genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.143.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27111307--27111400	44	2.1	44	80	9	102	53	0	1	45	1.07
27112484--27112530	16	3.1	16	76	11	55	40	44	8	6	1.60
27131504--27131618	39	2.9	39	84	0	149	28	11	26	33	1.91
27137213--27137269	27	2.1	28	90	3	89	43	12	17	26	1.84
27150376--27150405	15	1.9	16	93	6	53	63	0	3	33	1.11
27150968--27151002	16	2.2	16	89	0	52	11	11	2	74	1.18
27154991--27155039	3	16.3	3	86	0	53	24	34	10	30	1.89
27154999--27155049	15	3.4	15	94	5	86	21	33	11	33	1.90
27154997--27155039	18	2.4	18	92	0	68	23	34	9	32	1.87
27163647--27163694	15	3.4	15	75	24	59	0	41	4	54	1.20
27165727--27165772	24	2.0	23	91	4	74	67	0	0	32	0.91
27165736--27165775	14	3.1	14	76	23	52	60	0	0	40	0.97
27168082--27168122	19	2.2	19	100	0	82	43	9	14	31	1.78
27200889--27200949	16	3.8	16	80	8	61	44	0	0	55	0.99
27200904--27200985	20	4.4	18	76	18	53	48	0	0	51	1.00
27200921--27200998	21	3.7	21	91	8	124	46	0	0	53	1.00
27201936--27201988	27	2.0	26	85	3	70	60	0	0	39	0.97
27203350--27203398	18	2.8	17	76	11	55	79	0	8	12	0.93
27203908--27203933	6	4.3	6	100	0	52	50	0	50	0	1.00
27204760--27204851	45	2.1	44	89	2	139	29	16	15	39	1.89
27209183--27209226	18	2.4	18	88	11	63	40	0	0	59	0.98
27209536--27209580	6	7.3	6	85	5	63	64	2	15	17	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27215452--27215499	22	2.1	22	84	3	60	33	0	0	66	0.92
27215465--27215503	14	2.7	14	88	4	51	30	0	0	69	0.89
27218275--27218349	38	2.0	38	91	0	123	22	22	26	28	1.99
27219169--27219233	14	4.4	14	79	9	67	41	4	3	50	1.38
27219172--27219234	30	2.1	30	82	5	74	39	4	3	52	1.38
27222479--27222528	21	2.6	19	79	14	57	44	2	2	52	1.24
27223027--27223063	7	5.3	7	100	0	74	43	29	27	0	1.55
27225960--27225984	13	1.9	13	100	0	50	32	48	4	16	1.64
27226663--27226721	22	2.6	21	81	13	55	40	1	1	55	1.20
27226728--27226777	24	2.1	23	82	10	57	62	0	2	36	1.07
27232201--27232236	2	18.0	2	100	0	72	0	0	50	50	1.00
27235010--27235042	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
27258241--27258279	16	2.4	17	87	8	55	64	5	15	15	1.46
27261929--27261970	20	2.1	20	90	0	66	38	21	26	14	1.91
27264200--27264230	5	6.4	5	92	7	55	38	0	0	61	0.96
27266408--27266456	19	2.5	19	77	12	55	55	4	0	40	1.19
27266453--27266571	31	3.8	32	76	10	113	53	9	1	35	1.43
27267790--27267821	12	2.7	12	100	0	64	31	0	6	62	1.20
27267996--27268046	18	2.9	16	78	16	57	27	3	1	66	1.20
27268224--27268264	21	1.9	22	90	5	66	31	0	2	65	1.05
27268338--27268382	21	2.0	24	83	12	60	68	2	0	28	1.01
27270100--27270181	39	2.1	39	97	0	155	42	13	13	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27271958--27271982	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
27272908--27272933	6	4.3	6	100	0	52	15	34	0	50	1.45
27273046--27273095	2	25.0	2	83	0	55	50	10	0	40	1.36
27273046--27273091	14	3.3	14	87	0	74	50	10	0	39	1.38
27273498--27273528	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
27274178--27274248	30	2.3	31	81	11	76	59	0	7	33	1.25
27276169--27276210	17	2.4	18	80	8	50	54	11	2	30	1.49
27276452--27276495	22	2.0	21	82	4	52	13	6	6	72	1.25
27276615--27276665	25	2.0	25	92	0	84	39	5	33	21	1.78
27276869--27276941	33	2.2	34	90	2	112	35	12	15	36	1.84
27279455--27279480	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27280891--27281207	100	3.2	100	79	6	322	38	8	8	45	1.65
27282104--27282154	23	2.3	22	90	10	77	1	5	7	84	0.85
27282103--27282160	23	2.5	23	83	5	73	1	5	8	84	0.83
27282497--27282633	40	3.3	39	70	16	114	41	20	7	30	1.79
27284095--27284138	22	2.0	22	82	8	54	29	15	2	52	1.55
27289072--27289342	102	2.7	99	82	6	323	38	9	8	43	1.67
