genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.143.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  143  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43040304--43041362	221	4.6	229	82	8	1081	28	17	20	32	1.96
43043196--43043233	18	2.1	18	90	0	58	0	50	0	50	1.00
43043200--43043232	11	2.9	12	91	8	52	0	51	0	48	1.00
43043693--43043762	3	23.3	3	71	11	54	31	2	5	60	1.35
43043705--43043765	23	2.8	22	85	5	70	32	3	8	55	1.45
43043728--43043773	23	2.0	23	83	8	58	30	2	10	56	1.46
43055404--43055480	18	4.3	19	76	21	69	63	0	9	27	1.24
43055568--43055632	26	2.5	26	74	18	64	58	1	1	38	1.17
43056169--43056214	20	2.4	19	81	3	56	39	2	58	0	1.10
43056362--43056510	69	2.2	69	97	0	280	40	15	14	29	1.87
43056813--43056870	22	2.6	22	94	0	98	12	3	55	29	1.53
43065807--43065854	24	2.0	24	84	8	62	64	4	4	27	1.30
43066506--43066547	16	2.6	16	81	7	50	64	4	7	23	1.38
43066545--43066596	10	5.3	10	81	6	54	75	5	19	0	1.01
43066545--43066616	9	7.8	9	76	11	58	73	4	22	0	1.00
43066584--43066617	17	1.9	18	94	5	61	70	0	29	0	0.87
43066551--43066619	30	2.3	31	82	7	81	72	4	23	0	1.02
43069384--43069478	29	3.3	29	74	20	92	42	8	1	48	1.40
43069448--43069529	2	42.0	2	75	9	71	42	6	0	51	1.26
43069578--43069610	16	2.1	16	94	0	57	27	0	0	72	0.85
43069757--43069788	14	2.2	15	94	5	57	18	6	0	75	1.01
43072823--43073128	46	6.6	46	80	13	351	35	14	22	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43072829--43073091	98	2.7	98	95	0	472	34	14	23	27	1.93
43073055--43073160	37	2.9	37	92	2	180	37	16	20	24	1.93
43081847--43081959	38	2.9	38	82	5	129	41	14	23	21	1.89
43081842--43081959	40	3.1	38	83	3	130	42	13	23	20	1.88
43082932--43082990	24	2.4	24	91	2	91	33	15	25	25	1.95
43083269--43083552	88	3.2	88	91	0	433	27	20	23	28	1.99
43083337--43083479	43	3.3	43	66	11	110	27	20	26	24	1.99
43083539--43083656	43	2.7	44	89	3	168	27	21	23	27	1.99
43083297--43083613	176	1.8	175	83	2	429	27	18	25	27	1.98
43083542--43083672	44	3.0	42	82	9	149	30	20	22	25	1.98
43083543--43083688	44	3.3	44	80	10	140	30	21	22	26	1.99
43085216--43085247	11	2.6	13	90	9	50	37	15	12	34	1.85
43086450--43086787	51	6.7	51	78	4	326	29	15	25	29	1.96
43086450--43086793	102	3.4	101	86	2	440	29	15	25	29	1.96
43088844--43088931	27	3.3	25	77	13	79	40	10	1	47	1.45
43088921--43088991	22	3.3	21	73	11	54	39	4	1	54	1.28
43088938--43089008	36	2.0	34	84	10	90	39	7	1	52	1.38
43089027--43089062	10	3.6	10	96	0	63	50	11	0	38	1.38
43089034--43089065	14	2.3	14	94	0	55	50	9	0	40	1.35
43088906--43089065	75	2.1	76	85	6	209	40	6	1	51	1.36
43088905--43089065	77	2.1	77	82	10	204	39	6	1	52	1.36
43091071--43091114	21	2.1	21	83	8	54	25	20	11	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43091092--43091172	42	1.9	42	92	0	135	18	22	14	44	1.86
43091080--43091186	21	5.1	21	69	4	72	20	23	14	42	1.88
43091104--43091194	42	2.2	42	83	0	119	16	24	17	41	1.89
43096036--43096085	26	2.0	26	84	7	68	60	6	6	28	1.44
43096432--43096488	28	2.0	28	86	6	80	57	5	7	29	1.47
43097200--43097246	17	2.6	18	76	10	60	19	2	0	78	0.85
43098447--43098703	74	3.5	74	86	5	342	31	20	17	31	1.95
43098915--43099077	84	1.9	86	82	6	206	34	20	18	26	1.95
43098990--43099506	71	6.9	72	78	15	480	33	21	18	26	1.96
43099300--43099506	75	2.8	72	91	3	326	31	21	17	29	1.96
43099401--43099625	120	1.9	122	85	6	314	34	23	15	27	1.95
43111818--43111867	26	2.0	26	84	7	68	60	6	6	28	1.44
43112207--43112263	28	2.0	28	86	6	80	57	5	7	29	1.47
43112975--43113026	13	4.2	12	81	15	54	23	1	0	75	0.91
43117214--43117255	16	2.6	16	81	7	50	64	4	7	23	1.38
43119557--43119594	15	2.5	15	83	12	51	52	0	0	47	1.00
