066	8	7.5	8	75	17	52	44	1	1	52	1.21
21537014--21537066	16	3.4	16	84	10	65	45	0	1	52	1.11
21542410--21542457	17	2.8	17	78	15	62	56	2	29	12	1.48
21548984--21549055	36	2.0	36	100	0	144	27	8	8	55	1.58
21549220--21549312	19	4.9	20	78	10	74	23	8	24	43	1.82
21549278--21549339	32	2.0	32	83	3	81	20	11	24	43	1.85
21550588--21551617	119	8.7	118	79	4	903	44	13	21	20	1.86
21550597--21551617	352	2.9	354	80	4	1031	44	13	21	20	1.86
21550605--21551617	238	4.3	237	80	4	995	44	13	21	20	1.85
21562746--21562793	25	2.0	23	84	8	60	25	0	14	60	1.34
21562890--21562928	18	2.2	18	95	0	69	79	2	2	15	0.95
21563745--21563796	1	52.0	1	80	0	50	88	1	5	3	0.68
21563745--21563782	10	3.7	10	89	6	58	89	2	7	0	0.57
21563865--21563967	26	4.0	25	80	7	98	35	20	21	22	1.96
21572722--21572756	19	1.9	17	88	11	52	0	20	22	57	1.41
21573275--21573313	2	19.5	2	94	0	69	51	0	0	48	1.00
21573652--21573687	18	2.0	18	88	0	54	66	0	0	33	0.92
21575885--21576078	109	1.8	107	83	9	243	35	7	12	43	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21576910--21577201	43	6.7	43	80	5	268	44	12	12	29	1.79
21576914--21577201	87	3.3	87	84	2	355	45	12	12	29	1.79
21577613--21577664	17	3.0	17	75	5	50	30	13	19	36	1.90
21577784--21577875	17	5.4	17	81	5	96	36	10	19	32	1.87
21577784--21577891	34	3.1	34	76	6	110	37	11	19	31	1.87
21578039--21578183	46	3.2	44	76	9	139	41	13	8	36	1.75
21579468--21579516	18	2.8	18	81	3	64	34	16	18	30	1.93
21579488--21579573	35	2.5	35	82	3	111	40	11	15	32	1.83
21580053--21580097	22	2.0	23	82	4	56	44	17	11	26	1.82
21580142--21580187	21	2.2	21	84	7	58	45	17	4	32	1.68
21585451--21585557	54	2.0	52	82	7	126	33	8	7	50	1.61
21588301--21588329	15	2.0	15	93	6	51	0	6	3	89	0.57
21594139--21594235	49	2.0	49	100	0	194	31	12	14	41	1.83
21596838--21596908	29	2.6	28	80	12	76	45	0	0	54	0.99
21597516--21597551	12	3.1	12	92	4	56	36	0	0	63	0.94
21600015--21600053	17	2.4	17	83	8	55	43	0	0	56	0.99
21604597--21604636	21	1.9	21	94	0	71	32	12	15	40	1.84
21610411--21610515	49	2.1	50	91	1	167	48	12	10	28	1.74
21619371--21619459	36	2.4	36	76	16	85	22	10	6	60	1.52
21621754--21621780	14	1.9	14	100	0	54	51	0	11	37	1.37
21627411--21627535	9	12.8	9	73	15	88	57	4	0	36	1.26
21627411--21627535	20	6.3	19	80	9	99	57	4	0	36	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21627450--21627494	22	2.1	21	87	4	63	62	4	2	31	1.27
21627411--21627532	50	2.5	48	82	6	145	58	4	0	36	1.26
21629028--21629092	31	2.1	31	97	0	121	13	3	10	72	1.23
21629087--21629144	10	5.8	10	80	8	64	34	0	3	62	1.12
21629079--21629132	21	2.6	21	75	0	63	27	0	5	66	1.13
21629106--21629142	19	1.9	19	94	0	65	29	0	2	67	1.04
21635568--21635614	23	2.0	23	87	0	67	25	19	12	42	1.86
21636507--21636750	60	3.9	61	85	10	341	32	13	7	46	1.71
21636507--21636750	128	2.0	120	86	11	341	32	13	7	46	1.71
21636760--21636901	5	28.0	5	68	18	55	76	1	4	17	1.01
21636766--21636901	20	6.7	19	70	17	62	76	1	4	17	1.03
21636760--21636835	36	2.1	36	85	2	100	77	0	5	17	0.94
21636801--21636851	21	2.4	22	81	18	63	78	0	7	13	0.96
21636785--21636900	10	11.3	10	70	11	74	77	1	3	17	0.99
21636870--21636901	9	3.6	9	91	0	55	90	0	0	9	0.45
21637216--21637261	20	2.3	20	92	3	76	23	21	28	26	1.99
21637808--21637847	15	2.5	17	77	22	50	75	2	5	17	1.10
21637775--21637944	63	2.6	64	78	16	158	64	4	2	28	1.28
21638152--21638237	1	86.0	1	78	0	64	0	0	13	86	0.58
21638144--21638236	8	11.8	8	83	10	77	0	0	15	84	0.61
21638144--21638237	9	10.7	9	89	7	131	0	0	14	85	0.61
21638144--21638237	18	5.3	18	88	7	147	0	0	14	85	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21638244--21639229	41	24.0	40	90	7	1368	38	21	17	22	1.93
21638244--21639229	124	8.0	121	92	5	1558	38	21	17	22	1.93
21640417--21640456	19	2.0	20	85	14	55	5	15	0	80	0.88
21640408--21640443	8	4.6	8	89	3	56	8	13	0	77	0.98
21640406--21640445	16	2.6	16	88	4	64	7	17	0	75	1.03
21644156--21644197	11	4.0	10	80	20	50	40	0	2	57	1.12
21644159--21644199	21	2.0	21	100	0	82	39	0	4	56	1.21
21644998--21645042	24	1.9	24	82	13	58	55	2	2	40	1.24
21645459--21645485	14	1.9	14	100	0	54	51	0	11	37	1.37
21645482--21645513	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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