genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  78  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22010349--22010484	25	5.6	23	74	16	98	33	5	2	58	1.35
22014151--22014212	31	2.0	31	90	0	97	37	12	1	48	1.51
22014812--22014904	8	11.6	8	72	16	77	80	11	5	2	0.96
22014814--22014911	31	3.2	31	81	9	121	79	13	5	2	0.98
22014814--22014911	6	16.0	6	73	22	55	79	13	5	2	0.98
22014812--22014907	9	10.9	9	78	13	60	80	12	5	2	0.97
22015354--22015455	53	1.9	53	87	0	150	44	17	27	10	1.82
22016265--22016630	142	2.6	143	85	1	502	29	21	21	27	1.98
22016644--22016788	44	3.3	44	69	0	128	32	22	15	29	1.95
22017634--22017717	25	3.3	26	84	14	90	26	0	2	71	0.98
22017648--22017723	15	5.6	14	70	23	56	25	0	1	73	0.91
22017648--22017722	25	2.9	25	88	9	107	25	0	1	73	0.91
22017657--22017793	25	5.6	23	73	15	89	30	4	2	62	1.26
22017648--22017744	50	1.9	52	83	8	128	26	3	2	68	1.16
22017990--22018042	21	2.6	20	79	8	54	24	5	5	64	1.38
22018010--22018068	24	2.4	25	82	5	66	28	10	5	55	1.54
22036332--22036357	12	2.2	12	100	0	52	23	34	15	26	1.94
22038807--22038892	45	2.1	38	83	16	102	37	6	16	39	1.75
22039234--22039259	13	2.0	13	100	0	52	46	23	7	23	1.78
22039698--22039926	3	77.0	3	70	8	137	58	3	4	32	1.37
22040785--22040857	36	2.0	36	97	0	137	10	20	47	20	1.80
22041490--22042062	44	12.7	44	74	9	343	28	20	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22041493--22041829	183	1.8	182	81	4	419	29	20	20	29	1.98
22041388--22042069	227	3.0	227	90	0	1051	28	20	19	31	1.97
22042523--22042580	24	2.4	24	97	0	107	29	27	12	31	1.92
22048754--22048787	18	1.9	18	88	5	52	67	2	2	26	1.19
22048820--22049040	3	74.0	3	69	7	128	57	3	5	33	1.40
22049723--22049759	17	2.1	18	90	5	58	81	0	0	18	0.70
22055378--22055409	17	1.9	16	100	0	55	28	0	9	62	1.26
22057843--22058178	122	2.8	122	83	1	388	35	12	22	30	1.91
22057893--22058178	61	4.7	61	82	3	290	33	13	22	30	1.92
22058191--22058256	29	2.3	29	80	12	75	27	16	25	30	1.97
22058388--22058430	20	2.1	20	82	4	50	72	13	0	13	1.13
22058523--22058614	19	4.8	19	94	0	166	36	8	16	38	1.79
22058523--22058637	38	2.9	38	93	5	185	36	7	16	39	1.78
22058821--22058865	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
22065939--22066247	44	7.0	44	63	10	119	28	26	23	21	1.99
22065599--22066263	88	7.6	88	90	1	1019	27	27	23	20	1.99
22066263--22066384	44	2.8	44	79	9	142	27	18	24	28	1.98
22066748--22067219	44	10.9	43	72	12	252	29	21	22	26	1.99
22066877--22067216	45	7.8	44	75	10	252	27	21	24	26	1.99
22066880--22067177	133	2.3	127	77	11	291	28	20	25	25	1.99
22067767--22067820	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
22067756--22067827	38	2.0	36	84	10	94	37	9	16	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22067767--22067843	38	1.9	40	87	10	113	36	9	16	37	1.81
22068027--22068071	23	2.0	23	86	0	63	24	0	13	62	1.31
22071571--22071626	27	2.1	27	89	0	85	41	25	14	19	1.89
22072972--22073001	13	2.2	14	94	5	53	73	0	0	26	0.84
22079090--22079310	43	5.1	43	87	0	307	28	31	18	22	1.97
22079061--22079310	43	5.8	42	85	1	160	28	30	17	24	1.97
22081059--22081088	15	2.0	15	93	0	51	66	3	3	26	1.23
22082350--22082409	24	2.5	24	89	2	95	58	8	10	23	1.57
22083658--22083908	65	3.6	65	86	8	277	32	10	12	44	1.77
22083658--22083908	141	1.8	134	88	7	387	32	10	12	44	1.77
22083924--22084231	116	2.7	116	93	2	514	30	12	13	43	1.81
22084135--22084293	68	2.2	69	85	10	205	27	10	15	47	1.77
22084751--22084784	16	2.1	17	94	5	61	26	0	0	73	0.83
22085192--22085373	89	2.0	89	82	4	215	44	26	2	26	1.68
22085366--22085430	7	9.3	7	76	6	60	35	38	0	26	1.57
22085379--22085430	14	3.7	14	89	0	68	34	38	0	26	1.57
22085695--22085722	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
