genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   

This is table  73  of  160  ( 19195 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14907545--14907595	15	3.5	15	67	5	50	43	1	1	52	1.23
14907107--14907575	182	2.6	177	76	6	464	40	8	9	41	1.68
14907548--14907611	29	2.2	29	97	2	121	42	3	3	51	1.33
14907376--14907779	210	1.9	211	84	5	550	40	7	10	41	1.68
14907577--14908028	181	2.5	177	78	9	448	39	6	11	42	1.66
14908232--14908257	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
14908736--14908800	16	4.1	16	75	16	57	52	1	3	43	1.26
14908736--14908800	32	2.1	31	85	8	87	52	1	3	43	1.26
14910118--14910188	29	2.5	29	82	11	76	52	0	1	46	1.09
14910145--14910188	14	3.1	14	81	12	54	45	0	0	54	0.99
14910158--14910202	23	1.9	24	81	4	56	48	4	0	46	1.22
14911530--14911559	14	2.1	14	93	0	51	40	6	3	50	1.45
14911591--14911654	34	1.9	33	84	9	85	50	1	1	46	1.20
14912431--14912837	182	2.2	181	79	6	421	40	9	8	41	1.68
14912422--14912865	180	2.4	184	77	5	454	39	9	9	41	1.69
14913087--14913170	38	2.2	39	80	15	97	46	5	0	47	1.27
14913152--14913210	7	8.6	7	78	15	61	54	1	0	44	1.10
14913152--14913225	12	5.5	13	76	16	62	52	1	0	45	1.09
14913177--14913232	22	2.6	21	74	20	53	51	0	0	48	1.00
14913205--14913243	18	2.2	17	90	4	60	46	0	2	51	1.14
14913681--14913705	10	2.5	10	100	0	50	32	8	0	60	1.26
14913796--14913857	25	2.5	26	82	12	78	40	1	1	56	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14913875--14913942	22	3.1	22	70	16	52	50	2	0	47	1.16
14914050--14914090	14	2.8	15	88	3	57	63	0	0	36	0.95
14914052--14914090	15	2.7	14	88	4	51	64	0	0	35	0.94
14914088--14914125	18	2.2	17	90	4	58	44	0	2	52	1.14
14914199--14914239	20	2.0	20	90	9	66	36	0	7	56	1.27
14914517--14914565	20	2.5	19	78	18	55	48	0	0	51	1.00
14914505--14914575	16	4.8	15	70	20	60	52	0	0	47	1.00
14914588--14914616	11	2.6	11	100	0	58	51	6	0	41	1.28
14915647--14915680	17	1.9	18	88	5	52	58	0	0	41	0.98
14915945--14915983	15	2.6	14	84	11	51	53	0	2	43	1.14
14915976--14916019	15	2.8	16	80	19	56	56	0	4	38	1.20
14915974--14916022	23	2.2	22	82	10	55	55	0	4	40	1.19
14916269--14916335	25	2.7	24	76	6	71	44	8	0	46	1.35
14916326--14916384	21	2.6	22	74	12	57	47	1	1	49	1.21
14916479--14916536	12	4.6	12	74	19	55	43	3	1	51	1.28
14916479--14916536	27	2.3	27	85	8	77	43	3	1	51	1.28
14916705--14916747	22	2.0	22	86	9	61	53	6	0	39	1.28
14917171--14917208	19	2.0	19	89	0	58	52	0	0	47	1.00
14917406--14917745	181	1.9	182	84	6	465	38	7	10	43	1.66
14918072--14918476	180	2.3	179	81	4	435	41	8	9	40	1.67
14919399--14919547	72	2.1	73	90	1	237	39	6	10	42	1.66
14920339--14920387	24	2.0	24	84	0	62	46	0	2	51	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14921019--14921066	22	2.2	21	79	13	53	47	6	0	45	1.27
14921025--14921070	22	2.1	22	84	8	58	47	4	0	47	1.21
14921140--14921195	29	1.9	29	85	7	78	44	0	1	53	1.11
14922290--14922336	4	11.2	4	78	17	51	48	0	2	48	1.13
14922288--14922348	22	2.8	21	85	14	72	47	0	3	49	1.18
14922492--14922547	17	3.2	18	78	19	64	46	1	0	51	1.11
14922492--14922547	18	3.2	17	80	19	62	46	1	0	51	1.11
14922540--14922578	14	2.5	16	88	12	55	58	2	5	33	1.33
14922618--14922674	17	3.3	17	69	11	53	49	3	3	43	1.36
14922690--14922719	15	2.0	15	100	0	60	40	0	0	60	0.97
14922739--14922785	23	2.0	24	83	4	60	42	0	0	57	0.98
14922774--14922800	14	1.9	14	100	0	54	66	3	0	29	1.09
14923279--14923322	19	2.3	20	80	11	56	50	0	0	50	1.00
14923287--14923325	19	2.1	18	90	4	60	56	0	0	43	0.99
14923638--14923722	30	3.0	29	78	11	86	43	3	2	50	1.32
14923768--14923810	19	2.3	18	81	18	52	55	2	0	41	1.12
