genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  49  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13402954--13403188	129	1.8	129	93	0	407	37	16	16	30	1.90
13410076--13411350	487	2.6	485	89	2	1930	32	14	21	30	1.93
13418663--13418701	18	2.2	18	85	0	51	56	0	2	41	1.13
13419422--13419482	25	2.4	25	97	0	113	37	3	0	59	1.14
13431474--13431678	31	6.6	31	86	1	259	31	8	16	42	1.79
13431474--13431688	93	2.3	92	86	0	295	31	9	17	42	1.80
13431828--13432038	43	4.9	43	91	0	341	24	13	26	35	1.93
13435302--13435330	12	2.3	13	94	5	51	27	6	0	65	1.18
13443180--13443240	31	2.0	31	90	0	95	36	11	31	21	1.89
13460626--13460672	21	2.3	20	89	7	76	68	6	0	25	1.13
13460640--13460694	26	2.2	24	84	9	74	67	3	1	27	1.17
13462646--13462683	16	2.3	17	90	4	60	36	21	10	31	1.87
13463609--13465623	613	3.3	612	90	2	3105	32	18	11	37	1.86
13469265--13471067	671	2.7	667	85	4	2321	33	18	11	37	1.87
13470486--13471655	596	2.0	586	81	5	1376	33	17	11	36	1.86
13471923--13472084	81	2.0	81	91	0	261	15	17	18	48	1.82
13474890--13474915	13	2.0	13	100	0	52	46	23	0	30	1.53
13476974--13477084	42	2.6	42	80	8	109	34	34	3	27	1.75
13480855--13480949	25	3.8	25	91	0	145	33	20	23	23	1.97
13481676--13481719	21	2.1	22	87	8	65	47	13	4	34	1.63
13492475--13492509	17	2.1	17	89	10	54	20	14	5	60	1.54
13493047--13493072	11	2.4	11	100	0	52	92	0	7	0	0.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13493340--13494591	626	2.0	626	98	0	2416	29	15	20	34	1.93
13501156--13501198	10	4.2	10	80	13	52	72	0	6	20	1.08
13502927--13502952	13	2.0	13	100	0	52	23	15	30	30	1.95
13515032--13515260	28	8.2	28	74	7	171	31	15	24	27	1.96
13515019--13515251	83	2.8	85	80	9	230	34	14	24	27	1.94
13515243--13515306	27	2.4	27	86	5	94	39	15	20	25	1.92
13516966--13517024	31	1.9	31	93	6	102	44	11	8	35	1.72
13526901--13527036	28	4.9	28	76	7	107	34	16	23	25	1.95
13526901--13526981	27	2.9	29	82	10	98	34	14	23	27	1.94
13526998--13527068	28	2.5	28	81	0	79	32	16	26	23	1.96
13534036--13534091	18	3.3	18	65	14	55	53	8	3	33	1.49
13544693--13544858	47	3.4	49	75	10	153	35	8	0	55	1.35
13546654--13546698	13	3.4	14	79	17	51	66	0	2	31	1.04
13547434--13547479	21	2.1	21	80	4	56	43	2	0	54	1.12
13547521--13547549	14	2.0	15	93	6	51	48	0	0	51	1.00
13548359--13548399	19	2.2	19	90	0	64	56	7	19	17	1.64
13550489--13550548	27	2.3	26	80	11	68	28	35	8	28	1.86
13550500--13550564	27	2.4	27	92	0	103	26	27	9	36	1.87
13561834--13561888	22	2.5	22	87	0	83	43	16	25	14	1.86
13561890--13562010	25	4.8	25	92	0	206	32	19	25	22	1.98
13569314--13569436	57	2.2	56	85	5	158	25	11	20	43	1.85
13572664--13572712	11	4.3	12	77	12	50	4	16	2	77	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13573885--13573994	45	2.6	41	77	9	107	31	5	29	33	1.80
13574140--13574174	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
13574311--13574517	90	2.3	90	88	4	299	46	3	3	45	1.39
13574361--13574498	47	3.0	46	68	19	126	49	4	2	43	1.37
13577577--13577618	18	2.3	18	100	0	84	23	0	26	50	1.50
13577693--13577779	37	2.4	37	88	3	122	34	11	14	39	1.83
13578898--13579038	71	2.0	69	86	5	194	42	24	8	24	1.82
13580051--13580182	36	3.6	37	82	6	160	53	12	27	6	1.63
13581238--13581282	20	2.3	19	80	3	54	75	6	4	13	1.15
13581622--13581661	10	4.0	10	86	0	62	57	2	0	40	1.12
13583148--13583306	44	3.7	44	77	9	132	28	23	20	27	1.99
13583373--13583910	44	12.2	44	63	11	170	23	23	21	31	1.98
13583373--13583963	132	4.5	132	93	0	993	23	23	21	31	1.98
13595894--13595938	20	2.3	19	80	3	54	75	6	4	13	1.15
13600650--13600738	45	2.0	45	95	0	160	39	15	13	31	1.86
13613374--13613676	40	7.6	40	90	2	396	24	20	28	27	1.99