22090680--22090834	41	3.8	41	88	0	229	29	21	20	27	1.98
22093176--22093985	394	2.0	400	95	3	1463	39	11	8	40	1.72
22097732--22097787	4	14.0	4	100	0	112	50	25	0	25	1.50
22100273--22100314	21	2.0	21	86	4	59	54	2	0	42	1.13
22100586--22100612	12	2.2	12	100	0	54	74	0	0	25	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22101932--22101965	15	2.3	15	89	0	50	67	5	14	11	1.39
22102212--22102241	15	2.0	15	100	0	60	46	13	0	40	1.43
22104101--22104445	132	2.6	132	87	0	501	28	24	17	29	1.97
22104364--22104964	128	4.7	128	89	1	909	25	23	18	31	1.97
22106258--22106304	7	6.6	7	78	11	51	12	14	2	70	1.26
22106258--22106293	15	2.4	15	90	0	54	13	13	0	72	1.13
22107254--22107288	12	3.0	12	87	4	54	11	0	14	74	1.08
22113409--22113441	17	2.0	17	94	5	59	51	0	0	48	1.00
22122908--22123021	56	2.0	57	89	1	176	50	14	10	24	1.75
22125708--22125732	13	1.9	13	100	0	50	80	4	16	0	0.87
22133995--22134182	51	3.7	51	84	3	211	25	17	28	29	1.97
22133995--22134182	101	1.9	102	86	3	272	25	17	28	29	1.97
22135626--22135784	79	2.0	79	98	0	309	32	12	22	33	1.91
22141309--22141496	51	3.7	51	82	4	211	25	17	27	29	1.98
22147084--22147144	17	3.5	17	78	17	54	32	0	26	40	1.56
22147545--22147576	13	2.3	15	89	10	50	43	6	3	46	1.44
22150286--22150346	31	2.0	31	96	0	113	19	14	19	45	1.85
22155277--22155435	67	2.4	67	91	0	255	23	23	19	32	1.97
22157341--22157580	50	4.7	50	78	4	187	23	27	20	28	1.99
22164866--22165063	50	3.8	51	83	5	220	21	29	21	27	1.99
22168331--22168376	11	4.3	11	76	13	51	76	2	4	17	1.06
22169007--22169660	127	5.2	126	91	1	1013	23	22	22	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22169006--22169663	84	7.8	84	70	13	300	23	22	22	31	1.98
22169060--22169663	40	14.3	41	71	14	385	23	22	22	30	1.99
22169665--22169811	50	2.9	51	73	5	138	27	21	19	32	1.97
22170259--22170454	108	1.8	108	87	2	295	47	10	16	25	1.77
22172048--22172093	23	2.0	23	91	0	74	28	10	32	28	1.91
22172245--22172294	25	2.0	25	92	0	82	16	28	26	30	1.96
22175001--22175040	16	2.6	14	82	17	53	77	2	2	17	0.99
22195189--22195318	40	3.2	40	95	0	233	29	24	20	26	1.99
22198847--22199120	29	9.4	29	83	7	242	22	28	11	37	1.89
22198847--22199120	87	3.1	86	78	9	295	22	28	11	37	1.89
22198847--22199120	58	4.7	58	77	9	281	22	28	11	37	1.89
22198847--22199155	145	2.1	146	89	3	462	23	27	11	37	1.89
22198847--22199156	116	2.7	116	81	5	324	23	27	11	37	1.90
22198905--22199147	58	4.2	58	72	8	190	23	27	11	37	1.89
22208329--22208456	45	2.8	45	91	0	202	33	19	22	24	1.97
22208329--22208495	90	1.9	90	82	2	210	37	18	21	22	1.94
22214629--22214680	22	2.4	22	76	0	59	40	1	3	53	1.30
22220051--22220235	96	1.9	96	88	0	280	31	16	15	36	1.90
22223385--22223457	30	2.5	30	95	2	130	50	4	6	38	1.48
22234476--22234509	16	2.2	15	89	5	50	17	2	2	76	1.04
22251144--22251172	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
22255371--22255548	96	1.9	96	85	0	248	30	18	23	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22255466--22255987	44	11.7	44	76	7	383	30	19	23	27	1.98
22255689--22255987	89	3.4	89	88	1	395	29	19	24	26	1.98
22255369--22255995	316	2.0	318	82	6	768	30	18	23	27	1.98
22255933--22256039	44	2.4	44	84	6	128	30	17	26	25	1.97
22256843--22256870	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
22257894--22257940	20	2.2	23	85	11	64	17	0	19	63	1.30
22260085--22260141	28	2.1	27	93	6	98	54	38	0	7	1.28
22260705--22260741	6	6.2	6	93	0	65	35	0	29	35	1.58
22263164--22263208	12	3.5	12	77	16	54	22	17	0	60	1.37
22263168--22263221	27	1.9	29	92	7	94	24	20	0	55	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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