genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.132.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  132  of  160  ( 19195 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24823198--24823248	13	3.7	15	75	20	65	43	5	0	50	1.26
24823982--24824020	20	2.0	20	89	0	60	66	2	10	20	1.33
24824680--24824704	11	2.3	11	100	0	50	52	0	0	48	1.00
24825378--24825422	19	2.4	19	81	7	56	33	0	0	66	0.92
24825392--24825421	10	3.1	10	95	4	53	36	0	0	63	0.95
24825394--24825423	9	3.2	9	95	4	51	36	0	0	63	0.95
24825583--24825642	12	5.0	12	76	11	52	51	8	1	38	1.42
24825587--24825642	24	2.3	26	90	9	91	51	7	1	39	1.40
24827211--24827269	21	2.8	21	97	0	109	30	13	25	30	1.94
24832206--24832447	124	2.0	124	88	3	362	34	16	18	30	1.93
24838593--24838630	12	3.2	12	85	11	51	23	2	0	73	0.95
24838599--24838630	11	2.6	13	85	14	50	25	3	0	71	1.00
24838697--24838777	33	2.4	34	81	6	83	49	7	6	37	1.56
24839032--24839125	9	10.0	9	71	13	55	67	3	3	26	1.21
24839059--24839125	19	3.6	17	76	13	62	64	2	4	28	1.28
24839042--24839153	10	11.6	10	70	22	53	60	5	2	31	1.33
24839161--24839205	19	2.4	19	88	7	65	71	6	2	20	1.20
24839341--24839388	17	2.7	17	83	6	60	60	4	0	35	1.16
24839300--24839377	40	2.0	40	82	10	97	53	7	0	38	1.30
24839338--24839394	19	3.1	18	80	10	62	61	5	0	33	1.18
24839341--24839554	9	23.1	9	66	16	82	58	6	1	33	1.33
24839301--24839499	10	21.2	9	67	13	64	57	6	0	35	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24839737--24839781	19	2.4	19	88	7	65	28	4	0	66	1.11
24839748--24839787	9	4.3	9	81	6	53	37	0	0	62	0.95
24840049--24840086	10	3.8	10	96	0	67	21	0	5	73	1.02
24840014--24840086	20	3.7	20	72	9	69	26	0	6	67	1.16
24840337--24840390	27	2.0	26	96	3	99	50	3	14	31	1.61
24840639--24840727	45	2.0	44	86	6	126	35	7	10	46	1.67
24840992--24841031	20	2.0	21	85	5	55	32	0	10	57	1.32
24841729--24841777	25	2.0	25	88	4	73	51	8	6	34	1.57
24843803--24843828	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
24844545--24844585	19	2.2	19	95	0	73	7	9	29	53	1.60
24844674--24844711	16	2.4	16	95	0	67	26	2	21	50	1.62
24846806--24846888	34	2.3	35	83	6	96	49	7	6	37	1.55
24847174--24847227	19	2.7	19	80	5	63	70	5	3	20	1.23
24847174--24847239	19	3.4	18	75	12	60	66	4	4	24	1.29
24847174--24847245	10	7.2	10	72	15	51	66	5	4	23	1.30
24847277--24847340	19	3.3	18	79	14	65	65	7	4	21	1.37
24847277--24847340	18	3.2	19	77	16	58	65	7	4	21	1.37
24847454--24847683	18	12.5	17	66	18	79	58	6	2	33	1.35
24847416--24847493	40	2.0	40	82	5	95	53	7	1	37	1.38
24847454--24847615	9	17.4	9	69	14	71	58	4	1	35	1.27
24847537--24847605	20	3.9	18	81	11	63	63	4	1	30	1.22
24847940--24847980	9	4.7	9	80	14	50	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24848129--24848193	10	6.4	10	75	10	53	29	0	6	64	1.17
24848156--24848205	21	2.4	21	80	6	57	34	0	6	60	1.21
24848227--24848266	18	2.1	18	86	9	53	47	0	0	52	1.00
24848449--24848503	28	2.0	27	93	6	94	52	3	14	29	1.58
24851490--24851533	12	3.6	12	79	14	54	50	2	0	47	1.13
24853193--24853263	30	2.4	30	78	2	81	49	5	8	36	1.57
24856137--24856163	14	1.9	14	100	0	54	37	7	14	40	1.74
24859496--24859537	21	2.0	21	86	9	59	38	2	2	57	1.25
24865407--24865446	2	20.5	2	89	5	64	50	0	0	50	1.00
24868745--24868786	19	2.2	19	86	0	57	45	11	4	38	1.62
24869449--24869512	28	2.2	28	79	17	69	35	29	1	32	1.67
24871849--24871887	2	19.5	2	89	0	60	51	5	0	43	1.24
24875552--24875621	30	2.3	32	80	7	83	55	1	0	42	1.08
24875617--24875641	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
24880911--24881018	37	3.0	35	81	8	110	52	8	12	25	1.67
24882733--24882771	19	2.1	19	85	9	53	43	33	15	7	1.75
