genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7617416--7617446	9	3.4	9	100	0	62	9	9	19	61	1.54
7617849--7617901	5	10.2	5	78	15	54	26	3	0	69	1.05
7620827--7620853	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
7621811--7621840	12	2.5	12	100	0	60	46	6	0	46	1.29
7628568--7628954	157	2.5	153	78	7	401	36	10	13	40	1.79
7634246--7634346	18	5.7	18	68	15	68	28	4	32	33	1.79
7634325--7634365	21	2.0	21	85	0	55	31	2	36	29	1.71
7636590--7636638	16	2.7	19	78	15	59	32	0	6	61	1.21
7636599--7636769	65	2.7	62	79	17	165	25	2	5	66	1.26
7637171--7637229	31	1.9	31	89	6	93	27	23	22	27	1.99
7637284--7637329	20	2.3	20	92	3	76	26	28	21	23	1.99
7637601--7637625	5	5.0	5	100	0	50	20	40	40	0	1.52
7637771--7638059	59	4.7	57	84	12	330	46	7	13	32	1.72
7641872--7641941	8	10.1	7	73	22	51	72	0	18	8	1.09
7643147--7643686	42	13.1	41	89	6	787	22	18	22	36	1.95
7643147--7643686	123	4.4	121	90	6	802	22	18	22	36	1.95
7643147--7643686	81	6.6	81	90	6	804	22	18	22	36	1.95
7643693--7643767	8	9.8	8	87	11	88	89	9	0	1	0.55
7643693--7643767	38	2.0	39	92	5	127	89	9	0	1	0.55
7643693--7643759	1	67.0	1	81	0	80	91	7	0	1	0.49
7643953--7643998	16	3.0	16	79	17	53	28	0	8	63	1.24
7643978--7644157	65	2.8	63	81	15	183	26	2	5	66	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7644548--7644606	31	1.9	31	89	6	93	27	23	22	27	1.99
7644661--7644706	20	2.3	20	92	3	76	26	28	21	23	1.99
7645132--7645450	59	5.2	58	76	12	257	49	8	11	30	1.69
7650528--7651130	40	15.0	40	92	5	965	22	18	21	37	1.94
7650528--7651130	81	7.5	80	93	4	965	22	18	21	37	1.94
7651137--7651226	1	90.0	1	84	0	108	91	8	0	0	0.43
7651137--7651226	26	3.3	27	90	3	137	91	8	0	0	0.43
7651423--7651471	16	2.7	19	78	15	59	32	0	6	61	1.21
7651435--7651593	60	2.6	60	77	17	150	25	3	5	65	1.30
7651432--7651604	62	2.8	61	78	14	158	26	2	5	65	1.27
7651997--7652054	31	1.9	31	86	10	84	27	24	20	27	1.99
7652111--7652145	17	2.1	17	94	0	61	31	22	20	25	1.98
7652456--7652518	12	5.6	11	83	9	67	9	1	3	85	0.77
7652590--7653042	59	7.8	59	91	6	716	44	8	13	34	1.73
7652590--7653042	174	2.6	173	92	4	743	44	8	13	34	1.73
7653955--7654005	21	2.7	18	81	18	68	50	0	0	49	1.00
7653958--7654002	21	2.2	21	92	7	76	48	0	0	51	1.00
7658208--7658285	25	3.3	23	71	20	56	70	2	6	20	1.21
7658206--7658250	19	2.4	19	85	7	56	68	2	6	22	1.24
7658206--7658315	6	17.0	6	67	17	51	73	3	4	18	1.15
7658284--7658331	18	2.6	18	80	3	51	79	4	6	10	1.05
7664094--7664147	27	2.0	27	82	10	65	46	0	3	50	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7664232--7664256	13	1.9	13	100	0	50	56	8	4	32	1.47
7664271--7664309	20	1.9	21	89	5	62	51	5	2	41	1.38
7664986--7665016	16	1.9	16	93	0	53	0	19	0	80	0.71
7668474--7668512	19	2.1	19	85	9	53	71	5	0	23	1.05
7669790--7669865	38	2.0	38	89	0	116	25	13	22	39	1.90
7670907--7670976	33	2.1	33	86	0	95	25	1	8	64	1.30
7671787--7672042	127	2.0	126	96	0	467	33	7	16	41	1.77
7674825--7674896	34	2.1	34	84	5	92	38	9	11	40	1.74
7674865--7674965	34	2.9	34	74	1	94	40	8	11	38	1.73
7676512--7676550	18	2.1	19	85	4	53	35	0	0	64	0.94
7676636--7676687	22	2.5	22	84	6	63	53	0	0	46	1.00
7676705--7676745	16	2.4	17	81	18	50	48	0	0	51	1.00
7681511--7681607	38	2.6	39	77	11	112	35	7	14	43	1.73
7681621--7681659	20	1.9	21	84	5	53	35	0	5	58	1.20
7681865--7681907	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
7681927--7681977	12	4.4	12	79	16	54	80	0	7	11	0.90
