genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109815--109847	2	16.5	2	93	0	57	54	0	0	45	0.99
109944--110098	80	1.9	80	98	0	301	16	13	16	53	1.73
121674--121733	25	2.4	25	78	10	68	45	6	5	43	1.52
122660--122691	16	2.0	16	93	0	55	9	0	3	87	0.64
122858--123117	43	6.0	42	83	4	243	45	18	11	25	1.83
122858--123158	86	3.5	84	83	5	300	45	16	12	25	1.82
122886--123160	129	2.1	130	82	1	329	46	16	12	25	1.81
122925--123160	43	5.5	43	88	0	301	46	16	11	25	1.81
123321--123383	31	2.0	31	84	6	83	42	11	9	36	1.73
123902--123947	22	2.1	22	92	4	76	45	10	4	39	1.59
123889--123985	21	4.5	22	75	7	85	41	14	7	37	1.73
124854--124895	22	2.0	22	85	4	59	30	16	2	50	1.58
125037--125102	26	2.5	26	82	2	78	9	12	0	78	0.95
125049--125088	18	2.2	19	86	4	55	5	15	0	80	0.88
129841--129882	19	2.2	19	86	0	57	54	11	9	23	1.66
130172--130209	13	2.7	14	92	8	60	15	5	0	78	0.91
130172--130209	7	5.4	7	84	9	51	15	5	0	78	0.91
132253--132279	9	3.0	9	100	0	54	44	11	0	44	1.39
133165--133195	16	1.9	16	100	0	62	48	0	0	51	1.00
142336--142366	14	2.2	14	100	0	62	16	12	6	64	1.47
144512--144992	240	2.0	240	100	0	962	32	13	15	38	1.87
159674--159763	44	2.0	44	100	0	180	43	12	17	26	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173739--173767	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
182046--182083	12	3.5	11	85	7	51	44	2	0	52	1.14
183861--183891	8	3.8	8	95	4	53	0	32	0	67	0.91
196295--196331	19	1.9	19	89	10	58	45	0	0	54	1.00
196462--196500	20	2.0	19	85	5	51	53	0	5	41	1.23
197654--197679	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
201331--201385	26	2.0	28	86	10	78	12	7	1	78	1.04
201425--201456	14	2.1	16	88	11	50	46	0	0	53	1.00
204519--204750	21	10.7	21	71	12	121	53	5	3	38	1.39
204703--204763	21	2.8	20	81	16	61	49	6	4	39	1.50
206052--206422	188	2.0	190	87	3	534	46	6	4	42	1.51
206875--206995	61	2.0	62	81	6	147	37	2	10	49	1.51
206875--207027	62	2.4	63	79	6	159	37	3	11	47	1.58
206910--207026	63	1.9	61	83	3	153	37	3	9	49	1.52
212896--213045	52	2.9	51	81	6	144	42	9	23	25	1.84
212923--213050	52	2.5	51	82	2	157	37	8	25	28	1.85
214153--214558	203	2.0	203	95	0	731	25	7	31	36	1.83
219475--219893	213	2.0	212	80	10	473	35	10	7	46	1.66
221312--221513	48	4.2	49	85	5	268	39	22	11	26	1.88
221302--221513	97	2.2	97	85	6	279	39	22	11	26	1.89
221424--221963	96	5.9	88	68	21	258	38	21	10	28	1.88
221507--221996	48	10.3	48	81	5	516	37	21	11	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232569--232607	16	2.4	17	82	4	53	7	0	10	82	0.86
232571--232629	25	2.3	26	83	13	70	8	0	13	77	0.97
233805--234269	209	2.2	208	80	11	529	35	10	6	47	1.65
234342--234383	16	2.6	16	81	11	50	57	2	0	40	1.12
235271--235326	29	1.9	29	89	7	87	35	3	35	25	1.73
247551--247576	10	2.6	10	100	0	52	0	11	0	88	0.52
249445--249645	54	3.7	52	80	9	154	34	9	6	48	1.64
249495--249697	60	3.6	55	79	10	198	34	10	4	50	1.57
249495--249697	53	3.6	56	80	10	207	34	10	4	50	1.57
249445--249731	112	2.6	108	76	12	294	35	9	5	49	1.59
250657--250746	21	4.2	21	81	8	103	65	1	4	28	1.19
250682--250744	20	3.1	20	88	2	90	66	1	4	26	1.20
250711--250779	28	2.4	30	73	7	79	71	0	2	26	1.00
250932--250980	25	2.0	25	87	0	71	2	8	6	83	0.87
250997--251298	42	7.2	42	79	3	180	38	19	15	26	1.91
251070--251271	42	4.8	41	77	12	187	36	19	16	27	1.93
251068--251292	84	2.7	83	82	6	256	38	19	15	27	1.91
