genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.144.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27423198--27423259	26	2.3	27	77	5	63	41	4	4	48	1.46
27435339--27435406	27	2.5	28	80	15	65	52	0	0	47	1.00
27435417--27435468	21	2.4	22	81	9	63	59	0	0	40	0.97
27441317--27441359	22	1.9	22	85	4	59	48	2	2	46	1.27
27441453--27441491	13	3.0	13	84	0	51	48	2	2	46	1.29
27442407--27442454	23	2.1	23	84	3	62	35	0	0	64	0.94
27442633--27442672	17	2.3	18	84	16	50	47	0	5	47	1.24
27445944--27445978	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
27452169--27452199	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
27457375--27457415	21	2.0	21	90	0	64	46	2	0	51	1.14
27458337--27458406	33	2.1	33	97	0	131	44	7	18	30	1.76
27460299--27460343	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
27476518--27476553	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
27476624--27476666	19	2.3	19	91	0	68	41	0	0	58	0.98
27477949--27477991	22	1.9	23	95	4	79	44	0	0	55	0.99
27477963--27478005	19	2.3	18	84	11	59	41	0	0	58	0.98
27477949--27478004	22	2.7	21	86	10	71	48	0	0	51	1.00
27477953--27478007	20	2.8	20	76	15	60	47	0	0	52	1.00
27477994--27478032	16	2.4	16	82	0	51	56	0	0	43	0.99
27477994--27478027	12	2.8	12	90	0	50	52	0	0	47	1.00
27478982--27479021	13	3.1	13	81	0	53	57	0	0	42	0.98
27478947--27479027	33	2.5	33	76	23	91	59	1	0	39	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27479320--27479366	23	2.0	25	88	12	73	68	0	2	29	1.02
27487602--27487633	16	2.0	16	100	0	64	37	12	25	25	1.91
27488995--27489110	59	2.0	59	92	0	196	31	19	25	23	1.98
27491465--27491511	18	2.6	18	80	6	51	38	0	2	59	1.09
27492788--27492834	3	15.7	3	81	0	58	29	2	38	29	1.69
27504741--27504778	19	1.9	19	89	5	58	65	2	2	28	1.19
27504832--27504881	24	2.1	24	88	3	75	40	2	0	58	1.10
27504821--27504894	28	2.6	27	85	6	85	37	4	0	58	1.17
27508887--27508934	21	2.2	23	85	7	64	37	0	2	60	1.09
27511124--27511186	28	2.2	29	89	10	96	46	0	3	50	1.17
27511121--27511179	31	1.9	30	82	3	73	49	0	3	47	1.18
27512748--27512781	18	1.9	18	88	5	52	23	11	0	64	1.26
27522173--27522203	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
27526351--27526384	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
27533498--27533536	19	2.0	20	85	5	53	30	0	0	69	0.89
27533606--27533655	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
27538905--27538931	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
27538939--27538979	11	3.5	12	87	12	59	75	9	0	14	1.04
27538944--27538982	12	3.2	13	89	10	64	71	12	0	15	1.14
27538961--27539002	12	3.4	13	83	9	52	73	14	0	11	1.09
27538944--27539003	25	2.5	24	86	2	75	73	13	0	13	1.10
27539765--27539845	41	2.0	41	97	0	153	58	9	1	30	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27540056--27540387	39	8.5	39	81	7	370	42	16	12	27	1.85
27540056--27540387	79	4.2	77	84	4	405	42	16	12	27	1.85
27540042--27540387	118	2.9	117	83	3	410	41	17	13	27	1.87
27542157--27542212	25	2.2	25	100	0	112	32	8	12	46	1.73
27549076--27549117	21	2.0	21	100	0	84	38	14	28	19	1.90
27549629--27549746	56	2.1	56	96	0	218	19	18	18	43	1.89
27552976--27553051	11	6.6	11	69	19	57	18	3	3	73	1.14
27553002--27553047	17	2.5	19	80	16	53	19	4	2	73	1.10
27553067--27553109	3	15.0	3	80	9	54	67	4	0	27	1.10
27553071--27553177	6	17.2	6	79	10	63	73	5	2	17	1.14
27553110--27553172	19	3.3	19	80	8	65	76	6	3	14	1.11
27553119--27553166	25	1.9	25	91	0	78	75	8	2	14	1.13
27553118--27553172	25	2.2	25	83	0	74	76	7	3	12	1.12
27556352--27556388	6	6.2	6	93	0	65	16	2	64	16	1.40
27560278--27560308	15	2.1	15	93	0	53	0	19	0	80	0.71
27562679--27562722	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
