genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8593341--8593379	20	1.9	21	84	5	53	58	2	5	33	1.33
8594346--8594380	2	17.5	2	93	0	61	51	2	0	45	1.16
8594696--8594757	27	2.2	28	83	13	76	48	4	8	38	1.54
8598833--8600273	161	8.9	160	79	4	1351	42	14	9	33	1.78
8598834--8600273	322	4.5	319	82	2	1549	42	14	9	33	1.78
8606908--8606947	19	2.2	19	86	4	55	65	2	22	10	1.35
8608172--8608400	116	2.0	116	92	0	377	36	22	17	23	1.95
8608167--8608445	116	2.4	116	86	1	362	34	24	18	23	1.96
8614489--8614535	20	2.3	20	100	0	94	34	27	6	31	1.82
8614489--8614542	20	2.7	20	94	0	81	33	25	7	33	1.84
8619681--8619734	23	2.3	24	84	15	69	42	0	12	44	1.43
8619725--8619758	13	2.8	12	87	12	52	50	2	0	47	1.16
8620655--8620699	21	2.0	23	83	12	58	68	2	17	11	1.29
8629548--8629591	23	1.9	23	90	0	70	31	4	13	50	1.62
8634761--8634804	20	2.1	21	83	8	54	59	4	4	31	1.38
8637914--8637947	16	2.1	16	88	0	50	44	0	8	47	1.34
8638837--8638868	15	2.1	15	94	0	55	65	6	3	25	1.31
8646084--8646424	145	2.4	145	83	4	440	34	12	9	43	1.75
8648459--8648484	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
8651287--8651327	20	1.9	21	85	14	57	39	24	0	36	1.56
8656711--8656785	37	2.0	37	97	0	141	45	8	10	36	1.68
8656711--8656771	18	3.3	18	66	20	54	42	6	11	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8656947--8657355	201	2.0	202	91	1	669	35	7	8	48	1.62
8658495--8658990	231	2.1	232	88	4	770	41	4	10	43	1.59
8659612--8659698	29	2.9	30	76	8	81	45	2	6	44	1.43
8659783--8659855	28	2.7	27	75	12	69	50	5	0	43	1.25
8663533--8663590	3	19.3	3	100	0	116	32	0	0	67	0.91
8666230--8666259	4	7.5	4	92	0	51	23	23	0	53	1.46
8666261--8666292	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
8667595--8667657	19	3.4	19	76	20	62	77	4	4	12	1.08
8680452--8680493	22	1.9	22	85	0	57	54	4	2	38	1.34
8684712--8684984	77	3.6	76	87	6	392	42	20	7	28	1.80
8690865--8690911	24	2.0	24	95	0	85	38	6	12	42	1.69
8691108--8691144	19	1.9	19	94	0	65	40	16	18	24	1.90
8696400--8696746	176	2.0	175	86	7	490	28	14	14	42	1.84
8704902--8705303	144	2.8	145	82	4	458	33	13	10	42	1.79
8710217--8710242	10	2.6	10	100	0	52	46	0	0	53	1.00
8715558--8715632	37	2.0	37	92	5	125	44	8	9	38	1.66
8715558--8715619	18	3.4	18	67	20	56	41	6	11	40	1.66
8715814--8716213	199	2.0	200	93	1	678	36	7	9	46	1.65
8716272--8716307	19	1.9	19	88	5	56	63	2	0	33	1.08
8716876--8716959	43	2.0	43	87	0	123	36	13	15	34	1.86
8717105--8717842	233	3.1	236	84	6	883	41	3	10	43	1.57
8718360--8718432	28	2.7	27	75	12	69	50	5	0	43	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8722117--8722168	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
8726164--8726226	19	3.4	19	76	20	62	77	4	4	12	1.08
8729368--8729411	21	2.1	21	82	0	52	20	9	9	61	1.53
8731939--8732008	35	2.0	35	91	0	113	27	7	11	54	1.62
8742845--8743118	76	3.6	77	87	6	398	43	20	7	29	1.79
8749008--8749054	24	2.0	24	95	0	85	38	6	12	42	1.69
8749252--8749288	19	1.9	19	94	0	65	40	16	18	24	1.90
8754550--8754896	176	2.0	175	86	7	490	28	14	14	42	1.84
8758687--8758738	22	2.6	19	72	18	52	57	0	0	42	0.98
8758785--8758854	20	3.9	19	66	24	53	55	1	0	42	1.08
8758779--8758844	32	2.1	32	88	0	96	54	0	0	45	0.99
8758785--8758857	7	11.0	7	70	16	57	56	1	0	42	1.08
8762416--8762444	15	1.9	15	100	0	58	65	0	0	34	0.93
8778030--8778089	27	2.2	26	82	8	75	35	26	16	21	1.95
8778404--8778714	51	5.9	54	76	10	257	40	15	13	31	1.85
8778406--8778664	105	2.4	106	82	5	292	41	15	12	30	1.84
8782830--8782863	18	1.9	17	88	5	50	61	0	0	38	0.96
