genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  97  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28086822--28088205	506	2.8	503	89	4	2014	32	18	11	38	1.86
28090183--28090220	14	2.6	15	84	16	53	2	39	0	57	1.12
28093730--28093836	25	4.3	25	78	0	97	24	21	17	36	1.95
28093767--28093849	25	3.3	25	81	0	94	24	21	21	32	1.98
28102511--28102548	14	2.6	15	84	16	53	0	39	2	57	1.12
28102984--28103018	6	5.8	6	93	0	61	31	31	0	37	1.58
28107619--28107752	30	4.5	30	84	5	125	40	14	8	35	1.78
28107664--28107761	30	3.3	30	89	0	151	41	11	7	39	1.68
28107619--28107761	60	2.4	61	85	1	189	40	13	8	37	1.76
28109681--28109811	60	2.2	60	87	2	192	26	19	23	30	1.98
28109796--28109893	28	3.5	28	76	9	92	40	23	20	15	1.90
28109975--28110144	29	5.9	29	80	8	168	43	23	11	21	1.85
28109988--28110143	57	2.7	57	85	1	231	42	24	12	19	1.86
28109976--28110144	86	2.0	85	88	3	250	43	23	11	20	1.85
28112257--28112412	85	1.8	85	91	0	258	35	18	17	28	1.93
28115822--28116073	43	5.9	43	89	0	344	25	26	19	28	1.99
28115822--28116078	85	3.0	85	86	1	370	26	26	19	28	1.99
28116079--28116131	25	2.1	25	92	0	88	30	22	22	24	1.99
28119902--28120011	7	15.7	7	75	11	73	41	34	2	20	1.67
28119972--28120027	21	2.6	22	82	2	69	50	26	1	21	1.59
28120044--28120094	14	3.7	14	73	5	50	45	35	0	19	1.51
28120201--28120229	8	3.8	8	90	9	51	37	41	0	20	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28120201--28120229	15	1.9	15	100	0	58	37	41	0	20	1.53
28120227--28120280	21	2.5	21	87	3	72	31	33	1	33	1.69
28120209--28120283	7	10.6	7	76	13	55	30	38	1	29	1.66
28121614--28121711	20	4.9	21	73	14	91	27	17	30	24	1.97
28121614--28121710	40	2.5	40	81	6	108	27	16	30	24	1.96
28122246--28122564	41	7.8	39	77	8	228	31	27	20	21	1.98
28122246--28122564	82	3.9	80	78	9	279	31	27	20	21	1.98
28122246--28122564	123	2.6	124	80	7	357	31	27	20	21	1.98
28122623--28122737	40	2.9	39	75	10	117	23	21	19	35	1.96
28123903--28123961	32	1.9	31	83	10	77	54	1	10	33	1.44
28125975--28126084	23	5.1	21	71	16	91	54	0	1	42	1.17
28126407--28126568	77	2.1	77	96	0	297	41	10	7	40	1.67
28129680--28129729	19	2.5	20	87	9	68	34	0	10	56	1.33
28135801--28136071	29	9.3	29	77	5	269	20	26	14	37	1.92
28135815--28136027	117	1.8	117	81	4	268	20	28	12	38	1.89
28135801--28136086	87	3.3	87	83	3	342	21	26	13	37	1.91
28142575--28142641	34	2.0	34	87	0	98	25	22	25	26	2.00
28142916--28143036	27	4.5	27	82	2	145	36	14	15	33	1.88
28153526--28153580	23	2.4	23	90	0	83	27	18	16	38	1.92
28153839--28153892	15	3.6	15	76	0	54	31	18	33	16	1.93
28164074--28164124	24	2.2	23	82	10	59	47	13	13	25	1.80
28169157--28169230	27	2.7	27	87	0	112	18	33	20	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28176611--28176676	30	2.2	30	81	8	71	39	19	3	37	1.67
28176621--28176689	30	2.3	30	90	5	104	34	24	1	39	1.65
28178064--28178123	18	3.3	18	95	0	102	23	28	6	41	1.79
28178498--28178612	58	2.0	59	84	5	153	40	2	7	49	1.46
28181778--28182050	126	2.2	126	91	0	438	31	18	15	34	1.93
28182105--28182230	34	3.8	33	77	5	128	44	15	0	39	1.47
28183908--28183971	29	2.2	30	86	8	87	46	25	4	23	1.71
28189680--28189724	21	2.0	24	87	12	69	20	35	6	37	1.79
28190317--28190360	4	10.2	4	83	11	52	54	20	0	25	1.45
28190317--28190595	9	30.6	9	68	22	99	55	17	1	24	1.51
28190334--28190498	65	2.5	65	81	7	169	57	16	1	24	1.47
28190403--28190554	65	2.4	60	74	18	139	57	16	1	23	1.49
28190550--28190596	23	2.0	25	87	8	71	51	14	6	27	1.67
28191216--28191268	21	2.4	22	81	6	63	45	1	5	47	1.37
28191244--28191300	29	1.9	30	83	16	75	49	0	8	42	1.34
28191527--28191555	10	2.9	10	100	0	58	20	0	17	62	1.33
