genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  7  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2086642--2086682	21	2.0	21	85	9	57	46	12	7	34	1.69
2087266--2087319	27	2.0	27	92	0	90	33	24	24	18	1.97
2087772--2087930	27	5.9	27	74	12	121	30	11	18	38	1.87
2087772--2087924	54	2.8	54	81	7	177	29	11	19	39	1.87
2087936--2088062	63	2.0	63	92	0	209	32	29	20	18	1.96
2090734--2091099	181	2.0	181	92	4	612	36	18	16	28	1.92
2092360--2092405	25	1.9	23	82	8	56	34	8	8	47	1.65
2092978--2093037	30	2.0	30	83	6	77	61	16	8	13	1.55
2103288--2103347	30	2.0	30	83	3	75	41	0	36	21	1.54
2119364--2119409	21	2.4	19	82	13	58	19	0	34	45	1.51
2119449--2119667	104	2.1	104	98	0	420	23	5	30	41	1.76
2122483--2122527	16	3.0	16	75	15	51	46	0	6	46	1.29
2122507--2122569	33	1.9	33	83	0	81	53	3	3	39	1.33
2124185--2124224	21	1.9	21	100	0	80	27	25	7	40	1.82
2125192--2125236	15	2.8	16	86	10	56	55	6	0	37	1.26
2147556--2147673	33	3.7	33	69	17	95	19	13	16	50	1.78
2148349--2148400	27	1.9	27	88	0	77	17	15	25	42	1.88
2149437--2149489	26	2.0	28	82	14	67	1	22	1	73	1.03
2151887--2151946	30	2.0	31	83	3	77	41	0	38	20	1.52
2152719--2152753	17	1.9	19	88	11	56	31	17	0	51	1.45
2153039--2153071	17	1.9	17	93	0	57	27	12	0	60	1.32
2165809--2165863	15	3.5	15	71	9	56	49	1	0	49	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2169664--2169792	45	2.8	45	92	2	204	35	1	23	39	1.64
2180925--2180960	18	2.0	18	88	0	54	19	0	11	69	1.18
2182807--2182878	27	2.7	27	78	4	74	23	20	30	25	1.99
2186228--2186307	27	3.0	27	75	3	72	25	31	22	21	1.98
2189395--2189441	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
2189604--2189709	37	2.7	39	78	10	126	23	16	25	33	1.96
2200972--2201405	214	2.0	214	100	0	868	28	18	20	33	1.96
2206655--2206689	17	2.0	18	88	5	54	31	2	0	65	1.07
2209632--2209701	17	4.0	17	73	12	61	38	0	2	58	1.13
2219528--2219894	103	3.6	103	88	2	515	18	20	29	31	1.96
2219708--2219760	27	2.0	26	92	3	88	15	20	33	30	1.93
2224476--2224533	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
2224745--2224776	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
2224871--2225112	50	4.7	50	85	4	288	26	23	29	19	1.99
2224871--2225120	100	2.4	103	87	6	355	26	23	29	20	1.99
2229675--2229890	47	4.5	47	78	8	193	30	28	15	25	1.96
2235211--2235268	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
2235477--2235508	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
2235603--2235844	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
2235603--2235852	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
2253224--2253293	36	2.0	35	91	2	113	31	10	10	48	1.70
2278333--2278363	16	1.9	16	93	0	53	41	6	6	45	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2287816--2287842	7	3.9	7	100	0	54	29	0	25	44	1.54
2288319--2288355	16	2.2	18	85	9	51	21	2	5	70	1.20
2293515--2293569	25	2.1	26	81	18	62	43	0	0	56	0.99
2295999--2296032	18	1.9	17	88	5	50	73	0	26	0	0.83
2295997--2296046	25	2.0	26	88	4	75	70	0	28	2	0.99
2302454--2302489	18	2.0	18	94	0	63	27	0	2	69	1.02
2304782--2304898	41	2.8	42	83	5	141	20	20	28	30	1.98
2307626--2307665	21	2.0	20	85	5	53	67	5	0	27	1.11
2307638--2307665	10	2.8	10	100	0	56	71	0	0	28	0.86
2307829--2307861	14	2.4	14	95	5	59	69	0	0	30	0.88
2313805--2313963	78	2.0	78	93	0	273	18	13	21	45	1.84
2315255--2315280	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
2319623--2319676	28	1.9	28	85	7	74	64	0	1	33	1.04
2320486--2320522	16	2.4	16	95	4	67	48	16	5	29	1.68
2324746--2324798	21	2.5	21	87	0	79	30	35	9	24	1.87
2325749--2325803	28	2.0	28	85	7	76	63	0	0	36	0.95
