genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  105  of  160  ( 19195 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19918669--19918794	52	2.4	51	78	6	128	44	10	7	37	1.68
19923479--19923530	12	4.8	12	81	15	51	17	0	11	71	1.15
19923482--19923529	21	2.2	21	85	10	62	18	0	10	70	1.15
19923565--19923621	3	19.7	3	89	7	91	31	0	1	66	1.02
19924083--19924143	16	3.4	17	75	18	52	72	8	3	16	1.23
19936055--19936247	34	5.3	34	80	8	163	31	16	12	39	1.86
19936123--19937242	40	28.4	40	72	9	510	29	14	13	41	1.85
19936088--19936324	114	2.1	115	80	6	275	32	15	10	40	1.82
19936347--19937238	119	7.5	119	74	9	534	29	14	14	41	1.86
19936387--19937239	80	10.8	79	77	8	618	29	15	14	41	1.86
19936995--19937064	32	2.2	33	84	7	90	30	15	17	37	1.91
19936673--19937239	234	2.4	233	80	9	580	30	15	14	40	1.86
19937188--19937272	40	2.1	40	82	4	100	34	11	11	42	1.78
19937422--19937468	3	15.7	3	95	0	85	34	2	0	63	1.06
19938424--19938485	11	5.7	11	78	17	67	19	0	8	72	1.09
19938541--19938580	17	2.3	18	91	4	64	77	2	0	20	0.88
19938624--19938661	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
19938987--19939046	17	3.4	17	75	20	52	71	8	3	16	1.24
19941870--19941899	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
19950239--19950288	18	2.8	17	80	11	55	42	4	0	54	1.19
19950255--19950306	26	2.2	25	86	13	74	38	1	0	59	1.08
19953502--19953567	35	1.9	34	84	9	89	40	0	0	59	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19953502--19953557	28	2.0	30	89	10	91	41	0	0	58	0.98
19953510--19953567	27	2.1	28	81	9	66	43	0	0	56	0.99
19959222--19959303	37	2.3	35	80	14	94	32	1	3	62	1.21
19959241--19959314	37	1.9	39	81	10	91	37	0	2	59	1.12
19960148--19960272	31	3.8	32	76	18	123	48	0	0	51	1.06
19960189--19960257	15	4.5	15	76	8	68	47	0	0	52	1.00
19960120--19960249	43	3.0	44	75	17	123	49	0	0	50	1.00
19960135--19960437	70	4.4	68	75	18	267	46	0	1	50	1.17
19960206--19960343	27	5.1	27	70	15	99	43	0	3	52	1.24
19960123--19960414	16	18.2	16	69	17	135	47	1	1	50	1.18
19960287--19960412	66	1.9	65	87	7	184	47	2	0	49	1.20
19960595--19960643	14	3.4	15	78	15	59	48	2	0	48	1.12
19960585--19960641	29	2.0	29	83	13	73	49	1	0	49	1.11
19960378--19960750	205	1.8	206	92	1	633	43	10	3	42	1.56
19961960--19962233	62	4.4	62	70	11	166	39	11	10	39	1.76
19962045--19962329	127	2.3	126	81	10	323	38	12	11	37	1.80
19962343--19962369	13	2.1	13	100	0	54	29	25	7	37	1.83
19962156--19962533	204	1.9	204	82	4	476	38	12	10	38	1.78
19962360--19962627	126	2.1	127	81	11	295	41	9	11	38	1.73
19962516--19962683	63	2.7	62	79	9	173	40	8	13	37	1.75
19966532--19966573	20	2.1	20	95	0	75	26	14	28	30	1.95
19968735--19968759	6	4.2	6	100	0	50	0	0	48	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19969752--19969968	108	2.0	108	91	0	353	41	12	17	28	1.85
19970223--19970449	64	3.7	61	70	10	156	40	10	8	40	1.71
19970458--19971009	190	2.9	189	90	2	822	39	10	11	38	1.76
19972637--19972677	17	2.4	18	80	12	50	36	7	2	53	1.42
19985624--19985664	21	2.0	20	85	4	55	41	2	0	56	1.13
19985809--19985917	28	3.8	29	72	10	71	47	1	4	45	1.33
19986356--19986462	47	2.3	47	85	6	137	47	4	0	46	1.29
19986424--19986453	15	1.9	16	93	6	53	50	3	0	46	1.18
19986356--19986463	23	4.6	24	78	6	123	47	4	0	47	1.29
19986478--19986653	98	1.8	97	80	7	214	56	6	3	34	1.41
19986928--19986967	21	2.0	20	85	5	53	45	2	7	45	1.45
19994443--19994551	45	2.4	45	83	7	157	28	10	11	49	1.72
19994534--19994705	55	3.1	55	82	4	161	28	13	11	45	1.79
20007117--20007143	14	1.9	14	100	0	54	44	0	7	48	1.31
20007697--20007729	13	2.6	13	95	4	59	30	6	21	42	1.77
20007861--20008011	76	2.0	76	97	0	284	25	21	11	40	1.88
