genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.136.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25587932--25588023	22	4.2	22	81	0	94	50	4	7	38	1.51
25587972--25588023	11	4.7	11	73	0	50	53	3	5	36	1.43
25588068--25588171	22	4.8	22	72	5	79	50	5	8	35	1.57
25588068--25588205	65	2.1	66	78	1	143	48	5	7	37	1.57
25588357--25588470	22	5.4	22	69	13	69	46	6	7	39	1.58
25588370--25588406	19	1.9	19	88	0	56	45	2	10	40	1.53
25588370--25588412	19	2.3	18	84	8	50	46	4	9	39	1.57
25588496--25588635	44	3.2	43	72	9	106	47	5	8	37	1.58
25588572--25588624	22	2.5	20	71	14	52	49	1	5	43	1.37
25588572--25588653	23	3.7	23	78	12	82	48	3	8	39	1.51
25588899--25588963	3	21.7	3	84	12	89	32	1	0	66	1.01
25589302--25589371	30	2.3	31	82	2	88	24	10	15	50	1.75
25589855--25589898	16	2.6	17	89	10	65	20	0	4	75	0.98
25589855--25589915	22	3.2	19	86	13	81	21	0	6	72	1.07
25592518--25592598	39	2.1	38	86	4	110	17	4	55	22	1.61
25592684--25592723	18	2.2	18	86	8	55	15	2	10	72	1.21
25592695--25592741	11	4.1	11	77	17	51	17	0	8	74	1.05
25592692--25592747	25	2.2	25	96	0	103	17	0	10	71	1.14
25592713--25592747	18	2.0	17	88	5	52	17	0	8	74	1.06
25593006--25593955	47	19.7	48	83	5	999	38	21	11	28	1.88
25593006--25593952	95	9.8	96	83	5	1006	38	21	11	28	1.89
25598191--25598234	14	3.1	14	81	15	54	56	2	27	13	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25607349--25607429	7	12.9	7	73	21	72	14	0	11	74	1.08
25607349--25607429	25	3.2	25	96	0	144	14	0	11	74	1.08
25607339--25607429	18	5.3	18	75	19	86	14	1	10	73	1.15
25609475--25609509	18	2.0	18	88	5	54	62	5	8	22	1.45
25609545--25609688	48	3.0	47	88	4	191	32	21	19	26	1.97
25610717--25610778	11	5.6	11	76	0	61	54	4	3	37	1.38
25610717--25610782	22	3.0	22	81	0	87	54	6	3	36	1.41
25610810--25610860	22	2.4	22	83	3	59	47	0	7	45	1.32
25610929--25611033	22	4.8	22	74	15	92	51	2	3	41	1.35
25611159--25611222	22	3.0	21	75	6	65	48	3	4	43	1.39
25611249--25611347	22	4.5	22	75	7	94	45	2	8	44	1.44
25611528--25611552	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
25611762--25611809	21	2.3	21	78	7	53	43	10	10	35	1.73
25611797--25611850	27	2.0	27	92	0	90	59	7	1	31	1.36
25615165--25615208	16	2.8	16	78	0	52	18	0	22	59	1.38
25615344--25615388	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
25615387--25615443	3	19.0	3	92	0	51	35	10	31	22	1.88
25616711--25617207	44	11.2	44	84	4	590	45	17	14	22	1.85
25616711--25617207	221	2.3	221	91	1	809	45	17	14	22	1.85
25617513--25617594	43	1.9	42	87	7	121	36	14	9	39	1.79
25617762--25617802	22	1.9	21	95	5	73	34	19	9	36	1.85
25618223--25618345	63	2.0	63	91	0	201	31	22	7	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25619037--25619092	9	6.8	9	73	19	50	8	10	0	80	0.91
25619010--25619088	31	2.6	32	78	9	76	12	11	3	72	1.25
25619046--25619093	23	2.1	23	88	3	71	8	10	0	81	0.88
25619086--25619119	17	2.1	16	89	10	52	8	14	0	76	1.01
25619034--25619122	23	4.0	22	72	20	53	10	13	0	76	1.02
25627481--25627536	11	5.1	11	74	8	51	55	8	1	33	1.42
25627471--25627536	22	3.0	22	81	0	87	54	7	3	34	1.44
25627583--25627630	21	2.3	21	82	7	53	43	4	12	39	1.62
25627648--25627702	15	3.7	15	80	11	51	50	7	1	40	1.40
25627834--25627890	22	2.6	21	78	8	69	45	1	10	42	1.49
25627995--25628117	22	5.6	22	72	0	66	40	9	7	42	1.66
25637177--25637227	15	3.2	16	78	21	54	27	0	0	72	0.85
25637152--25637227	39	1.9	40	81	7	93	31	0	1	67	0.99
25637178--25637223	18	2.8	17	81	15	53	28	0	0	71	0.86
25637861--25637891	14	2.2	14	94	0	53	51	0	0	48	1.00
25639393--25639464	32	2.3	31	86	9	101	52	2	9	34	1.49