7681909--7681969	22	2.7	23	75	10	63	75	0	8	16	1.03
7683135--7683236	44	2.4	41	79	11	100	44	13	15	26	1.84
7683159--7683392	43	5.5	42	79	10	192	42	15	14	27	1.86
7683233--7683393	86	1.9	86	85	5	227	39	16	13	29	1.87
7694427--7694499	37	1.9	38	83	5	94	39	15	12	32	1.84
7696536--7696581	18	2.6	18	86	6	58	50	0	2	47	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7696602--7696663	29	2.1	29	82	11	74	46	0	4	48	1.23
7696603--7696673	31	2.2	30	78	14	72	47	0	4	47	1.21
7696667--7696731	31	2.2	29	82	15	73	49	3	0	47	1.17
7708099--7708150	23	2.3	23	96	0	95	40	7	17	34	1.78
7708845--7708903	30	2.0	30	93	0	100	30	11	23	33	1.91
7709362--7709414	24	2.2	24	90	6	81	52	9	18	18	1.72
7709558--7709600	22	2.0	22	90	0	68	44	9	11	34	1.73
7713406--7713455	25	2.0	25	88	7	75	54	8	18	20	1.68
7722462--7722532	36	2.0	36	94	0	124	38	18	7	36	1.78
7726485--7726541	18	3.4	15	77	20	51	63	0	0	36	0.95
7726494--7726547	18	3.0	18	75	8	56	62	0	0	37	0.95
7726627--7726707	36	2.2	37	79	14	89	54	0	1	44	1.08
7729408--7729441	17	2.0	17	88	0	50	44	8	0	47	1.34
7738362--7738439	18	4.6	18	78	18	96	56	1	1	41	1.15
7738374--7738439	13	5.3	13	71	23	61	56	1	1	40	1.18
7738503--7738568	16	4.1	15	76	18	53	46	0	0	53	1.00
7738475--7738569	34	2.8	36	78	12	103	46	2	0	51	1.12
7745012--7745067	3	18.7	3	100	0	112	32	0	0	67	0.91
7745136--7745186	18	2.9	17	76	20	52	66	5	3	23	1.30
7752661--7752701	14	2.8	15	78	14	50	24	0	7	68	1.15
7752665--7752704	15	2.9	14	85	7	55	25	0	5	70	1.08
7754603--7754636	17	1.9	17	88	5	50	47	2	38	11	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7759493--7759803	157	2.0	157	86	0	433	36	11	15	36	1.84
7763186--7763269	42	2.0	42	95	0	150	35	11	16	35	1.86
7767038--7767188	61	2.5	60	78	7	162	30	15	15	37	1.90
7767434--7767602	62	2.7	62	83	9	218	36	11	9	42	1.73
7767770--7767888	63	1.9	63	83	0	157	36	11	10	41	1.75
7767434--7767908	125	3.8	123	73	9	322	36	12	12	38	1.81
7768925--7768963	20	2.0	19	85	5	51	43	15	5	35	1.69
7771406--7771446	20	1.9	21	85	14	57	53	2	2	41	1.27
7783096--7783138	14	3.0	14	82	3	50	76	2	2	18	1.00
7783206--7783252	19	2.5	19	79	3	60	2	10	4	82	0.88
7789369--7789410	22	2.0	21	86	9	59	30	14	21	33	1.93
7800146--7800170	13	1.9	13	100	0	50	92	0	8	0	0.40
7801132--7801169	6	6.3	6	100	0	76	34	0	15	50	1.45
7802012--7802039	6	4.7	6	100	0	56	35	0	17	46	1.49
7805827--7805870	23	1.9	23	95	0	79	34	15	13	36	1.87
7813679--7813705	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
7814929--7814977	20	2.4	20	77	16	55	38	4	2	55	1.31
7815415--7815478	21	3.1	21	74	12	62	34	3	3	59	1.29
7816235--7816280	16	2.7	17	83	6	58	32	6	0	60	1.22
7818004--7818078	35	2.1	35	80	9	82	16	8	5	70	1.29
7818046--7818492	239	1.9	236	79	6	501	32	9	5	52	1.57
7819758--7819782	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7823690--7823726	6	6.2	6	96	0	65	16	64	0	18	1.29
7832572--7832636	9	7.6	9	71	20	50	49	1	1	47	1.20
7832572--7832634	26	2.5	25	87	10	92	47	1	1	49	1.20
7832605--7832698	16	5.6	16	69	18	57	51	1	2	45	1.20
7832659--7832702	18	2.3	20	75	25	51	59	0	2	38	1.10
7832729--7832782	15	3.5	15	80	5	72	40	1	1	55	1.21
7832729--7832799	31	2.4	30	88	11	103	42	1	1	54	1.17
7832741--7832792	15	3.4	15	79	12	52	46	1	1	50	1.23
7841196--7841242	23	2.0	23	84	8	60	48	4	0	46	1.21
7841503--7841586	42	2.0	42	81	4	98	48	1	1	48	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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