43119555--43119592	17	2.1	19	85	9	53	55	0	0	44	0.99
43119963--43120029	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
43122660--43122700	20	2.1	20	86	13	59	41	9	7	41	1.66
43140134--43140328	70	2.9	69	81	8	229	28	14	24	32	1.95
43140617--43140831	73	2.9	74	83	3	263	26	17	21	33	1.96
43141576--43141633	22	2.6	22	91	0	89	27	55	5	12	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43142931--43142971	15	2.6	17	82	17	54	29	4	0	65	1.13
43142943--43142985	18	2.3	18	88	11	61	27	9	0	62	1.25
43144435--43144477	23	1.9	23	85	4	61	60	11	6	20	1.54
43144688--43144729	21	2.0	21	85	4	57	35	4	0	59	1.19
43144721--43144776	29	1.9	30	85	7	80	46	1	5	46	1.36
43147941--43148058	32	3.7	31	79	3	112	44	17	14	22	1.85
43152865--43152914	22	2.4	21	83	9	66	30	10	6	54	1.58
43152873--43152922	22	2.3	22	92	0	82	32	12	4	52	1.57
43163433--43163508	33	2.3	32	77	6	80	34	17	22	26	1.96
43164018--43164797	388	2.0	391	93	1	1334	30	12	23	33	1.91
43168738--43168788	21	2.4	21	100	0	102	27	3	29	39	1.74
43179240--43179412	43	4.0	43	81	5	165	32	24	16	26	1.96
43183294--43183319	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
43192445--43192617	43	4.0	43	76	8	156	30	26	19	23	1.98
43192445--43192603	44	3.7	44	71	15	118	29	27	19	23	1.98
43192445--43192609	86	1.9	85	80	10	194	30	26	19	23	1.98
43192971--43193122	72	2.1	72	86	1	216	28	23	22	26	1.99
43193136--43193454	73	4.4	73	86	2	433	26	21	25	26	2.00
43193206--43193829	261	2.4	261	86	2	889	25	21	26	27	1.99
43192980--43193714	334	2.2	333	91	2	1172	26	21	24	27	1.99
43193499--43193714	73	3.0	72	85	2	288	25	21	25	27	1.99
43193614--43193937	114	2.8	114	90	1	490	25	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43193851--43194019	73	2.3	74	84	3	243	24	20	27	27	1.99
43193927--43194137	113	1.9	113	88	4	318	26	19	24	29	1.98
43194366--43194413	22	2.2	21	81	3	60	20	0	31	47	1.50
43194371--43194498	15	8.9	15	68	13	63	20	0	34	44	1.57
43194451--43194499	7	6.9	7	81	11	55	16	0	34	48	1.46
43194764--43194874	21	5.3	21	78	8	93	27	1	36	34	1.68
43194746--43194785	14	2.8	16	82	17	52	27	0	32	40	1.57
43194766--43194860	21	4.4	22	81	4	113	29	1	34	34	1.65
43194871--43194925	28	2.0	27	82	3	65	30	1	5	61	1.29
43196132--43196159	12	2.3	12	100	0	56	14	0	10	75	1.06
43198768--43198903	43	3.2	41	82	10	157	22	20	25	30	1.98
43212466--43212555	26	3.5	26	66	22	71	42	11	0	46	1.39
43212466--43212556	25	3.5	26	69	16	80	42	10	0	46	1.39
43212703--43212738	11	3.3	11	88	11	56	44	8	0	47	1.33
43212709--43212739	9	3.6	9	95	4	55	48	6	0	45	1.28
43222846--43222896	27	1.9	26	84	11	68	54	13	9	21	1.67
43223145--43223189	23	2.0	23	81	0	54	62	4	4	28	1.34
43227497--43227547	25	2.1	25	88	3	77	29	0	7	62	1.23
43227828--43227959	70	1.9	71	88	1	203	45	9	9	35	1.69
43234244--43234273	14	2.1	14	100	0	60	40	13	6	40	1.71
43235140--43235191	16	3.2	16	97	0	95	26	0	34	38	1.57
43235321--43235630	157	2.0	157	93	0	530	43	3	5	47	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43238940--43238964	12	2.1	12	100	0	50	56	36	8	0	1.29
43251534--43251572	21	1.9	20	94	5	69	33	10	25	30	1.89
43257413--43257486	24	3.0	24	76	5	69	18	25	21	33	1.96
43260244--43260277	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
43263440--43263478	16	2.3	18	86	8	55	30	20	17	30	1.96
43265146--43265433	143	2.0	143	81	5	332	45	12	8	32	1.72
43267717--43267767	23	2.2	24	82	3	59	41	7	1	49	1.43
43276668--43276736	16	4.2	16	87	3	102	27	1	34	36	1.66
43276717--43276807	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
43276972--43277006	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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