genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  25  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6994528--6994624	10	9.6	9	68	20	50	65	0	3	30	1.07
6994555--6994590	18	2.0	18	88	0	54	66	0	0	33	0.92
6994553--6994625	19	3.6	19	74	13	65	64	0	2	32	1.08
6994441--6994624	41	4.5	40	86	7	246	61	0	2	35	1.10
6995700--6995751	25	2.1	25	92	0	86	46	15	23	15	1.83
7035033--7035176	78	1.8	78	88	5	220	43	10	2	43	1.53
7035962--7035987	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
7042798--7042839	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
7042779--7042839	32	1.9	32	83	12	81	49	1	4	44	1.33
7054184--7054241	19	3.2	18	78	7	64	29	22	20	27	1.99
7054277--7054333	18	3.2	18	67	5	53	33	26	15	24	1.95
7056727--7056892	84	2.0	84	96	0	305	43	3	19	33	1.69
7065547--7065584	18	2.1	18	85	9	51	26	0	2	71	1.00
7068797--7068950	81	1.9	82	91	4	258	28	7	16	48	1.72
7070477--7072779	767	3.0	767	99	0	4588	34	18	17	29	1.94
7073783--7073818	18	2.0	18	100	0	72	22	5	0	72	1.05
7074746--7074787	21	2.0	21	100	0	84	23	19	14	42	1.87
7075497--7075561	28	2.3	29	81	10	89	38	32	9	20	1.84
7078946--7078982	18	2.1	18	90	10	58	32	0	5	62	1.18
7078975--7078999	7	3.6	7	100	0	50	32	0	0	68	0.90
7079224--7079257	14	2.5	13	86	9	50	47	2	0	50	1.16
7082139--7082177	5	7.8	5	94	0	69	23	58	17	0	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7082794--7082834	19	2.0	21	86	9	59	46	4	2	46	1.37
7083889--7083931	15	2.8	15	82	3	50	44	27	0	27	1.55
7084007--7084222	108	2.0	108	99	0	423	31	21	13	34	1.92
7086244--7086294	21	2.4	22	84	15	63	72	11	7	7	1.28
7086772--7086834	21	2.9	21	81	11	56	28	12	3	55	1.52
7089041--7089079	14	2.8	14	92	0	69	46	5	12	35	1.65
7089628--7089688	18	3.3	18	75	18	54	50	0	1	47	1.10
7089634--7089722	42	2.0	46	81	12	107	55	1	1	42	1.14
7093373--7093424	18	2.7	20	74	17	56	36	3	0	59	1.16
7097382--7097674	37	7.4	38	67	18	136	43	1	5	49	1.35
7097405--7097452	18	2.8	18	74	22	50	43	0	0	56	0.99
7097405--7097477	16	4.6	16	73	19	55	45	0	1	53	1.09
7097551--7097596	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
7097388--7097713	119	2.7	120	96	1	593	43	1	5	49	1.34
7097670--7097711	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
7097661--7097702	15	2.9	14	86	10	50	45	0	0	54	0.99
7097857--7097946	45	2.0	45	85	6	121	35	26	6	31	1.82
7098377--7098428	24	2.2	23	90	6	86	34	13	1	50	1.53
7098580--7098628	19	2.6	19	84	12	66	28	4	0	67	1.09
7100161--7100199	21	1.9	20	84	5	51	51	17	10	20	1.74
7101532--7101561	15	1.9	16	93	6	53	80	3	0	16	0.85
7104575--7104629	24	2.3	24	93	0	92	27	21	32	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7107577--7107932	41	8.7	41	92	0	523	29	20	27	23	1.99
7114509--7114547	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
7114773--7114847	23	3.3	23	90	3	125	21	21	26	30	1.98
7118650--7119029	44	8.5	44	73	9	151	33	17	18	29	1.95
7120501--7120541	4	10.8	4	79	10	50	26	2	0	70	0.99
7120494--7120541	12	4.2	12	84	7	55	27	2	2	68	1.11
7122551--7122617	34	1.9	35	87	3	100	31	7	13	47	1.70
7122545--7122621	14	5.0	15	71	20	52	33	7	14	44	1.74
7125382--7125408	10	2.7	10	100	0	54	44	0	40	14	1.46
7127370--7127411	20	2.2	19	83	8	50	30	11	0	57	1.35
7134372--7134413	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
7134376--7134412	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
7134440--7134490	21	2.4	23	75	18	56	49	5	0	45	1.26
7142027--7142124	25	4.0	25	73	5	76	22	21	20	35	1.96
7155418--7155463	21	2.2	21	88	7	67	4	30	0	65	1.12
7155479--7155543	27	2.4	27	94	0	112	66	0	7	26	1.19
