genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.112.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  112  of  160  ( 19195 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21258826--21258863	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
21260116--21260162	24	2.0	24	86	0	67	40	8	0	51	1.33
21261339--21261386	25	2.0	25	83	4	62	16	6	4	72	1.20
21262628--21262666	12	3.2	12	81	0	51	0	20	2	76	0.90
21263417--21263474	17	3.4	18	72	13	59	12	6	3	77	1.09
21263920--21263962	9	4.7	9	77	5	50	4	9	4	81	0.97
21265365--21265421	27	2.2	27	81	6	64	40	0	5	54	1.23
21266262--21266305	16	2.7	17	79	10	56	47	2	0	50	1.13
21268144--21268259	49	2.4	49	81	5	137	41	3	5	50	1.42
21268844--21268892	24	2.0	24	84	7	64	57	4	2	36	1.30
21272312--21272368	8	6.8	8	74	18	53	19	3	3	73	1.12
21272427--21272533	46	2.3	46	87	3	144	41	17	8	32	1.80
21272667--21272824	84	1.9	84	81	0	190	36	15	15	32	1.89
21275631--21275667	12	2.7	14	84	16	51	10	2	10	75	1.14
21278738--21278860	38	3.3	38	74	6	101	41	10	15	32	1.81
21279744--21279787	24	1.9	22	86	9	61	70	9	2	18	1.24
21280299--21280339	20	2.0	20	90	0	64	39	4	7	48	1.52
21282284--21282601	144	2.2	142	77	9	326	44	11	11	32	1.77
21282341--21282650	144	2.2	143	78	9	310	44	11	12	30	1.79
21282487--21282846	142	2.5	143	76	4	341	40	12	13	33	1.82
21302429--21302468	17	2.4	16	84	15	55	62	2	0	35	1.09
21306665--21306766	3	34.0	3	83	0	132	38	0	29	32	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21307129--21307163	18	1.9	18	88	0	52	31	25	17	25	1.97
21310887--21310943	21	2.8	20	91	5	87	40	14	1	43	1.55
21310887--21310943	20	2.8	21	89	5	89	40	14	1	43	1.55
21310993--21311031	20	2.0	20	94	0	69	35	5	10	48	1.59
21311047--21311088	20	2.2	19	86	4	57	33	0	9	57	1.31
21310995--21311100	51	2.1	52	80	5	117	34	5	11	48	1.63
21311578--21311610	15	2.3	15	89	5	50	54	0	0	45	0.99
21311639--21311714	20	3.9	20	70	16	61	48	3	3	43	1.40
21313395--21313451	28	2.1	27	83	3	69	29	5	5	59	1.41
21313550--21313603	27	2.0	27	85	7	74	48	9	1	40	1.46
21318832--21318857	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
21322077--21322171	39	2.4	40	87	3	147	42	12	12	32	1.81
21324403--21324440	20	1.9	20	88	0	58	47	5	13	34	1.65
21326031--21326082	21	2.5	22	93	6	90	48	0	0	51	1.00
21326815--21326842	12	2.3	12	100	0	56	21	0	7	71	1.09
21327477--21327514	20	2.0	20	90	10	62	34	7	10	47	1.67
21327488--21327550	16	3.7	17	72	18	51	34	6	6	52	1.52
21327509--21327555	17	2.5	19	76	20	53	31	6	6	55	1.51
21327574--21327656	24	3.5	23	76	11	87	31	3	12	53	1.55
21327539--21327658	47	2.6	47	84	5	156	32	3	10	53	1.52
21327682--21327729	14	3.2	14	75	16	51	29	2	8	60	1.37
21327668--21327722	16	3.5	16	73	14	51	27	3	12	56	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21327645--21327729	31	2.8	30	82	7	93	28	4	11	55	1.56
21327704--21327759	20	2.6	22	72	8	53	30	5	10	53	1.58
21327864--21327930	19	3.0	22	69	20	59	34	4	7	53	1.49
21327866--21327939	24	3.3	23	73	17	68	37	4	6	51	1.47
21327866--21327939	19	3.3	21	68	20	53	37	4	6	51	1.47
21328069--21328172	18	5.7	19	72	14	67	36	4	10	48	1.59
21328208--21328245	20	1.9	19	89	5	58	42	2	7	47	1.46
21328919--21329307	59	6.7	58	77	12	374	36	10	7	45	1.68
21328924--21329307	116	3.3	112	83	11	433	35	10	7	45	1.67
21329225--21329264	16	2.6	16	96	4	73	27	0	5	67	1.11
21329225--21329271	16	3.0	16	90	3	60	36	0	6	57	1.24
21329322--21329427	10	11.2	9	71	18	65	78	1	4	15	1.00
21329327--21329422	6	16.7	6	74	19	80	80	2	3	14	0.93
21329327--21329436	22	4.8	22	74	16	82	78	1	3	16	0.98
21329327--21329425	40	2.5	40	82	9	114	79	2	4	14	0.96
21329327--21329410	35	2.4	34	82	9	100	80	2	2	14	0.90