20011310--20011504	108	1.8	107	81	5	241	36	15	26	21	1.94
20027720--20027986	69	3.9	69	80	5	247	31	17	15	34	1.92
20028235--20028277	17	2.6	17	89	7	63	76	6	2	13	1.08
20028235--20028288	17	3.7	15	81	15	60	81	5	1	11	0.93
20028570--20028609	19	2.0	20	90	4	64	37	5	2	55	1.35
20029075--20029127	4	12.2	4	82	11	61	26	1	3	67	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20029077--20029142	28	2.4	27	85	10	80	28	3	4	63	1.29
20029332--20029414	33	2.5	35	73	16	86	55	2	1	40	1.21
20031659--20031692	17	1.9	18	88	5	52	44	8	8	38	1.67
20036105--20036140	18	1.9	19	88	5	56	50	0	5	44	1.25
20039136--20039294	50	3.1	51	82	8	189	41	8	7	42	1.63
20039173--20039306	51	2.6	51	79	6	139	42	5	8	44	1.56
20042260--20042298	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
20049426--20049463	20	1.9	20	84	10	51	34	0	2	63	1.09
20051018--20051176	81	2.0	81	92	0	264	36	10	18	34	1.85
20051930--20051956	5	5.4	5	100	0	54	22	0	0	77	0.76
20051949--20052010	7	8.9	7	94	0	106	17	0	9	72	1.10
20051934--20052016	14	5.8	14	88	2	112	19	0	7	73	1.06
20051949--20052016	28	2.4	28	97	2	127	19	0	8	72	1.11
20051931--20052061	14	8.4	16	76	16	57	22	0	5	71	1.10
20052027--20052146	3	38.3	3	72	21	70	33	3	0	62	1.17
20052026--20052144	60	2.0	58	84	9	152	32	3	0	63	1.17
20053046--20053100	6	9.0	6	82	13	60	18	3	0	78	0.90
20053046--20053105	29	2.1	29	82	17	72	18	5	0	76	0.96
20053117--20053333	58	3.7	58	84	3	267	47	5	10	37	1.59
20053120--20053333	117	1.8	116	87	5	315	46	5	10	37	1.60
20053254--20053338	29	2.9	29	71	11	93	47	4	7	41	1.52
20056355--20056394	15	2.7	15	100	0	80	45	0	10	45	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20057318--20057634	160	2.0	161	85	3	433	37	9	8	43	1.69
20058732--20058778	23	2.0	23	100	0	94	4	17	4	74	1.14
20058738--20058789	23	2.3	23	86	6	70	9	15	3	71	1.27
20058845--20058873	14	2.1	14	93	6	51	34	6	0	58	1.25
20059486--20059551	2	33.0	2	82	11	73	42	3	4	50	1.38
20059503--20059557	16	3.9	14	84	13	69	43	3	0	52	1.18
20059503--20059551	16	3.2	16	94	5	84	44	4	0	51	1.20
20060256--20060282	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
20063838--20064043	103	2.0	103	85	0	277	32	14	13	40	1.84
20065579--20065618	21	1.9	21	89	0	62	45	20	20	15	1.86
20071879--20071926	18	2.7	18	96	0	87	12	8	8	70	1.32
20076510--20076572	23	2.8	23	85	7	85	30	7	44	17	1.77
20076758--20076835	18	4.4	18	73	12	72	46	0	0	53	1.00
20076801--20076834	12	2.8	12	90	0	50	44	0	0	55	0.99
20076968--20077282	111	2.9	109	79	5	312	38	15	20	25	1.92
20077180--20077537	87	4.1	88	79	4	375	40	16	20	22	1.91
20077180--20077501	88	3.7	88	82	4	310	40	15	21	22	1.91
20077640--20077699	23	2.7	24	85	12	83	31	23	21	23	1.98
20077525--20077832	133	2.3	133	85	3	433	36	20	20	22	1.95
20077765--20077855	23	4.0	23	85	7	132	29	24	23	23	1.99
20077529--20078093	289	2.0	288	86	1	790	38	19	19	23	1.94
20077639--20077988	156	2.2	156	85	1	461	36	20	19	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20077939--20077988	23	2.2	23	92	0	82	30	20	22	28	1.98
20077806--20078093	133	2.2	133	85	2	400	38	18	18	23	1.93
20077962--20078315	110	3.2	109	83	2	440	40	16	18	24	1.91
20078281--20078341	23	2.7	23	84	2	79	26	19	26	27	1.99
20078164--20078472	133	2.3	133	86	3	439	34	19	21	23	1.96
20078405--20078466	22	2.8	22	92	0	106	22	16	29	32	1.95
20078442--20078901	121	3.8	121	90	1	706	35	15	15	33	1.89
20078446--20078901	243	1.9	242	92	0	777	35	15	15	33	1.89
20078960--20079062	41	2.5	41	86	7	131	30	14	18	36	1.91
20085262--20085308	22	2.1	22	84	0	58	14	0	34	51	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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