13621348--13621650	40	7.6	40	90	2	396	24	20	28	27	1.99
13632221--13632246	11	2.4	11	100	0	52	80	0	0	19	0.71
13637354--13637387	17	1.9	18	88	5	52	55	0	2	41	1.15
13637418--13637462	23	2.0	23	95	0	81	51	6	13	28	1.66
13647785--13647913	43	3.0	43	76	15	133	30	31	17	21	1.96
13649752--13649855	53	2.0	53	100	0	208	31	17	19	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13649838--13650002	43	3.9	43	82	2	181	27	29	16	26	1.97
13653688--13653732	19	2.4	18	85	14	56	15	2	4	77	1.02
13653704--13653728	13	1.9	13	100	0	50	16	0	4	80	0.87
13654103--13654147	21	2.0	23	83	8	58	33	42	0	24	1.55
13654166--13654212	15	3.3	15	85	8	62	40	29	0	29	1.57
13654542--13654579	20	2.0	19	90	10	60	65	5	2	26	1.27
13654546--13654587	20	2.2	19	86	4	57	66	4	4	23	1.30
13654597--13654792	41	4.8	40	88	2	248	27	31	21	19	1.98
13664718--13664770	24	2.2	25	77	12	58	45	18	3	32	1.68
13668657--13668705	19	2.6	19	86	0	80	22	30	30	16	1.96
13669846--13669974	33	4.1	31	75	11	95	51	6	0	41	1.34
13671984--13672080	28	3.5	28	92	5	162	39	13	0	47	1.43
13672649--13672709	19	3.3	18	76	4	59	42	8	0	49	1.32
13672657--13672709	18	2.9	18	75	11	54	41	9	0	49	1.35
13673200--13673283	27	3.1	27	93	1	143	16	26	30	26	1.97
13673317--13673416	29	3.5	29	91	4	159	49	0	13	38	1.42
13676424--13676480	28	1.9	30	86	10	82	63	7	0	29	1.21
13683278--13683324	20	2.3	20	86	13	62	55	0	8	36	1.31
13683344--13683389	24	2.0	23	86	4	65	43	8	15	32	1.77
13684834--13685270	127	3.4	127	90	0	676	23	20	24	32	1.98
13684999--13685181	44	4.3	44	73	10	164	25	18	22	33	1.97
13684922--13685233	43	7.3	42	70	15	176	22	19	24	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13685171--13686189	131	7.8	131	82	5	965	23	24	22	30	1.99
13685324--13686098	175	4.4	175	90	1	1108	23	25	21	29	1.99
13685198--13686189	306	3.3	305	88	2	1255	23	24	21	30	1.99
13685199--13686181	175	5.6	174	85	3	1034	23	24	21	30	1.99
13692670--13692716	20	2.3	20	86	13	62	55	0	8	36	1.31
13692735--13692780	24	2.0	23	86	4	65	43	8	15	32	1.77
13700710--13700750	16	2.3	19	88	12	61	43	0	2	53	1.13
13708687--13708721	5	7.2	5	87	6	54	0	57	0	42	0.99
13710319--13710371	26	2.0	26	82	13	65	28	3	13	54	1.56
13711915--13711952	18	2.1	19	85	5	51	39	7	0	52	1.31
13716590--13716635	21	2.2	21	84	0	56	30	6	23	39	1.80
13718835--13718999	43	3.9	43	78	7	158	29	26	15	28	1.96
13721729--13721896	44	3.8	44	69	18	148	39	10	7	42	1.67
13721756--13721940	91	2.0	91	95	0	334	37	8	9	44	1.67
13722858--13722903	21	2.2	21	92	0	74	34	6	19	39	1.78
13729037--13729173	59	2.2	63	81	8	158	28	2	16	52	1.56
13729037--13729171	32	4.4	32	84	11	156	28	2	17	52	1.56
13730424--13730461	20	1.9	20	100	0	76	47	0	2	50	1.15
13730547--13730590	20	2.3	19	88	7	70	52	11	6	29	1.63
13730714--13730761	24	2.0	24	100	0	96	29	0	12	58	1.35
13730749--13730785	15	2.5	15	86	0	56	13	0	29	56	1.37
13732468--13732508	19	2.2	19	91	8	66	26	9	12	51	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13735295--13735346	23	2.3	23	80	9	54	51	5	17	25	1.67
13735371--13735446	37	2.1	37	100	0	152	57	0	21	21	1.40
13740214--13740254	12	3.7	12	78	15	52	46	2	0	51	1.14
13740749--13740778	9	3.3	9	90	0	51	40	0	3	56	1.16
13744357--13744397	19	2.2	19	86	0	55	39	34	12	14	1.84
13744366--13744429	19	3.3	19	82	4	74	31	31	17	20	1.95
13748958--13749148	41	4.6	41	95	0	337	27	19	28	24	1.98
13750410--13750483	23	3.2	23	79	11	89	62	31	4	2	1.28
13750422--13750485	12	5.5	12	74	7	69	62	32	3	1	1.20
13751012--13751151	70	2.0	70	92	0	235	33	22	7	37	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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