genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11313846--11313925	15	5.2	15	74	7	63	77	2	2	17	0.99
11314695--11314732	10	3.7	10	86	13	51	89	0	2	7	0.57
11314743--11314792	5	9.4	5	81	16	57	60	0	2	38	1.09
11314744--11314894	3	52.3	3	68	12	93	58	7	2	31	1.39
11314744--11314796	8	6.9	8	81	16	67	60	0	1	37	1.08
11315393--11315427	2	17.5	2	93	0	61	48	0	0	51	1.00
11322308--11322332	12	2.1	12	100	0	50	24	8	0	68	1.16
11324907--11325035	54	2.3	56	80	10	133	33	8	6	51	1.57
11324869--11325119	57	4.4	57	74	13	162	34	10	6	48	1.63
11326722--11326761	21	1.9	21	85	10	55	17	2	0	80	0.83
11326720--11326762	15	3.0	14	83	13	52	20	2	0	76	0.89
11327732--11327782	19	2.7	18	81	3	57	76	0	7	15	1.00
11327747--11327946	3	68.3	3	69	17	102	60	2	5	32	1.31
11327747--11327816	31	2.4	30	81	11	74	67	0	5	27	1.13
11327780--11327827	14	3.6	14	78	21	59	60	0	4	35	1.16
11327775--11327946	67	2.6	66	73	15	156	58	2	4	34	1.32
11327878--11327955	29	2.7	29	84	9	88	60	2	0	37	1.11
11333249--11333340	34	2.7	34	81	5	105	44	11	4	39	1.61
11333381--11333485	34	3.1	34	83	1	102	39	3	7	49	1.49
11333436--11333462	14	1.9	14	100	0	54	48	0	0	51	1.00
11333443--11333493	21	2.4	21	76	3	57	45	0	3	50	1.20
11334124--11334167	6	7.5	6	87	5	54	2	11	0	86	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11334124--11334167	9	5.0	9	83	5	54	2	11	0	86	0.66
11338654--11339675	268	3.9	266	76	9	1098	42	4	7	45	1.52
11339314--11339339	9	2.9	9	100	0	52	34	7	0	57	1.27
11338747--11339726	526	1.9	529	91	1	1635	42	4	7	45	1.52
11348324--11348389	22	3.0	22	97	0	123	31	12	13	42	1.81
11348770--11348804	18	1.9	18	88	0	52	22	14	25	37	1.92
11352243--11352308	22	3.0	21	91	8	105	31	10	13	43	1.78
11353224--11353251	6	4.7	6	100	0	56	71	0	28	0	0.86
11357672--11357729	27	2.1	27	87	0	80	44	24	5	25	1.74
11361183--11361269	26	3.3	26	70	15	72	44	3	0	51	1.18
11361177--11361249	26	2.7	27	77	8	78	42	4	0	53	1.20
11362539--11362622	44	1.9	44	87	4	125	27	27	22	22	1.99
11366405--11366678	136	2.0	135	89	0	413	36	14	20	27	1.93
11370575--11370932	183	2.0	180	90	1	563	39	16	18	25	1.91
11380821--11380866	8	5.9	8	77	12	51	47	0	0	52	1.00
11380900--11380955	25	2.3	23	77	19	60	39	5	1	53	1.34
11380905--11380953	25	1.9	26	84	12	66	42	6	2	48	1.39
11380921--11380967	20	2.6	18	81	15	60	51	2	0	46	1.13
11381086--11381127	17	2.4	18	80	11	52	21	4	0	73	1.01
11384873--11384915	22	1.9	23	95	4	79	23	4	13	58	1.55
11389483--11389541	30	2.0	30	86	6	84	23	1	23	50	1.58
11389629--11389677	19	2.5	19	86	3	71	42	2	6	48	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11389603--11389684	19	4.2	19	72	14	58	40	2	6	51	1.40
11389726--11389775	21	2.4	21	86	3	66	32	12	14	42	1.82
11392298--11392333	18	2.0	18	88	0	54	38	0	16	44	1.48
11393095--11393136	8	5.4	8	85	5	59	52	14	0	33	1.42
11403156--11403193	19	2.0	20	89	5	60	47	7	0	44	1.32
11403352--11403582	63	3.7	63	69	13	172	38	11	8	41	1.72
11403486--11403604	63	1.9	63	84	6	161	42	12	6	38	1.69
11404851--11404965	33	3.7	32	70	19	100	58	19	1	20	1.48
11404854--11405028	59	3.0	58	78	6	190	58	18	2	20	1.51
11406080--11406154	35	2.2	34	83	4	89	36	9	1	53	1.42
11408251--11408311	32	1.9	32	86	0	86	36	8	4	50	1.54
11408751--11408811	31	1.9	31	83	9	79	45	1	1	50	1.21
11408980--11409018	16	2.4	16	91	0	60	48	0	2	48	1.15
11411034--11411126	39	2.4	40	87	3	127	19	1	56	22	1.48
11411617--11411665	25	1.9	26	91	4	82	46	2	10	40	1.49
11413506--11413637	39	3.4	39	88	2	185	14	1	61	22	1.41
11414136--11414184	25	1.9	26	91	4	82	46	2	12	38	1.53
