genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.129.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   

This is table  129  of  160  ( 19195 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24083958--24084053	30	3.2	30	67	14	79	36	12	5	45	1.64
24083965--24084176	58	3.5	59	81	5	221	37	13	7	41	1.72
24083965--24084194	120	1.9	119	88	3	347	38	13	6	41	1.71
24085902--24085953	26	2.0	26	96	0	95	32	7	28	30	1.85
24086779--24086838	19	3.4	18	72	25	56	40	6	6	46	1.56
24086760--24086833	34	2.2	34	92	0	121	43	5	6	44	1.53
24087073--24087102	1	30.0	1	93	0	51	96	0	3	0	0.21
24087073--24087105	12	2.8	12	95	4	59	93	0	6	0	0.33
24087511--24087557	8	5.8	8	87	10	51	14	4	0	80	0.85
24087520--24087564	8	5.5	8	86	5	63	11	2	2	84	0.80
24087511--24087557	16	2.9	16	87	0	76	14	4	0	80	0.85
24087511--24087564	16	3.4	15	84	5	63	12	3	1	81	0.91
24088232--24088269	8	4.6	8	84	15	51	10	7	0	81	0.87
24088232--24088284	16	3.4	16	84	2	72	11	7	0	81	0.88
24098353--24098472	60	2.0	60	86	3	170	43	19	10	26	1.84
24099165--24099315	78	1.9	78	83	2	196	26	11	17	43	1.84
24101771--24101811	21	1.9	22	95	5	75	34	2	0	63	1.08
24104699--24104754	22	2.5	22	97	0	103	28	17	16	37	1.91
24107914--24107966	21	2.7	21	80	8	58	71	1	1	24	1.06
24109050--24109107	16	3.6	16	73	0	53	24	0	24	51	1.48
24109018--24109108	32	2.8	33	83	5	105	20	2	28	48	1.62
24109493--24109546	18	2.9	19	75	10	58	75	3	1	18	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24110432--24110491	21	2.8	21	80	14	61	11	6	51	30	1.64
24110482--24110513	12	2.6	12	95	5	55	9	9	56	25	1.61
24110553--24110595	12	3.7	11	80	20	52	2	2	9	86	0.76
24113722--24113774	16	3.6	16	68	19	51	41	1	1	54	1.22
24119161--24119227	21	3.2	21	93	0	107	28	29	25	16	1.97
24135404--24135468	27	2.4	26	78	12	69	66	0	3	30	1.07
24136687--24136771	23	3.4	23	72	20	64	49	1	1	48	1.16
24136712--24136766	27	2.0	27	85	3	74	49	1	1	47	1.23
24137018--24137067	16	3.1	16	88	0	55	30	0	0	70	0.88
24137039--24137074	16	2.3	15	95	4	63	36	0	0	63	0.94
24137949--24138012	31	2.1	31	96	0	119	10	31	7	50	1.66
24140858--24140922	30	2.2	30	85	0	85	50	10	6	32	1.62
24147262--24147318	19	3.0	20	71	10	64	57	0	0	42	0.98
24150520--24150577	26	2.2	27	81	3	64	43	12	3	41	1.59
24150616--24150750	67	2.0	68	94	1	236	50	13	2	34	1.54
24151317--24151349	13	2.3	15	90	10	52	30	6	3	60	1.36
24152786--24152831	22	2.1	21	92	4	74	41	28	15	15	1.87
24155668--24155739	29	2.5	30	80	13	89	52	1	0	45	1.09
24156288--24156324	10	3.5	11	85	14	51	45	0	5	48	1.25
24156288--24156337	12	4.3	12	82	10	59	42	0	10	48	1.37
24156288--24156337	8	6.5	8	84	9	59	42	0	10	48	1.37
24156845--24156878	16	2.1	16	89	10	52	70	0	0	29	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24157649--24157728	29	2.7	29	82	1	88	35	6	3	55	1.43
24157896--24157948	26	2.0	26	82	7	63	43	0	7	49	1.31
24158722--24158801	28	2.6	31	75	16	87	45	0	1	53	1.08
24158728--24158811	27	3.1	28	83	6	93	46	0	1	52	1.08
24158841--24158877	19	2.0	19	89	5	58	54	0	0	45	1.00
24160822--24160970	63	2.3	63	80	3	156	36	6	8	48	1.61
24162274--24162303	9	3.3	9	90	0	51	36	10	10	43	1.72
24164034--24164140	54	2.0	54	94	0	187	28	13	14	44	1.81
24166272--24166298	13	2.1	13	100	0	54	29	0	14	55	1.40
24171191--24171224	17	2.0	17	88	0	50	5	8	2	82	0.93
24178404--24178456	27	2.0	27	85	7	72	54	0	1	43	1.11
24179009--24179051	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
24179514--24179543	12	2.5	12	100	0	60	50	0	0	50	1.00
24199560--24199614	28	2.0	26	86	6	74	63	0	3	32	1.12
24199988--24200044	23	2.4	23	75	16	55	56	1	0	42	1.10
24204481--24204514	12	2.8	12	90	0	50	44	2	5	47	1.42