21329327--21329423	35	2.8	32	79	13	97	79	2	4	14	0.97
21329968--21330012	24	1.9	23	86	4	63	51	15	4	28	1.63
21330264--21330343	21	3.7	21	73	14	72	71	7	5	16	1.27
21330496--21330547	11	4.2	12	80	14	52	75	3	1	19	1.06
21330489--21330540	26	2.0	26	81	7	61	75	1	1	21	1.00
21330496--21330547	6	8.3	6	83	10	52	75	3	1	19	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21330782--21331451	42	15.6	42	87	5	853	36	21	16	24	1.94
21330782--21331451	86	7.8	85	84	7	829	36	21	16	24	1.94
21330782--21331451	128	5.2	125	84	7	842	36	21	16	24	1.94
21332658--21332748	29	2.9	33	73	23	97	8	17	0	73	1.07
21332660--21332724	28	2.3	28	79	10	69	7	13	0	78	0.95
21332660--21332740	31	2.6	31	79	9	103	7	14	0	77	0.97
21332660--21332740	32	2.6	32	77	14	98	7	14	0	77	0.97
21336637--21337321	59	11.7	57	81	9	715	36	12	6	44	1.67
21336638--21337303	175	3.8	176	89	4	888	36	12	6	44	1.67
21337343--21337424	16	5.1	16	77	10	78	78	2	3	15	1.01
21337348--21337424	10	7.6	10	73	17	61	79	2	3	14	0.99
21337385--21337431	11	4.4	11	82	12	53	80	2	4	12	0.94
21337338--21337446	17	6.5	16	77	12	85	76	1	4	17	1.05
21337356--21337431	27	2.7	28	80	17	86	78	1	5	14	0.98
21337818--21337856	19	2.0	19	85	5	51	33	15	15	35	1.89
21337983--21338034	25	2.1	24	85	3	68	53	19	5	21	1.65
21338213--21338252	19	2.1	19	100	0	80	20	17	25	37	1.94
21338532--21338579	11	4.4	11	78	19	55	75	6	2	16	1.11
21338493--21338604	39	2.9	39	73	19	110	75	2	4	16	1.08
21338824--21338872	18	2.6	19	75	12	57	22	0	6	71	1.08
21340284--21340336	28	1.9	27	84	3	70	16	5	3	73	1.17
21340398--21340462	25	2.6	25	83	7	80	21	7	13	56	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21340398--21340474	25	3.0	26	79	9	70	24	7	11	55	1.62
21340443--21340522	20	4.1	20	80	8	92	31	5	10	53	1.55
21342065--21342114	23	2.1	24	96	3	93	30	16	14	40	1.87
21344453--21344502	22	2.3	22	93	6	84	76	0	14	10	1.03
21344453--21344502	8	6.8	8	76	17	54	76	0	14	10	1.03
21344456--21344502	21	2.2	21	88	11	69	78	0	12	8	0.95
21345965--21346206	44	5.5	44	72	5	141	30	21	19	28	1.97
21346051--21346247	22	8.9	22	67	11	80	29	21	18	29	1.97
21346076--21346202	44	2.8	45	82	9	150	29	22	20	28	1.98
21346212--21346339	22	5.7	22	66	12	73	30	19	20	29	1.97
21346053--21346346	156	1.9	156	80	5	344	30	20	19	28	1.97
21346209--21346372	90	1.8	90	81	2	204	33	18	17	29	1.95
21346744--21346806	21	3.0	21	95	2	108	39	15	11	33	1.83
21346744--21346816	21	3.4	22	92	1	105	39	17	9	32	1.82
21354372--21354527	81	1.9	81	96	0	285	26	12	18	42	1.85
21355623--21355869	64	3.8	64	78	4	219	42	13	11	31	1.80
21355344--21355872	280	1.9	279	78	2	578	39	13	13	33	1.84
21357704--21357775	26	2.8	25	85	8	101	51	0	2	45	1.15
21357704--21357775	25	2.8	26	89	4	103	51	0	2	45	1.15
21357802--21357839	19	2.0	20	89	5	60	47	5	0	47	1.24
21357872--21357950	16	5.2	16	75	20	71	43	0	0	56	0.99
21357866--21358065	23	8.7	23	67	21	89	40	2	1	56	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21357868--21358082	36	6.1	36	69	20	118	40	1	1	56	1.19
21357866--21358179	18	17.6	18	64	20	90	39	2	2	55	1.26
21357898--21358099	77	2.7	77	76	11	179	41	1	1	54	1.23
21358024--21358078	13	4.5	13	71	13	53	34	3	1	60	1.25
21358060--21358123	22	2.9	23	83	4	78	40	1	6	51	1.36
21357866--21358183	36	8.8	36	69	15	117	40	2	2	55	1.26
21360935--21360961	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
21361168--21361237	34	2.1	33	83	2	86	37	11	12	38	1.80
21362458--21362760	124	2.4	123	76	9	308	36	10	12	40	1.78
21362593--21362764	62	2.8	61	77	9	161	32	10	13	43	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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