11416042--11416166	39	3.2	39	88	1	169	15	1	60	23	1.44
11416664--11416712	25	1.9	26	91	4	82	46	2	10	40	1.49
11418544--11418584	19	2.1	20	86	4	57	14	0	63	21	1.30
11418578--11418642	19	3.4	19	66	19	53	10	3	67	18	1.33
11418559--11418658	39	2.6	39	96	1	184	11	2	65	22	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11419129--11419177	25	1.9	26	91	4	82	46	2	10	40	1.49
11421020--11421151	39	3.4	39	88	2	185	14	1	61	22	1.41
11423563--11423591	14	2.0	15	93	6	51	27	17	6	48	1.72
11425104--11425174	24	3.0	24	76	17	67	60	1	2	35	1.20
11425114--11425170	24	2.3	24	84	3	69	61	0	3	35	1.13
11425407--11425460	24	2.3	24	79	17	60	42	11	0	46	1.39
11427215--11427268	19	2.9	18	81	13	56	51	0	0	48	1.00
11427157--11427489	155	2.1	159	93	4	568	40	3	3	53	1.33
11427921--11427955	3	11.7	3	93	0	61	28	0	2	68	1.04
11428208--11428423	10	21.7	10	68	15	63	51	6	2	40	1.39
11428231--11428274	19	2.2	20	92	4	72	40	6	0	52	1.28
11428383--11428459	19	4.3	18	77	9	68	61	7	1	29	1.32
11428488--11428536	18	2.8	18	79	14	57	63	8	0	28	1.23
11428621--11428664	21	2.1	21	83	8	54	29	2	4	63	1.26
11428876--11428942	29	2.3	29	87	7	93	28	5	4	61	1.39
11431307--11431389	24	3.3	23	72	18	58	45	3	4	45	1.42
11437156--11437197	22	2.0	21	85	4	57	42	7	16	33	1.75
11445935--11445966	14	2.3	14	94	0	55	71	0	18	9	1.12
11445933--11445969	14	2.4	16	78	17	51	72	0	16	10	1.10
11447390--11447446	21	2.8	20	76	10	62	71	8	5	14	1.27
11449865--11449948	41	2.0	41	95	0	150	39	1	16	42	1.56
11450487--11450546	26	2.3	26	94	5	104	58	3	13	25	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11454699--11454748	21	2.5	21	93	6	86	52	0	0	48	1.00
11454721--11454774	14	3.6	16	80	14	62	53	0	0	46	1.00
11454738--11454774	8	4.6	8	86	0	56	56	0	0	43	0.99
11454718--11454782	14	4.6	14	76	10	53	56	0	0	43	0.99
11454738--11454788	26	2.0	24	85	7	66	60	0	0	39	0.97
11467092--11467129	16	2.3	17	86	4	51	71	13	5	10	1.30
11468778--11469022	76	3.2	73	80	14	273	40	8	5	44	1.60
11468903--11468939	18	2.1	18	90	5	58	45	0	5	48	1.25
11468766--11469037	152	1.8	150	86	3	393	38	8	5	46	1.58
11468775--11469047	78	3.6	76	80	9	306	38	9	6	46	1.61
11468769--11469102	74	4.5	75	77	12	251	37	8	5	48	1.58
11469077--11469269	57	3.3	56	76	6	152	36	11	8	43	1.71
11469785--11469809	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
11469954--11469985	11	3.1	11	91	8	50	43	9	9	37	1.69
11470652--11471061	86	4.8	86	73	8	300	48	11	16	24	1.78
11476659--11476719	23	2.7	23	76	18	67	3	22	0	73	0.97
11476651--11476718	23	3.2	21	76	11	59	4	22	0	73	1.01
11476651--11476730	21	3.9	20	75	15	74	3	18	1	76	1.01
11482350--11482462	57	2.0	57	84	6	149	33	7	3	54	1.47
11482465--11482504	18	2.1	20	86	9	57	45	2	5	47	1.38
11484280--11484340	28	2.1	29	84	3	79	70	3	1	24	1.11
11484487--11484531	19	2.3	19	85	11	56	28	0	6	64	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11484966--11485016	17	3.0	17	78	16	61	37	3	1	56	1.29
11484987--11485133	62	2.3	62	84	11	176	29	7	3	59	1.41
11486255--11486320	29	2.3	28	82	10	80	10	3	7	78	1.05
11486579--11486641	22	2.8	23	68	18	60	52	0	0	47	1.00
11491576--11491691	56	2.0	55	90	5	160	28	6	14	50	1.69
11494825--11494906	33	2.5	33	87	2	110	34	12	15	37	1.85
11496550--11496595	10	4.3	11	86	5	51	47	2	4	45	1.34
11496561--11496595	2	18.0	2	88	5	54	51	0	2	45	1.16
11498411--11498444	17	2.0	17	94	0	59	26	5	0	67	1.13
11501862--11501893	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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