2325751--2325803	20	2.8	20	75	16	58	64	0	0	35	0.94
2328221--2328245	13	1.9	13	100	0	50	76	0	8	16	1.02
2328439--2328480	12	3.5	12	80	6	50	73	9	16	0	1.08
2331000--2331029	14	2.1	15	93	6	53	63	0	0	36	0.95
2331767--2333410	548	3.0	548	99	0	3254	36	17	15	30	1.92
2334619--2334670	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2345645--2345701	21	2.7	21	88	0	87	14	38	22	24	1.91
2348256--2348423	71	2.4	71	85	3	214	35	32	17	13	1.89
2375823--2375881	31	2.0	30	80	12	68	45	13	8	32	1.74
2376167--2376224	29	2.0	29	86	6	82	31	10	15	43	1.80
2377563--2377607	23	1.9	24	82	13	58	42	6	0	51	1.28
2377873--2377914	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
2378262--2378311	23	2.2	22	86	13	75	58	0	2	40	1.10
2382490--2382522	17	2.0	17	88	5	50	57	6	0	36	1.23
2383986--2384159	73	2.4	70	73	18	158	32	12	6	48	1.68
2385953--2385987	12	2.9	12	86	0	52	37	0	14	48	1.44
2386903--2387019	60	2.0	60	96	0	216	32	15	9	42	1.79
2390648--2390694	3	15.7	3	81	16	53	25	2	2	70	1.10
2392174--2392331	74	2.1	74	98	0	307	26	25	15	31	1.96
2404253--2404312	26	2.3	26	76	0	66	38	5	0	56	1.21
2409270--2409320	21	2.5	21	87	3	68	60	0	3	35	1.15
2409467--2409502	18	1.9	18	88	5	54	19	5	0	75	1.00
2416528--2416554	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
2424927--2424970	19	2.2	20	80	11	56	59	4	2	34	1.30
2425635--2425674	20	1.9	22	90	10	66	52	5	0	42	1.23
2431407--2431476	29	2.4	28	81	13	79	25	5	0	68	1.11
2431423--2431481	29	2.0	30	90	9	95	23	6	0	69	1.12
2431770--2431816	17	2.7	18	84	12	62	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2431770--2431810	18	2.3	19	88	12	61	65	0	0	34	0.93
2436591--2436658	25	2.8	23	77	16	66	55	23	4	16	1.58
2439592--2439658	4	16.8	4	100	0	134	50	23	0	25	1.49
2440202--2440257	21	2.8	21	83	5	71	44	19	26	8	1.80
2443423--2443712	45	6.5	44	86	4	339	24	22	17	35	1.95
2443453--2443714	45	5.8	44	90	2	382	24	22	18	34	1.96
2443453--2443757	135	2.3	135	82	6	386	23	21	18	35	1.95
2449095--2449120	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2453048--2453101	27	2.0	27	92	0	90	48	18	11	22	1.79
2454806--2454874	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
2454806--2454874	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
2454855--2454945	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
2455110--2455144	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
2455125--2455312	61	3.1	61	70	14	199	48	6	1	42	1.39
2455209--2455260	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
2455093--2455385	120	2.4	121	94	1	518	49	5	2	42	1.37
2455326--2455608	91	3.0	93	84	7	317	48	3	3	44	1.35
2455426--2455486	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
2455433--2455576	47	3.1	46	65	23	113	49	4	2	44	1.33
2455401--2455608	91	2.3	90	90	4	326	46	4	3	45	1.39
2455426--2455568	44	3.2	43	68	16	119	48	3	2	46	1.31
2455451--2455589	47	3.0	47	68	17	137	49	4	2	43	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2461613--2461679	19	3.5	19	69	25	59	55	25	2	16	1.55
2461590--2461677	39	2.3	39	93	0	149	52	26	4	17	1.63
2465177--2465221	18	2.4	20	85	10	60	40	2	4	53	1.33
2469961--2470001	19	2.2	19	100	0	82	43	19	9	26	1.82
2479753--2479854	30	3.4	30	83	2	125	29	23	3	43	1.72
2480393--2480461	32	2.3	32	80	9	83	72	1	21	4	1.10
2481154--2481202	16	3.0	16	80	16	64	32	14	12	40	1.83
2481201--2481237	19	1.9	20	94	5	67	43	13	10	32	1.79
2481230--2481263	6	5.7	6	90	10	52	88	0	0	11	0.52
2481230--2481263	13	2.8	12	91	8	52	88	0	0	11	0.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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