genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  1  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10904--10965	31	2.0	30	87	3	88	25	11	12	50	1.74
20709--20767	29	2.0	29	86	0	82	13	44	32	10	1.77
31577--31615	20	2.0	20	85	14	55	33	2	2	61	1.23
33098--33162	31	2.1	31	97	0	121	24	27	26	21	1.99
34193--34259	24	2.9	23	76	12	57	50	0	1	47	1.10
36948--37035	43	2.0	43	93	0	149	36	12	17	34	1.87
45460--45514	25	2.2	25	90	6	85	36	12	5	45	1.66
48398--48431	17	2.1	17	88	5	52	20	0	23	55	1.43
49378--49442	33	2.0	33	82	11	80	43	1	4	50	1.32
50542--50579	18	2.1	18	100	0	76	21	5	47	26	1.71
54211--54286	24	3.4	24	64	17	63	48	11	5	34	1.62
54201--54289	43	2.1	43	97	0	169	48	11	5	34	1.62
65040--65128	44	2.0	44	95	0	160	30	13	14	41	1.84
65992--66087	45	2.1	44	86	5	138	23	18	29	28	1.98
74278--74439	44	3.8	43	72	16	113	27	17	25	29	1.98
75158--75201	21	2.1	21	100	0	88	38	9	13	38	1.77
75157--75212	21	2.8	19	87	10	85	37	8	16	37	1.80
75201--75245	23	2.0	23	91	4	74	35	4	13	46	1.63
75670--75706	3	12.3	3	88	11	58	35	0	0	64	0.94
75946--75977	17	1.9	16	93	6	55	28	0	6	65	1.16
76475--76516	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
83437--83885	44	10.2	44	63	14	174	31	19	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83387--84197	132	6.1	132	93	1	1356	30	20	23	25	1.98
84223--84384	44	3.7	44	81	5	170	29	20	21	29	1.98
84774--84817	21	2.1	21	91	0	70	38	11	11	38	1.77
84774--84824	21	2.5	20	84	6	59	37	11	11	39	1.79
84807--84851	23	2.0	23	91	4	74	37	4	17	40	1.70
84817--84861	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
85290--85323	3	11.3	3	87	12	52	35	0	0	64	0.94
85562--85593	17	1.9	16	93	6	55	28	0	6	65	1.16
85658--85695	10	3.9	10	86	3	51	34	2	0	63	1.09
86087--86128	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
86854--86878	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
95434--95490	29	2.0	29	86	6	80	64	0	1	33	1.04
95437--95511	18	3.9	19	79	19	68	62	1	2	33	1.17
95807--95895	44	2.0	44	100	0	178	40	6	22	30	1.80
96408--96458	17	3.0	17	77	11	68	68	0	3	27	1.07
106605--106643	15	2.6	14	80	11	51	46	0	0	53	1.00
116145--116190	24	1.9	23	83	16	58	30	0	8	60	1.26
117486--117583	3	32.7	3	73	4	81	32	6	1	60	1.28
117476--117527	24	2.2	24	86	6	70	30	3	0	65	1.10
118123--118153	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
118274--118792	110	4.8	110	93	1	832	30	13	19	36	1.91
119089--119114	6	4.3	6	100	0	52	19	19	0	61	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124399--124439	21	2.0	21	90	0	64	19	21	31	26	1.97
126940--126971	14	2.3	14	100	0	64	31	6	9	53	1.58
128141--128180	8	4.6	8	82	17	53	22	2	0	75	0.93
128144--128187	5	8.4	5	85	5	52	20	2	0	77	0.88
135923--135953	10	3.1	10	100	0	62	29	22	0	48	1.51
150601--150682	41	2.0	41	97	0	155	30	7	13	48	1.69
160636--160676	19	2.2	19	90	0	64	36	4	14	43	1.67
164586--164625	18	2.2	18	90	0	62	57	2	2	37	1.26
167106--167145	9	4.2	9	84	9	53	37	0	20	42	1.52
171161--171218	28	2.1	28	100	0	116	27	17	17	37	1.92
172586--172614	14	2.0	15	93	6	51	75	0	6	17	1.01
172816--172866	22	2.3	22	86	6	68	54	15	5	23	1.63
176782--176897	56	2.0	59	83	5	148	26	19	5	48	1.70
178380--179251	444	2.0	444	99	0	1708	34	20	16	29	1.94
184380--184415	18	2.1	17	94	5	63	38	0	11	50	1.38
185525--185568	9	4.9	9	80	8	54	0	25	2	72	0.96
