genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14745994--14746253	106	2.5	106	81	3	283	37	14	17	31	1.89
14746107--14746519	212	2.0	209	82	6	512	38	13	14	33	1.85
14747213--14747361	53	2.7	55	69	8	131	32	12	20	35	1.89
14747213--14747440	112	2.0	112	82	1	278	34	12	19	34	1.89
14747505--14747679	42	4.2	42	78	3	156	34	9	19	36	1.85
14747505--14747693	84	2.3	83	82	0	225	34	10	19	35	1.85
14747632--14747710	41	1.9	41	84	5	106	26	10	25	37	1.87
14747765--14747946	53	3.6	53	70	12	164	34	12	19	33	1.90
14747749--14747943	98	2.0	98	89	0	300	33	11	20	33	1.89
14747852--14748098	128	1.9	127	86	0	350	35	10	19	34	1.86
14748034--14748187	83	1.9	82	84	4	211	31	11	21	36	1.88
14748038--14748263	124	1.8	124	81	3	285	31	10	19	37	1.86
14748034--14748271	41	5.8	41	76	8	187	31	10	20	37	1.87
14748267--14748495	113	2.0	112	83	2	289	34	12	20	31	1.90
14748429--14748543	41	2.8	41	81	7	135	34	12	17	35	1.87
14749819--14749852	16	2.1	16	100	0	68	23	5	11	58	1.55
14749993--14750023	10	3.0	10	90	9	53	0	9	0	90	0.46
14749993--14750023	11	2.9	11	95	4	55	0	9	0	90	0.46
14749993--14750032	16	2.4	17	87	8	55	2	10	0	87	0.63
14750816--14750856	19	2.2	19	86	0	55	2	2	9	85	0.78
14750826--14750875	13	3.8	13	81	5	64	0	0	16	84	0.63
14752449--14752495	24	2.0	24	84	16	62	68	12	4	14	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14754494--14754550	27	2.1	27	96	0	105	36	24	10	28	1.88
14755938--14755978	18	2.4	17	87	4	55	60	12	7	19	1.54
14755940--14755978	17	2.3	18	82	8	55	64	10	7	17	1.48
14757936--14757974	20	2.0	20	85	10	53	25	5	7	61	1.44
14767717--14767751	9	3.8	9	92	7	61	88	2	0	8	0.61
14767710--14767751	19	2.2	19	91	4	66	85	2	2	9	0.77
14776919--14776961	22	1.9	23	85	4	61	9	16	4	69	1.31
14777230--14777287	30	1.9	30	86	6	82	32	0	10	56	1.33
14777262--14777335	35	2.1	35	89	0	112	32	1	14	51	1.51
14785548--14785596	25	2.0	25	83	0	62	36	12	22	28	1.90
14791905--14791946	22	1.9	22	90	0	66	40	7	21	30	1.80
14798884--14798910	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
14800162--14800198	18	2.1	18	100	0	74	43	0	32	24	1.55
14800165--14800208	18	2.4	18	88	3	61	50	0	27	22	1.50
14807861--14808247	190	2.0	191	84	3	510	38	10	6	44	1.65
14809129--14809207	21	3.8	21	77	12	81	36	11	21	30	1.89
14817335--14817372	18	2.1	18	100	0	76	34	15	13	36	1.87
14818637--14818671	18	2.0	18	88	5	54	51	5	8	34	1.56
14818717--14818753	19	1.9	19	94	0	65	45	10	24	18	1.81
14818806--14818837	16	2.0	17	88	11	50	15	12	6	65	1.44
14821875--14821911	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
14822967--14823030	31	2.1	31	100	0	128	39	15	28	17	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14827363--14827401	12	3.2	12	85	7	51	46	2	5	46	1.38
14827840--14827877	19	2.0	19	89	0	58	55	5	7	31	1.51
14827736--14828069	164	2.0	163	81	4	386	43	5	8	42	1.59
14828207--14828245	19	2.1	19	85	9	53	48	2	2	46	1.29
14828261--14828306	23	2.0	23	95	0	83	45	0	0	54	0.99
14828291--14828381	29	3.1	29	71	13	80	49	4	0	46	1.22
14829400--14829514	9	14.4	8	68	25	57	45	0	1	52	1.17
14829427--14829518	24	3.7	24	73	18	73	47	1	1	50	1.15
14829436--14829483	16	2.9	16	81	12	62	52	2	0	45	1.12
14829447--14829519	20	3.5	21	75	17	64	49	0	1	49	1.09
14829871--14829904	17	2.1	17	88	5	52	47	2	0	50	1.16
14829856--14829920	29	2.4	27	80	14	73	49	1	1	47	1.20
14829897--14829978	36	2.2	36	79	18	89	45	0	2	52	1.14
14829953--14829985	14	2.3	15	89	5	50	51	0	0	48	1.00
14829865--14829982	62	2.0	59	80	15	136	45	0	1	51	1.17
14829964--14830037	30	2.5	29	79	14	80	47	2	2	47	1.30