251068--251298	126	1.8	125	82	5	295	38	19	15	27	1.91
262790--262998	54	3.9	52	80	13	158	33	8	7	51	1.60
262849--262931	26	3.2	26	63	13	62	34	9	4	50	1.56
262841--262998	52	2.9	53	83	10	203	32	8	5	53	1.54
263163--263241	13	5.9	13	71	18	56	69	2	1	26	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263153--263234	34	2.4	34	81	8	85	68	2	2	26	1.15
263165--263238	16	4.9	15	72	20	64	68	2	1	27	1.10
263183--263248	35	1.9	34	84	9	89	65	3	0	31	1.08
263214--263255	21	2.0	21	81	9	50	71	0	0	28	0.86
263498--263540	20	2.1	20	87	12	61	2	34	0	62	1.08
263498--263540	21	2.1	21	87	12	63	2	34	0	62	1.08
263992--264053	3	18.7	3	80	12	52	69	1	0	29	0.98
263992--264053	14	4.6	13	80	9	63	69	1	0	29	0.98
263991--264053	18	3.8	17	80	15	78	69	1	0	28	0.97
269559--269615	30	1.9	30	96	0	105	33	12	0	54	1.38
287808--287861	22	2.5	22	84	0	63	18	3	24	53	1.60
287893--287950	7	8.3	7	76	14	57	17	0	34	48	1.47
287897--287950	13	3.9	13	79	13	63	16	0	31	51	1.45
287866--287958	29	3.2	29	87	1	123	19	2	32	46	1.62
288200--288247	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
288380--288472	11	8.2	11	68	18	57	25	3	4	66	1.25
288557--288595	11	3.5	11	93	6	62	74	0	7	17	1.05
292937--292968	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
296840--296950	30	3.7	31	78	14	119	39	8	0	51	1.38
296932--296976	18	2.5	17	79	10	54	48	2	0	48	1.13
296843--296958	59	2.0	59	81	10	139	41	6	0	50	1.35
296969--297056	29	3.0	29	81	3	97	64	1	2	31	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
296969--297056	30	3.0	28	80	9	88	64	1	2	31	1.13
301671--301728	24	2.6	21	86	8	71	55	1	1	41	1.20
301671--301711	21	2.0	21	95	0	73	53	2	2	41	1.27
301661--301742	24	3.4	24	72	17	64	50	3	1	45	1.27
301763--301821	11	5.2	12	75	19	54	55	3	0	40	1.16
303197--303221	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
310853--310936	40	2.1	39	82	10	100	58	0	2	39	1.11
312487--312511	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
320670--320713	23	1.9	23	95	0	79	43	4	18	34	1.70
323573--323744	86	2.0	87	87	3	249	55	9	11	23	1.64
324772--324804	15	2.1	16	88	5	50	72	3	12	12	1.23
325431--325483	14	3.6	14	72	22	54	45	1	1	50	1.23
338088--338127	17	2.3	18	86	4	55	62	2	2	32	1.22
348108--348154	18	2.6	18	79	0	58	27	6	36	29	1.82
357053--357098	23	2.0	24	86	4	67	45	0	4	50	1.21
359610--359655	23	2.0	23	100	0	92	21	8	34	34	1.84
360830--360911	34	2.4	34	97	2	155	52	2	0	45	1.14
366947--366984	20	1.9	20	100	0	76	23	0	15	60	1.35
368659--368703	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
369997--370023	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
370109--370151	2	21.5	2	95	0	77	46	0	2	51	1.13
379948--380057	55	2.0	55	94	0	193	32	9	13	44	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
380438--380491	24	2.2	24	86	3	72	51	1	7	38	1.41
389048--389091	21	2.1	20	83	8	52	63	13	11	11	1.52
394547--394623	38	2.0	38	87	5	111	35	29	7	27	1.85
400583--400615	16	2.1	15	94	5	57	60	0	3	36	1.12
403009--403043	5	6.8	5	87	6	52	77	0	22	0	0.78
430742--430768	11	2.5	11	100	0	54	25	18	0	55	1.43
442521--442560	20	2.0	20	85	9	55	55	5	0	40	1.22
443540--443580	17	2.5	17	80	7	50	63	0	4	31	1.15
443726--443787	26	2.5	25	72	15	65	58	8	0	33	1.28
443726--443795	26	2.8	25	69	16	63	57	7	0	35	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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