genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.117.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21941431--21941468	17	2.2	18	90	4	60	63	2	0	34	1.09
21941807--21941846	16	2.3	18	83	12	57	27	2	7	62	1.35
21941962--21942009	25	1.9	25	95	0	87	29	10	2	58	1.43
21942134--21942188	24	2.3	23	75	3	56	27	0	5	67	1.12
21943947--21943993	16	2.8	17	84	9	53	57	0	0	42	0.98
21943935--21943981	21	2.2	20	82	10	58	53	0	0	46	1.00
21946028--21946071	18	2.4	19	84	3	54	27	2	0	70	0.99
21946048--21946072	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
21947619--21947847	67	3.3	67	65	15	178	37	3	6	52	1.45
21947571--21947852	140	2.0	140	99	0	555	37	4	6	51	1.48
21950170--21950216	24	1.9	25	86	4	69	42	27	10	19	1.84
21952250--21952292	19	2.3	19	87	0	59	55	13	0	30	1.39
21952242--21952312	19	3.5	20	75	19	58	59	11	0	29	1.32
21952268--21952312	22	2.1	21	88	12	65	64	11	0	24	1.26
21955885--21955932	19	2.6	17	78	18	51	58	0	33	8	1.28
21956824--21957030	108	1.9	107	87	4	301	41	13	11	34	1.80
21957362--21957440	42	1.9	41	85	12	108	48	2	1	48	1.23
21957424--21957467	16	2.9	15	76	6	52	45	2	0	52	1.13
21957424--21957510	31	2.8	30	75	18	70	43	3	2	50	1.31
21958287--21958330	23	1.9	23	85	0	61	50	4	0	45	1.22
21958993--21959047	25	2.2	24	75	12	58	56	5	0	38	1.23
21963004--21963029	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21964548--21964693	52	2.8	52	80	5	163	36	6	17	38	1.77
21965178--21965243	25	2.8	24	75	13	64	21	4	3	71	1.18
21965449--21965499	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
21969537--21969596	11	5.4	11	75	16	52	81	3	8	6	0.96
21969537--21969604	21	3.2	22	83	10	70	79	4	10	5	1.04
21969559--21969615	21	2.8	20	83	5	60	80	7	10	1	0.96
21969624--21969676	23	2.2	24	86	6	72	81	0	13	5	0.86
21970528--21970750	121	1.8	121	81	3	279	20	21	13	44	1.85
21970996--21971030	18	1.9	18	88	0	52	31	17	17	34	1.93
21970913--21971099	86	2.2	86	83	3	234	32	18	13	35	1.90
21971503--21971648	52	2.9	50	78	8	161	39	9	17	34	1.82
21972138--21972198	23	2.5	24	80	15	72	18	6	1	73	1.12
21974565--21974589	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21976639--21976708	30	2.3	30	87	0	104	41	12	1	44	1.52
21976869--21976943	30	2.5	30	80	8	82	37	4	17	41	1.68
21977179--21977242	32	2.0	32	84	6	85	43	4	15	35	1.68
21979156--21979202	24	1.9	25	87	12	71	53	0	31	14	1.42
21979530--21979590	16	3.6	16	80	18	70	31	3	9	55	1.48
21979534--21979590	17	3.2	18	85	7	80	29	3	10	56	1.50
21983279--21983345	33	2.0	33	100	0	134	29	13	17	38	1.88
21984298--21984390	42	2.2	42	88	0	132	35	27	13	22	1.93
21984309--21984404	42	2.3	41	83	5	120	38	23	14	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21985141--21985247	50	2.2	50	83	5	128	33	7	12	46	1.69
21985171--21985273	50	2.1	50	85	5	138	29	7	13	49	1.70
21985329--21985370	20	2.1	19	86	8	57	69	7	0	23	1.13
21987477--21987523	6	7.7	6	83	4	58	12	10	2	74	1.16
21987474--21987523	19	2.6	19	84	9	75	14	10	2	74	1.16
21995966--21995992	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
22000344--22000410	28	2.3	29	82	7	75	37	2	7	52	1.45
22001700--22001743	14	2.8	17	76	16	58	29	0	0	70	0.88
22001796--22001825	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
22003005--22003049	14	3.3	13	84	6	54	0	6	20	73	1.05
22004747--22004771	11	2.3	11	100	0	50	16	0	28	56	1.41
22005102--22005147	11	3.8	12	81	15	51	19	2	2	76	1.00
22005089--22005175	31	2.7	31	82	12	97	18	3	2	75	1.04
22005127--22005174	16	2.9	16	78	3	60	18	2	2	77	0.97
22006719--22006759	20	2.0	20	90	9	66	65	0	0	34	0.93
22018959--22019071	25	4.8	24	69	24	64	57	0	2	38	1.19