24204783--24204816	12	2.6	13	86	13	52	67	0	0	32	0.91
24205404--24205451	21	2.3	22	82	17	66	58	2	0	39	1.10
24206028--24206095	12	5.7	12	67	19	52	39	5	5	48	1.52
24207992--24208036	16	2.8	16	80	12	56	37	0	2	60	1.09
24208024--24208076	21	2.6	21	91	5	83	47	0	0	52	1.00
24216912--24216963	21	2.5	21	90	6	79	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24216912--24216963	22	2.5	22	93	6	90	50	0	0	50	1.00
24216951--24216993	16	2.7	16	77	0	50	60	2	0	37	1.10
24217330--24217515	102	1.8	102	89	0	291	27	25	12	34	1.92
24221788--24221812	6	4.2	6	100	0	50	68	0	32	0	0.90
24224864--24224895	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
24230750--24230789	20	2.0	20	95	0	71	32	10	12	45	1.75
24231325--24231350	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
24241497--24241596	51	2.0	50	88	2	146	28	9	10	53	1.64
24241836--24242211	202	1.9	202	79	7	433	38	7	5	48	1.56
24242183--24242216	17	2.0	17	88	0	50	14	8	2	73	1.19
24242261--24242291	14	2.2	14	94	0	53	80	3	0	16	0.83
24243407--24243442	18	2.0	18	88	0	54	27	19	13	38	1.90
24243427--24243492	32	2.1	32	83	8	82	40	13	9	36	1.76
24243804--24243898	44	2.1	45	81	12	108	41	14	5	38	1.69
24243993--24244030	14	2.7	14	87	0	58	42	13	2	42	1.57
24244004--24244088	43	1.9	45	86	9	122	37	12	3	45	1.60
24244056--24244193	21	6.4	21	85	5	168	41	18	3	36	1.68
24244051--24244196	66	2.3	66	85	8	219	39	17	3	39	1.67
24245329--24245369	15	2.7	15	85	14	57	12	9	0	78	0.98
24248936--24249035	51	2.0	51	89	0	155	30	13	9	48	1.72
24249696--24249744	18	2.7	18	80	3	62	75	10	0	14	1.04
24250249--24250280	12	2.4	14	90	10	50	68	0	9	21	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24250731--24250762	9	3.6	9	95	0	55	15	40	0	43	1.47
24250800--24250830	16	1.9	16	93	0	53	12	3	9	74	1.19
24254756--24254793	17	2.4	16	87	12	53	60	2	0	36	1.11
24254846--24254900	19	2.7	19	75	8	56	52	0	3	43	1.18
24254862--24254895	18	1.9	18	88	5	52	44	0	2	52	1.16
24254886--24254928	17	2.4	19	73	11	54	65	0	2	32	1.06
24255875--24255904	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
24271980--24272032	26	2.0	26	100	0	106	28	22	7	41	1.81
24273759--24273877	36	3.4	36	88	3	163	23	24	15	36	1.94
24273779--24273907	69	1.9	68	85	6	179	24	22	17	35	1.95
24274044--24274105	24	2.6	23	82	7	70	17	27	24	30	1.97
24275292--24276052	381	2.0	376	89	3	1170	41	16	15	25	1.88
24277773--24277861	43	2.1	43	93	0	151	31	17	23	26	1.97
24285857--24285991	63	2.1	63	85	5	175	39	8	5	46	1.57
24289468--24289515	22	2.2	22	88	7	71	72	0	0	27	0.84
24293686--24293840	84	1.8	84	94	0	274	42	9	22	25	1.83
24295040--24295071	17	1.9	17	93	6	57	28	3	0	68	1.04
24295124--24295183	24	2.6	25	70	21	58	71	1	0	26	0.95
24295832--24295865	13	2.8	12	87	12	52	5	0	8	85	0.75
24296284--24296315	14	2.2	15	94	5	57	31	0	6	62	1.20
24296448--24296473	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
24296512--24296721	109	1.9	109	84	7	284	36	15	21	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24296664--24296749	22	4.0	22	72	14	88	30	13	23	32	1.93
24296570--24296869	152	2.0	152	88	3	444	35	16	21	27	1.94
24296722--24296974	110	2.3	110	87	2	348	35	17	22	25	1.95
24296931--24296997	23	3.0	23	84	2	91	28	19	25	26	1.99
24296821--24297078	132	2.0	131	85	6	351	33	17	23	25	1.96
24296981--24297240	88	3.0	86	80	7	290	37	16	21	25	1.93
24297151--24297391	110	2.2	109	84	2	304	36	18	20	24	1.95
24297352--24297414	23	2.8	23	85	2	83	31	20	23	23	1.98
24297853--24297935	41	2.0	41	81	9	96	34	15	19	30	1.93
24298122--24298696	33	17.5	33	83	4	592	33	15	20	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160