14830915--14830961	18	2.5	19	86	3	60	40	6	0	53	1.27
14831247--14831309	23	2.8	23	81	9	60	41	4	1	52	1.32
14831355--14831390	16	2.2	16	95	0	63	58	0	0	41	0.98
14831705--14831785	23	3.5	22	74	15	58	46	1	3	48	1.27
14832321--14832392	29	2.5	29	77	8	76	44	1	1	52	1.18
14832795--14832839	21	2.2	20	84	11	56	55	4	0	40	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14833141--14833165	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
14833261--14833322	19	3.1	19	84	11	63	41	3	1	53	1.27
14833405--14833466	23	2.6	23	73	21	56	37	4	0	58	1.20
14833712--14833754	20	2.2	19	88	12	61	46	0	0	53	1.00
14833997--14834036	20	2.0	20	90	9	64	50	2	0	47	1.14
14834055--14834113	9	6.3	9	73	21	50	52	1	1	44	1.21
14834060--14834113	13	4.3	13	77	11	51	53	1	1	42	1.22
14834168--14834244	6	13.7	6	70	24	53	49	1	1	48	1.17
14834181--14834237	28	2.0	30	89	6	91	49	1	1	47	1.22
14834493--14834540	15	3.3	13	81	18	51	50	4	2	43	1.33
14835096--14835120	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
14835088--14835127	12	3.2	12	86	6	53	40	0	7	52	1.30
14835183--14835249	29	2.4	27	76	13	66	52	1	1	44	1.19
14835241--14835318	14	5.9	13	70	16	54	46	0	3	50	1.20
14835472--14835518	18	2.6	18	79	0	58	44	0	2	53	1.12
14836219--14836270	22	2.4	21	74	3	50	50	1	1	46	1.23
14837130--14837180	20	2.4	21	87	6	68	54	0	1	43	1.11
14837140--14837181	6	6.8	6	82	12	50	52	0	2	45	1.13
14837538--14838093	180	3.1	173	78	7	517	40	6	9	44	1.63
14838240--14838308	36	1.9	36	82	11	88	40	2	1	55	1.24
14838462--14838502	15	2.9	14	89	7	57	43	0	2	53	1.13
14838474--14838542	26	2.4	30	76	9	74	50	0	4	44	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14838539--14838575	19	1.9	19	88	0	56	56	2	2	37	1.28
14838538--14838617	40	2.0	41	82	5	99	50	2	1	46	1.23
14839066--14839139	31	2.3	34	81	11	93	48	2	1	47	1.24
14839094--14839138	17	2.7	18	83	10	60	44	4	0	51	1.21
14839122--14839185	22	2.9	22	81	9	76	45	7	3	43	1.48
14839600--14839659	29	2.0	29	81	9	68	46	1	1	50	1.21
14839667--14839711	22	2.1	22	83	4	56	51	2	2	44	1.26
14839701--14839778	39	2.1	39	82	4	97	50	3	2	43	1.34
14840232--14840288	25	2.3	25	79	11	64	54	1	0	43	1.10
14840376--14840416	19	2.1	20	86	4	57	43	4	0	51	1.23
14840878--14841445	182	3.1	177	80	6	617	44	9	6	39	1.62
14841687--14841741	21	2.4	22	79	14	58	40	1	3	54	1.28
14841886--14841914	14	2.0	15	93	6	51	68	3	0	27	1.05
14841931--14842009	18	4.3	18	74	15	72	49	2	1	46	1.23
14842259--14842297	20	2.0	20	89	0	60	43	0	5	51	1.24
14842788--14842837	15	3.4	15	78	10	59	54	0	0	46	1.00
14842847--14842887	20	2.1	20	86	4	57	46	2	4	46	1.37
14842904--14842967	20	3.3	19	77	16	60	37	4	1	56	1.30
14843650--14843705	21	2.6	22	83	8	71	53	0	1	44	1.11
14844101--14844155	29	1.9	29	85	3	76	36	5	5	52	1.48
14844690--14844825	61	2.2	64	75	11	138	48	0	3	47	1.25
14845357--14845485	41	3.2	41	85	2	179	44	18	13	23	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14845830--14845887	9	6.7	9	72	20	52	43	1	1	53	1.21
14846070--14846103	13	2.6	13	85	0	50	67	0	5	26	1.13
14847156--14847184	12	2.4	12	100	0	58	51	0	0	48	1.00
14847202--14847251	22	2.3	21	83	13	57	40	0	2	58	1.10
14847230--14847290	29	2.1	28	84	3	77	49	0	1	49	1.10
14847254--14847302	25	2.0	25	84	8	64	51	0	4	44	1.20
14847569--14847660	6	15.5	6	74	21	63	45	0	3	51	1.17
14847565--14847668	25	4.0	25	73	20	81	47	0	2	50	1.16
14848338--14848446	15	7.1	15	68	16	64	45	0	1	51	1.18
14848343--14848385	20	2.2	20	87	8	61	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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