14923744--14923808	34	1.9	34	84	6	87	50	3	1	44	1.26
14923920--14923967	14	3.4	14	80	5	53	45	4	2	47	1.33
14924082--14924128	11	3.9	12	81	8	51	55	0	0	44	0.99
14924833--14924879	17	2.6	19	77	19	55	55	2	4	38	1.31
14924931--14925035	13	6.6	17	65	30	63	49	0	0	50	1.00
14924899--14925004	34	3.1	34	78	14	112	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14925641--14925690	25	2.0	25	84	7	66	54	4	4	38	1.38
14925687--14925732	15	3.4	14	77	22	53	45	2	0	52	1.13
14927099--14927182	35	2.4	37	77	20	90	44	1	7	47	1.38
14927868--14927910	7	6.0	7	82	15	52	41	0	2	55	1.12
14927965--14928026	28	2.2	28	88	8	92	54	0	0	45	0.99
14927965--14928023	31	1.9	31	85	0	82	55	0	0	44	0.99
14928299--14928375	36	2.2	36	84	9	97	40	5	2	51	1.38
14928384--14928418	13	2.8	12	87	8	52	48	8	0	42	1.33
14929273--14929323	24	2.1	24	85	3	66	60	3	0	35	1.15
14929273--14929326	25	2.2	25	83	6	65	61	3	0	35	1.14
14929615--14929956	179	1.9	181	83	5	444	40	9	8	41	1.68
14930110--14930192	33	2.4	36	78	15	95	44	2	1	51	1.22
14930100--14930206	28	3.7	27	71	11	70	45	1	0	51	1.18
14930193--14930241	17	2.8	18	84	9	50	48	0	0	51	1.00
14930193--14930229	17	2.2	17	90	0	56	51	0	0	48	1.00
14930323--14930384	22	2.8	22	85	11	74	46	0	3	50	1.17
14930418--14930451	14	2.4	14	95	0	59	52	0	0	47	1.00
14930495--14930528	15	2.3	15	89	0	50	55	0	5	38	1.24
14930528--14930590	21	2.9	21	78	4	63	52	0	4	42	1.22
14930524--14930612	44	2.0	43	81	10	101	55	1	3	40	1.24
14930615--14930683	17	4.4	16	74	18	65	47	1	0	50	1.09
14931736--14932106	180	2.1	181	82	1	440	39	10	8	42	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14932285--14932342	25	2.4	25	94	5	102	36	8	6	48	1.61
14932418--14932520	20	5.5	19	69	21	74	51	0	0	46	1.14
14932417--14932472	23	2.6	23	83	13	75	55	1	0	42	1.10
14933031--14933092	25	2.5	26	80	12	69	41	1	1	54	1.19
14933375--14933415	20	2.0	20	90	9	66	36	0	7	56	1.27
14934111--14934511	177	2.3	175	79	7	407	40	8	9	41	1.68
14934750--14934774	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
14934822--14934855	17	1.9	18	88	5	52	58	0	0	41	0.98
14935151--14935192	15	2.5	17	81	11	52	54	0	4	40	1.21
14935607--14935694	12	6.9	12	69	20	54	45	1	1	52	1.15
14935632--14935728	39	2.5	40	80	9	112	47	1	1	50	1.14
14935871--14935920	22	2.2	22	86	10	66	52	6	0	42	1.26
14936339--14936379	17	2.5	17	84	4	57	53	0	0	46	1.00
14937615--14937742	10	12.7	10	66	16	52	53	2	0	43	1.19
14937888--14937933	24	1.9	24	82	8	58	41	6	2	50	1.40
14938431--14938518	46	1.9	45	84	11	117	56	1	2	39	1.19
14938453--14938520	21	3.0	21	74	23	59	60	0	1	38	1.06
14938484--14938557	14	5.7	13	76	14	64	55	5	0	39	1.23
14938633--14938672	19	2.0	20	95	4	73	52	0	5	42	1.23
14938640--14938740	19	5.4	19	70	15	77	46	0	1	50	1.19
14938712--14938741	11	2.9	10	90	9	51	40	0	0	60	0.97
14938712--14938751	21	1.9	21	89	0	62	45	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14939701--14939742	22	1.9	22	85	9	59	54	4	0	40	1.21
14940192--14940297	49	2.2	50	81	11	130	54	1	1	41	1.22
14940451--14941193	177	4.2	176	78	7	601	41	10	7	39	1.69
14940451--14941211	176	4.3	175	78	8	650	41	10	7	40	1.68
14940507--14941195	353	1.9	358	80	5	790	42	11	7	39	1.68
14941536--14941578	21	2.0	21	81	0	50	51	4	4	39	1.44
14942989--14943081	18	5.1	18	72	20	77	49	0	2	48	1.13
14943029--14943095	18	3.8	17	80	11	64	47	1	1	49	1.19
14943592--14943621	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
14943923--14943969	23	2.0	23	87	8	67	51	0	6	42	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160