188905--188951	17	2.8	17	83	6	51	59	2	2	36	1.21
189470--189529	17	3.4	17	77	8	75	46	15	5	33	1.67
190092--190134	22	2.0	21	82	13	52	41	6	11	39	1.68
192700--192766	5	13.4	5	77	14	59	46	1	1	50	1.19
192695--192766	30	2.4	29	76	19	85	47	1	1	50	1.18
193734--193814	25	3.2	25	85	0	117	17	23	20	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195875--195926	27	1.9	27	96	0	95	36	17	25	21	1.94
206842--206897	23	2.6	21	78	10	67	44	5	8	41	1.58
213928--214253	63	4.9	63	66	15	181	29	17	14	38	1.89
213932--214253	134	2.4	134	87	1	466	29	17	14	39	1.89
215544--215882	134	2.5	134	82	3	407	28	20	15	34	1.93
216281--216321	18	2.2	18	86	4	55	48	0	14	36	1.44
241704--241824	59	2.1	58	96	1	224	23	19	28	28	1.98
247459--247576	26	4.6	27	73	16	90	26	15	25	33	1.95
250761--250793	15	2.1	16	88	5	50	39	3	0	57	1.14
262271--262329	27	2.2	27	84	6	75	27	27	11	33	1.92
267047--267110	33	1.9	33	96	0	119	14	15	18	51	1.76
275414--275463	19	2.6	19	84	12	66	42	0	0	58	0.98
275525--275560	19	1.9	19	94	5	65	61	11	13	13	1.58
280920--280961	22	1.9	22	85	0	57	21	16	11	50	1.77
280977--281017	17	2.2	19	83	12	50	21	2	9	65	1.34
281825--281857	3	11.0	3	93	0	57	36	0	63	0	0.95
288669--288705	19	1.9	19	100	0	74	21	16	5	56	1.59
298649--298684	11	3.2	11	92	4	54	38	0	0	61	0.96
303445--303539	49	1.9	49	89	4	147	43	8	22	26	1.81
303627--303733	52	2.0	53	87	5	155	40	12	19	28	1.87
305771--305811	20	2.1	19	86	13	57	9	21	4	63	1.44
306726--306869	78	1.8	78	86	0	207	34	26	14	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
310733--310836	49	2.1	49	92	0	172	32	7	9	50	1.64
312221--312263	21	2.0	21	86	8	61	34	0	6	58	1.25
312276--312346	28	2.7	27	76	8	74	43	0	0	56	0.99
312567--312625	6	9.8	6	100	0	118	33	0	0	66	0.92
312695--312758	34	1.9	33	84	9	85	51	1	1	45	1.20
313147--313198	18	2.9	18	80	2	61	57	0	1	40	1.10
313150--313201	17	3.0	17	81	13	61	53	0	1	44	1.11
314038--314148	19	5.9	19	72	6	75	28	3	3	63	1.28
314052--314105	27	2.0	27	88	3	81	24	3	3	68	1.22
314038--314116	9	8.4	9	73	6	59	26	3	3	65	1.26
314120--314156	19	1.9	19	89	10	58	32	2	0	64	1.07
315537--315620	38	2.4	34	82	11	91	46	14	8	30	1.74
318821--318917	34	2.9	34	87	3	133	46	15	9	28	1.77
321615--321800	92	2.0	92	80	2	203	32	14	22	30	1.94
324397--324426	14	2.1	14	100	0	60	50	16	6	26	1.70
324920--325023	48	2.1	48	82	8	120	61	3	3	30	1.32
325727--325769	17	2.5	17	81	7	52	60	2	0	37	1.10
334075--334107	17	2.0	17	88	5	50	60	0	0	39	0.97
334643--334782	70	2.0	70	100	0	280	40	14	11	34	1.82
341746--341799	20	2.6	20	77	11	56	33	5	1	59	1.31
359362--359453	29	3.2	28	74	11	89	20	2	22	54	1.55
361286--361323	15	2.5	15	91	0	58	36	21	7	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
364594--364948	46	8.1	46	80	13	437	29	19	15	35	1.93
364758--364911	36	4.0	37	78	17	177	27	18	14	38	1.91
364712--364948	82	2.9	82	95	1	431	28	20	13	36	1.91
364614--364946	128	2.6	134	80	14	410	29	20	14	36	1.92
366954--366995	21	2.0	21	85	0	57	45	11	4	38	1.62
367355--367546	46	4.3	45	95	2	325	33	15	23	27	1.95
372923--372961	18	2.1	19	90	4	62	71	0	0	28	0.86
374699--374745	14	3.4	14	73	8	51	6	6	27	59	1.46
377771--377809	18	2.2	18	85	0	51	28	0	2	69	1.02
382126--382169	3	14.7	3	95	0	79	65	0	2	31	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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