28191544--28191617	36	2.1	36	94	0	130	18	5	24	51	1.67
28193308--28193348	21	2.0	21	85	4	57	26	0	24	48	1.51
28193959--28194113	82	1.9	82	91	0	256	27	10	26	35	1.89
28195943--28196110	28	6.0	28	86	5	241	28	22	25	24	1.99
28195937--28196110	56	3.1	56	88	1	269	29	21	24	24	1.99
28196526--28196716	27	7.1	27	86	3	242	18	17	21	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28198175--28198244	21	3.4	21	69	20	58	35	10	7	47	1.65
28199654--28199692	19	2.1	19	85	4	53	48	7	10	33	1.66
28200107--28200135	6	4.8	6	100	0	58	34	0	17	48	1.47
28205749--28205840	17	5.4	18	70	23	58	52	3	3	41	1.34
28207020--28207052	11	2.8	12	86	4	50	54	12	0	33	1.37
28217187--28217237	20	2.5	20	87	6	66	49	0	9	41	1.36
28217187--28217246	21	2.8	21	85	7	68	48	1	8	41	1.43
28218361--28218465	47	2.2	48	86	6	151	34	17	22	25	1.96
28243961--28243997	16	2.4	16	90	4	58	16	2	8	72	1.19
28245152--28245202	20	2.5	20	87	6	66	49	0	9	41	1.36
28245152--28245211	21	2.8	21	85	7	68	48	1	8	41	1.43
28246323--28246429	49	2.2	49	91	3	171	35	16	22	25	1.95
28267982--28268053	23	3.2	23	82	4	92	13	9	25	51	1.72
28268008--28268046	11	3.5	11	82	0	51	7	7	30	53	1.57
28267982--28268053	22	3.2	22	82	5	90	13	9	25	51	1.72
28270511--28270621	19	5.8	19	88	0	168	40	9	13	36	1.76
28270518--28270621	38	2.7	38	96	0	190	41	8	12	37	1.74
28270501--28270628	57	2.3	55	84	7	168	39	9	14	35	1.79
28270814--28270856	19	2.1	19	83	12	50	16	9	4	69	1.31
28276253--28277542	388	3.3	390	90	3	2006	27	19	24	29	1.98
28276244--28277542	520	2.5	520	92	1	2102	27	19	24	29	1.98
28276244--28277542	132	10.0	132	91	2	2047	27	19	24	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28277782--28277944	44	3.8	44	70	15	126	27	21	21	29	1.99
28278336--28278446	19	5.8	19	89	0	177	39	9	13	37	1.76
28278343--28278446	38	2.7	38	98	0	199	40	8	12	38	1.74
28278326--28278453	57	2.3	55	85	5	175	39	9	14	36	1.79
28278336--28278472	19	6.9	21	85	4	114	38	8	14	38	1.76
28280187--28280424	119	2.0	117	90	1	368	41	6	9	42	1.63
28282644--28282684	18	2.3	19	79	12	50	46	12	31	9	1.74
28283955--28284194	50	4.8	50	90	1	356	27	20	30	21	1.98
28283961--28284194	99	2.3	100	89	0	353	26	21	29	21	1.99
28289897--28290456	138	4.1	138	89	1	838	43	6	9	40	1.63
28290432--28290655	74	3.0	75	85	6	294	29	14	8	47	1.72
28293910--28293952	13	3.2	13	74	6	50	27	9	30	32	1.88
28298508--28298538	12	2.6	12	94	0	53	35	12	29	22	1.91
28298521--28298554	6	5.7	6	85	0	50	44	14	23	17	1.86
28298534--28298638	45	2.3	45	90	0	165	40	17	19	22	1.91
28299655--28299689	17	2.1	17	94	0	61	2	14	5	77	1.07
28305968--28306061	46	2.0	46	89	0	143	38	22	17	22	1.93
28306681--28306730	23	2.3	23	86	6	68	54	14	4	28	1.58
28313588--28313622	17	2.1	17	94	0	61	14	17	34	34	1.90
28318259--28318397	40	3.5	38	77	11	120	30	23	19	27	1.98
28318247--28318397	80	1.9	80	82	8	191	29	23	19	27	1.98
28318670--28318829	52	3.1	52	84	0	203	39	23	10	26	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28320378--28320422	22	2.0	22	95	0	81	42	22	2	33	1.66
28327858--28328826	324	3.0	324	94	0	1704	30	14	17	36	1.91
28344554--28344591	20	1.9	20	94	0	67	50	0	7	42	1.31
28344592--28344628	19	2.0	19	89	5	58	32	0	10	56	1.34
28344618--28344665	20	2.5	20	89	3	71	33	2	10	54	1.46
28349510--28349534	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
28351118--28351219	41	2.5	41	90	3	152	27	19	25	27	1.99
28354881--28354938	4	14.5	4	100	0	116	50	24	0	25	1.50
28360538--28361087	50	11.2	50	73	6	433	31	21	20	26	1.98
28360516--28361087	100	5.8	100	83	4	707	31	21	20	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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