genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.146.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  146  of  160  ( 19195 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27933450--27933493	22	2.0	22	100	0	88	27	27	0	45	1.54
27948685--27948709	9	2.8	9	100	0	50	48	12	12	28	1.76
27949130--27949187	26	2.3	25	93	3	98	56	1	5	36	1.32
27950146--27950170	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
27955276--27955322	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
27960926--27960959	9	3.9	9	88	7	52	20	0	2	76	0.92
27960920--27960961	17	2.6	16	85	7	66	19	0	4	76	0.96
27961159--27961196	7	5.6	7	90	6	60	73	0	0	26	0.83
27961159--27961197	13	2.9	13	92	3	60	71	0	0	28	0.86
27973256--27973593	42	8.0	42	81	9	361	26	13	13	46	1.81
27973255--27973592	83	4.0	82	84	7	419	26	13	14	46	1.81
27973843--27973901	6	10.0	6	94	1	102	30	0	0	69	0.89
27974373--27974411	17	2.4	16	86	4	51	56	0	43	0	0.99
27974674--27974705	4	7.8	4	96	3	55	21	0	0	78	0.76
27974781--27974835	25	2.1	27	90	9	89	52	3	5	38	1.42
27983188--27983223	18	1.9	18	88	5	54	41	27	2	27	1.70
27990095--27990292	50	4.0	51	80	4	199	31	11	15	42	1.81
27990873--27990928	25	2.2	25	81	12	60	69	21	0	8	1.15
27991750--27991816	31	2.1	32	83	10	84	73	1	7	17	1.14
28005960--28006012	27	2.0	26	85	3	70	52	1	0	45	1.11
28006743--28006982	123	1.9	124	81	9	294	36	12	11	39	1.79
28010682--28010717	18	2.0	18	88	0	54	52	0	2	44	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28011041--28011087	20	2.3	20	85	0	58	51	0	0	48	1.00
28011058--28011102	20	2.2	20	84	4	54	51	4	0	44	1.21
28012240--28012371	69	1.9	69	84	0	174	40	21	6	31	1.78
28013616--28013657	16	2.5	17	80	11	50	76	0	4	19	0.96
28013738--28013788	18	2.8	18	73	23	52	43	0	0	56	0.99
28018277--28018310	17	2.0	17	88	0	50	11	5	0	82	0.83
28030656--28030685	3	9.7	3	92	7	51	36	0	0	63	0.95
28032934--28033029	48	2.0	48	91	0	156	30	9	19	40	1.83
28033403--28033447	24	1.9	23	86	4	63	57	0	0	42	0.98
28033957--28034016	8	7.0	8	76	14	57	50	0	0	50	1.00
28033957--28033991	17	2.1	17	94	0	61	45	0	0	54	0.99
28033974--28034026	27	1.9	28	84	3	72	49	0	1	49	1.12
28035072--28035105	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
28035278--28035334	28	2.0	28	93	0	96	21	26	7	45	1.77
28047808--28047832	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
28057932--28057956	3	8.3	3	100	0	50	0	0	32	68	0.90
28060313--28060385	30	2.5	29	82	10	78	27	2	9	60	1.42
28072030--28072081	20	2.4	22	75	21	56	48	0	0	51	1.00
28074540--28074573	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
28079458--28079499	17	2.4	18	84	11	61	45	0	4	50	1.23
28079458--28079530	17	4.3	17	70	16	53	46	1	5	46	1.34
28079964--28080008	22	2.0	22	82	0	54	68	0	2	28	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28081115--28081176	26	2.4	26	83	5	81	38	3	0	58	1.15
28089509--28089645	70	2.0	70	89	0	211	25	10	19	44	1.82
28101805--28101851	22	2.2	21	82	10	60	53	6	8	31	1.57
28101967--28102130	18	9.2	18	66	24	82	54	1	1	42	1.19
28101967--28102088	23	5.6	23	77	12	123	54	0	1	43	1.16
28101972--28102094	63	1.9	64	86	4	178	53	0	1	43	1.16
28101978--28102114	15	9.2	15	69	19	83	54	1	2	42	1.21
28102096--28102144	23	2.1	23	85	7	64	57	0	4	38	1.18
28101978--28102151	56	3.0	55	80	9	186	55	1	2	40	1.20
28102223--28102257	16	2.2	16	90	5	54	45	0	0	54	0.99
28103315--28103368	23	2.3	23	76	17	58	64	7	0	27	1.20
28111841--28111977	70	2.0	70	89	0	211	25	10	19	44	1.82
28124309--28124430	23	5.6	23	77	12	123	54	0	1	43	1.16
28124314--28124436	63	1.9	64	86	4	178	53	0	1	43	1.16
28124320--28124456	15	9.2	15	69	19	83	54	1	2	42	1.21
28124503--28124585	19	4.6	17	70	15	60	40	1	2	55	1.21