27566164--27566198	18	1.9	18	88	0	52	37	25	14	22	1.92
27566374--27566432	25	2.5	24	81	13	68	42	18	25	13	1.87
27566580--27566623	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
27576071--27576096	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
27589827--27589866	13	3.1	13	81	0	53	42	0	0	57	0.98
27589914--27589988	21	3.6	21	77	12	68	34	1	2	61	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27589957--27590024	19	3.5	19	76	13	59	42	0	0	57	0.98
27589987--27590061	21	3.9	21	76	11	65	52	0	0	48	1.00
27589987--27590060	19	3.9	19	69	20	57	51	0	0	48	1.00
27595827--27595882	29	2.0	29	92	3	96	51	1	3	42	1.29
27596908--27596988	37	2.2	37	82	4	92	48	8	3	39	1.52
27597723--27597760	9	3.5	11	80	20	53	39	0	7	52	1.31
27613643--27613669	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
27620662--27620686	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
27621348--27621381	17	1.9	18	88	5	52	38	0	2	58	1.13
27623574--27623878	168	1.8	168	91	0	511	40	13	8	37	1.75
27624082--27624433	59	5.9	59	72	14	249	35	11	5	48	1.61
27624082--27624433	61	5.9	60	76	8	290	35	11	5	48	1.61
27624082--27624433	62	5.9	59	74	9	232	35	11	5	48	1.61
27624421--27624459	19	2.0	20	95	5	71	53	0	5	41	1.23
27624364--27624536	77	2.3	78	83	8	221	42	8	3	46	1.50
27624559--27624594	13	2.8	13	91	8	56	72	8	0	19	1.10
27625784--27625813	13	2.3	13	94	0	51	70	3	6	20	1.25
27626014--27626135	44	2.8	44	78	5	138	48	17	9	24	1.77
27626633--27626784	46	3.3	46	83	5	186	38	11	11	37	1.79
27626705--27626801	22	4.6	21	81	7	99	37	13	12	37	1.82
27626827--27627073	21	11.7	21	70	17	131	37	14	9	37	1.80
27626729--27627002	122	2.3	122	88	3	410	35	14	11	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27626970--27627075	46	2.3	46	88	3	162	39	15	8	36	1.77
27626989--27627073	25	3.6	25	81	12	115	37	15	8	38	1.77
27627060--27627253	37	5.1	37	85	11	250	41	12	6	39	1.69
27627090--27627247	80	2.0	80	93	2	273	43	12	6	37	1.69
27628322--27628404	13	6.8	13	73	13	70	4	14	0	80	0.86
27628322--27628414	47	2.0	46	83	10	118	5	15	0	79	0.90
27628328--27628430	16	6.4	16	71	15	52	5	16	0	77	0.95
27628407--27628439	16	2.1	17	88	11	52	9	21	0	69	1.15
27628352--27628440	29	3.1	28	80	7	99	7	15	0	76	1.00
27628345--27628439	15	6.4	16	75	17	57	7	16	0	75	1.01
27628789--27628836	9	5.1	9	85	7	60	4	12	0	83	0.79
27628789--27628828	10	4.1	10	83	6	55	5	10	0	85	0.75
27628789--27628841	19	2.7	19	88	2	70	5	13	0	81	0.86
27632445--27632780	59	5.7	58	74	14	276	33	11	6	49	1.63
27632769--27632806	19	2.0	20	89	5	60	44	0	10	44	1.38
27632903--27632944	4	10.8	4	79	5	50	73	7	0	19	1.05
27632903--27632944	16	2.4	16	88	11	57	73	7	0	19	1.05
27643430--27643465	18	1.9	19	88	5	56	36	0	2	61	1.11
27644163--27644226	31	2.1	30	82	8	76	56	1	3	39	1.25
27644712--27644782	33	2.2	33	86	0	97	38	7	18	36	1.78
27650798--27650859	24	2.5	26	70	12	60	61	3	24	11	1.44
27655808--27655899	19	4.6	19	72	18	62	27	33	19	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27656283--27656868	57	9.7	59	88	9	830	46	7	12	33	1.71
27659946--27659988	17	2.6	17	81	3	52	44	0	2	53	1.13
27660981--27661319	59	5.7	58	72	14	255	36	10	4	48	1.57
27660985--27661318	119	2.8	117	76	10	331	36	10	3	48	1.56
27661004--27661319	61	5.3	62	74	12	236	35	10	4	49	1.56
27661252--27661395	77	1.9	75	87	7	211	39	8	4	47	1.53
27661308--27661345	19	2.0	20	94	5	69	47	0	7	44	1.32
27661444--27661477	4	8.8	4	87	6	52	76	2	0	20	0.92
27662656--27662685	13	2.3	13	94	0	51	70	3	6	20	1.25
27662867--27663007	44	3.2	44	85	1	183	43	17	14	23	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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