27290019--27290071	21	2.5	22	87	3	72	69	5	5	18	1.28
27291377--27291418	21	2.0	21	86	4	59	52	4	0	42	1.22
27291435--27291471	20	1.9	19	89	10	58	59	2	0	37	1.12
27291465--27291507	18	2.4	17	81	11	50	53	2	2	41	1.26
27291524--27291563	16	2.3	18	83	8	57	62	2	5	30	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27291696--27291744	19	2.7	18	84	12	64	26	2	4	67	1.19
27291711--27291745	9	3.8	9	85	7	52	25	0	5	68	1.11
27291980--27292027	21	2.3	21	85	0	60	27	2	8	62	1.35
27306383--27306446	28	2.3	28	94	0	110	28	6	21	43	1.77
27308132--27308172	3	13.7	3	94	0	73	65	0	2	31	1.05
27310763--27310812	8	6.4	8	86	2	57	50	6	14	30	1.66
27316242--27316287	23	2.0	24	87	12	69	39	0	0	60	0.97
27316254--27316329	30	2.6	30	91	2	127	40	1	0	57	1.07
27317109--27317228	60	2.0	60	98	0	231	34	10	22	33	1.87
27317822--27317855	17	1.9	18	88	5	52	29	2	2	64	1.22
27317851--27317893	22	1.9	22	86	13	61	32	2	0	65	1.06
27319536--27319578	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
27319578--27319605	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
27320134--27320162	13	2.1	14	93	6	51	68	0	3	27	1.05
27320945--27321011	28	2.2	30	79	12	75	41	0	4	53	1.21
27321147--27321186	19	2.2	18	95	4	71	55	0	0	45	0.99
27323572--27323608	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
27324810--27324863	21	2.6	21	85	2	74	37	1	1	59	1.19
27324877--27324926	22	2.3	22	83	13	59	40	14	2	44	1.56
27324879--27324955	28	3.3	22	74	25	61	42	14	2	40	1.59
27324903--27324962	28	2.1	28	100	0	120	45	15	3	36	1.62
27327043--27327078	7	5.1	7	93	6	56	25	0	0	75	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27325646--27329996	433	10.0	435	85	4	5632	40	9	8	42	1.67
27325646--27329996	863	5.0	862	91	3	6426	40	9	8	42	1.67
27334607--27334644	15	2.5	15	91	0	58	26	2	2	68	1.16
27338069--27338094	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27341656--27341681	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27360768--27360883	57	2.1	57	95	1	207	22	18	30	28	1.98
27361551--27361607	29	2.0	29	96	0	105	15	24	10	49	1.76
27365859--27365905	16	2.8	16	84	12	51	48	0	4	46	1.21
27365882--27365915	16	2.1	16	94	0	59	55	0	0	44	0.99
27366217--27366242	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27368552--27368752	101	2.0	101	98	0	384	24	17	12	44	1.85
27378671--27378722	2	26.0	2	100	0	104	0	50	0	50	1.00
27380310--27380334	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
27384451--27384510	4	15.0	4	92	0	102	25	28	0	46	1.53
27385924--27385971	15	3.3	15	79	5	62	58	0	0	41	0.98
27385947--27386026	21	4.0	21	77	9	87	57	1	1	40	1.15
27385944--27386034	21	4.0	23	71	19	68	58	1	1	39	1.13
27385924--27386005	27	3.0	26	82	10	67	57	0	1	41	1.06
27391083--27391119	19	1.9	19	88	0	56	45	0	0	54	1.00
27391625--27391812	101	1.9	100	87	3	279	34	6	7	51	1.57
27392114--27392155	22	1.9	22	85	0	57	71	4	7	16	1.26
27393018--27393053	18	1.9	19	88	5	56	8	16	2	72	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27393449--27393529	23	3.5	24	71	10	69	45	7	2	44	1.45
27393415--27393530	46	2.6	45	74	12	112	44	9	5	40	1.59
27394705--27394745	17	2.3	19	87	8	59	65	0	0	34	0.93
27395999--27396023	9	2.8	9	100	0	50	36	12	20	32	1.89
27402081--27402146	23	2.8	23	77	22	75	42	6	0	51	1.26
27411042--27411310	143	1.9	137	81	4	322	15	21	14	48	1.81
27413909--27414096	98	1.9	98	94	3	333	22	19	13	44	1.86
27414047--27414152	51	2.1	51	94	0	185	21	19	4	53	1.63
27421778--27421830	24	2.3	23	87	6	72	49	0	0	50	1.00
27423067--27423112	19	2.4	19	74	0	56	36	2	4	56	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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