genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.121.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  121  of  160  ( 19195 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22571468--22571613	16	9.2	16	68	22	62	30	0	5	63	1.21
22571563--22571619	14	4.1	14	78	19	57	35	0	1	63	1.05
22571551--22571608	17	3.2	17	76	23	57	32	0	3	63	1.11
22572524--22572688	6	26.7	6	67	18	54	16	4	3	75	1.10
22572524--22572581	7	8.1	7	77	19	50	13	1	3	81	0.91
22572620--22572681	28	2.2	28	86	8	83	12	6	0	80	0.89
22572602--22572692	47	1.9	48	82	10	116	13	8	0	78	0.97
22572604--22572687	19	4.4	19	76	14	84	13	8	0	78	0.96
22572696--22572987	57	5.0	57	86	9	410	45	8	12	33	1.73
22572696--22572987	116	2.5	118	90	5	461	45	8	12	33	1.73
22579111--22579150	2	20.0	2	94	0	71	52	0	0	47	1.00
22579442--22579490	23	2.1	24	88	3	73	59	4	4	32	1.35
22579458--22579491	17	1.9	17	88	5	50	55	0	5	38	1.24
22579974--22580000	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
22584850--22584911	17	3.3	19	71	26	51	51	9	0	38	1.35
22585210--22585368	58	2.7	59	80	13	186	55	22	3	18	1.56
22589734--22589784	24	2.1	25	88	3	77	11	7	11	68	1.39
22590169--22590214	18	2.5	18	85	3	56	15	4	2	78	1.01
22590150--22590220	18	3.9	17	76	20	54	14	7	1	77	1.04
22596958--22596999	15	2.8	15	80	20	52	80	0	14	4	0.86
22597962--22598029	27	2.5	27	85	0	82	26	11	22	39	1.88
22599547--22599708	41	3.9	41	75	10	139	15	20	17	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22599587--22599677	45	2.0	45	82	4	112	18	17	15	48	1.82
22599545--22599708	86	1.9	85	84	1	220	15	20	17	46	1.83
22599656--22599760	52	2.0	52	83	7	133	9	23	19	47	1.78
22600326--22600410	18	4.9	18	70	18	81	31	4	27	36	1.77
22600756--22600786	6	5.2	6	100	0	62	32	51	0	16	1.44
22604199--22604248	25	1.9	27	92	8	86	44	10	0	46	1.37
22612374--22612819	117	3.9	114	88	6	659	34	13	8	43	1.73
22612374--22612822	174	2.6	175	91	2	701	34	12	8	43	1.73
22612374--22612822	57	7.8	57	87	4	618	34	12	8	43	1.73
22612834--22612905	26	2.6	27	80	10	74	75	1	11	12	1.12
22613935--22614005	4	16.5	4	73	13	52	69	2	0	28	1.03
22614020--22614059	9	4.7	9	84	15	50	70	7	0	22	1.12
22615160--22615344	98	1.9	97	83	4	237	27	13	19	39	1.89
22618777--22618828	6	8.7	6	81	12	54	15	1	1	80	0.88
22618783--22618823	13	3.2	13	82	3	57	17	0	2	80	0.82
22627720--22627773	19	2.8	18	84	15	65	72	1	5	20	1.14
22628089--22628118	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
22639738--22639771	13	2.6	13	80	0	50	82	0	11	5	0.83
22640712--22640793	41	2.0	41	87	0	119	31	18	13	36	1.89
22640674--22641158	36	13.6	36	75	8	334	27	15	16	40	1.89
22640753--22641156	106	3.8	106	77	12	341	27	15	17	40	1.89
22641579--22641607	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22642706--22642757	18	2.8	19	76	5	61	13	5	1	78	1.01
22642718--22642775	18	3.4	17	85	4	64	17	3	3	75	1.07
22642735--22642785	9	5.9	9	84	15	63	21	0	5	72	1.05
22642736--22642784	25	2.0	25	88	8	73	20	0	4	75	0.96
22642701--22642816	43	2.7	43	79	11	105	18	4	3	73	1.15
22643855--22643906	19	2.8	18	77	11	52	13	7	1	76	1.07
22643855--22643961	42	2.6	40	81	14	103	17	6	2	72	1.18
22644566--22644600	16	2.1	17	89	5	54	71	0	8	20	1.11
22644975--22645000	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
22646254--22646312	31	1.9	31	85	0	82	35	11	10	42	1.76
22646484--22646525	16	2.9	15	80	19	54	52	0	0	47	1.00
22647421--22647500	31	2.6	31	88	6	117	42	11	7	38	1.69
22647524--22647748	110	2.1	109	88	4	328	41	17	6	34	1.75
22665330--22665365	18	1.9	19	88	5	56	27	13	16	41	1.87
22667640--22667678	18	2.3	17	86	8	53	58	7	12	20	1.58
22668639--22668705	26	2.5	27	87	4	100	34	1	0	64	1.03