28124567--28124601	16	2.2	16	90	5	54	45	0	0	54	0.99
28141311--28141369	30	2.0	30	93	0	100	25	1	10	62	1.36
28144886--28144919	6	5.7	6	86	13	52	14	14	38	32	1.87
28145519--28145568	12	4.3	12	73	17	52	58	0	0	42	0.98
28146888--28146931	7	6.6	7	87	10	65	75	2	0	22	0.92
28147113--28147142	8	3.9	8	91	8	53	76	0	0	23	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28147080--28147134	29	1.9	28	85	10	76	76	5	0	18	0.97
28147082--28147142	15	4.2	14	79	10	61	77	4	0	18	0.95
28146839--28147261	220	1.9	214	88	7	629	50	10	11	27	1.71
28152457--28152961	250	2.0	251	96	1	924	37	12	10	39	1.78
28153129--28153153	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
28154028--28154056	10	3.0	10	95	5	51	72	0	0	27	0.85
28156063--28156087	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
28156204--28156266	14	4.6	13	71	9	54	34	1	1	61	1.15
28159249--28159323	27	2.7	27	68	10	62	46	0	1	52	1.09
28160111--28160151	20	2.0	20	100	0	82	34	19	0	46	1.50
28170034--28170074	18	2.3	18	87	4	57	63	0	4	31	1.15
28172170--28172195	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
28172191--28172246	28	2.0	28	83	10	71	35	7	0	57	1.26
28173563--28173596	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
28190563--28190592	15	2.0	15	100	0	60	33	20	20	26	1.97
28201309--28201351	18	2.4	18	81	14	54	32	0	9	58	1.30
28213209--28213252	14	2.9	15	80	13	54	52	0	0	47	1.00
28218695--28218729	1	35.0	1	100	0	70	100	0	0	0	0.00
28224899--28224945	17	2.7	18	80	9	62	65	8	6	19	1.41
28225211--28225244	14	2.2	16	90	10	54	47	0	0	52	1.00
28227754--28227784	9	3.3	9	95	4	53	0	58	0	41	0.98
28227751--28227784	14	2.5	14	90	4	52	0	61	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28237516--28237540	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
28239135--28239174	21	1.9	21	85	10	55	47	10	5	37	1.59
28242090--28242128	18	2.3	18	87	12	57	66	17	15	0	1.25
28244085--28244122	14	2.6	14	88	12	51	55	0	2	42	1.14
28245700--28245752	24	2.2	25	80	16	67	35	0	0	64	0.94
28245708--28245753	15	3.0	16	84	12	53	39	0	0	60	0.97
28245697--28245768	38	1.9	37	86	8	101	40	0	0	59	0.97
28245956--28246002	18	2.4	20	82	13	62	8	34	14	42	1.77
28246533--28246579	16	3.0	15	78	15	51	51	6	0	42	1.27
28249139--28249178	18	2.2	18	86	0	53	55	37	7	0	1.29
28253603--28253634	13	2.5	13	89	0	55	50	0	0	50	1.00
28259094--28259143	22	2.3	20	78	18	55	46	0	2	52	1.12
28259132--28259187	27	2.1	26	87	9	78	33	0	8	57	1.30
28259125--28259203	31	2.5	30	78	10	86	37	1	6	54	1.34
28259230--28259277	18	2.5	19	80	6	62	39	0	0	60	0.97
28260838--28260873	2	18.5	2	94	5	65	47	0	0	52	1.00
28261621--28262250	322	2.0	322	94	0	1098	29	15	13	42	1.84
28265998--28266049	25	2.1	25	92	0	86	26	11	19	42	1.85
28273568--28273592	13	1.9	13	100	0	50	40	12	16	32	1.84
28286993--28287032	15	2.7	15	84	3	55	22	10	0	67	1.20
28288933--28288970	14	2.7	14	88	8	51	57	0	0	42	0.98
28288930--28288973	22	2.0	22	86	8	63	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28290103--28290145	12	3.6	12	81	6	52	46	0	0	53	1.00
28290079--28290155	30	2.5	30	79	12	86	42	1	2	53	1.23
28290113--28290164	25	2.1	25	82	7	61	50	0	1	48	1.12
28290190--28290224	16	2.3	15	90	5	52	37	2	0	60	1.12
28300862--28300892	15	2.1	15	94	5	55	51	0	0	48	1.00
28313535--28313561	9	3.0	9	100	0	54	55	33	11	0	1.35
28314859--28314964	53	2.0	53	96	0	194	38	9	11	40	1.74
28335937--28336000	32	2.0	32	96	0	119	25	9	17	48	1.76
28336532--28336580	21	2.3	21	92	0	80	40	4	20	34	1.71
28352653--28352701	3	16.3	3	82	0	53	32	4	40	22	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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