7156052--7156093	5	8.4	5	100	0	84	40	0	0	59	0.97
7156376--7156451	37	2.1	37	100	0	152	31	13	26	28	1.93
7158329--7158359	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
7158414--7158450	9	4.1	9	86	13	58	45	10	10	32	1.74
7159339--7159379	5	8.2	5	100	0	82	21	19	19	39	1.93
7169520--7169583	33	2.0	31	90	6	101	26	1	3	68	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7171835--7171894	30	2.0	31	83	3	77	41	0	38	20	1.52
7172110--7172146	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74
7174620--7174777	43	3.7	43	77	5	135	31	29	16	23	1.96
7177069--7177117	21	2.5	20	77	9	64	22	20	22	34	1.97
7179636--7179715	37	2.2	37	88	0	124	40	17	15	27	1.89
7188763--7188826	30	2.1	30	88	0	92	29	6	39	25	1.80
7195515--7195546	6	5.3	6	100	0	64	84	0	0	15	0.63
7195918--7195983	25	2.6	25	88	4	98	42	13	13	30	1.83
7198360--7198407	18	2.7	17	81	9	60	41	4	16	37	1.68
7203595--7203731	45	3.0	44	86	6	186	37	27	14	21	1.92
7203552--7203731	90	2.0	88	85	6	238	35	26	15	22	1.94
7209528--7209704	39	4.5	39	90	0	255	28	3	21	46	1.67
7209689--7209742	23	2.3	23	96	0	99	37	3	22	37	1.72
7209528--7209724	39	5.1	40	81	8	167	29	3	21	45	1.67
7209528--7209724	78	2.5	79	79	4	222	29	3	21	45	1.67
7211894--7211920	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
7213144--7213182	18	2.2	18	90	9	62	51	2	5	41	1.38
7213150--7213198	19	2.6	18	84	12	55	53	2	4	40	1.32
7214872--7214901	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
7218035--7218208	93	1.9	93	91	2	287	27	18	25	29	1.98
7234693--7234751	28	2.1	28	90	0	91	27	18	25	28	1.98
7234702--7234769	28	2.4	28	82	4	84	25	19	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7234936--7234966	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
7236846--7236886	21	2.0	21	85	0	55	73	2	19	4	1.13
7239739--7239771	16	2.1	16	100	0	66	75	0	0	24	0.80
7239798--7239896	36	2.8	36	83	9	105	63	6	0	30	1.18
7243006--7243039	16	2.1	16	100	0	68	44	5	0	50	1.26
7243227--7243265	19	2.1	19	90	9	62	61	0	5	33	1.18
7245861--7245949	3	29.7	3	100	0	178	67	0	32	0	0.91
7249185--7249222	19	2.2	18	86	13	53	50	5	7	36	1.54
7252348--7252404	27	2.1	27	83	0	69	19	29	15	35	1.93
7255899--7255929	16	1.9	16	93	0	53	70	0	0	29	0.87
7256019--7256076	22	2.6	22	76	10	64	65	3	5	25	1.29
7258365--7258399	18	1.9	18	88	0	52	37	0	2	60	1.12
7258455--7258485	16	1.9	16	100	0	62	58	0	0	41	0.98
7261747--7261779	15	2.3	14	94	5	57	72	0	18	9	1.10
7261747--7261785	15	2.5	16	88	12	55	74	0	17	7	1.05
7267362--7267814	89	5.1	89	81	2	493	28	23	15	31	1.96
7267508--7267814	44	6.9	44	74	2	265	29	22	15	31	1.95
7267363--7267814	177	2.5	176	86	2	602	28	23	15	31	1.96
7267541--7267910	177	2.1	177	78	5	381	28	24	16	30	1.96
7267920--7269025	44	25.1	44	62	10	166	27	24	19	28	1.99
7267832--7269096	132	9.6	132	89	2	1826	27	24	19	28	1.99
7267832--7269096	529	2.4	529	94	0	2226	27	24	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7267838--7269096	397	3.2	396	89	1	1835	27	24	19	28	1.99
7269064--7269150	45	1.9	45	80	0	102	21	25	21	31	1.98
7270420--7270454	7	5.0	7	86	13	54	14	17	0	68	1.21
7271368--7271407	19	2.2	17	83	12	53	62	2	20	15	1.43
7271369--7271407	18	2.1	18	90	4	60	64	2	17	15	1.41
7273300--7273345	19	2.4	19	85	7	58	47	8	19	23	1.77
7273784--7273814	16	1.9	16	93	0	53	32	22	19	25	1.97
7274159--7274188	13	2.2	13	94	5	51	60	13	13	13	1.60
7274159--7274188	7	4.4	7	91	8	53	60	13	13	13	1.60
7275438--7275502	3	21.0	3	73	17	53	63	1	3	32	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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