22668639--22668715	27	2.9	27	84	5	86	31	2	1	64	1.15
22668793--22668863	26	2.6	29	82	14	89	60	0	5	33	1.20
22672223--22672260	18	2.1	18	85	9	51	28	0	0	71	0.87
22672664--22672691	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22673759--22673787	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
22674987--22675020	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22680442--22680814	51	7.5	50	77	8	287	30	11	13	45	1.78
22680495--22680787	49	5.9	49	77	14	257	30	11	12	45	1.78
22680444--22680840	149	2.6	149	86	4	541	30	10	13	45	1.77
22680529--22680787	49	5.2	49	78	9	258	30	11	12	45	1.78
22680908--22680946	16	2.4	17	91	4	62	51	15	0	33	1.44
22682127--22682186	22	2.6	23	75	15	61	75	3	16	5	1.12
22682900--22682938	14	3.0	13	82	10	53	58	2	2	35	1.25
22684151--22684206	26	2.1	26	86	3	76	58	7	3	30	1.42
22685903--22685936	17	2.0	17	88	0	50	41	11	2	44	1.56
22686844--22686881	16	2.4	16	90	0	58	50	10	0	39	1.37
22686841--22686870	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
22696888--22697048	85	1.9	84	85	8	220	47	19	14	18	1.82
22697324--22697436	54	2.0	56	91	5	185	41	7	18	32	1.78
22699884--22700046	86	1.9	87	86	6	233	42	20	19	17	1.90
22703835--22704110	143	1.9	143	83	7	355	42	15	10	31	1.81
22704627--22704654	14	2.0	14	100	0	56	21	14	35	28	1.92
22706521--22706584	26	2.6	25	79	13	71	81	10	4	3	0.96
22706527--22706613	28	3.0	29	75	9	70	79	9	4	6	1.05
22707666--22707995	57	5.7	57	87	5	412	38	12	6	42	1.69
22708013--22708116	17	5.6	19	78	11	76	78	1	6	12	1.02
22708013--22708113	6	17.5	6	68	21	56	79	1	5	12	1.00
22708083--22708151	27	2.5	27	79	11	77	72	2	2	21	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22708158--22708187	12	2.4	12	94	5	51	90	0	10	0	0.47
22709497--22709525	13	2.1	14	93	6	51	27	3	0	68	1.05
22709610--22709649	14	2.9	14	88	0	53	75	5	2	17	1.10
22709707--22709784	3	25.3	3	84	10	104	64	2	1	32	1.15
22709818--22709858	22	1.9	22	90	5	66	73	4	4	17	1.19
22709815--22709865	22	2.3	23	73	10	61	70	3	7	17	1.27
22710288--22710327	14	2.9	14	88	3	55	80	7	0	12	0.91
22710879--22710917	20	2.0	20	85	10	53	15	5	0	79	0.90
22711313--22711715	205	2.0	203	88	4	605	37	17	8	36	1.79
22719067--22719101	8	4.4	8	86	13	54	62	0	0	37	0.95
22722623--22723105	50	9.5	51	77	6	306	31	11	17	40	1.85
22722651--22722851	51	3.9	49	78	11	156	30	10	16	41	1.83
22722708--22723105	102	3.9	100	77	6	302	30	11	17	39	1.86
22723857--22723908	3	17.7	3	92	4	88	28	1	0	69	0.99
22724534--22724588	3	19.0	3	92	7	96	30	0	0	69	0.89
22725404--22725462	15	3.9	15	77	18	68	18	5	1	74	1.09
22725536--22725589	3	17.7	3	88	3	81	64	0	3	31	1.11
22735069--22735419	65	5.4	64	79	8	275	19	22	12	45	1.84
22735112--22735453	65	5.3	65	80	2	328	20	22	12	44	1.85
22735071--22735453	130	3.0	129	78	6	384	20	22	12	44	1.85
22735141--22735492	130	2.7	129	81	5	372	20	22	13	44	1.86
22735263--22735475	65	3.3	64	73	9	198	20	20	13	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22736623--22736692	27	2.8	24	74	19	70	18	2	2	75	1.05
22736612--22736694	15	5.5	15	72	7	60	20	2	3	73	1.10
22738045--22738079	18	1.9	18	88	11	54	80	2	5	11	1.00
22738473--22738509	15	2.6	15	87	8	51	40	16	8	35	1.78
22739569--22739611	2	21.5	2	87	0	59	55	0	2	41	1.12
22740979--22741285	143	2.2	142	78	7	320	37	8	9	44	1.68
22742581--22742748	20	8.5	20	74	9	130	47	30	4	17	1.66
22742740--22742784	18	2.5	18	88	0	63	42	37	2	17	1.62
22742863--22742906	19	2.5	17	79	13	52	40	31	2	25	1.68
22742863--22742907	18	2.5	18	82	10	56	42	31	2	24	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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