25641643--25641690	14	3.9	13	76	20	50	50	0	0	50	1.00
25641655--25641690	13	2.7	13	86	4	54	52	0	0	47	1.00
25642037--25642079	16	2.6	16	88	3	59	53	0	4	41	1.21
25642507--25642554	22	2.2	22	85	3	62	50	4	14	31	1.62
25642608--25642638	16	1.9	16	93	0	53	48	3	3	45	1.34
25642660--25642723	21	3.6	17	75	20	60	60	1	0	37	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25642663--25642714	21	2.5	21	87	3	79	59	1	0	38	1.08
25642667--25642716	26	1.9	26	84	8	66	58	2	0	40	1.10
25642693--25642721	15	1.9	15	100	0	58	62	3	0	34	1.12
25642660--25642725	18	3.7	17	75	20	64	62	1	0	36	1.05
25642752--25642797	19	2.4	19	85	7	58	43	0	0	56	0.99
25642763--25642842	16	4.8	16	69	22	58	48	0	2	48	1.14
25642958--25643006	25	2.0	24	84	4	62	51	4	0	44	1.20
25646627--25646688	29	2.2	28	85	2	79	38	9	3	48	1.52
25646737--25646796	29	2.1	29	80	0	66	50	10	6	33	1.62
25646959--25647014	17	3.4	16	78	11	51	35	3	1	58	1.26
25647473--25647504	15	2.0	17	88	11	50	56	6	6	31	1.49
25647723--25647747	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
25647775--25647823	17	2.8	17	78	3	53	59	0	2	38	1.09
25650507--25650546	12	3.3	12	85	0	53	35	0	12	52	1.39
25650608--25650655	23	2.1	23	92	0	78	29	8	10	52	1.65
25651152--25651195	11	4.0	11	84	0	61	59	2	0	38	1.10
25651152--25651227	22	3.5	22	78	1	82	52	3	2	40	1.34
25651335--25651418	22	3.9	21	75	7	71	50	11	3	34	1.57
25651485--25651541	11	5.4	10	76	14	53	66	7	1	24	1.26
25651513--25651554	17	2.5	17	80	7	50	61	7	0	30	1.22
25651679--25651762	22	3.8	22	74	4	62	48	7	7	36	1.58
25651657--25651763	44	2.5	43	81	4	108	48	7	6	37	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25654604--25654666	23	2.8	23	79	15	69	73	1	3	22	1.07
25655015--25655305	42	7.0	41	80	6	277	40	19	15	24	1.91
25656267--25656402	63	2.2	63	80	5	159	30	23	8	37	1.84
25657085--25657178	8	10.6	9	71	20	56	9	14	0	75	1.04
25657085--25657178	10	9.4	10	72	18	63	9	14	0	75	1.04
25657097--25657123	13	2.1	13	100	0	54	7	14	0	77	0.97
25657101--25657142	13	3.6	12	81	15	52	9	14	0	76	1.02
25657091--25657189	29	3.3	29	78	18	80	11	17	0	71	1.13
25661119--25661434	123	2.6	122	80	13	369	40	12	4	43	1.62
25663801--25663864	23	2.8	24	77	15	73	75	1	1	21	0.98
25665991--25666113	63	1.9	65	80	8	144	43	8	8	39	1.66
25666095--25666417	39	8.2	39	77	9	244	43	12	14	30	1.82
25666128--25666418	159	1.8	158	82	5	372	42	12	14	30	1.82
25668735--25668809	38	1.9	38	84	12	100	44	0	0	56	0.99
25668790--25668853	31	2.0	32	82	8	78	50	3	0	46	1.17
25672144--25672238	50	1.9	50	84	0	127	49	7	6	36	1.56
25673609--25673711	52	2.0	51	94	1	179	42	9	11	35	1.74
25676423--25676470	23	2.1	23	92	0	78	31	10	10	47	1.71
25676675--25676776	42	2.4	42	79	12	102	46	7	9	36	1.66
25676646--25676768	22	5.7	22	67	19	62	48	8	8	34	1.62
25676740--25676796	22	2.6	22	80	0	60	49	3	10	36	1.55
25677078--25677135	22	2.6	22	80	0	71	46	3	12	37	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25677350--25677389	19	2.1	19	85	0	53	45	2	10	42	1.51
25677385--25677435	22	2.3	22	86	6	68	49	7	3	39	1.51
25677393--25677459	22	3.0	22	78	8	64	43	2	8	44	1.50
25677461--25677650	22	8.7	22	72	8	91	46	6	7	38	1.58
25677347--25677562	117	1.9	114	81	4	263	43	6	8	41	1.61
25679251--25679285	18	2.0	17	88	5	52	62	2	5	28	1.32
25680471--25680532	11	5.6	11	72	0	52	59	4	1	33	1.28
25680470--25680536	22	3.0	22	76	8	73	61	5	1	31	1.29
25680661--25680699	14	2.8	14	84	7	53	46	2	5	46	1.38
25680800--25680861	22	2.5	24	77	17	74	46	1	11	40	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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