22027175--22027213	12	3.0	13	88	7	53	51	0	0	48	1.00
22027175--22027230	14	4.4	12	82	13	60	48	1	0	50	1.11
22027209--22027238	14	2.1	14	93	0	51	53	6	3	36	1.44
22027357--22027386	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
22033123--22033167	20	2.2	20	88	7	65	15	11	6	66	1.42
22033284--22033342	31	1.9	31	85	0	82	71	10	1	16	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22033284--22033327	13	3.5	13	81	15	56	70	9	2	18	1.24
22033729--22033757	14	2.1	14	93	6	51	0	10	0	89	0.48
22033766--22034014	51	4.9	53	76	9	132	39	20	10	28	1.87
22033826--22034173	97	3.6	97	81	3	410	38	20	10	29	1.87
22033826--22034160	48	6.9	48	77	9	304	38	20	11	29	1.88
22034115--22034299	64	2.9	64	86	3	250	38	21	11	28	1.88
22034232--22034380	49	3.1	47	83	11	194	38	22	13	25	1.91
22034243--22034389	47	3.0	48	87	6	217	36	23	14	25	1.92
22035086--22035128	17	2.4	18	88	7	70	11	9	0	79	0.95
22038038--22038108	33	2.2	33	84	0	88	29	16	16	36	1.92
22038325--22038619	43	6.9	43	75	10	196	26	12	15	45	1.81
22038651--22038686	15	2.4	15	90	9	56	86	11	2	0	0.68
22038900--22038925	5	5.2	5	100	0	52	23	0	0	76	0.78
22038941--22038994	22	2.3	23	84	6	65	14	1	11	72	1.21
22042140--22042220	18	4.6	18	75	20	66	51	1	1	45	1.16
22042249--22042418	18	9.6	18	71	24	123	41	0	1	57	1.09
22042252--22042377	27	4.7	27	70	14	107	42	0	0	57	1.04
22042248--22042418	81	2.2	80	85	9	226	40	0	1	57	1.09
22042248--22042398	34	4.3	37	72	24	121	41	0	0	57	1.03
22044257--22044344	46	1.9	46	90	0	140	36	15	13	34	1.87
22051623--22051659	19	1.9	19	94	0	65	40	5	10	43	1.63
22058444--22058510	20	3.2	21	74	18	68	26	1	1	70	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22062086--22062279	61	3.2	63	80	11	201	33	14	8	42	1.77
22076380--22076459	41	2.0	41	84	0	106	35	16	12	36	1.86
22077287--22077335	8	6.4	8	79	9	57	57	10	0	32	1.32
22077264--22077327	22	3.0	21	82	8	76	62	6	0	31	1.20
22080439--22080497	18	3.3	17	76	9	55	76	1	5	16	1.05
22080434--22080485	19	2.7	18	82	11	59	76	1	1	19	0.97
22080434--22080497	19	3.4	18	77	12	58	75	1	4	18	1.06
22082733--22082785	19	2.7	20	80	14	56	73	1	7	16	1.15
22086016--22086072	24	2.4	23	82	8	62	59	8	0	31	1.28
22087487--22087520	16	2.1	16	89	10	52	50	2	2	44	1.32
22097473--22097512	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
22099786--22100283	60	8.1	60	74	15	315	35	12	7	44	1.71
22099953--22100244	120	2.4	121	89	5	446	37	11	6	44	1.66
22100312--22100442	9	14.1	10	72	23	67	80	2	0	16	0.85
22100306--22100442	8	16.2	8	73	19	93	80	2	1	16	0.89
22100316--22100440	18	6.7	18	72	16	87	81	2	0	15	0.84
22100311--22100442	42	3.3	39	73	14	124	81	2	0	15	0.84
22100313--22100490	75	2.4	72	85	10	229	77	2	1	17	0.97
22100851--22100912	3	19.7	3	90	9	97	64	0	3	32	1.09
22101204--22101337	45	3.0	44	85	4	171	43	19	11	25	1.85
22101257--22101399	42	3.3	42	81	5	162	38	18	15	27	1.91
22101407--22101461	16	3.5	14	77	22	56	9	0	7	83	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22101546--22102019	41	11.3	41	81	9	512	40	20	16	23	1.91
22101702--22101954	89	2.9	89	82	12	262	39	19	17	22	1.92
22103586--22103655	24	2.9	24	80	4	70	7	12	0	80	0.91
22103588--22103658	20	3.9	17	71	20	63	8	12	0	78	0.95
22103619--22103659	21	2.0	21	90	0	64	9	12	0	78	0.98
22107528--22108016	59	8.4	58	81	8	541	35	14	7	42	1.73
22107527--22108058	57	9.1	57	80	10	499	35	13	7	43	1.73
22108094--22108220	6	19.8	6	74	19	82	79	2	0	17	0.88
22108084--22108218	7	19.4	7	73	18	97	80	2	0	17	0.87
22108094--22108220	30	4.2	30	76	12	125	79	2	0	17	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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