24883685--24883778	47	2.0	47	100	0	188	38	12	17	31	1.87
24884452--24884490	8	4.8	8	93	3	51	56	2	0	41	1.13
24884457--24884490	2	17.0	2	87	0	50	55	0	0	44	0.99
24885307--24885346	20	2.0	20	90	9	64	40	2	0	57	1.12
24885642--24885688	19	2.4	20	75	13	53	76	0	8	14	1.01
24886661--24886705	23	2.0	23	81	0	54	62	6	4	26	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24886968--24887069	40	2.5	41	78	12	111	48	4	0	46	1.30
24891968--24892170	64	3.3	63	77	5	198	39	13	13	33	1.84
24892594--24892714	63	1.9	63	83	8	156	38	14	9	38	1.79
24892581--24892751	64	2.7	64	80	8	181	35	14	12	36	1.85
24892892--24892945	24	2.2	23	81	18	65	25	5	3	64	1.32
24892996--24893021	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
24893593--24893636	20	2.2	20	95	0	79	38	31	25	4	1.76
24893591--24893708	62	1.9	63	82	5	150	32	29	21	16	1.95
24893654--24893698	20	2.2	20	84	0	54	33	28	22	15	1.95
24893945--24893986	14	3.1	15	80	19	56	7	42	21	28	1.79
24893945--24893981	13	2.7	14	80	20	51	8	43	24	24	1.81
24894047--24894080	13	2.6	13	100	0	68	11	0	5	82	0.83
24894110--24894559	152	3.0	152	95	1	812	29	14	17	38	1.90
24898226--24898260	9	3.8	9	92	3	52	88	0	11	0	0.51
24898219--24898268	20	2.5	20	80	3	64	78	0	16	6	0.95
24898224--24898260	10	3.7	10	96	0	65	86	0	13	0	0.57
24898199--24898268	19	3.7	18	70	9	59	75	0	18	5	0.99
24898207--24898281	16	4.8	16	73	14	57	76	0	18	5	0.98
24899512--24900354	41	20.5	41	92	3	1363	23	17	24	34	1.96
24900361--24900485	1	125.0	1	74	0	79	84	7	0	7	0.80
24900655--24900708	24	2.2	23	81	18	65	25	5	3	64	1.32
24900759--24900784	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24901366--24901403	20	1.9	20	100	0	76	44	28	21	5	1.73
24901421--24901465	20	2.2	20	84	0	54	33	28	22	15	1.95
24901712--24901753	14	3.1	15	80	19	56	7	42	21	28	1.79
24901712--24901748	13	2.7	14	80	20	51	8	43	24	24	1.81
24901788--24901875	15	5.7	15	76	11	70	7	2	5	84	0.86
24901788--24901829	1	42.0	1	100	0	84	0	0	0	100	0.00
24901872--24902321	152	3.0	152	95	1	812	29	14	17	38	1.90
24904797--24904881	41	2.1	40	82	6	100	36	7	15	41	1.74
24904953--24905047	34	2.8	34	86	0	109	37	16	14	30	1.89
24904984--24905059	34	2.2	34	95	0	134	36	15	14	32	1.88
24904984--24905072	34	2.6	34	89	1	106	34	14	16	33	1.90
24908466--24908564	33	3.2	30	76	16	87	60	21	0	18	1.36
24908466--24908623	60	2.7	59	78	7	169	57	21	0	20	1.45
24908805--24908837	5	6.4	5	96	3	57	21	0	75	3	0.93
24909382--24909435	22	2.4	23	81	9	67	55	0	7	37	1.28
24909460--24909530	22	3.2	22	68	7	54	52	2	5	39	1.40
24909579--24909632	22	2.5	22	81	0	63	46	5	5	42	1.50
24909695--24909789	43	2.2	45	79	11	108	53	5	7	33	1.51
24909795--24909874	11	7.4	11	73	14	51	43	1	12	42	1.50
24909721--24910033	22	14.4	22	67	13	94	47	3	10	38	1.56
24910095--24910143	22	2.2	22	88	0	71	48	12	4	34	1.59
24910104--24910171	22	3.1	22	85	4	75	48	10	5	35	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24910137--24910201	22	3.0	22	86	4	78	46	10	9	33	1.71
24910524--24910578	11	5.0	11	72	0	56	54	9	3	32	1.49
24910522--24910588	22	3.0	22	80	4	82	53	7	5	32	1.53
24910772--24910812	20	2.0	22	85	9	59	48	4	2	43	1.37
24911056--24911189	22	6.2	22	75	6	103	47	6	8	38	1.60
24911088--24911152	20	3.2	20	79	10	78	44	4	9	41	1.57
24911070--24911152	42	2.0	40	83	4	103	44	8	8	38	1.65
24911087--24911189	44	2.4	42	82	6	118	46	3	9	39	1.55
24911497--24911561	30	2.2	30	83	5	78	44	3	9	43	1.51
24911539--24911758	22	9.9	22	73	8	106	48	6	6	39	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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