8782838--8782882	21	2.1	21	83	0	54	71	0	2	26	0.98
8788476--8788596	50	2.4	50	79	8	138	48	1	4	45	1.31
8790319--8790456	55	2.4	56	75	14	156	44	7	2	44	1.48
8793266--8793314	24	2.0	24	84	0	62	67	2	18	12	1.32
8797558--8797592	16	2.2	16	89	0	52	0	5	5	88	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8808957--8808992	18	2.0	18	100	0	72	44	0	0	55	0.99
8808965--8808994	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
8811516--8811555	21	1.9	21	94	0	71	50	7	7	35	1.59
8819189--8819226	17	2.2	18	85	4	51	60	0	5	34	1.19
8820381--8820415	17	1.9	19	88	11	56	54	0	17	28	1.43
8821734--8821809	10	6.6	11	73	21	59	7	14	0	77	0.98
8821786--8821825	18	2.2	18	86	0	53	12	7	2	77	1.07
8826639--8826774	56	2.4	57	89	7	197	29	7	9	53	1.60
8826936--8826995	21	2.8	22	74	23	56	76	6	3	13	1.11
8828022--8828050	12	2.3	13	94	5	51	72	0	0	27	0.85
8828552--8828612	19	3.2	18	86	6	68	65	3	1	29	1.18
8828568--8828612	18	2.4	18	88	3	63	68	2	2	26	1.12
8828457--8828883	216	1.9	222	81	5	510	53	4	9	32	1.55
8829998--8830058	27	2.2	27	82	8	79	40	0	0	59	0.98
8830360--8830510	61	2.5	60	77	11	164	41	5	15	37	1.72
8830393--8830546	61	2.5	60	77	11	145	41	4	14	39	1.66
8830632--8830932	130	2.3	127	86	1	395	41	3	10	44	1.57
8835403--8835441	20	1.9	21	89	5	62	35	7	10	46	1.67
8837171--8837232	26	2.3	26	94	2	106	29	20	9	40	1.84
8846846--8846879	15	2.3	15	94	0	59	73	0	8	17	1.08
8848506--8848607	35	2.8	37	86	7	145	35	16	11	36	1.86
8849986--8850041	14	3.9	14	81	9	67	21	0	28	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8849982--8850090	51	2.1	50	86	6	148	21	0	30	48	1.50
8850016--8850062	21	2.2	21	88	7	69	21	0	29	48	1.50
8850040--8850104	14	4.5	14	72	14	51	21	0	30	47	1.51
8850042--8850128	44	2.0	44	84	4	113	20	1	31	47	1.58
8850153--8850195	17	2.6	17	88	3	61	25	0	27	46	1.53
8851664--8851691	7	4.0	7	100	0	56	14	0	0	85	0.59
8851707--8851754	15	3.2	15	80	11	62	50	0	0	50	1.00
8852243--8852895	99	6.6	99	82	3	633	24	13	20	41	1.88
8852296--8852882	297	2.0	296	83	4	745	24	13	20	40	1.89
8852878--8852917	20	2.0	20	90	0	62	30	5	10	55	1.54
8852937--8853098	50	3.2	49	75	13	150	30	12	16	40	1.85
8854583--8855260	333	2.0	335	97	2	1279	46	7	9	35	1.66
8856084--8856151	25	2.7	25	77	11	66	57	0	4	38	1.19
8856250--8856361	30	3.7	30	73	13	86	45	2	4	47	1.37
8856370--8856394	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
8856506--8856553	22	2.2	22	85	3	62	35	2	4	58	1.29
8856806--8856843	18	2.2	17	90	4	58	34	0	2	63	1.09
8856801--8856982	27	6.6	26	69	20	93	39	2	3	54	1.31
8856944--8857136	11	19.3	10	66	22	68	40	2	2	54	1.23
8856913--8856992	19	4.3	19	73	20	71	38	2	1	57	1.20
8857030--8857106	32	2.3	35	84	13	99	45	0	0	54	0.99
8856969--8857092	54	2.3	56	83	4	164	42	0	1	54	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8856973--8857098	27	4.6	27	82	7	148	41	0	1	56	1.14
8859974--8860041	31	2.2	32	94	2	120	57	2	10	29	1.47
8863192--8863222	15	2.1	14	94	5	53	0	0	12	87	0.55
8864376--8864404	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8877458--8877524	29	2.5	27	86	13	86	47	4	2	44	1.38
8880409--8880448	19	2.0	20	85	4	55	52	2	0	45	1.14
8880475--8880515	19	2.3	18	87	8	57	63	0	2	34	1.08
8880630--8880663	18	1.9	18	94	5	61	29	2	0	67	1.05
8880626--8880664	19	2.1	19	90	4	62	25	5	0	69	1.09
8882477--8882851	22	17.4	22	71	11	143	35	8	9	46	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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